|
Příprava chimerických VLP myšího polyomaviru nesoucích epitopy maligního melanomu
Kojzarová, Martina ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Hlavní kapsidový protein virů z čeledi Polyomaviridae je schopen samovolně se uspořádat do viru podobné částice (virus-like particle, VLP), a to i bez přítomnosti minoritních proteinů, nespecificky vázat cizorodou DNA a rozpoznat receptor na povrchu buňky. Tyto vlastnosti ho předurčují k použití coby vektoru v genové terapii nebo imunoterapii. Už dříve bylo zjištěno, že VLPs myšího polyomaviru výrazně stimulují imunitní systém a mají silný adjuvantní účinek. Chimerické VLPs odvozené od myšího polyomaviru nesoucí cizorodý antigen či epitop by podle našich předpokladů po imunizaci měly vyvolat přesně cílenou odpověď imunitního systému. Hlavní překážkou je volba imunogenu dostatečně silného k vyvolání adekvátní imunitní odpovědi. Cílem této práce bylo za pomoci metod genového inženýrství zkonstruovat chimerické částice nesoucí na svém povrchu epitop maligního melanomu, který je znám jako jeden z nejimunogennějších nádorů. Pro účely budoucího výzkumu imunogenních účinků těchto částic byly zkonstruovány tři typy VLPs. Jednalo se o částice nesoucí epitopy lidského melanomu, další obsahující epitop melanomu myšího a kontrolní částice s ovalbuminovým epitopem. K účelům produkce chimerických proteinů byl použit bakulovirový expresní systém. Elektronovou mikroskopií bylo ověřeno, že vnesením nádorového...
|
|
Lokalizace Balbianiho cytoplasmy jako prekurzora primordiálních gonocytů u jiker jesetera během oplození
DVOŘÁK, Matěj
Oocyty mnoha organismů, včetně ryb obsahují tzv. zárodečnou plasmu, což je maternálně děděný determinant zárodečných buněk. Nedávno byla zárodečná plazma v útvaru Balbaniho cytoplasmy previtelogenních oocytů popsána také u jesetera. Ta obsahuje prekurzory zárodečných granulí tzv. nuage. Zárodečné granule se během embryonálního vývoje objevují jako součást primordiálních gonocytů (PGC) a podle některých studií hrají roli při jejich vzniku. PGC jsou embryonální buňky, ze kterých se v průběhu ontogenéze diferencují gamety. Mají tedy potenciál přenášet genetickou informaci do dalších generací. PGC nebo později spermatogonie tedy mohou být hodnotné pro genové banky a kryoprezervaci, především prostřednictvím produkce gamet získaných chimerizací zárodečných linií. Prvním krokem pro úspěšnou transplantaci PGC je jejich vizualizace. Ta se provádí většinou injikací GFP (green fluorescent protein) mRNA konjugovaného s mRNA specifickou pro buňky zárodečné linie, tak jako vasa nebo nanos, do oblasti lokalizace prekurzorů PGC (nuage) co nejdříve po fertilizaci jikry. Elektronová mikroskopie v této studii odhalila tři hlavní obaly jikry (nejsvrchnější alveolární vrstvu, dále vrstvu zona radiata externa a nejspodnější vrstvu zona radiata interna), vrstvu alveolárních granulí u neoplozených jiker a perivitelinní prostor u oplozených jiker; dále pak zárodečnou plasmu s nuage, která byla rozptýlena pouze ve vegetativním pólu ovulované jikry jesetera. Tento poznatek nám umožní nasměrování injikace GFP fluorescenční sondy do oblasti prekurzorů PGC jikry jesetera a tím i jejich značení a transplantaci. Při pozorování jsme navíc během bobtnání jikerných obalů zaznamenali tvorbu volného meziprostotu mezi vrstvami zona radiata externa a zona radiata interna. Jikry jeseterů mají pro injikaci pomocí skleněné kapiláry příliš silné obaly. Oddělením části jikerných obalů (alveolární vrstvy a zona radiata externa) pomocí pinzet, může být injikace sondy usnadněna.
|
|
Phylogeography of Rousettus aegyptiacus in the Mediterranean region
Dundarova, Cheliana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Rod Rousettus má pro kaloně netypický areál zahrnující Asii i Afriku. V Persii, Arábii a východním Středomoří tvoří severní hranici rozšíření čeledi. To bylo ovlivněno schopností echolokace, která umožnila této skupině používat jako úkryty jeskyně, šířit se nezávisle na přítomnosti lesních biotopů a osídlit oblasti s mediteránním typem klimatu. Cílem práce je pomocí sekvenování mitochondriálního markeru s rychlou evolucí studovat genetickou variabilitu, její geografickou distribuci a demografii u severních populací kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus). Fylogenetické rekonstrukce naznačují relativně hlubokou divergenci mezi disjunktními částmi areálu ve východní Africe a východním Mediteránu. Haplotypy ze Sinaje a Jordánu mají bazální pozici v rámci severního klastru, což ukazuje na roli příslušných oblastí při kolonizaci východního Středomoří. Severní haploskupina je středně diverzifikovaná s částečnou geografickou lokalizací jednotlivých haplotypů. Signifikantní korelace mezi maticí genetických a geografických vzdáleností svědčí o určitém omezení genového toku mezi jednotlivými koloniemi, přinejmenším u samic. Analýzy landscape genetics odhalují diskontinuity v prostorové distribuci genetické variability, v některých případech korelující s geografickými bariérami, např. na Kypru, kde patrně hraje roli...
