| Archeologický ústav, Brno (104) |
| Archeologický ústav, Praha (262) |
| Astronomický ústav (249) |
| Biologické centrum (504) |
| Biotechnologický ústav (50) |
| Botanický ústav (417) |
| Biofyzikální ústav (299) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (544) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (546) |
| Fyzikální ústav (614) |
| Fyziologický ústav (80) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (478) |
| Historický ústav (507) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (82) |
| Masarykův ústav a Archiv (517) |
| Matematický ústav (441) |
| Mikrobiologický ústav (511) |
| Národohospodářský ústav (1,003) |
| Orientální ústav (42) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (324) |
| Slovanský ústav (114) |
| Sociologický ústav (3,064) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (505) |
| Ústav anorganické chemie (429) |
| Ústav biologie obratlovců (542) |
| Ústav dějin umění (374) |
| Ústav experimentální botaniky (113) |
| Ústav experimentální medicíny (144) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (627) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (495) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (290) |
| Ústav fyziky materiálů (1,043) |
| Ústav fyziky plazmatu (609) |
| Ústav geoniky (1,355) |
| Ústav chemických procesů (2,168) |
| Ústav informatiky (1,675) |
| Ústav jaderné fyziky (448) |
| Ústav makromolekulární chemie (441) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (86) |
| Ústav organické chemie a biochemie (589) |
| Ústav pro českou literaturu (471) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (642) |
| Ústav pro jazyk český (814) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (287) |
| Ústav přístrojové techniky (1,663) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (170) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (378) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,396) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,594) |
| Ústav termomechaniky (3,363) |
| Ústav výzkumu globální změny (623) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (97) |