|
|
Strukturní charakterizace interakce dvouvláknových DNA s transkripčním faktorem
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hubálek, Martin (oponent)
Transkripční faktory z rodiny proteinů TEAD jsou důležitou součástí mnohých eukaryotických regulačních procesů. Jsou součástí Hippo signální dráhy a podílí se na kontrole diferenciace buněk a apoptózy. Zájem o tyto proteiny též souvisí s jejich spojením s onkologickými onemocněními. DNA-vazebná doména TEAD transkripčních faktorů interaguje s M-CAT elementy dvouvláknové DNA, kterými jsou i sekvence dsDNA z exonu a enhanceru genu C-MYC, jejichž interakce s DNA-vazebnou doménou proteinů TEAD byla v této práci studována především iontovou mobilitou ve spojení s hmotnostní spektrometrií za použití nativní ionizace nanoelektrosprejem. Studiu proteinu TEAD1-DBD a jeho dsDNA komplexů předcházela produkce DNA-vazebné domény TEAD1 dle již optimalizovaného protokolu. TEAD1-DBD a jeho komplexy byly dále studovány pomocí kolizně indukované aktivace a zahřívání sprejovaného roztoku při použití nativní hmotnostní spektrometrie ve spojení s iontovou mobilitou. Při kolizní aktivaci bylo pozorováno kolizně indukované rozbalování proteinu i obou jeho komplexů s DNA. Při zahřívání sprejovaného roztoku bylo sledováno tavení dsDNA i komplexů a z naměřených hodnot byly určeny teploty tavení jednotlivých vzorků. Pomocí kalibrace iontové mobility s putující vlnou byly určeny kolizní průřezy jednotlivých molekul.
|
|
|
Studium využití derivatizačních reakcí pro ESI-MS analýzu obtížně ionizovatelných aryl chlorokomplexů rhenia
Vlk, Mikuláš ; Štícha, Martin (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Hmotnostní spektrometrie s ionizací elektrosprejem je metoda vhodná pro strukturní analýzu koordinačních sloučenin s výbornou citlivostí a selektivitou. Některé komplexní sloučeniny však nejsou pomocí měkkých ionizačních technik přímo ionizovatelné. Tato diplomová práce se zabývá zkoumáním derivatizační reakce obtížně ionizovatelných komplexů komplexy rhenia s 1,2-dihydroxybenzem a 2,3-dihydroxytoluenem a strukturní analýzou produktů. Struktura a fragmentační mechanismy připravených derivátů byly zkoumány pomocí kolizně indukované disociace (CID). Teorie funkcionálu hustoty (DFT) byla použita pro predikci štěpených vazeb při fragmentaci na základě prodloužení vazeb během ionizace a pro popis struktury připravených komplexů.
|
|
|
Kvantifikace prokalcitoninu v lidském séru pomocí afinitních nosičů a hmotnostní spektrometrie
Dvořák, Josef ; Pompach, Petr (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Sepse je celosvětově rozsáhlé akutní onemocnění vyvolané nepřiměřenou reakcí imunitního systému na přítomnost patogenu v těle pacienta. Rychlá a správná diagnostika sepse umožňuje lékařům nasadit vhodnou léčbu, na kreré závisí pacientův život. Jako její specifický ukazatel se v klinické diagnostice používá protein prokalcitonin (PCT). Koncentrace PCT v krevním oběhu se při sepsi zvýší až tisícinásobně během krátkého časového úseku. Míra závažnosti sepse koreluje se zvyšující se koncentrací PCT. Všechny metody detekce prokalcitoninu v klinických laboratořích vycházejí z měření interakce PCT s protilátkou. Koncentrace prokalcitoninu je následně stanovena metodou kalibrační křivky. U metod využívaných v klinické praxi může dojít k nespecifickým interakcím použité protilátky s biomolekulami přítomnými ve vzorku. Nespecifické interakce mohou zkreslovat laboratorní výsledky. Další nevýhodou je potřeba specializovaných přístrojů pro detekci prokalcitoninu. Díky svým vlastnostem by mohla hmotnostní spektrometrie představovat vhodnou alternativní nebo doplňkovou metodu při kvantifikaci PCT. Cílem této diplomové práce bylo in situ nabohacení PCT na povrchově upravených afinitních nosičích s imobilizovanou protilátkou, které jsou kompatibilní s hmotnostní spektrometrií s laserovou ionizací/desorpcí za...
