|
|
Data analysis for quantitative MR relaxometry
Páralová, Hana ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
This work deals with the implementation of an algorithm for data analysis for quantitative magnetic resonance relaxometry. Magnetic resonance (MR) is a non-invasive imaging technique using the magnetic properties of atomic nuclei. The motivation for the use of relaxation parameters of tissue is scanner-independent diagnostics. The work describes the essential theoretical foundations of MR mechanisms and the contrast mechanisms. Using them, an algorithm in Python is designed for fitting the relaxation parameters of the sample. Fitting is done according to an exponential model functions for three different combinations of parameters - individual fitting of T1 or T2 relaxation time and simultaneous fitting of both times. A locally linearized model and Cramer-Rao lower bounds are used to calculate the standard deviation of the fitted parameters. The results of the work were successfully verified on a fixed rat brain relaxometry.
|
|
|
Paralelizace náročných úloh rekonstrukce v dynamické magnetické rezonanci
Bijotová, Kateřina ; Rajmic, Pavel (oponent) ; Mašek, Jan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá paralelizací náročných úloh rekonstrukce v dynamické magnetické rezonanci. Popisuje základní princip magnetické rezonance a její souvislost s Fourierovou transformací. Zabývá se rozdílem mezi statickou a dynamickou rekonstrukcí obrazu z magnetické rezonance. Rozebírá algoritmus SVD a jeho použití při rekonstrukci zobrazování magnetickou rezonancí. Uvádí princip a význam paralelních výpočtů při zobrazování magnetickou rezonancí a dále popisuje technologii CUDA. Dále práce obsahuje popis a vypracování implementace rekonstrukčního modelu v jazyce MATLAB a jazyce Java, jež byly optimalizovány knihovnou JCuda v případě Java implementace a funkcí gpuArray pro MATLAB implementaci.
|
|
| |
|
|
Paralelizace náročných úloh rekonstrukce v dynamické magnetické rezonanci
Bijotová, Kateřina ; Rajmic, Pavel (oponent) ; Mašek, Jan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá paralelizací náročných úloh rekonstrukce v dynamické magnetické rezonanci. Popisuje základní princip magnetické rezonance a její souvislost s Fourierovou transformací. Zabývá se rozdílem mezi statickou a dynamickou rekonstrukcí obrazu z magnetické rezonance. Rozebírá algoritmus SVD a jeho použití při rekonstrukci zobrazování magnetickou rezonancí. Uvádí princip a význam paralelních výpočtů při zobrazování magnetickou rezonancí a dále popisuje technologii CUDA. Dále práce obsahuje popis a vypracování implementace rekonstrukčního modelu v jazyce MATLAB a jazyce Java, jež byly optimalizovány knihovnou JCuda v případě Java implementace a funkcí gpuArray pro MATLAB implementaci.
|
|
|
Kompatibilita vybraných dentálních slitin s metodou vyšetření magnetickou rezonancí
Linetskiy, Igor ; Hubálková, Hana (vedoucí práce) ; Suchánek, Jakub (oponent) ; Dostálová, Taťjana (oponent)
Vyšetření magnetickou rezonancí (MR) je jednou z moderních a perspektivních metod medicínské vizualizace. Je ceněno pro absenci ionizujícího záření, neinvazivitu, získávání vysoce přesných zobrazení tvrdých a zejména měkkých tkání v libovolné rovině. Je metodou volby pro vyšetření centrální nervové soustavy. V poslední době se velmi často využívá v diagnostice onemocnění v maxilofaciální krajině. Hlavní slabinou MR je interakce magnetických polí s kovovými předměty přítomnými v těle člověka, její následkem může docházet k jejich ohřevu, pohybu a výskytu artefaktů MR obrazů. Vzhledem k tomu, že se v moderní stomatologii velmi často používají různé kovové konstrukce (fixní zubní náhrady, implantáty, dlahy, ortodontické aparáty aj.), otázka jejich kompatibility s MR prostředím je velmi aktuální. Cílem této práce bylo ověřit kompatibilitu dentálních slitin s prostředím MR, klasifikovat vybrané dentální slitiny dle stupně kompatibility s MR prostředím a stanovit rozsah jejich možného negativního vlivu na kvalitu MR vyšetření v oblasti hlavy a krku. Pro vyhledání dentálních kovů a slitin byl použit číselník VZP (Stomatologické výrobky), katalogy výrobců a distributorů dentálních slitin a nabídka zpracovávaných kovů a slitin v pražských zubních laboratořích. Jsou zde popsány metodiky stanovení magnetické...
