|
|
Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Tauš, Petr (oponent) ; Mgr. David Potěšil, Ph.D (vedoucí práce)
Proteomika je věda, která se zabývá studiem struktur a funkcí proteinů. Proces zpracování proteomickýh dat obsahuje několik sekvenčních kroků, od transformace dat a jejich normalizace až po statistické vyhodnocení dat. Nedílnou součástí zpracování proteomických dat je i jejich vizualizace, která je klíčová např. v kontrole kvality vstupních dat i zhodnocení výstupů statistického vyhodnocení. Ve Výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala používají pro reprodukovatelné zpracování proteomických dat softwarový kontejner s aplikací KNIME. V rámci bakalářské práce byl proveden průzkum požadavků na vývoj nových komponent pro aplikaci KNIME. Z navržených komponent byl vybrán pro implementaci interaktivní Volcano plot. Pro implementaci byl použit programovací jazyk Python s knihovnou Dash. Vytvořenou aplikaci je možné spustit samostatně nebo jako komponentu v prostředí KNIME pro práci s daty v tomto prostředí. Interaktivní aplikace Volcano plot usnadňuje identifikaci a filtrování dat v grafu.
|
|
|
Terapeutické využití alternativních vazebných proteinů cílící nádorové biomarkery v klinickém testování onkologických pacientů
Tauš, Petr ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Lepšík, Martin (oponent)
Téměř až do konce minulého století byly protilátky (imunoglobuliny) považovány za jediné vazebné proteiny schopné specifické vazby. Objev hybridomové technologie v roce 1975 umožnil vytváření monoklonálních protilátek, které po dvaceti letech vstoupily do klinické praxe. V této době byly objeveny první neimunoglobulinové proteinové struktury vhodné pro vytvoření specifického vazebného místa. Do dnešní doby bylo popsáno mnoho odlišných struktur, ale pouze několik z nich je dále vyvíjeno jako diagnostika, terapeutika nebo jako nástroje ve výzkumu. Tyto struktury nejsou zatíženy nedostatky imunoglobulinů, jako je velikost, drahá výroba a obtížný racionální návrh, a proto mají potenciál nahradit a překonat současné využití protilátek. V této bakalářské práci jsou shrnuty veškeré struktury, které jsou ve vývoji a jsou popsány zástupci v klinickém testování v oblasti nádorových terapeutik v porovnání s některými schválenými imunoglobulinovými bioléčivy.
|
|
|
Experimental verification of in silico predicted protein binder to FOXO4 transcription factor and transcriptome analysis of bladder cancer
Tauš, Petr ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Tato diplomová práce je rozdělená na experimentální a bioinformatickou část, které jsou spolu provázány přes transkripční faktory z rodiny 'forkhead box O' (FOXO). FOXO mají klíčovou roli v mnoha buněčných procesech, jako například v regulaci buněčného cyklu, apoptózy a metabolismu. Dlouhou dobu byly považovány pouze za nádorové supresory, ale vzrůstající počet studií poukazuje i na jejich pronádorovou roli. Z tohoto důvodu jsou intenzivně studovány jako potenciální terapeutické cíle v nádorových onemocněních. In silico predikce protein-protein interakcí se v poslední dekádě těší vzrůstající oblibě jak v základním výzkumu, tak při vývoji nových léčiv. Nicméně výsledky v mnoha případech stále nejsou dostatečně přesné při srovnání s očekávanými vlastnostmi predikovaných biomolekul. V této práci jsem pomocí termoforézy v malém měřítku ověřil vazbu čtyř in silico predikovaných vazebných proteinů, založených na přirozeně se vyskytující PDZ doméně k transkripčnímu faktoru FOXO4. Neinvazivní nádory močového měchýře představují heterogenní onemocnění, u kterého se i přes veškeré snahy stále nedaří přesně predikovat agresivita daného nádoru. V bioinformatické části této práce jsem na základě transkriptomických dat z pacientských vzorků nádorů močového měchýře popsal složení nádorového mikroprostředí a určil...
