|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
Diverzita, rozšíření a genetická struktura tribu Pipistrellini
Eliášová, Kristýna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Tato literární rešerše diskutuje fylogenetické vztahy v rámci čeledi Vespertilionidae, s podrobným zaměřením na tribus Pipistrellini a následně vztahy jednotlivých rodů a druhů uvnitř tohoto tribu. Obsahuje historický přehled snahy o rozřešení fylogenetických vztahů uvnitř taxonu nejprve na základě morfologických studií, porovnání karyotypu a nejnověji na základě genetických markerů. Mitochondriální genetické markery jsou užitečné při studiu fylogeografie, jak tato práce ukazuje na příkladu druhového komplexu Pipistrellus pipistrellus s.l. a na druzích Nyctalus azoreum, Nyctalus leisleri, Nyctalus noctula a Pipistrellus abramus. Dále tato práce popisuje současnou distribuci jednotlivých taxonů tribu, fosilní záznam a migrační chování evropských temperátních druhů, dané do souvislosti s jejich populační strukturou (též studovanou u některých druhů pomocí mtDNA a mikrosatelitů) a v příloze zobrazuje areály rozšíření všech pěti rodů tribu Pipistrellini. Klíčová slova: Pipistrellini, fylogenetika, fylogeografie, distribuce, populační struktura
|
|
|
Application of molecular methods in population genetic studies
Šurinová, Mária ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; van Loo, Marcela (oponent) ; Mandák, Bohumil (oponent)
Velké spektrum faktorů může formovat genetickou strukturu populací rostlin. V této disertační práci se soustředím na dva z nich. První faktor, polyploidizace, je proces množení chromozomových sad prostřednictvím duplikace celého genomu v rámci jednoho druhu (autopolyploidia) nebo hybridizace genomů dvou různých druhů (alopolyploidia). Tento proces rychle přináší nové varianty do genomů, což umožňuje druhům obsadit odlišné arealy, přizpůsobit se novým biotopům a kolonizovat je nebo se přizpůsobit měnícímu se prostředí v jejich původním areálu. Výhody polyploidizace jsou spojeny s nevýhodami v podobě komplikací v mitóze a meióze a změnami v buněčné architektuře. Kromě toho, po vytvoření cytotypu se noví jedinci musí vypořádat s efektem vyloučení cytotypu, konkurencí s rodičovskými jedinci a vyššími požadavky na živiny. V této práci představuji vliv polyploidizace na populace tří druhů - Arabidopsis arenosa, Aster amellus a Festuca rubra. Druhým faktorem měnícím genetickou strukturu populací prezentovaných v této práci je fragmentace populací. Fragmentace populace může být způsobena přírodními nebo antropogenními aktivitami a často vede k celkovému snížení velikosti populace a snížení konektivity mezi fragmenty. Omezený tok genů může ohrozit dlouhodobé přežití populace v důsledku inbrední deprese a...
|
|
|
Vliv bottlenecku a selekce na variabilitu MHC genů v reliktních a nově vzniklých populacích bobra evropského
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
MHC glykoproteiny jsou zásadní součástí adaptivní imunity, navíc mohou hrát roli i při volbě partnerů. MHC geny jsou pak ze všech známých genů nejvariabilnější. Z těchto důvodů jsou již několik desítek let objektem intenzivního zájmu molekulárních ekologů. Výzkum ale kromě extrémní variability komplikují také časté duplikace. Zajímavým modelem se zdá být bobr evropský. Na konci předminulého století prošel dramatickým bottleneckem, kdy po celém světě přežilo pouze zhruba 1200 jedinců v několika izolovaných reliktních populacích. Díky četným reintrodukcím se dnes bobři s rozličným původem potkávají v nově ustavených admixovaných populacích. Znalosti o MHC bobrů však byly značně omezené, byly známy sekvence pouze z jednoho lokusu a některé reliktní populace nebyly vůbec prosekvenovány. Díky doplnění o vzorky ze zbývajících reliktních populací a přidání dalšího lokusu jsem potvrdil výraznou redukci variability bobřích MHC genů a zároveň nalezl známky působení selekce v minulosti. Dále jsem vyšetřil situaci ve dvou nově ustavených populacích. Potvrdil jsem zde probíhající selekci, konkrétně porušení cytonukleární rovnováhy a výhodu divergentních alel (DAA). Máme zde tedy unikátní možnost nahlédnout do různých oken historie bobřích populací: V minulosti byla diverzita MHC formována kombinací pozitivní a...
|
|
|
Ochranářská genetika rysa ostrovida v Západních Karpatech
Ungrová, Lenka ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Kaňuch, Peter (oponent)
Robustní monitoring spolu s genetickými analýzami populací velkých šelem je důležitým nástrojem pro účinnou ochranu a management jednotlivých druhů. Tato práce si klade za cíl vůbec poprvé geneticky zmapovat celou slovenskou populaci rysa ostrovida, a to za použití celkem 15 mikrosatelitových lokusů. Neinvazivní genetika je účinným prostředkem pro genetický výzkum druhů s velkými domovskými okrsky a nízkou populační hustotou. Z tohoto důvodu byly v této práci zpracovány vzorky trusu, srsti, moči a bukálních stěrů získané v terénu, doplněné o tkáně z uhynulých jedinců. V průběhu let 2017-2019 bylo získáno celkem 187 vzorků, z nichž se podařilo získat 59 genotypů. Z úspěšně genotypovaných vzorků byly vyřazeny dva v terénu chybně determinované vzorky, které patřily kočce divoké. Data získaná z projektu Veľké šelmy 2 byla pro analýzy populační genetiky a demografie doplněna o 98 genotypů z projektu Šelmy SKCZ ve spolupráci s ÚBO AV ČR. Z celkového datasetu 155 genotypů bylo detekováno 68 jedinců rysa ostrovida. Analýza příbuznosti odhalila celkem 67 signifikantních příbuzenských vztahů 1. stupně a 9 signifikantních vztahů 2. stupně. Slovenská populace má dle výsledků této práce třetí nejnižší genetickou diverzitu ve srovnání se všemi evropskými autochtonními populacemi a nižší genetickou diverzitu než...
