|
|
Lidské tlusté střevo a variabilita jeho mikrobiálního osídlení z hlediska adaptací na různé podmínky prostředí
Peterová, Lucie ; Vančata, Václav (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na zkoumání lidského tlustého střeva a variabilitu jeho různými podmínkami prostředí. Lidské tlusté střevo je erý je osídlen rozmanitým společenstvem mikroorganismů, známých jako střevní mikrobiom. Střevní mikrobiom hraje klíčovou roli ve fyziologii hostitele, přičemž ovlivňuje trávení, imunitní systém i energetický metabolismus. Tato práce shrnuje současný stav poznatků z literatury týkajících se lidského tlustého střeva a jeho mikrobiálního osídlení se zaměřením na adaptaci střevní mikroflóry na různé podmínky prostředí jako je strava, užívání antibiotik či výskyt nemocí. Dále analyzuje vliv životního stylu ironmentálních faktorů na střevní mikrobiotu včetně účinků stresu, fyzické aktivity a čtenáři komplexní přehled o střevním mikrobiomu a zdůrazňuje ní střeva představuje fascinující fenomén, který si zaslouží důkladného studia a porozumění. Porozumění těmto procesům může přispět k vývoji nových strategií pro udržení a obnovu zdravé střevní prevenci a léčbě různých onemocnění spojených se střevem a celkovým zdravím hostitele KLÍČOVÁ SLOVA Tlusté střevo, mikrobiom, zdraví, imunita, choroby
|
|
|
Vliv střevního mikrobiomu na rozvoj NAFLD
Herbstová, Kateřina ; Horáková, Olga (vedoucí práce) ; Vodička, Martin (oponent)
Složení střevního mikrobiomu (tj. souboru mikroorganismů žijících ve střevech) se může výrazným způsobem podílet na celkové funkci hostitelského organismu, jeho zdravotním stavu a vzniku nemocí. Cílem bakalářské práce je popsat možné souvislosti střevního mikrobiomu a vzniku NAFLD (non-alcoholic fatty liver disease). NAFLD je onemocnění způsobené nadměrným ukládáním tuku do jaterních buněk, které není zapříčiněno nadměrnou konzumací alkoholu.
|
|
|
Metagenomická analýza vývoje střevního mikrobiomu dětí
Zourková, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Práce pojednává o vlivu metagenomu na vývoj dítěte a o důvodech přínosnosti zkoumání následků změn lidského střevního mikrobiomu. Následně je v práci nastíněna obecná problematika mikrobiomu a historie jeho studií. Také je zde popsáno složení lidského mikrobiomu střev a souvislosti s imunitním systémem nebo například produkcí hormonů. Rovněž práce obsahuje informace o vybraných metodách analýzy metagenomu, konkrétně mikroskopické metody využívající předchozí kultivaci, hmotnostní spektrometrie a metody sekvenační. Je zde popsán také postup analýzy dat pomocí dostupných bioinformatických nástrojů, kterými byla data vhodně předzpracována. Takto vyfiltrovaná data byla připravena pro navazující profilaci metagenomu, která je v práci podrobně popsána. Na závěr práce jsou vyhodnoceny výsledky profilace, na základě kterých jsou odhadnuty průběhy změn mikrobiomu během vývoje dítěte, což je hlavním cílem této bakalářské práce.
|
|
|
Vliv patogenních agens na vaginální mikrobiom
Procházková, Jana ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Smutná, Tamara (oponent)
Lidské tělo je hojně osídleno nejrůznějšími mikroorganismy. Tyto mikroorganismy tvoří ucelená společenství, které v kontaktu s konkrétními lidskými orgány vytváří tzv. mikrobiomy. Každý mikrobiom je unikátní ve svém složení. Studium mikrobiomů napomáhá nejen odhalit jejich složení, ale i pochopit komplexní interakce, které vznikají mezi mikroorganismy a člověkem. Metody analýzy mikrobiomů se stále zlepšují. Ke studiu mikrobiomů se v současnosti nejvíce používá sekvenování nové generace, které například napomáhá identifikovat jednotlivé zástupce, kteří se v mikrobiomech vyskytují. Je již známo, že bakterie rodu Lactobacillus u většiny žen tvoří dominantní složku zdravého vaginálního mikrobiomu. Zdravý vaginální mikrobiom má nezastupitelný význam v udržování homeostáze a správného fungování urogenitálního traktu žen. Hraje také důležitou roli v jeho ochraně před patogenními agens. Mezi tyto patogenní agens patří viry, bakterie, archea a eukaryota. V rámci této bakalářské práce je vybráno několik zástupců z domén Bacteria a Eukaryota, kteří primárně napadají urogenitální trakt žen. Dle statistických odhadů vyplývá, že Trichomonas vaginalis je celosvětově nejrozšířenějším patogenním agens urogenitálního traktu žen, a proto je studium obranyschopnosti vaginálního mikrobiomu vůči tomuto parazitovi velmi důležité....
