|
|
Light and its effect on plant proteome
Luklová, Markéta
Světlo je jedním z hlavních enviromentálních faktorů, které ovlivňují řadu procesů významných pro rostlinný vývoj. Nejenže je zdrojem energie pro proces fotosyntézy, zároveň také poskytuje rostlinám informace o jejich okolí. Tato diplomová práce s názvem: „Světlo a jeho vliv na proteom rostlin“ shrnuje aktuální poznatky o percepci světelného záření rostlinami pomocí fotoreceptorů. Příjem těchto signálů vyvolá celou řadu změn, a to jak na úrovni molekulární signalizace, tak i celou řadu změn vývojových. Navzdory významu světla a pokrokům v studiu jeho signalizace nejsou komplexní molekulární mechanismy v rostlinách stále zcela objasněny. V této práci jsem se zaměřila na studium vlivů jednotlivých parametrů světla na rostlinný proteom, a to: vlivu diurnálních variací, vlivu nízké a vysoké intenzity světla, vlivu spektrálního složení světla a vlivu délky světelné periody. Pro studium změn byly použity dva modelové organismy: zástupce rostlinného modelového organismu s nejlépe anotovaných genomem a proteomem (i) Arabidopsis thalaina a zástupce modelového organismu významného pro zemědělství a biotechnologie (ii) Solanum lycopersicum. Pomocí LC-MS profilování bylo ve všech analýzách proteomu identifikováno přes 100 proteinů reagujích na světlo v Arabidopsis a přes 300 proteinů v rajčeti. Proteomická analýza poskytla detailní náhled na změny v množství proteinů v reakci na různé světelné podmínky. Vybrané experimenty byly doplněny o GC-MS profilování metabolomu, měření konduktivity a fluorescenční mikroskopii.
|
|
|
Rychlé metody analýzy migrantů z materiálů ve styku s potravinami
Vavrouš, Adam ; Čabala, Radomír (vedoucí práce) ; Jelínek, Ivan (oponent) ; Bajerová, Petra (oponent)
Materiály ve styku s potravinami představují zdravotní riziko díky široké paletě škodlivin, které se z nich mohou uvolňovat do potravin. Mezi tyto látky, migranty, patří aromatické uhlovodíky, dialkyl-ftaláty, bisfenoly, fotoiniciátory tiskařských barev a perfluoralkylové sloučeniny. Stanovení všech těchto látek může být nákladné a časově náročné, protože v současné době chybí univerzálně použitelné analytické přístupy. Tato práce se pokusila vyvinout metody pro současné stanovení migrantů ze všech zmíněných skupin v materiálech ve styku s potravinami na bázi papíru a v tučných potravinách. V papírových výrobcích bylo studováno celkem 68 potenciálních škodlivin pomocí kapalinové chromatografie a plynové chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí. Všechny analyty se podařilo izolovat současně použitím modifikované metody "QuEChERS". Ve validační studii tato metoda prokázala přijatelnou výtěžnost a opakovatelnost pro většinu analytů; LOQ se pohybovaly v rozmezí 1,3-220 µg/kg. Analýza 132 reálných papírových výrobků potvrdila výskyt téměř všech studovaných analytů, které byly mnohdy přítomny v komplexních směsích a v koncentracích až 628 mg/kg. Celkem 41 potenciálních škodlivin bylo sledováno v tučných potravinách pomocí kapalinové chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí. Hlavní úskalí...
|
|
|
Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Tauš, Petr (oponent) ; Mgr. David Potěšil, Ph.D (vedoucí práce)
Proteomika je věda, která se zabývá studiem struktur a funkcí proteinů. Proces zpracování proteomickýh dat obsahuje několik sekvenčních kroků, od transformace dat a jejich normalizace až po statistické vyhodnocení dat. Nedílnou součástí zpracování proteomických dat je i jejich vizualizace, která je klíčová např. v kontrole kvality vstupních dat i zhodnocení výstupů statistického vyhodnocení. Ve Výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala používají pro reprodukovatelné zpracování proteomických dat softwarový kontejner s aplikací KNIME. V rámci bakalářské práce byl proveden průzkum požadavků na vývoj nových komponent pro aplikaci KNIME. Z navržených komponent byl vybrán pro implementaci interaktivní Volcano plot. Pro implementaci byl použit programovací jazyk Python s knihovnou Dash. Vytvořenou aplikaci je možné spustit samostatně nebo jako komponentu v prostředí KNIME pro práci s daty v tomto prostředí. Interaktivní aplikace Volcano plot usnadňuje identifikaci a filtrování dat v grafu.