|
|
|
Značení T buněk bimodální kontrastní látkou pro studium mrtvice in vivo
Krijt, Matyáš ; Poljaková, Jitka (vedoucí práce) ; Kříž, Jan (oponent)
Mrtvice je závažné mozkové poranění, které může mít za následek náhlou smrt nebo trvalé neurologické poškození. V současnosti je k dispozici jediná účinná léčba pomocí tkáňového aktivátoru plasminogenu. Jedním z nových potenciálních cílů léčby jsou T buňky. Ačkoliv mnohé studie přisuzují úlohou T buněk v patogenezi ischemické mozkové příhody, množství i časový průběh infiltrace všech podtypů T buněk do místa mozkové léze není zcela znám. Výzkum v této oblasti je limitován nedostatkem metod vhodných pro in vivo sledování buněk. Z tohoto důvodu bylo cílem této práce vytvořit metodu pro značení T buněk MRI kontrastní látkou za účelem sledování distribuce T buněk pomocí in vivo MRI u myší s indukovanou ischemií. T buňky byly izolovány z C57/BL6 myšího kmene ve dvoukrokovém izolačním protokolu pomocí gradientové centrifugace a magnetické separace s 97% výtěžkem. Izolované buňky byly značeny kontrastní látkou Molday ION Rhodamine B o koncentraci 100 μg Fe/mL. Úspěšnost značení po 17-ti hodinách inkubace byla vyšší než 99 %. Značené buňky byly kultivovány s CD3 a CD28 protilátkami. Viabilita značených T buněk byla 74 % v porovnání s 83 % viabilitou neznačených buněk. Označené T buňky byly zobrazeny pomocí fluorescenční mikroskopie a magnetické rezonance. Mrtvice u myší byla indukována okluzí střední...
|
|
|
Roztroušená skleróza - klinické a paraklinické markery pro sledování aktivity nemoci a faktory ovlivňující její průběh
Šťastná, Dominika ; Horáková, Dana (vedoucí práce) ; Libertínová, Jana (oponent) ; Taláb, Radomír (oponent)
Roztroušená skleróza (RS) je chronické neurologické onemocnění, které bez léčby vede u většiny pacientů v průběhu let až dekád k závažné invaliditě. Nemoc zatím neumíme vyléčit, máme ale stále více důkazů, že včasné zahájení protizánětlivé terapie a ovlivnění přidružených komorbidit má na její průběh zásadní vliv. K vyhodnocení faktorů ovlivňujících průběh RS a monitoraci terapeutických prostředků v reálné klinické praxi mají nezastupitelný přínos pacientské registry. Cílem této práce bylo v první řadě vyhodnotit na základě dat Českého celostátního registru pacientů s RS (ReMuS) trendy ve vedení terapie mezi lety 2013 a 2021. Následně práce reaguje prostřednictvím dat registru na nástup pandemie covidu-19 a věnuje se této problematice v kontextu RS. Podíl pacientů v ReMuS léčených vysoce účinnou chorobu modifikující terapií (HE-DMT) se zvýšil v letech 2013 až 2021 z 16,2 % na 37,1 % a podíl terapeuticky-naivních pacientů zahajujících HE-DMT z 2,1 % na 18,5 %. Co se infekce covid-19 týče, na základě dat 958 pacientů s RS a anamnézou covidu-19 jsme určili, že vyšší body mass index, vyšší věk, recentní léčba vysokými dávkami glukokortikoidů a anti-CD20 terapie jsou nezávislými proměnnými asociovanými s pneumonií. Dále jsme analyzovali 1661 očkovaných pacientů s RS bez anamnézy covidu-19 a 495...
