|
|
Study of structure and interaction of human lymphocyte receptors
Bláha, Jan ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Přirozené zabíječské (Natural killer, NK) buňky jsou důležitou složkou imunitního systému poskytující dohled nad viry infikovanými, stresem transformovanými nebo rakovinnými buňkami. Receptory NKR-P1 a jejich přirozené ligandy z genové rodiny clec2 představují alternativní "missing-self" NK buněčný systém rozpoznávání, založený na interakci vysoce příbuzných receptorů podobných C-lektinům. Lidské NKR-P1 bylo objeveno před vice než dvaceti lety, přesto stále zůstává jediným lidským orthologem této receptorové rodiny početné především u hlodavců. Po navázání na svůj přirozený ligand LLT1 receptor NKR-P1 může předávat inhibiční nebo kostimulační signály. Pro svou potenciální roli v imunitním úniku nádorů a autoimunitě jsou zajímavými cíli výzkumu, přesto je povaha jejich interakce stále nejasná. Abychom objasnili strukturní povahu jejich interakce, vyvinuli jsme obecně použitelnou metodu pro rekombinantní expresi lidského NKR-P1 a LLT1 a jejich homologů založenou na transfekci buněčné linie HEK293S GnTI- . Popsali jsme stabilizující mutaci His176Cys umožňující přípravu vysoce stabilního rozpustného receptoru LLT1. Připravený receptor LLT1 a lidské NKR-P1 jsme vykrystalizovali v různých glykosylačních stavech jednak samostatně a také v jejich komplexu. Struktury LLT1 i NKR-P1 obsahují klasické...
|
|
|
Vliv pH na iniciaci virové infekce
Vomáčka, Petr ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Šmahelová, Jana (oponent)
Kyselé pH se v organismech vyskytuje buď v intracelulárním, nebo extracelulárním prostředí. V intracelulárním prostředí se kyselým pH vyznačují především buněčné kompartmenty, jako jsou časné a pozdní endosomy nebo lysosomy. V extracelulárním prostředí je pak možné kyselé pH nalézt v hypoxických tkáních nebo ve tkáních, kde probíhá zánět nebo nádorové bujení. Povětšinou se jedná o hodnoty pH v rozmezí přibližně od 5,5 do 6,5. Tato práce se věnuje popisu konformačních změn virových proteinů, které nastávají v důsledku sníženého pH a vedou k uvolnění virových komponent z membránových kompartmentů buňky. Změny pH v organelách endocytických drah stejně jako změny extracelulárního pH ovlivňují významně infekci mnoha virů. Výzkum role pH v průběhu virových může přinést důležité poznatky pro vývoj protivirové a protinádorové léčby. Klíčová slova: virus, konformace, pH, receptor, endocytóza
|
|
|
Preparation of strategy for studying interaction of human constitutive androstane receptor with steroid receptor coactivator-1
Šachová, Ivana ; Martin, Jan (vedoucí práce) ; Mladěnka, Přemysl (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakognozie Kandidát: Ivana Šachová Školitelé: PharmDr. Jan Martin, PhD., Dipl. Ing. Mgr. Ferdinand Molnár, PhD. Název diplomové práce: Příprava strategie pro studium interakcí mezi konstitutivním androstanovým receptorem (CAR) a koaktivátorem steroidního receptoru 1 Cílem této práce byla exprese wild type a mutovaných centrálních domén lidského SRC1 v buňkách E. coli BL21 DE3. Exprimované rekombinantní proteiny byly následně čištěny a použity pro studium SRC1-CAR interakcí za využití separace pomocí afinitních ligandů(pull down). Konstitutivní androstanový receptor (CAR), nukleární receptor, je transkripční regulátor, který ovlivňuje expresi nejrůznějších proteinů, jako jsou enzymy biotransformace a transportery významné pro metabolismus jak endogenních tak exogenních látek. CAR může být plně aktivní pouze v přítomnosti koaktivátorů jako je např. koaktivátor steroidního receptoru 1 (SRC1). Nejdůležitější fragment SRC1 pro vazbu na nukleární receptor je centrální doména, tvořená třemi α-helickými Leu-X-X-Leu-Leu (LXXLL) L1, L2, L3 motivy, v nichž L reprezentuje leucin a X znázorňuje jakoukoli aminokyselinu. hSRC1, stejně tak hCAR, mohou být produkovány pomocí exprese příslušných genů v kmenech E. coli. V případě SRC1, kodon...