|
|
|
The novel combinations of experimental approaches: mass spectrometry (MS) and photo-induced surface labelling, electron release (PIER), or cross-linking (PIXL)
Tuzhilkin, Roman ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Kavan, Daniel (oponent)
V živých organismech probíhá každým okamžikem nespočet dějů s účastí přenosu/transportu elektronu (ET). Proto jejich studium je důležitým cílem moderní strukturně-funkční proteomiky. Pro řadu experimentů byl a je používán modelový protein azurin z P. aeruginosa. Tento modrý protein obsahující centrální atom mědi má charakteristické absorpční maximum při 630 nm v redoxním stavu Cu(II). Během jeho oxidace na Cu(I) dochází k poklesu hodnoty absorbance při 630 nm (A630) a tak lze UV-Vis spektra použít pro sledování průběhu jeho ET reakcí. Naším cílem bylo vložit světlem aktivovatelný strukturní analog kanonické aminokyseliny Met - L-2-amino-5,5-azihexanovou kyselinu (foto-Met) - do sekvence azurinu a využít vzniklý proteinový produkt pro studium oligomerizace azurinu v roztoku pomocí techniky světlem iniciovaného síťování (PIXL). Použitím optimalizovaných protokolů pro rekombinantní expresi v E. coli B834 jsme vložili foto-Met do přirozeného azurinu a konstruktu Az2W, ve kterém jsou přítomny dva blízké Trp, u kterých byla potvrzena role při elektronovém přeskoku ("hopping") napříč protein-proteinovým rozhraním. Míra inkorporace foto-Met do sekvence proteinů byla určena pomocí MALDI-TOF MS po separaci proteinů na SDS-PAGE a štěpení proteasou v gelu. Pomocí metody PIXL byl studován vliv rostoucí celkové...
|
|
|
Využití radikálového značení proteinů pomocí Togniho činidel ve strukturní biologii
Fojtík, Lukáš ; Kukačka, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kolenko, Petr (oponent)
Metody strukturní proteomiky, mezi které se řadí iontová mobilita, chemické zesítění či kovalentní značení, lze zařadit mezi významné metody studia struktury biomolekul. Tyto metody v posledních dekádách významně přispěly k rozšíření našich znalostí o funkci, dynamice a molekulárních interakcích biomolekul a napomohly tak k pochopení důležitých biologických procesů v buňce. My jsme se rozhodli toto portfolio metod dále rozšířit, a to o přístup využívající fluoralkylové radikály generované Togniho činidly bez nutnosti použít laser. Jako modelové biomolekuly byly zvoleny proteinogenní aminokyseliny, proteiny ubiquitin, a apo- a holoformy myoglobinu. Radikály byly indukovány kyselinou askorbovou a terminovány nadbytkem tryptofanu. Analýza produktů radikálového značení byla prováděna hmotnostní spektrometrií s vysokým rozlišením. V případě "Top down" analýzy byly testovány fragmentační techniky ETD, ECD-CID a v případě "Bottom up" byly proteiny štěpeny trypsinem a separovány na koloně s obrácenou fází spojenou s hmotnostním spektrometrem. V případě značení aminokyselin byly označeny všechny aromatické aminokyseliny a cystein. Následné mapování přístupnosti proteinového povrchu k rozpouštědlu fluoralkylovým radikálům přineslo strukturní informace, které jsou ve shodě se známou prostorovou strukturou...
|
|
|
Studium sorpčních vlastností mikroplastů
Hlaváčková, Hana ; Kučerík, Jiří (oponent) ; Řezáčová, Veronika (vedoucí práce)
V současné době je snaha nahradit konvenční plasty biodegradabilními produkty, které budou mít schopnost zastoupit tyto látky. Jedním z případných, v současnosti detailně studovaným biologicky odbouratelným plastem, je i poly(3-hydroxybutyrát), který je produkován bakteriemi. Tato bakalářská práce se zabývá sorpcí vybraných látek na mikročástice poly(3-hydroxybutyrátu). Pro tuto práci byly vybrané látky, jejichž kontaminace vodních zdrojů představuje v dnešní době markantní problém. Konkrétně byly studovány sorpce nesteroidní protizánětlivé látky ibuprofenu, triazolového fungicidu tebuconazolu a nejrozšířenější drogy kofeinu na PHB částice, které velikostně spadají do skupiny mikroplastů. K analýzám byla využita metoda kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí.
