|
|
Regulace funkce proteinu STING během infekce myším polyomavirem
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Pimková Polidarová, Markéta (oponent)
Stimulator of interferon genes (STING) je adaptorovým proteinem signalisační dráhy vrozené imunity, účastnící se detekce dvouvláknové DNA (dsDNA) v cytoplasmě buňky, která ústí v expresi prozánětlivých genů včetně produkce interferonu I. typu. Během infekce dsDNA virem, myším polyomavirem (MPyV), sice dochází k aktivaci proteinu STING, ale výsledná produkce interferonu je pouze mírná. Lze tedy předpokládat, že v buňkách infikovaných MPyV je funkce proteinu STING regulována. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat tři mechanismy, kterými může k regulaci docházet, a to prostřednictvím proteinových interakčních partnerů, posttranslačních modifikací, nebo změny vnitrobuněčné lokalisace proteinu STING. Pro usnadnění výzkumu byla ustanovena linie myších fibroblastů stabilně exprimující proteinu STING fúzovanou s HA-kotvou. Dále byly připraveny dva plasmidy kódující protein STING fúzovaný se zeleným fluorescenčním proteinem, usnadňující sledování lokalisace proteinu v buňce, či s kompositní kotvou obsahující in vivo biotinylovanou značku BioEaseTM tag umožňující efektivní isolaci proteinu STING. Výsledky pozorování kolokalisace v buňce a koimunoprecipitace naznačují, že by protein STING mohl interagovat s virovým středním T antigenem. Byla nalezena i neočekávaná interakce s virovým velkým T antigenem....
|
|
|
Význam detekce volné cirkulující HPV DNA
Milt, Petr ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Lidské papilomaviry (HPV) jsou malé, neobalené DNA viry hojně se vyskytující v populaci. Přenáší se sexuálním nebo jiným blízkým kontaktem sliznic a kůže. Papilomaviry mohou vyvolávat vznik bradavic a lézí na kůži a sliznicích. Vysoce-rizikové typy HPV, především HPV 16 a 18, jsou navíc asociované s karcinomy dlaždicových buněk jako je karcinom děložního hrdla, orofaryngeální karcinom a karcinomy vulvy, anu, penisu a vaginy. Včasná detekce a správný odhad rizika rekurencí onemocnění jsou klíčové pro účinnou léčbu. Potenciál v nádorové diagnostice má volná cirkulující DNA, která se z buněk uvolňuje do tělních tekutin. Právě volná cirkulující HPV DNA v krvi pacientů s nádory asociovanými s HPV se v současnosti ukazuje jako slibný a velmi citlivý biomarker, vhodný především pro sledování účinnosti léčby a včasné odhalení rizika rekurence. Klíčová slova: HPV, karcinogeneze, cfDNA, cfHPV DNA, význam detekce, karcinom děložního hrdla, orofaryngeální karcinom
|
|
|
Mikrobiom dutiny ústní a karcinogeneze
Šimáčková, Šárka ; Šmahelová, Jana (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Mikroorganismy, které osidlují lidské tělo, přispívají ke správnému fungování lidského organismu a mají důležitou roli ve zdraví jedince. Složení těchto společenstev, mikrobiomů, je pro každého jedince specifické a změny v tomto složení mohou přispívat ke vzniku a vývoji onemocnění. Mezi taková patří například také indukce karcinogeneze a vznik nádorů. Tato práce se zabývá konkrétně nádory v oblasti hlavy a krku, jejichž známými rizikovými faktory jsou kouření, konzumace alkoholu a infekce lidskými papilomaviry. V závislosti na těchto faktorech je ovlivňováno i složení mikrobiomu dutiny ústní. Četné studie ukazují rozdíly mezi orálními mikrobiomy pacientů s nádory hlavy a krku a zdravými kontrolami. Klíčová slova: mikrobiom, dutina ústní, nádory hlavy a krku, papilomavirus
|
|
|
Analysis of serological cross-reactivity between antibodies against BK polyomavirus variants
Caisová, Helena ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
