|
|
Lokalizace robota pomocí kamery
Heřman, Petr ; Španěl, Michal (oponent) ; Beran, Vítězslav (vedoucí práce)
Cílem této práce je návrh jednoduché lokalizační metody a její implementace pro robotický operační systém ROS. Tato metoda využívá monokulární kameru jako jediný senzor a odhaduje pozici v předem známé mapě. V rámci experimentů s prototypem jsou vyzkoušeny klíčové body typu SURF, SIFT a ORB.
|
|
|
Robot řízený mikroprocesorovou jednotkou PIC
Heřman, Petr ; Luža, Radim (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce popisuje návrh robota z cenově dostupného materiálu. Zahrnuje implementaci firmware vlastní jednotky nižšího řízení založené na mikrokontroléru PIC, která má na starost řízení motorů, získávání dat ze senzorů a komunikaci s jednotkou vyššího řízení. Dále se věnuje realizaci napojení na robotický operační systém ROS a jeho standardní struktury umožňující využítí existujících balíčků pro ovládání robota a zobrazování dat z jeho senzorů na jednotce vyššího řízení nebo na vzdáleném počítači. A nakonec popisuje experimenty s výsledným kompletem. Vyrobený prototyp je modelem robotické sekačky trávníku, ale celé řešení je univerzální včetně řídící a senzorové jednotky.
|
|
|
Cellular protein interactions studied by advanced fluorescence imaging methods
Belejová, Sára ; Heřman, Petr (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Táto diplomová práca sa venuje štúdiu dôležitého nádorového supresoru, p53, a jeho interakčného partnera, nukleofosminu (NPM) v živých bunkách. Proteíny sú skúmané pomocou fluorescenčných konfokálnych techník ako sú: mikroskopia zobrazovania doby života a zobrazovanie fluorescenčnej anizotropie. Práca je primárne zameraná na L344P mutant proteínu p53wt a jeho interakciu s NPM. V práci skúmame oligomerizačný stav proteínu p53-L344P in vivo, ktorý sa javí byť za fyziologických podmienok monomerický potvrdzujúc výsledky in vitro meraní iných štúdií. Ďalej ukazujeme, že proteíny p53wt a p53-L344P spolu tvoria v bunečnom jadre komplexy. Neskôr porovnávame interakciu proteínu NPMmutA s p53wt a p53-L344P. V našich zisteniach ukazujeme, že mutant L344P nie je pomocou NPMmut vyťahovaný z bunečného jadra do cytoplazmy ako je tomu v prípade p53wt. V práci tak�ež skúmame oligomerizačný stav proteínu p53wt, potom, čo bol vy�ahnutý do cytoplazmy. V diskusii navrhujeme ďalšie cesty skúmania interakcie týchto dvoch proteínov.
|
|
|
Tracking membrane permeabilization on single lipid vesicles - method development.
Gücklhorn, David ; Šachl, Radek (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Proteinové komplexy se obtížně studují, obzvlášť pokud vznikají jen v membránovém prostředí a na velmi krátkou dobu. Toto je problematické například v případě fibroblastového růstového faktoru 2 (FGF2), což je protein s mnoha fyziologickými i patologickými funkcemi v lidském organismu. Hraje zásadní roli v rozvoji různých nádorových onemocnění, protože braní apoptóze buněk pomocí autokrinní signalizace a také stimuluje angiogenezi. Zároveň je v současné době zkoumána možnost jeho uplatnění v léčbě zranění periferního nervstva. Přestože je důkladně zkoumán již řadu let, mechanismus jeho translokace do mezibuněčného prostoru, kde vykonává svou funkci, nebyl zcela objasněn. Pro studium komplexních systému, jako jsou membránové póry tvořené FGF2, jsme vyvinuli jednoduchou a efektivní metodu fluorescenční mikroskopie. Tato metoda se jmenuje dvojitá permeabilizační esej jednotlivých vezikulů (DLSGA). Využívá lipidové vezikuly (GUVs) pro simulaci buněčné membrány. V jediném experimentu je možné sledovat až 300 jednotlivých vezikulů a tvorbu pórů v jejich membráně. Během třech měření za různých podmínek získáváme detailní informaci o dynamice otevírání pórů na každém vezikulu. Na základě těchto měření je možné jednotlivé vezikuly rozdělit do šesti skupin podle toho, jestli se na nich tvořili póry a jak...
|
|
|
Properties and interactions of nucleoproteins studied by advanced lifetime-based imaging methods
Vacková, Anežka ; Heřman, Petr (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Hlavním cílem této práce bylo zavedení a testování nové zobrazovací metody pro výzkum protein-protein interakcí v naší laboratoři a rozšíření již zavedené metody heteroFRET (Försterův rezonanční přenos energie) používané s fluorescenčním zobrazováním doby života (FLIM). Prováděli jsme homoFRET experimenty jak metodou zobrazování ani- zotropie v ustáleném stavu, tak metodou časově rozlišeného anizotropního zobrazování. Přítomnost homoFRETu mezi fluorofory byla provedena částečným vybělením fluoro- forů a "red edge" metodou. Porovnali jsme jednotlivé metody, zejména jejich citlivost, experimentální náročnost, komplexnost a informační hodnotu. Efektivně jsme použili zobrazování v ustáleném stavu a časově rozlišené anizotropie u šesti vybraných proteinů; obě metody se pro detekci interakcí proteinů prokázaly srovnatelně účinné a spolehlivé jako heteroFRET-FLIM. Metoda "red edge" se jeví jako problematická kvůli příspěvku pozadí, které nebylo možné potlačit pomocí současného experimentálního uspořádání a vybavení laboratoře. Jak časově rozlišené anizotropní zobrazování, tak zobrazování anizotropie v ustáleném stavu bylo validováno na již popsaných oligomerizujících variantách nukleofosminu (NPMwt a NPMmut) a neinteragující mutantní formě NPMcut. Dále jsme zkoumali nukleolin (NCL) a volné fluorescenční značky...