|
|
|
Využití technik hmotností spektrometrie v analýze přírodních látek
Vopelková, Alžběta ; Cahlíková, Lucie (vedoucí práce) ; Šafratová, Marcela (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické botaniky a ekologie Kandidát: Bc. Alžběta Vopelková Školitel: doc. Ing. Lucie Cahlíková, Ph.D. Název diplomové práce: Využití technik hmotnostní spektrometrie v analýze přírodních látek Tato diplomová práce se zabývá tématem "Využití technik hmotnostní spektrometrie v analýze přírodních látek". Cílem práce bylo vytvořit rešeršní práci a přiblížit profil alkaloidů u různých rodů čeledi Amaryllidaceae. V úvodu teoretické části je rozebrána plynová chromatografie (GC). Jsou zde klasifikovány alkaloidy podle svých heterocyklických částí a v neposlední řadě je popsána čeleď Amaryllidaceae. Práce vycházela z odborných textů českých i zahraničních autorů, které se zaměřovaly na analýzu alkaloidů v cibulích, nebo v nadzemních částech rostlin u této čeledi, pomocí plynové chromatografie s hmotnostní detekcí (GC-MS). Klíčová slova: hmotnostní spektrometrie, analýza, přírodní látky
|
|
|
Klinicky relevantní protein-proteinové interakce v procesu bakteriální patogeneze B. pertusis
Málek, Albert ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
Výskyt černého kašle v lidské populaci byl v průběhu 20. století díky vakcinaci silně potlačen. V posledních letech však začala inicidence černého kašle opět narůstat. Původcem této nemoci je patogenní gramnegativní bakterie Bordetella pertussis, která začíná být rezistentní vůči dosud používaným antibiotikům či vakcínám. B. pertussis napadá dýchací cesty člověka. Jedním z jejích virulentních faktorů je adenylátcyklázový toxin (ACT). Ten je sekretován z bakteriálních buněk do extracelulárního prostoru, váže se na plasmatickou membránu hostitelské buňky a translokuje do jejího cytosolu adenylátcyklázovou doménu (dAC). Tato enzymatická doména se aktivuje nekovalentní interakcí s eukaryotním kalmodulinem (CaM) a syntetizuje cAMP, jehož nadbytek má za následek apoptózu hostitelské buňky. Proteinovou interakci dAC s CaM jsme studovali pomocí metody PIXL (fotochemické zesítění, z angl. "Photo Induced Cross Linking") a hmotnostní spektrometrie (MS). Mutantní protein dAC, s inkoroporovaným foto-Methioninem (pM) na pozici Leucinu 240 (dACL240pM), jsme exprimovali v transformovaných buňkách E. coli B834 v minerálním médiu s pM. Exprimovaný protein jsme izolovali afinitní chromatografií a pomocí MS stanovili inkorporaci pM do primární struktury dAC na přibližně 50 % ve finálním preparátu. S izolovaným...
|
|
|
Noncanonical human eIF4Es in and out of the RNA granules
Frydrýšková, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Eukaryontní translační iniciační faktor eIF4E1 řídí iniciaci translace závislou na čepičce, vyskytuje se v P-tělíscích a je důležitý pro vznik stresových granulí (SG). V lidských buňkách jsou obsaženy také dva další nekanonické translační iniciační faktory, eIF4E2 a eIF4E3. Oba váží čepičku, ačkoliv slaběji než eIF4E1. V rámci této práce jsem se zabývala schopností jednotlivých členů z rodiny proteinů eIF4E a jejich variant lokalizovat do stresových granulí a P-tělísek za klidových podmínek a za podmínek tepelného a arsenitanového stresu. Za všech testovaných podmínek lokalizovaly proteiny eIF4E1 a eIF4E2 a všechny jejich testované varianty do P-tělísek na rozdíl od variant proteinu eIF4E3. Za obou stresových podmínek všechny varianty proteinu eIF4E1 a varianta eIF4E3-A lokalizovaly do SG, avšak schopnost jednotlivých proteinů lokalizovat do SG se lišila. Protein eIF4E2 lokalizoval ve zvýšené míře pouze do SG vyvolaných tepelným stresem. Při detailnějším studiu jsme ukázali, že za tepelného stresu vznikají dva typy SG ve vztahu k eIF4E proteinům. Přibližně 75 % SG indukovaných tepelným stresem obsahuje všechny tři eIF4E proteiny, zatímco ve 25 % z nich protein eIF4E2 chybí. Dále jsme ukázali, že protein velké ribosomální podjednotky L22 je specificky nabohacen v SG vyvolaných arsenitanovým stresem....
