|
|
Mobilní aplikace pro psychodiagnostiku předškolních dětí
Guryča, Ondřej ; Smíšek, Radovan (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na možnost psychodiagnostiky předškolních dětí pomocí aplikace v chytrém telefonu. V práci je pojednáno o principu psychodiagnostiky a jejím rozdílném přístupu u dětské psychodiagnostiky, dále jsou zde uvedeny používané psychodiagnostické testy. V další části je představena realizace aplikace pro operační systém Android s vybranými testy. Nakonec je vysvětlen způsob vyhodnocení dat a doporučení používání aplikace.
|
|
|
Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí
Vadják, Šimon ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Diplomová práce poskytuje ucelený přehled resamplingových metod pro testování správnosti topologie fylogenetických stromů odhadujících průběh fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí. Důraz byl kladen také na možnosti vzniku nepřesností v tomto odhadu a na možnosti jejich odstranění a odhalení. Tyto metody byly realizovány v programovém prostředí Matlab pro Bootstrapping, Jackknifing, OTU jackknifing a PTP test (permutation tail probability). Práce si klade za cíl otestovat jejich použitelnost na různých biologických sekvencích a také posoudit vliv volby vstupních parametrů analýzy na výsledky těchto statistických testů.
|
|
|
Automatická úprava obrazů z 1D gelové elektroforézy
Kovář, Martin ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V této bakalářské práci jsou vysvětleny základní principy elektroforézy a jejích modalit se zaměřením na 1D gelovou elektroforézu. Popisuje analýzu elektroforeogramu a příčiny jeho zkreslení, a uvádí specifikace aplikací metody v mikrobiologii, genomice a proteomice. Praktická část prezentuje vývoj, optimalizaci a výstupy programu pro automatickou analýzu elektroforeogramů, vytvořeného v prostředí Matlab. Analýza zahrnuje detekci linií a proužků v obrazu a výpočet molekulárních hmotností vzorků. Závěr práce tvoří hodnocení účinnosti detekce a přesnosti výpočtu hmotností.
|
|
|
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí pozitivní a negativní selekce v mitochondriálním genomu bezobratlých a obratlovců. Součástí práce je zpracovaná teorie evoluce a evolučních modelů. Hlavním bodem práce je vytvoření souboru algoritmů pro detekci pozitivní a negativní selekce v programovém prostředí RStudio. Následně jsou výsledky porovnány s hodnotami získanými nástrojem PAML.
|
|
|
Vyhledávání exonů pomocí Fourierovy transformace
Rusina, Michal ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
V této bakalářské práci jsou popsány metody predikce exonů. První část práce je zaměřena na rozdíl mezi prokaryotickými a eukaryotickými organismy, popis struktury DNA a vysvětlení pojmů exon a intron. Druhý úsek teoretické části obsahuje čtyři metody predikce exonů a to dynamické programování, neuronové sítě, skryté Markovovy modely a diskrétní Fourierovu transformaci. V praktické části byl vytvořen program Predikce_exonu, který vyhledává exony v nukleotidových sekvencích a pracuje na principu Fourierovy transformace. Tento algoritmus spolu s třemi volně dostupnými programy byl testován na 25 sekvencích a úspěšnost jejich predikce byla popsána senzitivitou a specificitou.
|
|
|
Predikční modely pro analýzu přežití
Hadwigerová, Michaela ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Se stále se rozvíjejícími metodami léčby ve zdravotnictví se objevuje i potřeba tyto nové metody nějakým účinným způsobem porovnávat s metodami starými. Je to zejména důležité pro další rozvoj těchto metod. Avšak data, která tyto skutečnosti popisují, nebylo možno obvyklými postupy zpracovávat, a proto došlo v oblasti statistiky k vytvoření nového druhu metod. Jsou známy pod jednotným názvem predikční modely analýzy přežití.
|
|
|
Porovnání bakteriálních genomů získaných z druhé a třetí generace sekvenátorů.
Rumlerová, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá sekvenačními technologiemi se zaměřením především na druhou a třetí generaci sekvenátorů a platformy Illumina Miseq a Oxford Nanopore Technologies MinION. Je zde uveden popis sestavování genomů s praktickou ukázkou sestavení 6 genomů bakterie Klebsiella pneumoniae poskytnuté FN Brno a testování kvality těchto genomů. Závěrečná část obsahuje teoretický popis a praktickou implementaci vybraných metod pro porovnání sestavených genomů pocházejících z dvou odlišných sekvenačních platforem.
|
|
|
Bacterial Pan-Genome Analysis
Lorková, Ema Marta ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
This bachelor thesis deals with pan-genome analysis for bacterial populations. The first part specifies genome, pseudogenes, bacteria and its genome, and pan-genome including its components. Following part introduces four tools for pan-genome analysis. Testing of these tools against specific bacterial genome and their comparison is mentioned in practical part. Lastly, an algorithm is implemented for creating new pipeline, and a code and obtained results are described.
|
|
|
Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů
Kosíř, Kamil ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních 30 letech zaznamenala fylogenetika velký rozvoj. Počítače se staly silnější a lépe dostupné a spolu s více sofistikovanými algoritmy přichází snaha vědců zrekonstruovat z velkého množství fylogenetických dat kompletní strom života. Právě pro tyto účely vznikají fylogenetické superstromy, které umožňují kombinaci všech doposud získaných informací. Cílem této práce je nalezení a sestrojení metody konstrukce superstromu, která bude dávat přesné výsledky.
|
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Svozilová, Veronika ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je navržení algoritmu v prostředí MATLAB, který by umožňoval zpracování a vyhodnocení obrazu z 1D gelové elektroforézy. Jako první je popsána detekce vzorků vycházející z horizontální segmentace obrazu gelové elektroforézy, následuje detekce minimálních hodnot intenzity obrazu, dále vertikální segmentace a stanovení hranic vzorku v obraze. Závěrečná fáze zahrnuje testování metody na veřejně dostupných obrazech a zhodnocení výsledků.
|
host ::
RSS.