BK polyomavirus (BKPyV), který asymptomaticky infikuje zhruba 80 % lidské populace, se může reaktivovat u imunosuprimovaných pacientů po transplantaci ledviny a způsobit nefropatii. V evropské populaci kolují nejčastěji dva subtypy BKPyV, BKPyV-I a BKPyV- IV, které se chovají jako odlišné sérotypy. Ukazuje se, že recipienti, kteří přijímají ledvinu od dárce pozitivního na jiný BKPyV subtyp, mají větší riziko odmítnutí štěpu. Jen pomocí sérologického testu ELISA ale nelze rozhodnout, zda je pacient infikován subtypem BKPyV-I či BKPyV-IV, jelikož protilátková odpověď proti těmto dvěma subtypům je zkřížená. Tato práce si kladla za cíl identifikovat epitopy na hlavním antigenním proteinu VP1, které jsou zodpovědné za vazbu křížově reagujících a/nebo subtypově specifických protilátek. Identifi- kace takových epitopů by mohla dále vést ke zlepšení pretransplantační diagnostiky a lepšímu managementu pacientů po transplantaci. Proto byly připraveny dva typy antigenů složené z VP1 proteinu subtypu BKPyV-IV se zavedenými mutacemi charakteristickými pro BKPyV-I v DE a EF smyčce VP1, které byly otestovány pomocí kompetiční eseje na panelu lidských sér. Výsledky ukázaly, že oblast DE smyčky je imunogenní epitop, který váže specifické proti- látky pro subtyp I. Naopak mutace v EF smyčce porušily epitop, který je obecně...
|
|
|
Role "tunneling nanotubes" v životních cyklech virů
Lišková, Jitka ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Tunneling nanotubes jsou jedním z typů mezibuněčných spojů. Jedná se o tenké membránové výběžky tvořené především F-aktinem, které vytváří síťovitou strukturu mezi buňkami. S jejich pomocí dochází k transportu buněčných organel, iontů a proteinů mezi buňkami. Také se díky nim mohou rozšiřovat i vnitrobuněčné patogeny jako bakterie a především viry. Transport celých virionů anebo virových proteinů zprostředkovaný strukturami tunneling nanotubes byl popsán u obalených virů například z čeledí Retroviridae, Herpesviridae nebo Ortomyxoviridae. Viry z těchto čeledí využívají nanotrubice k šíření vlastního virového potomstva do neinfikovaných buněk zcela skrytě imunitnímu systému hostitele.
|
|
| |
|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
|
Úloha kaspázy 2 v indukci apoptózy nádorových buněk.
Schmiedlová, Martina ; Kovář, Jan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Kaspáza 2 v prámci buňky pravděpodobně plní několik funkcí. Kaspáza 2 má schopnost podílet se na indukci apoptózy, dále pak schopnost podílet se na reparaci poškozené DNA či regulaci buněčného cyklu. Kaspáza 2 má znaky iniciačních i exekučních kaspáz. Podnětem pro aktivaci kaspázy 2 bývá mimo jiné oxidační stres a poškození DNA buňky. Kaspáza 2 je aktivována štěpením při interakci s proteinovými komplexy. Jeden z proteinových komplexů tvoří prokaspáza 2 s proteiny RAIDD a PIDD, čímž vznikne PIDDozóm, v jehož rámci se prokaspáza 2 aktivuje. Aktivní kaspáza 2 existuje ve dvou formách a to v krátké S formě a dlouhé L formě. Dlouhá L forma působí proapoptoticky na rozdíl od S formy, která má antiapoptotické účinky. S forma kaspázy 2 byla zatím prokázána pouze na úrovni mRNA, nikoli na úrovni proteinu. Hlavní úloha L formy kaspázy 2 spočívá v indukci apoptózy u normálních i nádorových buněk. Kaspáza 2 se v nádorových buňkách aktivuje vnější i vnitřní drahou indukce apoptózy. Indukce apoptózy kaspázou 2 se např. studuje v souvislosti s terapií nádorů prsu taxany. Schopnost kaspázy 2 indukovat apoptózu u nádorových buněk i v nepřítomnosti proteinu p53 se využívá v terapii nádorů včetně překonání rezistence k indukci apoptózy, která je podmíněná ztrátou aktivity proteinu p53. Kaspáza 2 se účastní indukce apoptózy...