|
|
|
Studium autenticity kávy různého geografického původu
Flegr, Šimon ; Pořízka, Jaromír (oponent) ; Diviš, Pavel (vedoucí práce)
Diplomová práce rozebírá problematiku autenticity kávy, s důrazem na autenticitu geografického původu a její aspekty. V teoretické části je rozebrán botanický původ kávy, technologie zpracování, chemický obsah hlavních komponent a jejich změny v průběhu pražení, dále jsou rozebírány světové produkční oblasti a specifika produkce kávy v jednotlivých regionech. Je nastíněna problematika kontroly kávy a jejího falšování s možnostmi odhalení. Je provedena geologická klasifikace půdních typů produkčních oblastí v 17 studovaných pěstitelských regionech. Experimentální část je zaměřena na analýzu prvkového složení vybraných stopových prvků, jako dodatečný faktor je přidán profil těkavých látek. Prvková analýza byla provedena pomocí hmotnostní spektrometrie a optické emisní spektrometrie, těkavé látky byly stanovovány pomocí plynové chromatografie kombinované s hmotnostně-spektrometrickým detektorem. Výsledná dat byla statisticky zpracovávána za účelem oddělení produkčních makroregionů, k čemuž byla využita kombinace naměřených dat a vytvořeno několik modelů.
|
|
|
Monitorování plazmochemického procesu s využitím hmotnostní spektrometrie
Ondra, Zdeněk ; Čáslavský, Josef (oponent) ; Čech, Vladimír (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá plazmochemickou depozicí z plynné fáze (PECVD) a použitím hmotnostní spektrometrie ke sledování procesů v plazmatu během depozice tenké vrstvy. Při procesu tvorby tenké vrstvy nanášené na křemíkovou podložku byl použit elektrický výboj hořící v parách tetravinylsilanu. Bylo charakterizováno pozadí spektrometru, plazmového reaktoru se zbytkovými plyny při základním vakuu a monitorován proces plazmové polymerace. Tento děj byl monitorován za zvyšujícího se efektivního výkonu (2-150 W). Získaná hmotnostní spektra byla interpretována a podrobně popsána. Produkty plazmatu, které vykazovaly největší změnu, byly poté charakterizovány při měření časového průběhu během depozice vrstvy.
|
|
|
Posttranslační modifikace proteinů a jejich role v klíčení rostlin
Berka, Miroslav
Posttranslační modifikace proteinů představují komplexní rozšíření diverzity proteomu a poskytují na transkripci nezávislou kontrolu buněčných procesů. Tato práce s názvem "Posttranslační modifikace proteinů a jejich role v klíčení rostlin" stručně pojednává o hlavních posttranslačních modifikacích, blíže rozebírá roli fosforylace proteinů v regulačních cestách rostlin a shrnuje obohacovací techniky využívané ve fosfoproteomice. Experimentální část popisuje vývoj a optimalizaci metod, které mohou být využity v monitorování posttranslačních modifikací v průběhu klíčení obilek ječmene (Hordeum vulgare L.), včetně frakcionace pletiv, ekvalizace proteomu a frakcionačních technik peptidů. Na závěr byly tyto metody použity při analýze účinku peroxidu vodíku na klíčení semen. Celkově bylo v jednotlivých frakcích identifikováno přes 1 400 proteinů. Kvantitativní profily byly stanoveny pro více než 880 proteinů (~60 %) a validované proteiny s rozdílně změněným množstvím by mohly objasnit potencionální mechanismus stimulačního účinku peroxidu vodíku. Peptidy, které by odpovídaly identifikovaným fosfoproteinům obilky, byly v tomto experimentu z velké většiny nezměřitelné a jejich kvantifikace by vyžadovala optimalizovanou cílenou analýzu.
|
|
|
Charakterizace rostlinného proteomu
Petrová, Silvie
Analýza listového proteomu přináší mnoho výzev a komplikací, včetně přítomnosti abundantních proteinů jako je RuBisCO. Teoretická část této práce představuje metody a frakcionační techniky využívané v proteomice. Experimentální část pak porovnává složení listového proteomu pěti rostlin, zahrnující tři představitele bylin (Arabidopsis thaliana, Solanum lycopersicum, Hordeum vulgare) a dva zástupce dřevin (Malus domestica a hybrid Populus). Dále je demonstrováno využití frakcionace (SCX a C18 za vysokého pH) a ukázán význam různých kombinací algoritmů pro identifikaci proteinů pomocí proteomické analýzy.
|
host ::
RSS.