|
|
Studium proteinových interakcí podílejících se na acylaci α-hemolyzinu bakterie Escherichia coli
Nemčeková, Lucia ; Osičková, Adriana (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Uropatogenní bakterie Escherichia coli jsou primární příčinou infekcí močového traktu. Jedním z faktorů virulence těchto bakterií je α-hemolyzin (HlyA), který patří mezi cytolytické RTX (Repeats in ToXin) toxiny sekretované některými gramnegativními patogenními bakteriemi. RTX toxiny sdílí několik charakteristických strukturních a funkčních domén a segmentů: (1) N-koncovou hydrofobní doménu tvořící membránové póry, (2) acylovaný segment, v němž jsou dva lysinové zbytky modifikovány řetězci mastných kyselin, (3) repetitivní (RTX) doménu vázající vápenaté ionty a (4) C-koncový sekreční signál, který je rozpoznáván sekrečním systémem typu 1. HlyA je syntetizován jako neaktivní protoxin (proHlyA), k jehož aktivaci dochází kovalentní acylací ε-aminoskupiny dvou konzervovaných lysinových zbytků, K564 a K690, pomocí koexprimované acyltransferasy HlyC. Jako donor acylového řetězce slouží acyl-acyl carrier protein (acyl-ACP). Molekulární mechanismus, kterým acyltransferasa HlyC interaguje s acyl-ACP a proHlyA je prozatím jen málo prozkoumán. Cílem předkládané bakalářské práce bylo nalézt aminokyselinové zbytky účastnící se interakce mezi proteiny HlyC a ACP. Na základě in silico interakčního modelu HlyC s ACP byly v HlyC predikovány kladně nabité zbytky a v ACP negativně nabité zbytky, které by se mohly...
|
|
|
Podnikatelský záměr rozvoje firmy
Loupová, Hana ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Solař, Jan (vedoucí práce)
Diplomová práce na téma Podnikatelský záměr rozvoje firmy se zabývá analýzou současné situace firmy Stamal colour, s.r.o. Cílem práce je na základě zjištěných skutečností z těchto analýz zformulovat návrh přístupu ke zlepšení rozvoje společnosti, jež by měl vést ke stabilizaci a zlepšení pozice firmy na trhu.
|
|
|
Strukturní analýza intermediálních filament pomocí chemického zesítění
Dlabolová, Lada ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Proteiny intermediálních filament vytvářejí dynamickou síť cytoskeletálních vláken, která díky svým elastickým vlastnostem výrazně přispívá k odolnosti buněk a tkání vůči mechanickému namáhání. Významným proteinem z rodiny intermediálních filament je vimentin, exprimovaný především v buňkách mezenchymálního původu. Vimentin je spojován s velkým množstvím patofyziologických stavů a současné studie jej považují za klinicky perspektivní cíl pro diagnostiku, prognózu a léčbu širokého spektra chorob od rakoviny po infekční a zánětlivá onemocnění. Přestože z pohledu strukturní charakterizace patří vimentin mezi jeden z nejvíce prozkoumaných proteinů rodiny intermediálních filament, naše znalost je v současné době omezena na strukturu vimentinového tetrameru. V buňkách se vimentin samovolně sestavuje do vláken tvořených homo-oligomerními podjednotkami ULF v procesu, který zahrnuje několik kroků organizace podjednotek. Detailní strukturní charakterizace oligomerních podjednotek vznikajících v průběhu skládání vimentinových vláken je předpokladem k objasnění architektury zralých filament, která může výrazně přispět k pochopení a propojení mechanismů mnoha onemocnění souvisejících se změnami v expresi vimentinu. Tato práce se zaměřuje na strukturní analýzu ULF podjednotek vimentinu vznikajících asociací...
|
|
|
Struktura a interakce lidského regulačního proteinu 14-3-3 pomocí in vitro fotoafinitního značení s využitím proteinových nano-sond a hmotnostní spektrometrie
Mazurová, Martina ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Tato bakalářská práce je zaměřená na studium struktury a mechanismu lidského proteinu 14-3-3, který patří mezi významné regulační proteiny vyskytující se ve všech eukaryotických buňkách. V dnešní době je u savců známo 7 isoforem tohoto proteinu a přestože jejich krystalová struktura vykazuje vysokou podobnost, můžeme pozorovat několik změn. Cílem této práce je příprava experimentálního nástroje, který umožní ověřit, zda jsou tyto rozdíly v krystalové struktuře isoformy ζ přítomné i v roztocích proteinů a současně zda ovlivňují strukturně funkční mechanismus této isoformy. Optimalizace exprese rekombinantního proteinu 14-3-3zeta s inkorporovaným fotoaktivovatelným analogem leucinu v sekvenci proteinu byla provedena v limitním médiu s prokaryotním expresním systémem E. coli BL-21 DE3 Gold, nebo auxotrofním systémem E. coli K-12 bez funkční biosynthesy leucinu.
|
|
|
Functional analysis of insect fatty acyl-coenzyme A reductases and desaturases
Tupec, Michal ; Pichová, Iva (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Doležel, David (oponent)
Lipidy odvozené od mastných kyselin představují důležité biomolekuly. Kromě své hlavní role při stavbě buněk, ukládání energie a signalizaci, slouží celé řadě dalších funkcí, např. jako izolační či nesmáčivé povrchy, obranné látky a feromony. Na úpravách intermediátů vznikajících při biosyn- téze mastných kyselin se podílí celá řada enzymů, mezi něž se řadí např. i desaturázy, které syn- tetizují nenasycené mastné kyseliny, a reduktázy, jež syntetizují mastné alkoholy. Funkčně vysoce diverzifikované desaturázy a reduktázy z hmyzu, jakožto jedněch z nejhojněji zastoupených zvířat na světe, představují podstatný zdroj pro moderní biotechnologii buněčných továren. Tato práce shrnuje dostupné informace o reduktázách a desaturázách a popisuje výsledky, které jsme při jejich studiu získali. U čmeláků jsme identifikovali několik reduktázových transkriptů, jež jsou hojně zastoupeny v samčí feromonové žláze. Příslušné enzymy jsme následně funkčně charakterizovali v kvasinkách a odhadli jejich zapojení do biosyntézy mastných alkoholů v tkáni produkující značkovací feromon. Studované enzymy redukují širokou řadu substrátů, od krátkých mastných acylů (C14) až po velmi dlouhé (C26), od nasycených mastných acylů po polynenasycené. Dále jsme poukázali na to, že na expanzi a následném funkčním rozrůznění čmeláčích...
