|
|
The evolution of SARS-CoV-2 virus during the pandemic of COVID-19
Karban, Šimon ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent)
Koronaviry jsou lidské a zvířecí viry, které u lidí způsobují respirační onemocnění. Jejich genom je nesegmentovaný a kóduje několik strukturních a nestrukturních proteinů. Vzhledem k tomu, že je genom koronavirů tvořen jednovlákennou RNA v pozitivním smyslu, kódují si vlastní RNA dependentní RNA polymerázu. Existuje několik hypotéz o původu viru SARS-CoV-2, žádná však zatím není definitivní. Následná pandemie nemoci COVID-19 způsobena virem SARS-CoV-2, měla zásadní efekt na zdraví a život lidí po celém světě. Doba trvání a závažnost této pandemie byly ovlivněny několika vlastnostmi viru SARS-CoV-2 - přenosnost, možnost asymptomatického průběhu, vážné symptomatické onemocnění u starších a chronicky nemocných pacientů a rychlá evoluce viru po jeho vstupu do lidské populace. Tato práce shrnuje dosavadní a aktuální poznání včetně argumentů pro předpokládané teorie vzniku tohoto viru, hlavní charakteristiky a varianty viru SARS-CoV-2 včetně selekčních výhod, které představily. Závěrem jsou diskutovány trendy v evoluci viru SARS-CoV-2. Klíčová slova: SARS-CoV-2, koronaviry, varianty, fylogeneze, původ, evoluce
|
|
|
Detekce a charakterizace makrofágů v nádorech virové a nevirové etiologie
Dalewská, Natálie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Krulová, Magdaléna (oponent)
Nádory hlavy a krku jsou etiologicky spojené s kouřením a konzumací alkoholu. Část těchto nádorů je však iniciována HPV a jejich incidence v posledních letech významně roste. Pacienti s virově indukovanými nádory vykazují lepší prognózu, a to i přesto, že tyto nádory bývají diagnostikované v pokročilejším stádiu. Jedním z vysvětlení může být lepší stimulace imunitního systému virovými antigeny. Makrofágy jsou buňky vrozeného imunitního systému, které patří mezi profesionální fagocyty. Po infiltraci do nádoru jsou označovány jako TAM a představují heterogenní skupinu buněk, jejíž dva základní fenotypy jsou protinádorové M1 a pronádorové M2 makrofágy. U mnoha typů nádorů tvoří TAM hlavní složku nádorového mikroprostředí. Jedním z nich jsou i nádory hlavy a krku. Ve své práci jsem se zaměřila na imunohistochemickou detekci populací M1 a M2 makrofágů v nádorech hlavy a krku virové a nevirové etiologie a současně jsem metodou RT- qPCR analyzovala expresi makrofágových a/nebo imunosupresivních genů IDO1, ARG1, CD163, NOS2 a PTGS2. Ve studii jsem prokázala větší počet M2 makrofágů s typickými znaky CD163, ARG1 a PTGS2 u HPV negativních nádorů. Pacienti s těmito nádory mají horší prognózu onemocnění. Znaky pro odlišení jednotlivých populací TAM, které jsou charakteristické vysokou plasticitou, jsou stále...
|
|
|
Rozdíly ve viromu včel u různých populací včely medonosné (Apis mellifera)
Kadlečková, Dominika ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Včela medonosná (Apis mellifera), hlavní komerční opylovač, má nezastupitelnou roli v zemědělské produkci. U A. mellifera bylo do dnes objeveno velké množství virů, o řadě z nich zatím není známo, zda jsou pro tento druh opylovačů patogenní. U jiných se ukazuje, že koinfekce s jinými patogeny, jako je Varroa destructor, mohou mít pro tento druh fatální následky. Cílem této studie bylo jednak ověřit robustnost metody vypracované v laboratoři pro detekci viromu včel a charakterizovat složení viromu u různých skupin zdravých včelstev v České republice. V neposlední řadě i analyzovat parazitaci včel dalšími patogeny a korelovat jejich přítomnost s detekovanými viry. V této studii bylo identifikováno velké množství virových sekvencí pocházejících z nejrůznějších čeledí. Celkové složení viromu bylo nejvíce podmíněno včelstvem, ze kterého byly včely získány. Velkou váhu na tomto vztahu hrály přítomné bakteriofágy. Oproti tomu analýza jednotlivých virů, u kterých je známo že infikují včelu, naznačila, že u jednotlivců ve včelstvu bude prevalence a virová nálož různých virů odlišná. To vyvrátilo předpoklad, že při přítomnosti virové nákazy je infikovaná většina jedinců v úle. Byla také nalezena velká diverzita Lake Sinai virů. Mezi některými viry bylo možné pozorovat závislosti, buď na přítomnost jiného...
