| Archeologický ústav, Brno (94) |
| Archeologický ústav, Praha (239) |
| Astronomický ústav (244) |
| Biologické centrum (360) |
| Biotechnologický ústav (47) |
| Botanický ústav (388) |
| Biofyzikální ústav (298) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (517) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (523) |
| Fyzikální ústav (558) |
| Fyziologický ústav (77) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (451) |
| Historický ústav (472) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (70) |
| Masarykův ústav a Archiv (485) |
| Matematický ústav (407) |
| Mikrobiologický ústav (501) |
| Národohospodářský ústav (833) |
| Orientální ústav (37) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (316) |
| Slovanský ústav (113) |
| Sociologický ústav (2,704) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (458) |
| Ústav anorganické chemie (415) |
| Ústav biologie obratlovců (523) |
| Ústav dějin umění (329) |
| Ústav experimentální botaniky (113) |
| Ústav experimentální medicíny (138) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (626) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (432) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (261) |
| Ústav fyziky materiálů (1,003) |
| Ústav fyziky plazmatu (591) |
| Ústav geoniky (1,280) |
| Ústav chemických procesů (1,978) |
| Ústav informatiky (1,620) |
| Ústav jaderné fyziky (437) |
| Ústav makromolekulární chemie (430) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (81) |
| Ústav organické chemie a biochemie (545) |
| Ústav pro českou literaturu (434) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (600) |
| Ústav pro jazyk český (764) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (269) |
| Ústav přístrojové techniky (1,249) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (157) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (376) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,215) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,529) |
| Ústav termomechaniky (3,064) |
| Ústav výzkumu globální změny (547) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (93) |