|
|
Advanced fluorescence techniques applied on biomolecules (lipid membranes and DNA)
Beranová, Lenka ; Hof, Martin (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent) ; Večeř, Jaroslav (oponent)
Tato práce popisuje dvě pokročilé fluorescenční metody: metodu zkoumající časový vývoj Stokesova posunu fluorescenčního spektra (TDFS) a fluorescenční korelační spektroskopii (FCS) včetně jejích speciálních obměn - časově rozlišené FCS, Z-scan FCS a dvojohniskové FCS. Metody byly aplikovány ve výzkumu DNA a lipidových membrán. Přispěli jsme k objasnění mechanismu kondenzace molekul DNA menších, než je rozlišovací schopnost konfokálního mikroskopu. Kondenzace polykationem sperminem je zřejmě proces diskrétní ("all or non"), při použití kladně nabitého surfaktantu kondenzace probíhá naopak postupně. Dále jsme zkoumali biofyzikální vlastnosti fosfolipidové membrány ovlivněné přítomností oxidovaných lipidů se zkráceným sn-2 řetězcem. Jejich vlivem v membráně vzrostla pohyblivost a hydratace v oblasti lipidových hlaviček. Tento efekt je ve shodě s molekulovými simulacemi, které ukázaly reorientaci krátkých sn-2 řetězců oxidovaných lipidů. Přítomnost oxidovaných molekul může také ovlivňovat difuzi lipidů v membráně, pozorovali jsme mírně zvýšený difuzní koeficient. Zkoumali jsme také vliv těžké vody na fosfolipidovou membránu. Přítomnost D2O způsobuje snížení pohyblivost a hydratace oblasti lipidových hlaviček, což je v souladu se simulacemi, které ukazují zvýšení dob života vodíkových vazeb mezi molekulami vody...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Modelování komplexních křivek dohasínání anizotropie tryptofanové fluorescence proteinů
Pultarová, Martina ; Večeř, Jaroslav (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Tato práce se zabývá simulací křivek dohasínání anizotropie tryptofanové fluorescence modelového systému proteinů, v němž protein P1 s jedním tryptofanem interaguje s regulačním proteinem P2 bez tryptofanu za vzniku komplexu P1P2 při současné změně doby života tryptofanové fluorescence komplexu. Za takových podmínek vykazuje heterogenní směs proteinů P1 a P1P2 v roztoku neexponenciální dohasínání anizotropie fluorescence, jak plyne z rovnic uvedených v práci. Analytické simulace takových křivek jak bez šumu, tak i s Poissonovým šumem představují hlavní výsledky této práce. Výsledky výpočtů potvrzují, že analýza křivek heterogenních systémů se šumem pomocí počítačových programů odvozených pro homogenní systémy poskytuje správné doby života fluorescence, nevede však ke správným parametrům anizotropie fluorescence. Důležitým výsledkem této práce jsou také simulace křivek dohasínání anizotropie fluorescence proteinu P1 nebo komplexu P1P2. Přes vysoké intenzity nasimulovaných dat jsou v důsledku krátké doby života fluorescence tryptofanu výsledné křivky dohasínání anizotropie silně zašuměné a dají se použít jen v relativně krátkém časovém intervalu.
|
|
|
Advanced fluorescence techniques applied on biomolecules (lipid membranes and DNA)
Beranová, Lenka ; Hof, Martin (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent) ; Večeř, Jaroslav (oponent)
Tato práce popisuje dvě pokročilé fluorescenční metody: metodu zkoumající časový vývoj Stokesova posunu fluorescenčního spektra (TDFS) a fluorescenční korelační spektroskopii (FCS) včetně jejích speciálních obměn - časově rozlišené FCS, Z-scan FCS a dvojohniskové FCS. Metody byly aplikovány ve výzkumu DNA a lipidových membrán. Přispěli jsme k objasnění mechanismu kondenzace molekul DNA menších, než je rozlišovací schopnost konfokálního mikroskopu. Kondenzace polykationem sperminem je zřejmě proces diskrétní ("all or non"), při použití kladně nabitého surfaktantu kondenzace probíhá naopak postupně. Dále jsme zkoumali biofyzikální vlastnosti fosfolipidové membrány ovlivněné přítomností oxidovaných lipidů se zkráceným sn-2 řetězcem. Jejich vlivem v membráně vzrostla pohyblivost a hydratace v oblasti lipidových hlaviček. Tento efekt je ve shodě s molekulovými simulacemi, které ukázaly reorientaci krátkých sn-2 řetězců oxidovaných lipidů. Přítomnost oxidovaných molekul může také ovlivňovat difuzi lipidů v membráně, pozorovali jsme mírně zvýšený difuzní koeficient. Zkoumali jsme také vliv těžké vody na fosfolipidovou membránu. Přítomnost D2O způsobuje snížení pohyblivost a hydratace oblasti lipidových hlaviček, což je v souladu se simulacemi, které ukazují zvýšení dob života vodíkových vazeb mezi molekulami vody...
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.