|
|
|
Increasing affinity of Interferon gamma receptor 1 to Interferon gamma by combining molecular modeling and experimental methods
Mikulecký, Pavel ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Téměř ve všech dějích živých buněk hraje interakce mezi proteiny důležitou roli a funkce mnohých proteinů je závislá na jejich specifické interakci s ostatními biomolekulami. Pro vývoj molekul vhodných pro diagnostiku, medicínu a biotechnologie by bylo velmi přínosné, kdybychom měli k dispozici nástroje k ovlivňování interakcí mezi proteiny. Tato práce se zabývala specificitou interakcí mezi proteiny na modelovém příkladu receptoru 1 pro interferon gama (IFNgR1) a jeho přirozeném vazebném ligandu interferonu gama (IFNg), jehož funkce je důležitá pro přirozenou imunitu. Při hledání mutací proteinu IFNgR1, které by měly měnit jeho vazbu (zvýšit nebo snížit) k IFNg, byla použita počítačová in silico analýza dostupných krystalových struktur komplexu mezi IFNgR1 a IFNg. Záměny aminokyselin byly počítačově modelovány a jejich vliv na interakci byl počítán programem FoldX. Všechny varianty receptoru 1, které vyhovovaly kritériím výběru, byly produkovány v bakterii Escherichia coli, dále purifikovány, charakterizovány a jejich interakce byla změřena na přístroji SPR, jenž měří povrchovou rezonanci plazmonů (Surface Plasmon Resonance). První skupina variant IFNgR1 obsahovala mutace na interakčním rozhraní s IFNg. Z SPR měření vyplývá, že většina těchto variant vykazovala stejnou vazbu k IFNg jako nezměněný...
|
|
|
Molekulární mechanismy glycinergní signalizace v centrálním nervovém systému
Melichar, Adolf ; Králíková, Michaela (vedoucí práce) ; Ladislav, Marek (oponent)
Aminokyselinový neuropřenašeč glycin, který zprostředkuje inhibiční přenos a reguluje excitační signalizaci, působí v mnoha oblastech centrální nervové soustavy. Jedná se zvláště o míchu a mozkový kmen, kde glycin aktivuje presynaptické a postsynaptické Gly receptory (GlyR). V ostatních oblastech mozku je glycin uvolňován v oblasti výskytu NMDA receptorů (NMDAR), které aktivuje spolu s excitačním neuropřenašečem glutamátem. Vazba glycinu vede k otevření kanálu těchto ionotropních receptorů a tím i ke změně elektrochemických vlastností membrány jako jsou propustnost pro Ca2+ ionty, membránový potenciál a vstupní odpor. Exprese jednotlivých podjednotek NMDAR a GlyR je místně i časově specifická, což umožňuje různé odpovědi na přítomnost glycinu v synaptické štěrbině a jejím okolí. Koncentraci glycinu pak v synaptické štěrbině a glycinergních zakončeních kontrolují především glycinové transportéry (GLYT), které se vyskytují ve dvou funkčně odlišných typech. Porušení rovnováhy a signálních mechanismů glycinu může vést k závažným onemocněním jako je hyperekplexie, která může být způsobena mutacemi v glycinových receptorech a transportérech. Ovlivnění extracelulární koncentrace glycinu prostřednictvím regulace GLYT by mohlo přispět k léčbě některých příznaků schizofrenie, které jsou způsobeny dysfunkcí NMDAR.
