|
|
DNA topologie jako faktor ovlivňující transkripci u bakterií
Hladíková, Kristýna ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Nešvera, Jan (oponent)
Topologie DNA hraje klíčovou roli v regulaci genové exprese tak, že ovlivňuje interakce mezi DNA a RNA polymerázou, a rovněž i dalšími regulačními proteiny. V této práci se věnuji procesu transkripce a vybraným mechanismům její regulace se zaměřením na vliv topologie DNA. Klíčovou charakteristikou topologie DNA je úroveň jejího nadšroubovicového vinutí. Popisuji, jaký vliv má nadšroubovice DNA na iniciaci transkripce, a jak jí ovlivňují topoizomerázy a proteiny asociující s nukleoidem. Dále se zabývám vybranými příklady regulace genové exprese pomocí topologie. Závěrem pak diskutuji alternativní faktor σN bakterie Bacillus subtilis, který vykazuje vyšší efektivitu iniciace transkripce na lineárních (tj. relaxovaných) templátech DNA, oproti templátům s negativní nadšroubovicí. Touto charakteristikou se σN diametrálně liší od ostatních faktorů σ. Klíčová slova: DNA, topologie, RNA polymeráza, transkripce, promotor, faktor sigma
|
|
|
Regulace transkripce u Streptococcus pneumoniae
Zajíčková, Adéla ; Doubravová, Linda (vedoucí práce) ; Hnilicová, Jarmila (oponent)
Regulace transkripce u Streptococcus pneumoniae Lidský oportunní patogen Streptococcus pneumoniae kóduje jedinou Ser/Thr proteinkinázu eukaryotického typu - StkP, která hraje důležitou roli při buněčném růstu a dělení. Ve fosfoproteomové studii bylo zjištěno, že StkP v reakci na antibiotický stres fosforyluje in vivo SigA. Jedná se o housekeeping sigma faktor, který je společně s RNA polymerázou zodpovědný za transkripci většiny genů S. pneumoniae. Fosforylace tohoto klíčového regulátoru by mohla hrát významnou roli v regulaci transkripce. Touto prací jsme potvrdili, že kináza StkP fosforyluje SigA in vitro na pozicích T291 a T306. Fosforylace SigA in vivo se nepodařilo detekovat. Úlohu fosforylace proteinu se zatím nepodařilo objasnit. U RNAP S. pneumoniae jsme analýzou za pomoci hmotnostní spektrometrie detekovali všechny podjednotky RNAP, včetně SigA. V RNAP komplexu byl identifikován protein Spr0726, u kterého jsme imunoprecipitací potvrdili reciprokou interakci s RNAP. V rámci ověření funkce tohoto proteinu jsme zjistili, že odstranění genu spr0726 způsobuje snížení množství a 'podjednotky RNAP v buňce. Tyto výsledky naznačují, že by Spr0726 mohl hrát roli při stabilizaci podjednotek RNAP komplexu. V poslední části práce jsme s využitím fluorescenční mikroskopie pozorovali lokalizaci kinázy StkP v...
|
|
| |
|
|
SNP
Orság, Michal ; Terén, Laco (oponent) ; Ambrůz, Jan (vedoucí práce)
Zámerom diplomovej práce bolo priblížit dianie po roku 1945, kedy nastalo obdobie spomínania v spolocnosti, ktoré slúžilo ako terapia, politika a estetika. Práce na spomienkach sa postupne pretavili, okrem iných veci, do pomníkov, ktoré pôsobia proti kolektívnemu zabudaniu.Vznikli miesta spomínania, ktoré sa vztahujú na historické udalosti i na súkromné príbehy. Partizánske pomníky tak posiali krajinu, v ktorej majú pripomínat v podstate neprítomné. Znovuspomínanie si, tak dostáva na povrch opät zabudnuté informácie, ktoré vytváraním logických súvislosti tvoria štruktúru. Táto štruktúra podlieha zmene, ktorej dopomáha prepisovanie a prekrývanie sa informácií v jednotlivých vrstvách štruktúry. Ani umenie sa nevyhýba spomínaniu a zabúdaniu, tematizuje ich a vytvára si stratégie, medzi ktoré je zahrnuté aj prepisovanie. Média aj individuá prepisujú prázdne miesta minulosti v súcastnosti, zbieraním a skladaním mozaiky, ktorá dovoluje napísat si vlastnú identitu.
