|
|
Morfologie obličeje nezletilých jedinců z pohledu forenzní antropologie: matematické modelování časových řad 3D faciálních modelů
Koudelová, Jana ; Velemínská, Jana (vedoucí práce) ; Macek, Milan (oponent) ; Macholán, Miloš (oponent)
Vysoký počet trestných činů zaregistrovaných na fotografiích či videozáznamech, případy pohřešovaných osob i dlouhodobě hledaných pachatelů, posouzení trestní odpovědnosti či naopak nutné právní ochrany nezletilých, to vše klade nároky na zpřesnění identifikací osob na základě vnější morfologie obličeje. Z hlediska forenzní praxe se jedná především o oblasti odhadu věku, predikce vzhledu dlouhodobě pohřešovaných osob či faciální rekonstrukce přibližné podoby obličeje na základě lebky. Všechny tyto metody vyžadují znalosti morfologických změn obličeje v průběhu růstu, dospívání i stárnutí, včetně informací o variabilitě a pohlavním dimorfismu. Tyto znalosti jsou, kromě zmíněných oblastí forenzních věd, cenné i z hlediska celé řady biomedicínských oborů, dále v oblasti psychosociálních věd či při studiu rozdílů mezi jednotlivými populacemi. Disertační práce byla zaměřena na růst a vývoj obličeje nedospělých jedinců a dále na analýzu vlivu senescenčních změn na morfologii obličeje v průběhu stárnutí. První část práce je založena na longitudinálním sledování vývojových změn obličeje dětí juvenilního věku, přesněji na období od mladšího školního věku až do adolescence (7 až 17 let). Cílem práce bylo sledovat morfologickou variabilitu obličeje, analyzovat vývoj pohlavního dimorfismu v období puberty,...
|
|
|
Integrated multi-omics analysis of chemical signaling in wild rodents
Matějková, Tereza ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
Bakterie žijící v symbióze se svým hostitelem v takzvaných mikrobiomech jsou jedním z hlavních pilířů evoluce živočichů, včetně evoluce jejich chemické komunikace. Fenotyp, genotyp a mikrobiom laboratorních živočichů chovaných po generace ve sterilních podmínkách se však od jejich divokých předků změnil, což vede k výrazným rozdílům mezi výsledky získanými z laboratorních organismů a z jejich divokých protějšků. Tato práce se zaměřuje na chemickou komunikaci u volně žijících hlodavců. Konkrétně zkoumá části těla, které se přímo podílí na chemické komunikaci (tj. ústa, pochva a střeva) a které jsou zároveň obývány mikrobiomy produkující chemické signály. Změny mikrobiomu, proteomu a metabolomu divokých myší jsou v této práci studovány pomocí sekvenování nové generace a nejmodernější proteomové a metabolomové chromatografie - hmotnostní spektrometrie. Práce analyzuje změny mikrobiomu v rámci přesunu divokých jedinců do zajetí, společného soužití divokých a laboratorních zvířat a také v kontextu hormonálních změn během estrálních cyklů. Dále tato práce diskutuje rozdíly a podobnosti v mikrobiomu, proteomu a metabolomu na úrovni různých druhů (Apodemus sp.), poddruhů (Mus musculus domesticus vs. musculus) a prostředí (přirozený vs. laboratorní původu). Výsledky ukazují, že mikrobiom zůstává během...
|
|
|
Population Structure and History of the Sahel From the Point of View of Alcohol Metabolism
Jurišová, Lívia ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Sahel je najsevernejšou časťou subsaharskej Afriky. Je obývaný komplexnou zmesou ľudí, ktorí sa líšia etnickým pozadím a príslušnosťou k jazykovým rodinám a životným štýlom. V oblasti sahelu sa štúdie najvýznamnejšiemu a najviac študovanému génu metabo- lizmu etanolu, ADH1B, venovali veľmi málo, najmä z dôvodu nízkeho výskytu variantu rs1229984-T, ktorý urýchľuje prvý krok metabolizmu alkoholu. Variant rs1229984-T vďaka svojmu mimoafrickému pôvodu však najmä vo východnej časti sahelu predsta- vuje vhodnú pomôcku pre štúdium populačnej histórie. Východný sahel totiž pred- stavuje miesto, kde sa od 7. st. n. l. usídľovali imigranti z Arábie a dochádzalo k ich miešaniu s africkými populáciami. Za účelom štúdia populačnej štruktúry a histórie z hľadiska metabolizmu alkoholu boli využité už známe genotypové dáta štrnástich sahelských populácií, pochádzajú- cich najmä z východnej časti regiónu. Z dôvodu absencie kritického lokusu rs1229984 v genotypizačnom čipe boli vzorky podrobené sekvenácii. Kombináciou dát z genotypi- začného čipu a sekvenácie bolo nakoniec analyzovaných 26 lokusov génu ADH1B a jeho blízkeho okolia, ktoré pochádzali z 318 vzoriek. Genotypové dáta bolo potrebné previesť do haplotypovej podoby pomocou fázova- cieho programu. Pre výber vhodnejšieho fázovacieho programu boli dáta...