|
|
|
Vztah struktury a funkce toxinu RtxA bakterie Kingella kingae.
Růžičková, Eliška ; Osička, Radim (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Bakterie Kingella kingae je pediatricky významná, fakultativně patogenní bakterie. Asymptomaticky kolonizuje orofarynx malých dětí, u nichž je součástí běžné mikroflóry. Pokud však bakterie překročí bariéru respiračního epitelu a začne se šířit do tělních částí, může způsobovat závažná infekční onemocnění. Dnešní pokroky v diagnostických metodách přispěly k zařazení této bakterie mezi významné lidské patogeny a u pacientů dětského věku je K. kingae uváděna jako častá příčina osteoartikulárních infekcí, zejména osteomyelitidy a septické artritidy, bakteriémie a endokarditidy. Klíčovým faktorem virulence této bakterie je cytotoxin RtxA, který patří mezi RTX (Repeats in ToXin) toxiny. Tato rodina toxinů sdílí několik charakteristických rysů: (i) přítomnost N-koncové hydrofobní pórotvorné domény s predikovanými transmembránovými α-helixy, (ii) neaktivní protoxin je aktivován vazbou různých typů mastných kyselin na specifické zbytky lyzinu nacházející se v acylované doméně, (iii) přítomnost nonapeptidových opakujících se sekvencí bohatých na zbytky glycinu a aspartátu, důležitých pro vazbu vápenatých iontů, (iv) přítomnost C-koncového sekrečního signálu, který je rozpoznán sekrečním systémem typu I (T1SS), a (v) způsob sekrece pomocí T1SS. Předchozí studie ukazují, že cytotoxin RtxA proniká do membrán...
|
|
|
Struktura a funkce RTX toxinů gramnegativních baktérií
Zhuk, Karyna ; Osička, Radim (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
RTX toxiny (z angl. Repeats in ToXin) jsou produkovány gramnegativními baktériemi, z nichž většina náleží mezi významné lidské nebo živočišné patogeny. Polypeptidový řetězec každého RTX toxinu je složen ze čtyř konzervovaných oblastí. V N-koncové části se nachází hydrofobní doména, která je nezbytná pro zanoření toxinu do membrány hostitelské buňky a následnou tvorbu pórů. Za hydrofobní doménou se nachází acylovaný segment, na jehož konzervovaných lyzinových zbytcích dochází k acylaci toxinu a tím jeho aktivaci. V C-koncové části každého RTX toxinu je umístěna repetitivní doména, do které se vážou vápenaté ionty. C-konec toxinu tvoří sekreční signál rozpoznávaný sekrečním systémem typu I, který zajišťuje transport toxinu z cytosolu bakteriální buňky do vnějšího prostředí. Po sekreci RTX toxiny interagují s povrchem buněk prostřednictvím specifických β2 integrinů anebo glykosylovaných struktur jako jsou glykoproteiny a gangliosidy, popřípadě membránových složek jako jsou sfingomyeliny a cholesterol. Po navázání na buňku dochází k vložení monomerů RTX toxinu do membrány a jejich následné oligomerizaci za tvorby pórů. Neregulovaný tok iontů těmito póry pak může vést k narušení baktericidních funkcí myeloidních fagocytů, stimulaci nebo potlačení uvolňování prozánětlivých cytokinů, modulaci různých...
|
|
|
Proteomická a bioinformatická charakterizace N-terminálních sekvencí proteinů modifikovaných po importu do hydrogenosomu Trichomonas vaginalis.
Zákoucká, Eva ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Trichomonas vaginalis je lidským anaerobním patogenem způsobujícím trichomoniasu, jednu z nejrozšířenějších nevirových pohlavně přenosných nemocí. Toto onemocnění postihující muže i ženy je v současnosti běžně léčeno metronidazolem, avšak jsou známy případy, kdy vznikla rezistence vůči tomuto léčivu. Jelikož je Trichomas vaginalis eukaryotní organismus, je paleta cílů terapeutického zásahu proti tomuto patogenu bez ohrožení hostitele omezená. Během evoluce se Trichomas vaginalis přizpůsobila anaerobnímu prostředí vznikem alternativního anaerobního metabolismu, kdy se mitochondrie přeměnily na organely s výrazně omezenou enzmatickou výbavou. Jelikož je jedním z konečných produktů energetického metabolismu v těchto organelách molekulární vodík, nazývají se tyto organely hzdrogenosomy. Hydrogenosomy nemají vlastní genetickou informaci, všechny proteiny v nich přítomné jsou kódované v jádře, syntetizované na volných ribosomech v cytosolu a poté transportovány do hydrogenosomů pomocí N-koncových presekvencí. Peptidasa rozeznávající a odštěpující tyto presekvence, hydrogenosomální procesující peptidasa, je pro hydrogenosomy unikátní a představuje jeden z mála potencionálních terapeutických cílů pro léčbu trichomoniasy. Cílem této práce bylo určení substrátové specifity hydrogenosomální procesující...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.