|
|
| |
|
|
Photodissociation studies of xanthene dyes, iron(III) azido complexes and hemithioindigo molecular switches in the gas phase
Navrátil, Rafael ; Roithová, Jana (vedoucí práce) ; Žabka, Ján (oponent) ; Volný, Michael (oponent)
Elektronová excitace vyvolaná absorpcí světla umožňuje řadu chemických, fyzikálních a biologických procesů a přeměn. Plná kontrola nad procesy zahrnující excitované molekuly vyžaduje důkladnou znalost elektronových UV/vis spekter a hy- perploch potenciální energie. Není překvapivé, že většina elektronových spekter je namě- řena v kondenzované fázi, ve které jsou molekuly rozpuštěny a ve které většina přeměn a procesů probíhá. Naopak znalosti o excitaci, přeměnách a procesech na úrovni izolovaných molekul jsou stále omezené, částečně protože odpovídající studie vyžadují nekonvenční experimentální přístupy a vybavení. Tato disertační práce popisuje expe- rimentální metody pro měření elektronových spekter izolovaných molekul v plynné fázi s pomocí iontové spektroskopie, která kombinuje metody hmotností spektrometrie a optické spektroskopie. Za použití těchto metod byly stanoveny a vyhodnoceny experi- mentální faktory, které ovlivňují elektronovou excitaci a tím pádem elektronová spektra nejrůznějších fluorescenčních xanthenových barviv, komplexů železa a molekulových přepínačů. Také byly studovány faktory, které ovlivňují fotochemické procesy, jakými jsou fotooxidace, fotoredukce a fotoizomerizace, s překvapivě odlišnými výsledky oproti studiím těchto procesů v kondenzované fázi. Všechny výsledky byly...
|
|
|
Metabolipidomic profiling of white adipose tissue by UPLC-MS/MS
Rombaldová, Martina
V současné době je obezita vážný problém [1,2]. Ačkoliv by se mohlo zdát, že jde pouze o vyšší příjem potravy oproti energetickému výdeji, jde o složitou metabolickou chorobu, která se váže na lipidový metabolismus v tukové tkáni a buněčnou signalizaci s ním spojenou [3]. Je velmi důležité porozumět biologii tukové tkáně, abychom mohli rozpoznat nové a potencionální terapeutické cíle, které by nám pomohly předcházet a léčit choroby spojené s obezitou [4]. V našem výzkumu jsme využili především analytickou techniku kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) ke studiu metabolismu tukové tkáně a rovněž jsme se zaměřili na vliv omega-3 polynenasycených mastných kyselin (PUFA) na tento metabolismus. Prováděli jsme pokusy na hlodavcích a buněčných liniích a analyzovali jsme bílou tukovou tkáň, vzorky séra/plasmy, buněk a mateřského mléka. Nejprve jsme zavedli několik metod ultraúčinné kapalinové chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí (UPLC-MS/MS) k analýze acylkarnitinů (AC), aminokyselin (AmA) a dalších metabolitů. Tyto metody nám umožnily rozdělit isobarické acylkarnitiny, ačkoliv to není obvykle možné. Použití těchto metod také odhalilo několik acylkarnitinů, t.j. AC s dlouhým řetězcem, karnitin, acylkarnitiny C4 a C6, C4DC stejně tak jako aminokyseliny tyrosin, alanin,...
|
|
|
Jaderné receptory v regulaci genové exprese, vývoje a metabolismu Caenorhabditis elegans.
Yilma, Petr ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
4 Abstrakt Genetické regulační mechanismy genové exprese podmiňují správný vývoj, funkci a odpověď na potřeby organismu ve vztahu k proměnlivým životním podmínkám. Jsou však relativně pomalé. Životní procesy vyžadující rychlou odpověď na změny prostředí a metabolismu jsou z velké části prováděny na úrovni proteinů, především jejich posttranslačních modifikací a protein-proteinových interakcí. Cílem experimetnální práce spojené s touto disertací bylo využití modelového systému Caenorhabditis elegans ke studiu regulace genové exprese transkripčními faktory ze skupiny jaderných receptorů. Modelový systém C. elegans nabízí velmi výkonné experimetnální přístupy především v oblasti genetiky, genomiky a funkční fenotypické analýzy. V práci spojené s touto disertací jsem studoval regulaci genové exprese za experimantálních podmínek z hlediska funkční proteomiky a zaměřil jsem se na využití separačních metod a metod pokročilé proteomiky, především hmotnostní spektrometrie. V první části práce jsem charakterizoval jaderný receptor NHR-60 na úrovni proteinu. Tento jaderný receptor je exprimován ve dvou proteinových formách o velikosti 50 kDa a 64 kDa, které jsou s různou intensitou detekovány v materiálu z kultur C. elegans a to přes to, že na úrovni mRNA je nhr-60 exprimován ve formě jediné mRNA odpovídající proteinu...
|
host ::
RSS.