|
|
Detection of positive selection in reproductive genes of songbirds
Cakl, Lukáš ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Těšický, Martin (oponent)
Předpokládá se, že geny ovlivňující reprodukci hrají důležitou roli jak v adaptivní evoluci, tak ve speciaci. U ptáků však zatím neexistuje mnoho informací o molekulární evoluci těchto genů. Tato práce se zabývá identifikací reprodukčních genů podléhajících pozitivní selekci v genomech pěvců a analýzou jejich funkcí. Ze 14 pub- likovaných genomů jsme nejdříve sestavili 12000 skupin ortologních genů a v 385 z nich existujícími metodami detekovali stopy dlouhodobé pozitivní selekce. Díky publikovaným proteomickým datům jsme celogenomový soubor genů mohli zúžit na geny exprimované ve spermiích a v tekutinách ze samičího pohlavního traktu. Ve spermiích pozitivní selekce působila na 22 z 940 exprimovaných genů, zatímco v samičích tekutínách jen na 6 z 529, což poukazuje na konzervativnější chování proteinů v samičích tekutinách. Následně jsme detekovali nadměrné zastoupení jednotlivých funkcí proteinů tak, jak jsou popsané v gene ontology. U spermií naše výsledky poukázaly na evoluční tlak působící zejména na je- jich cytoskelet, molekulární motory a energetický metabolismus, což naznačuje důležitost morfologie spermií a rychlosti jejich pohybu. Napříč celým genomem pak výsledky nejen potvrzovaly výsledky získané u spermií, ale též poukazovaly na pozitivní selekci procesů spjatých s mitózou a meiózou....
|
|
|
Host-microbiota, pro-inflammatory immunity and physiological senescence in wild birds
Těšický, Martin
Mikrobiálními ligandy vyvolaný zánět je klíčový imunologický proces, který na jedné straně zajišťuje obranyschopnost proti infekčním onemocněním, ale jeho dysregulace může vést také k oxidačnímu poškození tkání. K tomu dochází např. během chronického zánětu, který může způsobovat tzv. inflammaeging, o němž se nyní uvažuje jako o možné příčině stárnutí. Ve své multidisciplinární disertaci jsem za využití evolučně-komparativních přístupů a ptáků jako modelové skupiny zkoumal tři vzájemně propojené aspekty zánětu: (1) evoluční a ekologické determinanty vnitro- a mezidruhové variability střevní mikrobioty (SM), které ovlivňují evoluci ptačí imunity, (2) genetickou diverzitu imunitních genů ovlivňující zánětlivou imunitní odpověď u ptáků a (3) stárnutí ve fyziologických znacích spojených s tzv. inflammagingem na modelu volně žijícího pěvce, sýkory koňadry (Parus major). (1) Pomocí sekvenování bakteriální 16S rRNA jsme zjistili značnou vnitro- i mezidruhovou diverzitu ve složení SM u pěvců a dominanci taxononů z kmenů Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteroidetes. V porovnání se savčí SM, které je do velké míry determinována fylogenezí hostitele a jeho stravou, naše výsledky u pěvců ukazují pouze na středně silný vliv fylogeneze hostitele a velmi slabý vliv ekologických faktorů (potrava a...
|
|
|
Host-microbiota, pro-inflammatory immunity and physiological senescence in wild birds
Těšický, Martin ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Tschirren, Barbara (oponent) ; Štěpánek, Ondřej (oponent)
Mikrobiálními ligandy vyvolaný zánět je klíčový imunologický proces, který na jedné straně zajišťuje obranyschopnost proti infekčním onemocněním, ale jeho dysregulace může vést také k oxidačnímu poškození tkání. K tomu dochází např. během chronického zánětu, který může způsobovat tzv. inflammaeging, o němž se nyní uvažuje jako o možné příčině stárnutí. Ve své multidisciplinární disertaci jsem za využití evolučně-komparativních přístupů a ptáků jako modelové skupiny zkoumal tři vzájemně propojené aspekty zánětu: (1) evoluční a ekologické determinanty vnitro- a mezidruhové variability střevní mikrobioty (SM), které ovlivňují evoluci ptačí imunity, (2) genetickou diverzitu imunitních genů ovlivňující zánětlivou imunitní odpověď u ptáků a (3) stárnutí ve fyziologických znacích spojených s tzv. inflammagingem na modelu volně žijícího pěvce, sýkory koňadry (Parus major). (1) Pomocí sekvenování bakteriální 16S rRNA jsme zjistili značnou vnitro- i mezidruhovou diverzitu ve složení SM u pěvců a dominanci taxononů z kmenů Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteroidetes. V porovnání se savčí SM, které je do velké míry determinována fylogenezí hostitele a jeho stravou, naše výsledky u pěvců ukazují pouze na středně silný vliv fylogeneze hostitele a velmi slabý vliv ekologických faktorů (potrava a...
