|
|
Evoluce receptorů hořké chuti PTC v západní Africe
Holoubková, Tereza ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Tato diplomová práce má za cíl zjistit, zda je gen TAS2R38 v západní Africe pod vlivem selekce a zda se jeho diverzita nějak liší u populací různých subsistencí v této oblasti. Zároveň se zaměřuje na polymorfismy vyskytující se v tomto genu a na jejich asociaci s vnímáním hořké chuti PTC. Práce zpracovává 147 vzorků slin od tří populací Mauritánie s cílem nasekvenovat DNA pro exon genu TAS2R38. Celkem bylo v genu TAS2R38 pozorováno deset polymorfních míst, které podmiňují 16 haplotypů. U všech tří populací se vyskytovaly mutace na aminokyselinových pozicích 49, 262 a 296, v rámci kterých bylo pozorováno všech osm možných haplotypů. Z těchto haplotypů tvoří 94 % majoritní haplotypy PAV a AVI a haplotyp AAI, které byly jako jediné pozorovány u všech tří populací. Současně bylo ve zkoumaném souboru pozorováno celkem 14 genotypů, z nichž nejčastěji zastoupené byly právě ty vzniklé kombinací těchto tří haplotypů. Výsledky Kruskal-Wallisova testu rovněž ukazují, že genotypy genu TAS2R38 jsou u zkoumaných afrických populací silným prediktorem chutnačství PTC. Haplotyp PAV je spojen s chutnačstvím a AVI naopak s nechutnačstvím PTC. Zároveň bylo potvrzeno, že PAV je ancestrálním haplotypem, který je evolučně nejblíže k šimpanzímu genu TAS2R38, a s největší pravděpodobností přinášel v minulosti nějakou...
|
|
|
Historie terezínských transportů Dl a Dm do Osvětimi
Strmisková, Sabina ; Míšková, Alena (vedoucí práce) ; Václavů, Lubor (oponent)
Tématem této diplomové práce je příběh dvou transportů, transportů Dl a Dm, vypravených 6. září 1943 z terezínského ghetta, jejichž cílovou stanicí byla Osvětim. O této problematice bychom sice našli mnoho zmínek v řadě publikací, avšak tato diplomová práce si klade za cíl toto téma podrobněji zmapovat a oživit cennými svědectvími přímých pamětníků. Pro tuto práci bylo velmi důležité obeznámit se s rodinnými poměry těchto pamětníků, deportovaných do terezínského ghetta, kde se jejich osudy jednoho zářijového dne při odjezdu transportů Dl a Dm protnuly . Co se týká samotného transportu do Osvětimi, byly v této diplomové práci zpracovány jeho charakteristiky z hlediska věku a pohlaví deportovaných vězňů. Z výpovědí přeživších vězňů z těchto transportů jsme se snažili přiblížit průběh dvoudenní cesty do největšího koncentračního a vyhlazovacího tábora za druhé světové války. Výpovědi očitých svědků nám také nastínily obraz celé "uvítací" procedury po příjezdu do Osvětimi, ať už to byly popisy dezinfekce, tetování vězňů, či přidělení ubikací. V této práci je přiblížen půlroční pobyt terezínských vězňů v rodinném táboře B IIb v Osvětimi - Birkenau, tragická smrt 3 792 jeho vězňů v noci z 8. na 9. března 1944, včetně snahy rekonstruovat seznam zdravotníků a dvojčat, vyreklamovaných Dr. Josefem Mengelem. Na závěr...
|
|
|
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds
Velová, Hana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Elleder, Daniel (oponent) ; Novák, Karel (oponent)
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds Hana Velová, PhD thesis 7 Abstrakt Toll-like receptory (TLR) patří mezi klíčové a evolučně staré součásti imunitního systému zvířat. Jakožto receptory vrozené imunity tvoří první obrannou linii proti nejrůznějším patogenům. Správné navázání ligandů receptorem je přitom zcela zásadní pro bezchybné rozpoznání patogenů a následné spuštění přiměřené imunitní reakce. Protože zde dochází k přímé interakci mezi povrchem daného receptoru a patogenními strukturami, můžeme předpokládat molekulární koevoluci mezi hostitelem a jeho patogeny. TLR jsou tudíž díky variabilitě svých ligandů vystaveny značnému selekčnímu tlaku, který může být detekován jak na genetické, tak i proteinové úrovni. I tak je ale míra variability, kterou jsme popsali u ptačích TLR, překvapivě vysoká. Dokonce vyšší, než se dalo očekávat z dříve publikovaných prací u ostatních obratlovců, především savců. Ve své doktorské práci shrnuji výsledky, kterými jsem přispěla k výzkumu TLR u ptáků. Jako první jsme například experimentálně ověřili absenci funkčního TLR5 u několika ptačích druhů, či duplikaci genu pro TLR7 u druhů jiných. Také jsme definitivně rozřešili původ genové duplikace v rodině TLR1 a TLR2. Důležitá část mého výzkumného projektu se týkala predikce potenciálně funkčně významných pozic u...