|
|
Návrh synchronního generátoru s permanentním magnetem pro malou vodní elektrárnu
Skurka, Tomáš ; Ondrůšek, Čestmír (oponent) ; Huzlík, Rostislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem a simulací různých provedení synchronního generátoru pro pomaloběžné vodní kolo. Konstrukce generátoru byla zvolena v provedení radiálního synchronního generátoru s permanentními magnety na povrchu rotoru. V úvodu práce je uvedena rešerše na téma konstrukce synchronních generátoru s permanentními magnety pro malé vodní elektrárny. V rámci práce je proveden vlastní návrh generátoru a jeho optimalizace pomocí genetického algoritmu. Dále jsou zde uvedeny tři návrhy s předdefinovanými plechy. Jednotlivé návrhy generátorů byly odsimulovány v programu ANSYS Maxwell. Pro vybrané navrhnuté varianty generátoru byl proveden tepelný výpočet.
|
|
Multiple sequence alignment pomocí genetických algoritmů
Pátek, Zdeněk ; Mráz, František (vedoucí práce) ; Pešková, Klára (oponent)
Název práce: Multiple sequence alignment pomocí genetických algoritmů Autor: Zdeněk Pátek Katedra: Kabinet software a výuky informatiky Vedoucí diplomové práce: RNDr. František Mráz, CSc. Abstrakt: Tato práce se zabývá problémem multiple sequence alignment (MSA). Obsahuje návrh metody MSAMS, která umožňuje vyhledat motify v biologických sekvencích, rozštěpit sekvence do bloků podle těchto motifů, vyřešit MSA na blocích a nakonec složit globální alignment ze zarovnaných bloků a nalezených motifů. Hledání motifů i řešení MSA se provádí pomocí genetických algoritmů. Práce dále popisuje implementaci metody MSAMS ve stejnojmenném programu, nastavení jeho parametrů, testování na databázi BAliBASE a porovnání s programem ClustalW. Experimentální výsledky ukázaly, že MSAMS dokáže najít lepší alignmenty než ClustalW. Klíčová slova: multiple sequence alignment, hledání motifů, genetické algoritmy, ClustalW
|
|
Využití umělých neuronových sítí k řízení genetických algoritmů
Dörfler, Martin ; Holeňa, Martin (vedoucí práce) ; Gemrot, Jakub (oponent)
Genetické algoritmy jsou jedny z nejvíce flexibilních optimalizačních metod. Mají minimální požadavky na zadání, a tedy jsou schopny řešit široké spektrum úloh. Tato flexibilita je však místy vykoupena nižší efektivitou. Ve srovnání s více specializovanými metodami se genetické algoritmy obvykle ukazují méně výkonné. Tato práce zkoumá možnosti jak navýšit jejich efektivitu pomocí řízení umělou neuronovou sítí. Je v ní popsán způsob řízení běhu genetického algoritmu pomocí samoorganizující mapy. Práce obsahuje návrh algoritmu, pokusnou implementaci a sérii testů, která má za úkol ověřit jeho účinnost. Ukazuje se, že i když výsledky na benchmarkových funkcích poukazují na jisté pozitivní vlastnosti algoritmu, výsledky na úlohách vyšší složitosti jsou méně optimistické.
|
|
Diabetes mellitus 1.typu: patogeneze a pokroky v terapii
Andrýsová, Jana ; Hochmann, Jiří (oponent) ; Semecký, Vladimír (vedoucí práce)
Diabetes mellitus 1. typu je autoimunitní onemocnění vznikající na podkladě destrukce inzulín produkujících B-buněk pankreatu a vedoucí k absolutnímu nedostatku inzulínu. Jde o onemocnění multifaktoriální, na jehož vzniku se podílí interakce genetické výbavy jedince a vlivů prostředí. Je to celoživotní onemocnění, které je obvykle diagnostikováno v dětství, ale může se vyskytnout v jakémkoliv věku. Diabetes je charakterizován hlavně hyperglykémií. Mezi další klasické příznaky patří polyurie, polydipsie a hubnutí. Může vyústit v dlouhodobé komplikace jako jsou nefropatie, retinopatie, neuropatie a cévní onemocnění. Cíle léčby diabetických pacientů směřují k minimalizaci rizika dlouhodobých komplikací pomocí kontroly glykémie, krevního tlaku a lipidů. Diabetes mellitus 1. typu je léčen substitucí inzulínu - obvykle injekční formou nebo inzulínovou pumpou. Nedílnou součástí léčby je zapojení pacienta do léčebného procesu, jeho edukace, častý selfmonitoring, dieta a fyzická aktivita. Práce pojednává o současném pohledu na léčbu diabetu a na léčbu kontinuální infuzi inzulínu (inzulínovou pumpou) a porovnává léčbu pomocí inzulínové pumpy s intenzifikovaným inzulínovým režimem. Výsledkem této práce je, že léčba inzulínovou pumpou vede ke zlepšení kompenzace diabetu a zlepšení kvality života diabetiků.
|
|
Regulation of pre-mRNA splicing in S. cerevisiae: where RNA cooperates with proteins.
