| Archeologický ústav, Brno (99) |
| Archeologický ústav, Praha (255) |
| Astronomický ústav (248) |
| Biologické centrum (451) |
| Biotechnologický ústav (48) |
| Botanický ústav (401) |
| Biofyzikální ústav (298) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (538) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (539) |
| Fyzikální ústav (589) |
| Fyziologický ústav (80) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (470) |
| Historický ústav (492) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (79) |
| Masarykův ústav a Archiv (505) |
| Matematický ústav (426) |
| Mikrobiologický ústav (509) |
| Národohospodářský ústav (952) |
| Orientální ústav (40) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (322) |
| Slovanský ústav (114) |
| Sociologický ústav (2,911) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (496) |
| Ústav anorganické chemie (423) |
| Ústav biologie obratlovců (530) |
| Ústav dějin umění (360) |
| Ústav experimentální botaniky (113) |
| Ústav experimentální medicíny (143) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (627) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (483) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (274) |
| Ústav fyziky materiálů (1,023) |
| Ústav fyziky plazmatu (603) |
| Ústav geoniky (1,335) |
| Ústav chemických procesů (2,105) |
| Ústav informatiky (1,656) |
| Ústav jaderné fyziky (442) |
| Ústav makromolekulární chemie (439) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (85) |
| Ústav organické chemie a biochemie (578) |
| Ústav pro českou literaturu (456) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (627) |
| Ústav pro jazyk český (797) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (287) |
| Ústav přístrojové techniky (1,500) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (164) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (378) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,341) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,577) |
| Ústav termomechaniky (3,221) |
| Ústav výzkumu globální změny (591) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (93) |