|
|
|
The expression of miRNA in HPV-associated and HPV-independent head and neck tumors
Vojtěchová, Zuzana ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Hejnar, Jiří (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
Nádory hlavy a krku představují skupinu nádorů dvojí etiologie. První skupinou jsou nádory asociované s infekcí HPV, druhou skupinou jsou nádory nevirové etiologie, které jsou spojeny s dvěma hlavními rizikovými faktory, a tím je kouření a konzumace alkoholu. Z publikovaných studií je zřejmé, že HPV-pozitivní nádory se vyskytují častěji u mladších pacientů a zároveň tito pacienti vykazují lepší prognózu a celkové přežívání. Z tohoto důvodu je zvažována modifikace léčby na základě etiologie nádorového onemocnění. Nicméně je důležité zajistit specifický, citlivý a klinicky významný biomarker pro přesné určení etiologie nádoru. Vhodným kandidátem pro takové biomarkery jsou miRNAs, jakožto malé nekódující regulační molekuly, které jsou stabilní i v archivních vzorcích, a jejichž rozdílná exprese byla detekována v řadě lidských nádorů a je specifická pro nádory různého původu. Předkládaná práce je zaměřena na miRNA profilování v HPV-pozitivních a HPV-negativních nádorech krčních mandlí a nádorech děložního hrdla s cílem najít rozdíly v regulaci důležitých karcerogenních drah nádorů virové a nevirové etiologie. Naše výsledky ukazují velkou heterogenitu v expresních profilech miRNAs u těchto nádorů. I přes využití velmi dobře charakterizovaného a jednotného souboru vzorků jsme detekovali malý překryv...
|
|
|
Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...
|
|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
|
Analýza miRNA u nádorů asociovaných s lidskými papilomaviry
Pagáčová, Lucie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Papilomaviry jsou malé DNA viry, které jsou spojovány s indukcí epiteliálních nádorů. HPV je známý jako infekční agens způsobující téměř 100 % nádorů cervixu, ale může být též původcem karcinomů v dalších místech anogenitálního traktu či nádorů hlavy a krku mužů i žen. Aktivní infekce HPV navozuje změny exprese miRNA, které mohou dále přispívat ke vzniku a progresi nádorů. Je již známo, že papilomaviry nekódují své vlastní virové miRNA, ale mohou ovlivňovat expresi buněčných miRNA. V této diplomové práci jsem u vybraných typů epiteliálních nádorů (vulvy, cervixu, anu a tonsil) určila jejich etiologii. Výskyt miRNA v tkáních jsem otestovala pomocí sekvenování nové generace. Ze získaných dat jsem určila expresní profily deregulovaných miRNA ve vztahu ke zdravé tkáni příslušné lokalizace. Ačkoli byl analyzován dostatečný počet vzorků, z důvodu nepřítomnosti statisticky relevantních diferenciálně exprimovaných miRNA ve vulvárních nádorech pozitivních na HPV, nebylo možné prokazatelně určit HPV-core miRNA společné pro všechny testované nádory vyvolané HPV. Mezi nádory ostatních lokalizací jsem nalezla překryv ve třech miRNA. Jedna z těchto miRNA (miR-139-5p) a dále miR-9-5p, které jsem určila na základě studia ostatních publikovaných dat, byly následně vybrané pro funkční testování in vitro. U HPV...
|
|
|
Problematika cytomegalovirové infekce u transplantovaných pacientů.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Harant, Karel (oponent)
Cytomegalovirus (HCMV ) je běžný lidský -herpesvirus, který vykazuje vysokou prevalenci v populaci. K přenosu dochází těsným kontaktem mezi osobami, u kterých způsobuje převážně asymptomatickou primární infekci, která poté přechází v latentní infekci. Problémy tento virus způsobuje během těhotenství, kde může způsobit potraty, defekty plodu a vrozené defekty novorozenců. Mnohem větším nebezpečím je infekce tímto virem u imunokompromitovaných pacientů převážně u pacientů s infekcí HIV a u transplantovaných pacientů. Tato práce je komplexním pojednáním o biologii HCMV se zaměřením především na rizika, která HCMV způsobuje u pacientů po orgánové transplantaci a transplantaci hematopoetických kmenových buněk, včetně přehledu metod používaných pro diagnostiku a monitorování HCMV infekce a možností prevence vzniku HCMV asociovaných onemocnění. Klíčová slova: Cytomegalovirus, transplantace hematopoetických kmenových buněk, orgánová transplantace, detekce, monitorování, polymerázová řetězová reakce, buněčná imunita, protilátková imunita
|
|
|
Metylace regulačních oblastí HPV 16 u tonsilárních karcinomů s integrovanou a extrachromozomální formou viru
Pokrývková, Barbora ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Hubáček, Petr (oponent)
Lidské papilomaviry jsou spojeny s indukcí karcinomu hrdla děložního a řadou dalších karcinomů v anogenitální oblasti a také s významnou částí nádorů hlavy a krku. Přítomnost virových onkoproteinů E6 a E7 může v buňce navodit trasnformovaný stav, jejich zvýšená hladina je způsobena inaktivací regulačního proteinu E2. Předmětem současného studia jsou mechanismy, kterými je inaktivace E2 způsobena. Jednou z možností je integrace virové DNA do genomu hostitele, ke které dochází v oblasti genu E2. Byly však nalezeny karcinomy, kde se virus nachází v extrachromozomální formě. Ukazuje se, že při vzniku tohoto typu nádorů mohou hrát roli epigenetické změny, zejména DNA metylace, či mutace v regulační oblasti viru. Byla provedena analýza stupně metylace u vzorků tonsilárních karcinomů s extrachromozomální a integrovanou formou viru, dále v obou skupinách porovnána virová nálož a potvrzena exprese E6 a E7 genu. Výsledky metylační analýzy ukazují zvýšenou metylaci viru s integrovanou DNA, avšak pro některé oblasti nejsou signifikantní. Mutace ve vazebných místech E2 proteinu jsme neodhalili. Exprese virových onkogenů byla potvrzena u všech nádorů bez ohledu na formu virového genomu. Mechanismus indukce nádorů, zejména pro virus s extrachromozomální formou viru, zůstává předmětem dalšího výzkumu. Klíčová...
|
|
| |
host ::
RSS.