|
|
|
Evoluce receptorů hořké chuti PTC v západní Africe
Holoubková, Tereza ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Tato diplomová práce má za cíl zjistit, zda je gen TAS2R38 v západní Africe pod vlivem selekce a zda se jeho diverzita nějak liší u populací různých subsistencí v této oblasti. Zároveň se zaměřuje na polymorfismy vyskytující se v tomto genu a na jejich asociaci s vnímáním hořké chuti PTC. Práce zpracovává 147 vzorků slin od tří populací Mauritánie s cílem nasekvenovat DNA pro exon genu TAS2R38. Celkem bylo v genu TAS2R38 pozorováno deset polymorfních míst, které podmiňují 16 haplotypů. U všech tří populací se vyskytovaly mutace na aminokyselinových pozicích 49, 262 a 296, v rámci kterých bylo pozorováno všech osm možných haplotypů. Z těchto haplotypů tvoří 94 % majoritní haplotypy PAV a AVI a haplotyp AAI, které byly jako jediné pozorovány u všech tří populací. Současně bylo ve zkoumaném souboru pozorováno celkem 14 genotypů, z nichž nejčastěji zastoupené byly právě ty vzniklé kombinací těchto tří haplotypů. Výsledky Kruskal-Wallisova testu rovněž ukazují, že genotypy genu TAS2R38 jsou u zkoumaných afrických populací silným prediktorem chutnačství PTC. Haplotyp PAV je spojen s chutnačstvím a AVI naopak s nechutnačstvím PTC. Zároveň bylo potvrzeno, že PAV je ancestrálním haplotypem, který je evolučně nejblíže k šimpanzímu genu TAS2R38, a s největší pravděpodobností přinášel v minulosti nějakou...
|
|
|
Rodičovské konflikty a speciace u myši domácí
Kropáčková, Lucie ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Hybridizace mezi blízce příbuznými druhy savců je často provázena abnormálním růstem placent a plodů. Z pohledu evoluční biologie jsou naše znalosti o podílu takových mezidruhových nekompatibilit na speciaci stále nedostatečné. Ve své diplomové práci jsem zjišťovala, zda abnormální růst placent či plodů přispívá k reprodukční izolaci dvou poddruhů myši domácí, Mus musculus musculus a M. m. domesticus, které jsou v ranné fázi speciace a v přírodě se stále kříží. S využitím dvou inbredních kmenů odvozených od M. m. musculus (PWD/Ph, STUS) a dvou inbredních kmenů odvozených od M. m. domesticus (C57BL6/J, SCHEST) jsme provedli čtyři různé vnitropoddruhové a čtyři různé mezipoddruhové křížení. Zjistili jsme, že velikost placenty u hybridů je více ovlivněna otcem, zatímco velikost plodu matkou. Po odstranění vlivu hmotnosti matky a otce jsme nezaznamenali signifikantní rozdíl ve velikosti placent ani plodů u vnitropoddruhových a mezipoddruhových křížení. Naše výsledky ukazují, že při hybridizaci mezi poddruhy myši domácí nevznikají abnormality v prenatálním vývoji, jak bylo pozorováno u hybridů mezi vzdálenějšími druhy myší. Je tedy možné, že prenatální abnormality vzniklé v důsledku rodičovských konfliktů jsou spíše následkem speciace než její příčinou. Nemůžeme však vyloučit, že abnormální růst placent...