|
|
|
Studium stresu v endoplazmatickém retikulu
Červenka, Jakub ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Akumulace nesbalených nebo nesprávně sbalených proteinů v endoplazmatickém retikulu (ER) vede ke stresu v ER a k aktivaci buněčné odpovědi na nesbalené proteiny (UPR). Studie z posledních let ukazují, že stres v ER, respektive UPR, jsou spojeny s mnoha onemocněními, jako jsou například cukrovka, žloutenka typu C, prionová onemocnění, různé typy nádorů, Alzheimerova, Parkinsonova či Huntingtonova choroba, ale také s fyziologickými procesy, jako je diferenciace různých buněčných typů. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae při UPR dojde k oligomerizaci, transautofosforylaci a aktivaci proteinu Ire1, který vystřihuje intron z HAC1 mRNA. Sestřižená forma proteinu Hac1 je transkripční faktor, který spouští transkripci genů pro chaperony ER, proteiny ERAD, syntézy lipidů a další proteiny, jejímž cílem je obnovit homeostázi v ER. U savců je UPR komplexnější a kromě evolučně dobře konzervované Ire1 dependentní dráhy zahrnuje ještě dráhy závislé na proteinech Perk a Atf6, které u kvasinek nejsou. Přesto přinejmenším protein Perk je aktivován a regulován podobně jako Ire1 u S. cerevisiae. S ohledem na široké spektrum metod pro genetickou manipulaci, rychlý růst a dobrou anotaci genomu je kvasinka S. cerevisiae vhodná jako modelový organismus pro studium základních mechanismů UPR u savců.
|
|
|
Minoritní strukturní proteiny polyomavirů: Vlastnosti a interakce s buněčnými strukturami
Vinšová, Barbora ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
I když jsou polyomaviry intenzivně zkoumány více než 60 let, stále není dostatečně objasněna role minoritních strukturních proteinů VP2 a VP3 v některých důležitých krocích životního cyklu viru, a to zejména jejich úloha při dopravení virového genomu do jádra a také jejich zapojení v pozdní fázi životního cyklu viru. Tato diplomová práce je zaměřena na studium minoritních proteinů Myšího polyomaviru (MPyV) a lidského polyomaviru BK (BKV). V rámci této práce byly připraveny čtyři králičí polyklonální protilátky proti minoritním proteinům virů MPyV nebo BKV. Dvě připravené protilátky jsou namířeny proti minoritním proteinům MPyV (α-MPyV VP2/3) nebo BKV viru (α-BKV VP2/3) a další dvě připravené protilátky rozeznávají společnou C-koncovou sekvenci minoritních proteinů VP2 a VP3 MPyV (α-MPyV C-termVP2/3) nebo BKV viru (α-BKV C-termVP2/3). V druhé části práce jsme se zaměřili na studium toxicity minoritních proteinů polyomaviru BKV při jejich samostatné produkci v savčích buňkách. Získaná data naznačují, že v porovnání s minoritními proteiny VP2 a VP3 viru MPyV, nevykazují minoritní proteiny BKV viru tak vysokou míru cytotoxicity. Třetí část práce je věnována studiu interakcí minoritních proteinů polyomavirů BKV a MPyV s buněčnými proteiny a mezi sebou navzájem. Pomocí připravených protilátek byly...
|
host ::
RSS.