|
|
|
Čechizace Českých Budějovic
Andršová, Justýna ; Županič, Jan (vedoucí práce) ; Hogenová, Anna (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na vybrané aspekty procesu čechizace Českých Budějovic od poloviny 19. století do počátku 20. století, které sleduje především v těchto oblastech: hospodářský rozvoj, vývoj struktury obyvatelstva a politické soupeření na úrovni obecní samosprávy. V souvislosti s vývojem struktury obyvatelstva se práce zaměřuje zejména na otázku ambivalentnosti národnostní identifikace. V oblasti proměn hospodářství je důraz kladen zejména na dobový vývoj hospodářského života ve městě a soupeření českých a německých aktérů tohoto dění. Na rovině politické soutěže práce sleduje mechanismy obecní samosprávy a voleb, které do velké míry zapříčinily specifický vývoj národnostní emancipace českých obyvatel Českých Budějovic nejen na politické úrovni. KLÍČOVÁ SLOVA České Budějovice, čechizace, česko-německé vztahy, obecní samospráva, struktura obyvatelstva
|
|
|
Automatizace výpočtů genotypových dat
Vybíhal, Adam ; Richter, Miloslav (oponent) ; Štohl, Radek (vedoucí práce)
Cílem této práce je automatizace práce s programy pro zkoumání struktur populací pomocí genotypových dat. Konkrétně jsou popsány vlastnosti čtyř programů, Structure, Structure Harvester, CLUMPP a distruct. V rámci práce je pak navržen proces automatizace práce s těmito programy. Na bázi tohoto návrhu je následně vytvořena aplikace na platformě .NET, která uživateli usnadňuje práci se zmíněnými programy. Navržená aplikace poskytuje uživateli grafické rozhraní pro nahrávání vstupních souborů, zadávání potřebných parametrů, nastavení automatizovaného spouštění jednotlivých programů a zobrazení jejich výsledků.
|
|
|
Populační struktura, migrace a dynamika Afriky a Arábie
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent) ; Zrzavý, Jan (oponent)
Populační historie afrického sahelu a Arábie byla kromě interakce evolučních sil ovlivněna i šířením kulturních inovací neolitu. Odrazem těchto procesů je dnes velmi složitě strukturovaná diverzita současných populací, která je v předkládané práci prezentována prostřednictvím analýz několika genetických markerů. Cílem je podat ucelený pohled na historii demografických procesů v sahelu i Arábii, a to kombinací genetických, jazykových, subsistenčních a geografických dat získaných od lokálních populací. Studie rozsáhlého souboru mtDNA sekvencí ukázala, že Arábie byla významnou křižovatkou genového toku, a ačkoliv byla kolonizována anatomicky moderními lidmi z východní Afriky, dnešní diferenciace mezi oběma regiony je vyšší než diferenciace mezi jejich lokálními populacemi. I sahel byl v minulosti významným biokoridorem. Setkáváme se zde s populacemi různých subsistenčních strategií (kočovní pastevci a usedlí zemědělci), mezi nimiž byl genový tok značně omezen. Porovnání uniparentálně děděných lokusů u obou skupin poukazuje na odlišnou migrační aktivitu východní a západní části sahelu. Ke komplexnějšímu obrazu populační historie této oblasti přispěly také analýzy Alu elementů, které naznačily inklinaci západoafrických pastevců (Fulbů) k populacím východní Afriky. Práce ukazuje, že subsistenční...
|
|
|
Why so specious? The role of pollinators and symbionts in plant population structure and speciation along elevational gradients.
SOUTO VILARÓS, Daniel
This thesis explores the role mutualist pollinators and their symbionts play in the genetic structuring and speciation of their host plants along an elevational gradient in Papua New Guinea. Using the fig and fig-wasp mutualism as a model system, we employed high-throughput sequencing techniques to explore fine-scale population genomics of both fig and wasps along their elevational range. We found there to be clear lowland and highland clustering of tree populations along the gradient, often with a mid-elevation contact zone. In the case of the pollinating wasps, we retrieved the same clustering except in this case, the genetic difference between clusters was high enough as to consider them as separate species. This result supports evidence from other studies challenging the cospeciation paradigm of one wasp species per fig species. In addition, we explore ecological traits which may promote, or at least, maintain, reproductive isolation between fig (sub)species along with behavioural preference tests from pollinating wasps. In order to further investigate the mechanisms promoting wasp speciation along the gradient, we describe Wolbachia infection status as well as strain type. Wolbachia-induced cytoplasmic incompatibility (CI) is often invoked as a possible speciation agent since it can rapidly provoke and maintain reproductive isolation between otherwise freely interbreeding insect populations. Finally, we explore non-pollinating fig wasp (NPFW) diversity along the gradient for a subset of our focal species. Our study reveals that there is a tight relationship between NPFW diversity and host species, and a mid-elevation peak.
|
|
| |
host ::
RSS.