|
|
|
Host-microbiota, pro-inflammatory immunity and physiological senescence in wild birds
Těšický, Martin
Mikrobiálními ligandy vyvolaný zánět je klíčový imunologický proces, který na jedné straně zajišťuje obranyschopnost proti infekčním onemocněním, ale jeho dysregulace může vést také k oxidačnímu poškození tkání. K tomu dochází např. během chronického zánětu, který může způsobovat tzv. inflammaeging, o němž se nyní uvažuje jako o možné příčině stárnutí. Ve své multidisciplinární disertaci jsem za využití evolučně-komparativních přístupů a ptáků jako modelové skupiny zkoumal tři vzájemně propojené aspekty zánětu: (1) evoluční a ekologické determinanty vnitro- a mezidruhové variability střevní mikrobioty (SM), které ovlivňují evoluci ptačí imunity, (2) genetickou diverzitu imunitních genů ovlivňující zánětlivou imunitní odpověď u ptáků a (3) stárnutí ve fyziologických znacích spojených s tzv. inflammagingem na modelu volně žijícího pěvce, sýkory koňadry (Parus major). (1) Pomocí sekvenování bakteriální 16S rRNA jsme zjistili značnou vnitro- i mezidruhovou diverzitu ve složení SM u pěvců a dominanci taxononů z kmenů Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteroidetes. V porovnání se savčí SM, které je do velké míry determinována fylogenezí hostitele a jeho stravou, naše výsledky u pěvců ukazují pouze na středně silný vliv fylogeneze hostitele a velmi slabý vliv ekologických faktorů (potrava a...
|
|
|
Mikrobiální diverzita mateřského mléka a její vliv na střevní mikrobiom kojenců
Novotná, Jana ; Vítová, Eva (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Mateřské mléko je považováno za nejdůležitější zdroj výživy pro kojence a novorozence díky svému obsahu všech potřebných živin a bioaktivních složek, které pozitivně ovlivňují imunitní systém dítěte. V teoretické části mé práce se pojednává o mikrobiálním složení mateřského mléka a jeho proměně v závislosti na fázích kojení a dalších faktorech. Experimentální část je zaměřena na identifikaci vybraných bakteriálních kmenů v mateřském mléce a stolici kojeného dítěte a dítěte krmeného umělou mléčnou stravou. Pro analýzu byly použity sbírkové kmeny bakterií patřící do rodů Bifidobacterium, Lactobacillus a Candida. DNA byla izolována pomocí fenolové extrakce, pomocí magnetických nosičů a komerčním kitem. Přítomnost bakteriální DNA byla prokázána analýzou qPCR s použitím rodově specifických primerů pro vybrané bakterie.
|
|
|
Nové trendy ve využití probiotik v kosmetických výrobcích a jejich charakterizaci
Dvořáková, Monika ; Němcová, Andrea (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Probiotické výrobky jsou ve formě různých mléčných výrobků součástí naší stravy od nepaměti. V posledních letech se dostávají do popředí i v dalších odvětvích průmyslu, a to jak v odvětví farmaceutickém, kde jsou často dostupné jako doplňky stravy, tak zejména v odvětví kosmetickém, kde se často přidávají do produktů pro intimní hygienu, anebo také do produktů pečujících o pokožku. První část práce se spočívá v teoretické rešerši v oblasti probiotik, mikrobiomu a dalšími možnostmi, jak se mohou probiotické organismy vyskytovat v kosmetických produktech. Další část je věnována způsobům kultivace a izolace bakteriální DNA z následujících výrobků: krémy Benton, Mechnikov, La Rosche-Posay a masky Benton a Neogen, a to v dostatečné kvalitě pro následnou amplifikaci pomocí PCR. DNA byla izolována pomocí magnetických nosičů, komerčním kitem a fenolovou extrakcí. Přítomnost bakteriální DNA byla prokázána analýzou q-PCR pomocí rodově specifických primerů u vybraných bakterií. Rodová identifikace byla v souladu s deklarovanými informacemi od výrobce. Dále byla provedena PCR analýza v kombinaci s barvivem propidium monoazid pro určení životaschopnosti buněk a HRM analýza.