|
|
|
Whole-genome analysis of the house mouse hybrid zone
Janoušek, Václav ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent) ; Chan, Yingguang Frank (oponent)
Hybridní zóny poskytují cennou příležitost ke studiu procesu speciace v reálném čase. Dochází zde k porušení genovych interakcí a následnému vzniku reprodukční izolace v důsledku kontaktu předem netestovanych kombinací genů pocházejících z divergujících populací. Dva druhy myší (Mus musculus musculus/Mus musculus domesticus) tvoří napříč střední Evropou úzkou zónu sekundárního kontaktu, která, jak se předpokládá, je udržována prostřednictvím rovnováhy mezi selekcí hybridů se sníženym fitness a disperzí jedinců. V průběhu mého PhD studia jsem spolu s mymi kolegy používal set asi 1400 SNP markerů ke studiu celogenomové introgrese napříč dvěma/třema transekty v hybridní zóně myši domácí. Naším cílem bylo identifikovat genomové oblasti obsahujících geny potenciálně způsobující reprodukční izolaci mezi dvěma poddruhy myši domácí, charakterizovat jejich rozložení v myším genomu a charakterizovat vlastnosti genomu typické pro tyto regiony. Náš vyzkum potvrdil na celogenomové škále vyznamnost chromozomu X při evoluci reprodukční izolace. Tento chromozom vykazoval introgresi odpovídající silné negativní epistázy a tato introgrese byla konzistentní mezi oběma studovanymi transekty, což poukazuje na společny geneticky základ reprodukční izolace mezi rozdílnymi oběma transekty. Na rozdíl od chromozomu X...
|
|
|
Variabilita alel MHC I a kožní prozánětlivá reaktivita u plemen kura domácího
Pojezdná, Anežka ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Hyršl, Pavel (oponent)
Kur domácí (Gallus Gallus f. domestica) je ekonomicky důležitý modelový druh. Znalost imunitního systému tohoto druhu je tedy klíčová. Inbrední modelové linie Kura domácího, běžně používané ve výzkumu jsou dobrým modelem pro výzkum imunity. Mají však nepřirozenou variabilitu, v důsledku vzniku těchto linií příbuzenským křížením. Jejich genetická i fenotypová variabilita proto redukovaná. Pro mapování variability imunitní odpovědi mohly být dobrým modelem plemena slepic, vyšlechtěná v dobách dávno minulých a nyní udržovaná v zájmových chovech. V této diplomové práci jsem mapovala genetickou variabilitu vazebného místa MHC glykoproteinů I. třídy. U kura domácího je kódováno genem BF, který je v genomu kopírovaný (BF1 a BF2). Tyto geny jsou poměrně dobře známé a byla popsaná značná variabilita i u zmíněných inbredních laboratorních linií. MHC výsledky práce naznačují vysokou genetickou variabilitu MHC I u plemen slepic. Identifikovali jsme 41 haplotypů u 25 jedinů 14 plemen, z toho 7 již známých z literatury. Dále jsem se zaměřila na prozánětlivou aktivitu u plemen kura domácího na příkladu subkutánní stimulace bakteriálním lipopolysacharidem. Sledovala jsem velikost otoku a expresi prozánětlivých cytokinů IL-6 a IL-1 po subkutánní aplikaci lipopolysacharidu. Výsledky naznačují, že velikost otoku po...
|
|
|
Vliv bottlenecku a selekce na variabilitu MHC genů v reliktních a nově vzniklých populacích bobra evropského
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
MHC glykoproteiny jsou zásadní součástí adaptivní imunity, navíc mohou hrát roli i při volbě partnerů. MHC geny jsou pak ze všech známých genů nejvariabilnější. Z těchto důvodů jsou již několik desítek let objektem intenzivního zájmu molekulárních ekologů. Výzkum ale kromě extrémní variability komplikují také časté duplikace. Zajímavým modelem se zdá být bobr evropský. Na konci předminulého století prošel dramatickým bottleneckem, kdy po celém světě přežilo pouze zhruba 1200 jedinců v několika izolovaných reliktních populacích. Díky četným reintrodukcím se dnes bobři s rozličným původem potkávají v nově ustavených admixovaných populacích. Znalosti o MHC bobrů však byly značně omezené, byly známy sekvence pouze z jednoho lokusu a některé reliktní populace nebyly vůbec prosekvenovány. Díky doplnění o vzorky ze zbývajících reliktních populací a přidání dalšího lokusu jsem potvrdil výraznou redukci variability bobřích MHC genů a zároveň nalezl známky působení selekce v minulosti. Dále jsem vyšetřil situaci ve dvou nově ustavených populacích. Potvrdil jsem zde probíhající selekci, konkrétně porušení cytonukleární rovnováhy a výhodu divergentních alel (DAA). Máme zde tedy unikátní možnost nahlédnout do různých oken historie bobřích populací: V minulosti byla diverzita MHC formována kombinací pozitivní a...