|
|
|
Trans-species polymorphism in selected innate immunity genes in tits (Paridae family)
Těšický, Martin ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Štefka, Jan (oponent)
Toll-like receptory jsou geneticky variabilní molekuly vrozené imunity obratlovců, které rozpoznávají tzv. struktury nebezpečí, např. struktury patogenů. Vyšetření genetické variability u TLRs může poodhalit obecné adaptace imunitního systému hostitelů proti tlaku parazitů na molekulární úrovni. Koncept mezidruhového polymorfismu (TSP) předpokládá, že několik identických alel či alelických linií je zděděno od společného předka druhů druhy dceřinými, u nichž následně mohou být dlouhodobě udržovány v polymorfním stavu. Zatímco u genů získané imunity je TSP dobře prostudován, naše znalosti o TSP v genech vrozené imunity, např. TLRs, u nichž bychom mohli TSP předpokládat, jsou nedostatečné. V této práci se proto zaměřuji na popis genetického polymorfismu ve funkčně významných oblastech TLR4 a TLR5 u 192 jedinců 20 druhů sýkor z čeledi sýkorovitých (Paridae). Tyto receptory vážou převážně bakteriální ligandy (TLR4 rozpoznává lipopolysacharid a TLR5 flagelin) a podílejí se tak na prvotní aktivaci imunity proti bakteriálním patogenům. Pro odlišení případného TSP od sdíleného polymorfismu způsobeného genovým tokem byly osekvenovány také introny šesti autosomálních neutrálních markerů. Ze získaných dat vyplývá TLRs jsou variabilní na vnitrodruhové a mezidruhové úrovni u sýkorovitých. Pozitivní selekce byla...
|
|
|
Mezidruhový polymorfismus imunitních genů u volně žijících zvířat
Těšický, Martin ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Matiašovic, Ján (oponent)
Mezidruhový polymorfismus (TSP) je popisován jako výskyt identických či podobných alel u příbuzných druhů. TSP nezahrnuje případy, kdy podobnost vznikla konvergencí, popisuje pouze situace, kdy byl sdílený polymorfismus dceřiných druhů zděděn od společného předka. Neutrální TSP je běžným jevem doprovázejícím speciaci a s narůstající dobou od divergence obvykle vymizí. Z hlediska evoluce imunitního systému a zajištění rezistence hostitele proti parazitům je mnohem důležitější tzv. balancovaný TSP. U funkčně významných lokusů imunitních genů může být dlouhodobě udržován desítky milionů let mechanismem balancující selekce. Tato práce shrnuje soudobé poznatky o TSP imunitních genů především u volně žijících živočichů. Zabývá se evolučními faktory ovlivňujícími šíři a dobu perzistence TSP, evolučními mechanismy zdánlivě připomínajícími TSP a obtížemi stanovení TSP. Většina studií zabývajících se TSP se soustřeďuje pouze na popis sekvencí vazebných míst klasických genů hlavního histokompatibilního komplexu (MHC I a MHC II). Naše znalosti o dalších imunitních genech, u nichž můžeme potenciálně předpokládat TSP, obzvláště u genů vrozené imunity, jsou pak naprosto nedostatečné. I u nejlépe prozkoumaných MHC chybějí rozsáhlé komparativní studie s dostatečným počtem jedinců na druh, které by se snažily...
|
host ::
RSS.