Gahura, Ondřej ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent) ; Staněk, David (oponent)
Ondřej Gahura, Dizertační práce 2011 Regulace sestřihu pre-mRNA v S. cerevisiae: kooperace RNA a proteinů Abstrakt Odstraňování intronů z transkriptů probíhá prostřednictvím sestřihu v reakci katalyzované velkým jaderným komplexem - spliceosomem. Sestřih je nesmírně komplikovaný a dynamický proces, v němž koordinované fungování pěti malých molekul RNA a řady proteinů zajišťuje splnění požadavků na extrémní přesnost a flexibilitu. Pro důkladné pochopení sestřihu pre-mRNA je nezbytné rozklíčovat role jednotlivých komponent spliceosomu a porozumět všem dílčím mechanismům. První část práce se zabývá rolí sestřihového faktoru Prp45 v kvasince Saccharomyces cerevisiae. Mapování genetických interakcí alely prp45(1-169) ukazuje na vztah mezi Prp45, NTC komplexem a druhým sestřihovým krokem. Analýza interakcí pomocí dvouhybridního systému a purifikace sestřihových komplexů dokladuje roli C-koncové části Prp45 v regulaci a/nebo vyvazování helikázy Prp22 do spliceosomu. Experimenty s reportérovými substráty prokazují, že Prp45 je vyžadován pro efektivní sestřih určité skupiny intronů. Naše pozorování podporují hypotézu, že role Prp45 v sestřihu je konzervována v evoluci. Druhá část práce je věnována studiu vlivusekundárních struktur intronů na identifikaci 3' sestřihových míst (3' splice site; 3'ss). Ukázali jsme, že...
|
|
Molekulárně biologické aplikace v archeologickém a antropologickém kontextu
Urbanová, Markéta ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Brůžek, Jaroslav (oponent)
135 Závěr Jedním z cílů této studie bylo zavedení a optimalizace laboratorních protokolů izolace a typizace aDNA molekuly. U tří vybraných kosterních souborů se sledovaly atributy - pohlaví, přítomnost specifické DNA patologické bakterie a příbuznost. V průběhu studia aDNA jsme vymýšleli a optimalizovali jednotlivé postupy, které ve výsledku vedly k ohodnocení pohlaví nedospělých jedinců z Mikulčic a potvrzení přítomnosti Mycobacterium leprae na kostrách dvou jedinců ze Žatce. Obě výše uvedené lokality spadají do období raného středověku. Pohlaví bylo možno genetickými přístupy určit pro 78,7% jedinců souboru. Byl zaznamenán signifikantně vyšší výskyt mužských jedinců oproti ženským a to v poměru 24:13. Tyto výsledky byly porovnány s výsledky studie, která se zaměřila na morfoskopické hodnocení kosti pánevní a dolní čelisti. Vysoká shoda obou přístupů velmi pravděpodobně vypovídá o vysoké autenticitě izolované aDNA tohoto souboru. Na dvou jedincích se znaky deformit na kosterním materiálu byla úspěšně detekována část DNA specifická pro druh Mycobacterium leprae a tím i potvrzena předem vyslovená domněnka o příčinném vztahu této bakterie k zaznamenaným kostním deformitám. U posledního souboru se i přes řadu různých optimalizací laboratorních postupů nepodařilo na základě studia genetické příbuznosti pomocí...
|
|
Psychologické a geografické profilování závažných trestních činů
Veverková, Lucie ; Gillernová, Ilona (oponent) ; Boukalová, Hedvika (oponent)
Tématem této práce je psychologické a geografické profilování závažných trestných činů, jako jsou sexuální delikty a žhářství. Práce je rozdělena na čtyři celky. První z nich představuje základní pojmy a terminologie vztahující se k osobnosti pachatele. Pozornost je zaměřena na poruchy osobnosti a některé sexuální parafilie, které mají pro forenzní praxi největší význam. Diskutována jsou i témata související s chováním pachatele. Jedná se o motivaci, modus operandi, podpis pachatele a místo činu. Druhá kapitola se zaměřuje na trestný čin znásilnění, vraždy a žhářství a charakteristiky pachatelů těchto deliktů. Třetí celek se zabývá psychologickým a geografickým profilováním z hlediska různých teorií a zmiňuje podstatu geografického informačního systému. Čtvrtá a zároveň poslední část práce se orientuje na praktickou aplikaci poznatků z psychologického a geografického profilování pomocí geografického informačního systému. Analyzovány jsou reálné případy závažné trestné činnosti. Zhodnocení poznatků a probíraných metod je obsaženo v diskusi. Přílohy jsou řazeny na konci této práce a obsahují mapové výstupy geografického profilování a slovník důležitých pojmů.
|
host ::