|
|
|
Host-microbiota, pro-inflammatory immunity and physiological senescence in wild birds
Těšický, Martin ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Tschirren, Barbara (oponent) ; Štěpánek, Ondřej (oponent)
Mikrobiálními ligandy vyvolaný zánět je klíčový imunologický proces, který na jedné straně zajišťuje obranyschopnost proti infekčním onemocněním, ale jeho dysregulace může vést také k oxidačnímu poškození tkání. K tomu dochází např. během chronického zánětu, který může způsobovat tzv. inflammaeging, o němž se nyní uvažuje jako o možné příčině stárnutí. Ve své multidisciplinární disertaci jsem za využití evolučně-komparativních přístupů a ptáků jako modelové skupiny zkoumal tři vzájemně propojené aspekty zánětu: (1) evoluční a ekologické determinanty vnitro- a mezidruhové variability střevní mikrobioty (SM), které ovlivňují evoluci ptačí imunity, (2) genetickou diverzitu imunitních genů ovlivňující zánětlivou imunitní odpověď u ptáků a (3) stárnutí ve fyziologických znacích spojených s tzv. inflammagingem na modelu volně žijícího pěvce, sýkory koňadry (Parus major). (1) Pomocí sekvenování bakteriální 16S rRNA jsme zjistili značnou vnitro- i mezidruhovou diverzitu ve složení SM u pěvců a dominanci taxononů z kmenů Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteroidetes. V porovnání se savčí SM, které je do velké míry determinována fylogenezí hostitele a jeho stravou, naše výsledky u pěvců ukazují pouze na středně silný vliv fylogeneze hostitele a velmi slabý vliv ekologických faktorů (potrava a...
|
|
|
Integrated multi-omics analysis of chemical signaling in wild rodents
Matějková, Tereza ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
Bakterie žijící v symbióze se svým hostitelem v takzvaných mikrobiomech jsou jedním z hlavních pilířů evoluce živočichů, včetně evoluce jejich chemické komunikace. Fenotyp, genotyp a mikrobiom laboratorních živočichů chovaných po generace ve sterilních podmínkách se však od jejich divokých předků změnil, což vede k výrazným rozdílům mezi výsledky získanými z laboratorních organismů a z jejich divokých protějšků. Tato práce se zaměřuje na chemickou komunikaci u volně žijících hlodavců. Konkrétně zkoumá části těla, které se přímo podílí na chemické komunikaci (tj. ústa, pochva a střeva) a které jsou zároveň obývány mikrobiomy produkující chemické signály. Změny mikrobiomu, proteomu a metabolomu divokých myší jsou v této práci studovány pomocí sekvenování nové generace a nejmodernější proteomové a metabolomové chromatografie - hmotnostní spektrometrie. Práce analyzuje změny mikrobiomu v rámci přesunu divokých jedinců do zajetí, společného soužití divokých a laboratorních zvířat a také v kontextu hormonálních změn během estrálních cyklů. Dále tato práce diskutuje rozdíly a podobnosti v mikrobiomu, proteomu a metabolomu na úrovni různých druhů (Apodemus sp.), poddruhů (Mus musculus domesticus vs. musculus) a prostředí (přirozený vs. laboratorní původu). Výsledky ukazují, že mikrobiom zůstává během...
|
|
|
Mikrobiom dutiny ústní a karcinogeneze
Šimáčková, Šárka ; Šmahelová, Jana (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Mikroorganismy, které osidlují lidské tělo, přispívají ke správnému fungování lidského organismu a mají důležitou roli ve zdraví jedince. Složení těchto společenstev, mikrobiomů, je pro každého jedince specifické a změny v tomto složení mohou přispívat ke vzniku a vývoji onemocnění. Mezi taková patří například také indukce karcinogeneze a vznik nádorů. Tato práce se zabývá konkrétně nádory v oblasti hlavy a krku, jejichž známými rizikovými faktory jsou kouření, konzumace alkoholu a infekce lidskými papilomaviry. V závislosti na těchto faktorech je ovlivňováno i složení mikrobiomu dutiny ústní. Četné studie ukazují rozdíly mezi orálními mikrobiomy pacientů s nádory hlavy a krku a zdravými kontrolami. Klíčová slova: mikrobiom, dutina ústní, nádory hlavy a krku, papilomavirus
|
host ::
RSS.