|
|
|
Koregistrace difůzně vážených MR dat s vysokými b-hodnotami
Špaček, Vojtěch ; Říha, Pavel (oponent) ; Vojtíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá koregistrací difuzně vážených dat magnetické rezonance s vysokými b-hodnotami. Cílem je porovnat vybrané metody koregistrace na reálných datech a kvantifikovat kvalitu výstupu. V teoretické části je popsán princip difuzního zobrazování, vliv b-hodnoty na obraz a různé metody předzpracování dat se zaměřením na možnosti koregistrace obrazů s různým kontrastem. Dále jsou prezentovány dostupné softwarové nástroje a metody hodnocení kvality koregistrace. V praktické části je provedeno předzpracování difuzních dat, včetně koregistrace vybranými metodami, a analyzována kvalita pomocí statistických metod.
|
|
|
Kontrastní látky pro zobrazování pomocí 19F magnetické tomografie
Dobrovolná, Tereza ; Kotek, Jan (vedoucí práce) ; Vojtíšek, Pavel (oponent)
Komplexy iontů přechodných kovů s ligandy obsahujícími atomy fluoru představují zajímavou skupinu 19 F MRI kontrastních látek, které by mohly usnadnit diagnózu nejrůznějších onemocnění. Přítomnost paramagnetického iontu kovu v blízkosti jádra 19 F způsobuje zkrácení relaxačních časů a možnost v daném čase získat více NMR spekter, což vede k vyšší kvalitě zobrazení. Tato práce se zabývá syntézou fluorovaného makrocyklického ligandu H3NOTPtfe , přípravou jeho komplexů s ionty přechodných kovů, dále jejich charakterizací a studiem metodami vhodnými pro posouzení použitelnosti při 19 F MRI, tedy relaxometrickým NMR měřením a elektrochemií. Výzkum ukazuje, že zvolený koncept je nadějný pro 19 F MRI. Připravené komplexy jsou použitelné jako 19 F MRI kontrastní látky, některé dokonce i jako redoxně aktivní 19 F MRI "smart" kontrastní látky. Nejlepší vlastnosti byly pozorovány u komplexu [Co(NOTPtfe )]− . Klíčová slova: heteronukleární MRI, kontrastní látka, fluor, PRE efekt, spinová relaxace, zobrazování magnetickou rezonancí, paramagnetické komplexy
|
|
|
Analýza patologické tkáně mozku pomocí MRI
Širůčková, Kateřina ; Bartušek, Karel (oponent) ; Marcoň, Petr (vedoucí práce)
Díky vysokému rozlišení měkkých tkání je magnetická rezonance hojně využívaná při diagnostice a plánování terapií nejen v neurochirurgii. Předmětem zkoumání této práce jsou mozkové patologie – glioblastoma multiforme, metastatické nádory, lymfomy a abscesy, pořízené tomografem magnetické rezonance. V praxi se nejčastěji k diagnostice zmíněných patologií používají invazivní metody v podobě biopsie a následné histologie postižené tkáně. Tato práce se zabývá výzkumem neinvazivní metody pro diagnostikování nádorů. Metoda vychází z analýzy dat vymezených křivkami, které jsou v obrazech vážených aparentním difuzním koeficientem vedeny z oblasti tumoru přes peritumorální edém až do zdravé tkáně. Metoda analýzy křivek byla podrobena statistickému vyhodnocení a zároveň byly použity algoritmy umělé inteligence pro klasifikaci tumorů.
|
host ::
RSS.