|
|
|
Vyhledávání exonů pomocí Fourierovy transformace
Rusina, Michal ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
V této bakalářské práci jsou popsány metody predikce exonů. První část práce je zaměřena na rozdíl mezi prokaryotickými a eukaryotickými organismy, popis struktury DNA a vysvětlení pojmů exon a intron. Druhý úsek teoretické části obsahuje čtyři metody predikce exonů a to dynamické programování, neuronové sítě, skryté Markovovy modely a diskrétní Fourierovu transformaci. V praktické části byl vytvořen program Predikce_exonu, který vyhledává exony v nukleotidových sekvencích a pracuje na principu Fourierovy transformace. Tento algoritmus spolu s třemi volně dostupnými programy byl testován na 25 sekvencích a úspěšnost jejich predikce byla popsána senzitivitou a specificitou.
|
|
|
Srovnání úspěšnosti Siri, Cortany a Google
Procingerová, Lucie ; Černocký, Jan (oponent) ; Szőke, Igor (vedoucí práce)
Cílem této práce je porovnat úspěšnost překladu mluveného slova do textu s využitím několika služeb. Primárně se jedná o aplikace od společností Apple Inc., Microsoft Corporation a Google Inc., avšak je zde zahrnuto také několik dalších aplikací, dostupných převážně on-line. Tento dokument obsahuje popis zadaného problému, rozbor postupu provádění přepisu u jednotlivých služeb. Následně jsou rozebrány výsledky testu a porovnány s referenčními výstupy. Na závěr je uvedena diskuze těchto pokusů.
|
|
|
Vyhledávání genů - webová aplikace
Stiborová, Lucie ; Koutný, Jiří (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je vytvořit uživatelské rozhraní a naimplementovat samotnou webovou aplikaci se zaměřením na vyhledávání genů. Jedná se o výukovou aplikaci, kdy každý uživatel má možnost zadání vlastní sekvence nukleotidů, popřípadě vybrání předdefinovaného řetězce. Tato aplikace musí být schopna načíst, zpracovat a rozhodnout o existenci potencionální genu. Na základě jednoduché statistické metody předá výsledek zpět uživateli.
|
|
|
The Technology of Subtitles in Films and other Media
Tobiášová, Eliška ; Jašková, Jana (oponent) ; Froehling, Kenneth (vedoucí práce)
The purpose of the bachelor’s thesis is to explore subtitling technology. This is analysed from a historical, present, and future perspective. The research also mentions specific ways of using subtitles for certain types of media and it also includes an analysis of the target groups for which the subtitles are intended. In addition to theoretical research of subtitling technology, an experiment is conducted to assess the accuracy of subtitling between machine-generated subtitles, professional work, and amateur work. This is achieved by comparing subtitles from the same film scenes side by side in tables. The result of the research, which is derived from the criteria mentioned in the work, shows that professional subtitles are the most reliable way.
|
|
|
Topic Identification from Spoken TED-Talks
Vašš, Adam ; Ondel, Lucas Antoine Francois (oponent) ; Kesiraju, Santosh (vedoucí práce)
This thesis deals with the problems of language recognition and topic classification, using TED-LIUM corpus to train both the ASR and classification models. The ASR system is built using the Kaldi toolkit, achieving the WER of 16.6%. The classification problem is addressed using linear classification methods, specifically Multinomial Naive Bayes and Linear Support Vector Machines, the latter method achieving higher topic classification accuracy.
|
|
| |
host ::
RSS.