|
|
| |
|
|
Fluorescence Spectroscopy: Advanced methods and their defined applications in protein science
Pospíšil, Petr ; Hof, Martin (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent) ; Polívka, Tomáš (oponent)
Pro správnou funkci biomolekul je zásadní jejich hydratace a dynamika. V této disertační práci bylo vyvinuto a aplikováno několik různých fluorescenčních technik pro zkoumání vlastností a jejich změn během vzájemných interakcí biomolekul. Jako první byla použita solvatační relaxační technika založená na časově-rozlišeném fluorescenčním posunu ke studiu interakcí DNA s proteiny a lipidy pomocí nově syntetizovaného fluorenového fluoroforu kovalentně navázaného na DNA. Druhá studie pomocí Badanu navázaného na klíčový cystein-proline- cystein motiv zkoumá ATPázu transportující měděné ionty, pro jejíž funkci se ukázalo být důležité vytváření různých stupňů hydratace. Další studie, která se detailně zabývá zhášením Badanu a Prodanu, odhalila limity časově-rozlišeného fluorescenčního posunu, což je podstatné pro další aplikace této metody. Čtvrtá studie se pomocí fluorescenční up-konverzní metody zabývá efektem "těžkých atomů" na relaxaci excitovaného stavu metalovaných corrolů, které se jeví jako velmi slibné fluorofory v biologické zobrazování. Výsledky této studie pomohou v dalším ladění požadovaných optických vlastností corrolů, vyvíjených pro nejrůznější aplikace. Jako poslední byla využita fluorescenční korelační spektroskopie pro studium kooperačních efektů dvou antimikrobiálních peptidů, PGLa a...
|
|
| |
|
|
Historie Sokola v Lysé nad Labem
Herman, Petr ; Kašpar, Ladislav (vedoucí práce) ; Zachariášová, Jana (oponent)
Sokolská organizace má za sebou bohatou minulost a je navždy zapsána do historie tohoto státu. Z jejích řad vyšlo mnoho obránců naší republiky, ať už jako legionáři nebo bojovníci za svobodu na bojištích druhé světové války. Sokol z nich vychoval lidi s vynikající morálkou i fyzickou kondicí. Lyský Sokol vznikl jen pár let po "průkopnickém" Sokole v Praze a hned byl velký zájem o členství v jednotě. Bohužel tragickou nehodou ve městě, která vyvolala krizi, byla činnost jednoty záhy na 2 desetiletí neúmyslně pozastavena. Naštěstí obyvatelé nezapomněli a Sokol znovu ožil a dále sílil. Tentokrát organizaci do cesty vstoupila válka, a tak činnost ochabla. Po válce se vzchopil a zažíval svá nej lepší léta. S druhou světovou válkou byla činnost Sokola opět zastavena a tentokrát ani po skončení neměl příliš prostoru k rozletu, komunistická diktatura ho též shledala nepřípustným. Přesto se Sokolové nevzdali a přes mnoho nepravostí působil v ilegalitě. Revoluční rok 1989 mu opět otevřel brány. Tak jak byl Sokol v rozkvětu za první republiky, si však dnes můžeme nechat zdát, ačkoliv dle mého názoru jsou jeho myšlenky stále aktuální. Bohužel dnešní společnost, jak se zdá, upřednostňuje zřejmě jiné cíle a hodnoty.
|
|
|
Deconvolution fluorescence microscopy of yeast cells
Štec, Tomáš ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Název práce: Využití dekonvoluce v digitální fluorescenční mikroskopii kvasinek Autor: Tomáš Štec Katedra/ústav: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: prof. RNDr. Jarmoír Plášek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Fluorescenční mikroskopie představuje rychlou a levnou alternativu k po- kročilejším metodám zobrazování jako jsou konfokální a elektronová mikroskopie. Snímaný obraz je však zatížen velkou mírou zkreslení. Pomocí počítačového zpraco- vání obrazu - dekonvoluce, lze do značné míry eliminovat zkreslení obrazu, čím se umožní rekonstrukce třírozměrné podoby snímaných objektů. V této práci je pod- robně prozkoumána dekonvoluční procedura programu NIS Elements AR, která je následně aplikována na rekonstrukci třírozměrné podoby kvasinek Saccharomyces cerevisiae barvených calcofluorem, s cílem charakterizovat změny vzhledu bunkové stěny v průběhu stárnutí. S rostoucím věkem kvasinky se na povrchu objevují ne- rovnosti, ke konci života dochází i k praskání bunkové stěny. Klíčová slova: fluorescence, mikroskopie, dekonvoluce, NIS Elements AR, calcof- luor, kvasinky, bunková stěna, stárnutí
|
host ::
RSS.