|
|
|
Od auto-selekce k selekci: České učňovské školství v zajetí trhu práce
Kotrbová, Monika ; Šanderová, Jadwiga (vedoucí práce) ; Tuček, Milan (oponent)
Diplomová práce "Od auto-selekce k selekci systémové - české učňovské školství v zajetí trhu práce" reaguje na aktuální snahy o odklon části žáků od maturitního studia v důsledku unifikace přijímacích a závěrečných zkoušek a zpřísňování podmínek přijetí, a to v systému, pro který je typická vysoká souvislost mezi sociálním původem a dosaženým vzděláním, jež má navíc tendenci posilovat. Práce si klade za cíl prostřednictvím sekundární analýzy dat identifikovat a popsat hlavní selektivní mechanismy a institucionální bariéry českého vzdělávacího systému, v jejichž důsledku jsou žáci systematicky alokováni na střední odborná učiliště a následně do konkrétních pozic na trhu práce, které jsou spojovány s ekonomickou i sociální nestabilitou. Jako hlavní mechanismy práce identifikuje distribuci vzdělávacích příležitostí skrze diferenciaci vzdělávacích drah doprovázenou nízkým věkem selekce žáků, s tím související důraz na osobní odpovědnost při výběru vzdělávací dráhy, která je díky podmíněnosti sociálním původem vysoce determinovaná, a koncepci přijímacích a závěrečných zkoušek jako tzv. high- stakes standardizované testování, které pro žáky ze znevýhodněných prostředí představuje nepřekročitelnou mentální i faktickou bariéru. Předpoklad vzdělanostní společnosti a koncepce rovného přístupu ke vzdělání,...
|
|
|
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds
Velová, Hana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Elleder, Daniel (oponent) ; Novák, Karel (oponent)
Adaptive evolution of Toll-like receptors in birds Hana Velová, PhD thesis 7 Abstrakt Toll-like receptory (TLR) patří mezi klíčové a evolučně staré součásti imunitního systému zvířat. Jakožto receptory vrozené imunity tvoří první obrannou linii proti nejrůznějším patogenům. Správné navázání ligandů receptorem je přitom zcela zásadní pro bezchybné rozpoznání patogenů a následné spuštění přiměřené imunitní reakce. Protože zde dochází k přímé interakci mezi povrchem daného receptoru a patogenními strukturami, můžeme předpokládat molekulární koevoluci mezi hostitelem a jeho patogeny. TLR jsou tudíž díky variabilitě svých ligandů vystaveny značnému selekčnímu tlaku, který může být detekován jak na genetické, tak i proteinové úrovni. I tak je ale míra variability, kterou jsme popsali u ptačích TLR, překvapivě vysoká. Dokonce vyšší, než se dalo očekávat z dříve publikovaných prací u ostatních obratlovců, především savců. Ve své doktorské práci shrnuji výsledky, kterými jsem přispěla k výzkumu TLR u ptáků. Jako první jsme například experimentálně ověřili absenci funkčního TLR5 u několika ptačích druhů, či duplikaci genu pro TLR7 u druhů jiných. Také jsme definitivně rozřešili původ genové duplikace v rodině TLR1 a TLR2. Důležitá část mého výzkumného projektu se týkala predikce potenciálně funkčně významných pozic u...
|
|
|
Genomická selekce a její aplikace ve šlechtění hospodářských zvířat
Ryglová, Jana
Tato práce popisuje vybrané metody selekce hospodářských zvířat se zaměřením na metody genomické selekce. Snaží se je popsat a vzájemně porovnat. Dále shrnuje možnosti využití genomické selekce v praxi, konkrétně u kterých druhů hospodářských zvířat a v kterých státech se využívá. Věnuje se také využití genomické selekce v České republice u dojeného skotu.
|
|
|
Trans-species polymorphism in selected innate immunity genes in tits (Paridae family)
Těšický, Martin ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Štefka, Jan (oponent)
Toll-like receptory jsou geneticky variabilní molekuly vrozené imunity obratlovců, které rozpoznávají tzv. struktury nebezpečí, např. struktury patogenů. Vyšetření genetické variability u TLRs může poodhalit obecné adaptace imunitního systému hostitelů proti tlaku parazitů na molekulární úrovni. Koncept mezidruhového polymorfismu (TSP) předpokládá, že několik identických alel či alelických linií je zděděno od společného předka druhů druhy dceřinými, u nichž následně mohou být dlouhodobě udržovány v polymorfním stavu. Zatímco u genů získané imunity je TSP dobře prostudován, naše znalosti o TSP v genech vrozené imunity, např. TLRs, u nichž bychom mohli TSP předpokládat, jsou nedostatečné. V této práci se proto zaměřuji na popis genetického polymorfismu ve funkčně významných oblastech TLR4 a TLR5 u 192 jedinců 20 druhů sýkor z čeledi sýkorovitých (Paridae). Tyto receptory vážou převážně bakteriální ligandy (TLR4 rozpoznává lipopolysacharid a TLR5 flagelin) a podílejí se tak na prvotní aktivaci imunity proti bakteriálním patogenům. Pro odlišení případného TSP od sdíleného polymorfismu způsobeného genovým tokem byly osekvenovány také introny šesti autosomálních neutrálních markerů. Ze získaných dat vyplývá TLRs jsou variabilní na vnitrodruhové a mezidruhové úrovni u sýkorovitých. Pozitivní selekce byla...
|
host ::
RSS.