|
|
|
Ko-evoluční aspekty genetické diverzity: mléčná produkce a laktázová persistence
Priehodová, Edita ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brůžek, Jaroslav (oponent) ; Macholán, Miloš (oponent)
Laktázovou persistencí (LP) nazýváme geneticky podmíněnou schopnost trávit laktózu (mléčný cukr) v dospělosti. Laktóza je štěpena enzymem tenkého střeva - laktázou, jehož produkce u savců po odstavení ustává. V případě LP je laktáza produkována po celý život, čímž je umožněno bez obtíží přijímat větší množství čerstvého mléka. LP je doložena jen u některých lidských populací. Celosvětově je její rozšíření nerovnoměrné, nejčastější je v severní Evropě a u pastevců aridních oblastí Afriky a Arábie. LP souvisí se vznikem zemědělství před 10 000 lety a počátky mléčné produkce. V určitých populacích nacházíme signál silné pozitivní selekce pro LP, zřejmě podmíněnou různými faktory v závislosti na různých životních podmínkách. LP způsobují jednobodové polymorfismy nacházející se zhruba 14 kb upstream od laktázového genu. Dnes je známo pět různých pro-LP variant, které vznikly a rozšířily se zcela nezávisle. Jedním z možných center vzniku LP je Arabský poloostrov, kde se poprvé objevila a rozšířila pro-LP varianta -13915*G. V této práci bylo studováno rozšíření pro-LP mutací u populací jižní Arábie a afrických Arabů. U všech analyzovaných souborů byl potvrzen výskyt -13915*G. V jižní Arábii pak u většiny souborů ve frekvenci vyšší než 50 %. U afrických Arabů patřících k pastevcům velbloudů byl zaznamenán...
|
|
|
Využití B2 inzercí pro populační genetiku myší
Kubešová, Lenka ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
1. Prolog Nejvíce zkoumaným savcem (s výjimkou člověka) je drobný živočich, všemi velice dobře známý a provázející člověka odnepaměti. Je to domácí myš. Narozdíl od obrovského množství poznatků o inbredních kmenech myší kupodivu doposud stále víme poměrně málo o jejich blízkých příbuzných - volně žijících domácích myších. Zvláště chybí data o genetické struktuře populací na vyšší škále (na úrovni celých kontinentů). Na této škále se v současné době pro studium populační genetiky využívá převážně mitochondriální DNA (mtDNA) díky svým unikátním vlastnostem (jednoduše izolovatelná, nerekombinující, až na vzácné vyjímky uniparetálně děděná a u obratlovců rychle se vyvíjející). Pro zjevné limitace mtDNA jako markeru (jedná se jen o maličký kus genomu navíc vypovídající jen o mateřském původu) a nejednoznačným výsledkům vyvstává potřeba nalézt pro studium populační genetiky myší vhodné markery z jiných částí genomu. Nejvhodnější možností se jeví být markery založené na SINE elementech. SINE (short interspersed elements) jsou úseky DNA, které se nacházejí v genomech obratlovců (běžně se vyskytující u savců, zejména primátů, hlodavců a kopytníků) ve vysokém počtu navzájem si podobných kopií rozmístěných na různých místech genomu. SINE elementy mají jako markery pro populační genetiku několik výhod. Jejich hlavními...
|
|
| |
|
| |
|
|
Speciation genomics in nightingales
Mořkovský, Libor ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Piálek, Lubomír (oponent)
Shrnutí Speciacejeobvyklepomalýproces,kdesečasměřívtisícíchažmilionechlet.Todělávýzkum speciaceobtížným,protože"celou"speciacinelzeanipozorovat,anisníexperimentálněma- nipulovat.Nejvíceinformacíospeciacinámposkytnepodrobnápopulačnístrukturaspolečně s rekonstruovanou populační historií vybraných populací, které považujeme za vznikající nebo nedávno vzniklé druhy. Díky nedávnému vzestupu nových sekvenačních metod lze nyní zjistit genotypy mnoha jedinců ve velkém rozlišení za přijatelnou cenu. Výzkum spe- ciace tím získává nové obzory. Speciace totiž není jeden konkrétní proces, který se pokaždé odehraje podle stejného scénáře, ale spíše symfonie různých událostí, jež vedou v konečném důsledku k (trvalé) reprodukční izolaci dvou subpopulací. Proto je k pochopení celého feno- ménudůležitézkoumatpříkladyurůznýchmodelovýchsystémů.Myjsmesizvolilidvadruhy slavíků(LuscinialusciniaaL.megarhynchos),kteréseoddělilypředzhruba1,8 milionemlet, pravděpodobnědíkyposunůmzaledněníběhemstřídánídobledových.Našímhlavnímcílem bylopomocínovýchsekvenačníchmetod(1)detekovatmezidruhovéhybridy,(2)odhadnout úroveň genového toku mezi druhy, (3) najít oblasti v genomu slavíka, které podmiňují reprodukční izolaci mezi druhy a konečně (4) prozkoumat roli chromosomu Z při speciaci....
|
host ::
RSS.