| Archeologický ústav, Brno (94) |
| Archeologický ústav, Praha (236) |
| Astronomický ústav (233) |
| Biologické centrum (340) |
| Biotechnologický ústav (47) |
| Botanický ústav (381) |
| Biofyzikální ústav (298) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (504) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (519) |
| Fyzikální ústav (534) |
| Fyziologický ústav (77) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (445) |
| Historický ústav (461) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (69) |
| Masarykův ústav a Archiv (481) |
| Matematický ústav (402) |
| Mikrobiologický ústav (500) |
| Národohospodářský ústav (785) |
| Orientální ústav (36) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (315) |
| Slovanský ústav (113) |
| Sociologický ústav (2,644) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (451) |
| Ústav anorganické chemie (410) |
| Ústav biologie obratlovců (515) |
| Ústav dějin umění (321) |
| Ústav experimentální botaniky (113) |
| Ústav experimentální medicíny (136) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (626) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (429) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (260) |
| Ústav fyziky materiálů (999) |
| Ústav fyziky plazmatu (591) |
| Ústav geoniky (1,265) |
| Ústav chemických procesů (1,952) |
| Ústav informatiky (1,611) |
| Ústav jaderné fyziky (430) |
| Ústav makromolekulární chemie (430) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (80) |
| Ústav organické chemie a biochemie (542) |
| Ústav pro českou literaturu (430) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (594) |
| Ústav pro jazyk český (753) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (262) |
| Ústav přístrojové techniky (1,190) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (155) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (376) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,180) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,515) |
| Ústav termomechaniky (2,999) |
| Ústav výzkumu globální změny (541) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (93) |