|
|
|
Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Tauš, Petr (oponent) ; Mgr. David Potěšil, Ph.D (vedoucí práce)
Proteomika je věda, která se zabývá studiem struktur a funkcí proteinů. Proces zpracování proteomickýh dat obsahuje několik sekvenčních kroků, od transformace dat a jejich normalizace až po statistické vyhodnocení dat. Nedílnou součástí zpracování proteomických dat je i jejich vizualizace, která je klíčová např. v kontrole kvality vstupních dat i zhodnocení výstupů statistického vyhodnocení. Ve Výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala používají pro reprodukovatelné zpracování proteomických dat softwarový kontejner s aplikací KNIME. V rámci bakalářské práce byl proveden průzkum požadavků na vývoj nových komponent pro aplikaci KNIME. Z navržených komponent byl vybrán pro implementaci interaktivní Volcano plot. Pro implementaci byl použit programovací jazyk Python s knihovnou Dash. Vytvořenou aplikaci je možné spustit samostatně nebo jako komponentu v prostředí KNIME pro práci s daty v tomto prostředí. Interaktivní aplikace Volcano plot usnadňuje identifikaci a filtrování dat v grafu.
|
|
|
Experimental verification of in silico predicted protein binder to FOXO4 transcription factor and transcriptome analysis of bladder cancer
Tauš, Petr ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Tato diplomová práce je rozdělená na experimentální a bioinformatickou část, které jsou spolu provázány přes transkripční faktory z rodiny 'forkhead box O' (FOXO). FOXO mají klíčovou roli v mnoha buněčných procesech, jako například v regulaci buněčného cyklu, apoptózy a metabolismu. Dlouhou dobu byly považovány pouze za nádorové supresory, ale vzrůstající počet studií poukazuje i na jejich pronádorovou roli. Z tohoto důvodu jsou intenzivně studovány jako potenciální terapeutické cíle v nádorových onemocněních. In silico predikce protein-protein interakcí se v poslední dekádě těší vzrůstající oblibě jak v základním výzkumu, tak při vývoji nových léčiv. Nicméně výsledky v mnoha případech stále nejsou dostatečně přesné při srovnání s očekávanými vlastnostmi predikovaných biomolekul. V této práci jsem pomocí termoforézy v malém měřítku ověřil vazbu čtyř in silico predikovaných vazebných proteinů, založených na přirozeně se vyskytující PDZ doméně k transkripčnímu faktoru FOXO4. Neinvazivní nádory močového měchýře představují heterogenní onemocnění, u kterého se i přes veškeré snahy stále nedaří přesně predikovat agresivita daného nádoru. V bioinformatické části této práce jsem na základě transkriptomických dat z pacientských vzorků nádorů močového měchýře popsal složení nádorového mikroprostředí a určil...
|
|
|
Terapeutické využití alternativních vazebných proteinů cílící nádorové biomarkery v klinickém testování onkologických pacientů
Tauš, Petr ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Lepšík, Martin (oponent)
Téměř až do konce minulého století byly protilátky (imunoglobuliny) považovány za jediné vazebné proteiny schopné specifické vazby. Objev hybridomové technologie v roce 1975 umožnil vytváření monoklonálních protilátek, které po dvaceti letech vstoupily do klinické praxe. V této době byly objeveny první neimunoglobulinové proteinové struktury vhodné pro vytvoření specifického vazebného místa. Do dnešní doby bylo popsáno mnoho odlišných struktur, ale pouze několik z nich je dále vyvíjeno jako diagnostika, terapeutika nebo jako nástroje ve výzkumu. Tyto struktury nejsou zatíženy nedostatky imunoglobulinů, jako je velikost, drahá výroba a obtížný racionální návrh, a proto mají potenciál nahradit a překonat současné využití protilátek. V této bakalářské práci jsou shrnuty veškeré struktury, které jsou ve vývoji a jsou popsány zástupci v klinickém testování v oblasti nádorových terapeutik v porovnání s některými schválenými imunoglobulinovými bioléčivy.
|
host ::
RSS.