|
|
|
Increasing affinity of Interferon gamma receptor 1 to Interferon gamma by combining molecular modeling and experimental methods
Mikulecký, Pavel
Téměř ve všech dějích živých buněk hraje interakce mezi proteiny důležitou roli a funkce mnohých proteinů je závislá na jejich specifické interakci s ostatními biomolekulami. Pro vývoj molekul vhodných pro diagnostiku, medicínu a biotechnologie by bylo velmi přínosné, kdybychom měli k dispozici nástroje k ovlivňování interakcí mezi proteiny. Tato práce se zabývala specificitou interakcí mezi proteiny na modelovém příkladu receptoru 1 pro interferon gama (IFNgR1) a jeho přirozeném vazebném ligandu interferonu gama (IFNg), jehož funkce je důležitá pro přirozenou imunitu. Při hledání mutací proteinu IFNgR1, které by měly měnit jeho vazbu (zvýšit nebo snížit) k IFNg, byla použita počítačová in silico analýza dostupných krystalových struktur komplexu mezi IFNgR1 a IFNg. Záměny aminokyselin byly počítačově modelovány a jejich vliv na interakci byl počítán programem FoldX. Všechny varianty receptoru 1, které vyhovovaly kritériím výběru, byly produkovány v bakterii Escherichia coli, dále purifikovány, charakterizovány a jejich interakce byla změřena na přístroji SPR, jenž měří povrchovou rezonanci plazmonů (Surface Plasmon Resonance). První skupina variant IFNgR1 obsahovala mutace na interakčním rozhraní s IFNg. Z SPR měření vyplývá, že většina těchto variant vykazovala stejnou vazbu k IFNg jako nezměněný...
|
|
|
Interakce retrovirových env glykoproteinů s receptory a vstup retroviru do buňky
Přikryl, David ; Pečenka, Vladimír (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Lidé už si přizpůsobili mnoho druhů zvířat, rostlin a bakterií tak, aby sloužili jejim potřebám. Nyní nadešel čas využít také viry. Nejvýznamnější aplikace pro ně se zřejmě nacházejí v oblasti lidského zdraví. Konkrétně čeleď retrovirů je perfektní vektor pro přenos genů při léčbě genetických onemocnění nebo ke zničení nežádoucích, například nádorových buněk. K efektivnímu použití těchto vehiklů je potřeba překonat řadu problémů a hlouběji prozkoumat některé úseky života retrovirů. Tato práce některé z nich popisuje společně s možnými cestami jejich řešení. První popisovanou oblastí je nespecifická adsorpce virionu na buněčné povrchy, druhou je zajištění efektivní interakce mezi obalovými glykoproteiny a receptory vysoce specifickými pro cílený typ buněk a konečně řízená fúze membrán. Klíčová slova: retrovirus, adsorpce, env, receptor, fúze
|
|
|
Příprava expresních vektorů pro receptor NKp30 a jeho ligandy B7-H6 a BAG-6
Pažický, Samuel ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Milichovský, Jan (oponent)
NK buňky, buňky neadaptivního imunitního systému, jsou schopny za pomoci celé řady inhibičních a aktivačních receptorů rozeznat především virem infikované a nádorové buňky a následně je eliminovat. Pro NKp30, aktivační receptor NK buněk ze skupiny receptorů NCR (Natural Killer Cell Receptors), byla v poslední době identifikována několik ligandů, mezi které patří také membránový protein B7-H6 exprimovaný na nádorových buňkách a BAG-6, jaderný protein se širokým spektrem funkcí. Cílem mé bakalářské práce bylo připravit expresní vektory kódující receptor NKp30 a jeho ligandy B7-H6 a BAG-6, které by umožňovaly produkovat tyto proteiny v expresním systému HEK293. Klíčová slova: NK buňka, plasmid, receptor, NKp30, B7-H6, BAG-6
|
|
|
Prekladový dialóg: Proces kódovania a dekódovania v štruktúrach filmového štýlu v pôvodnom diele a remaku
Gladiš, Michal ; Svatoňová, Kateřina (vedoucí práce) ; Kokeš, Radomír D. (oponent)
Táto bakalárska práca sa venuje problematike remaku v kontexte jeho užitia v dejinách kinematografie a vo filmovej teórií. Poukazujem na to, ako sa k remaku pristupovalo od vzniku filmu, ako je možné ho definovať a v akých podobách sa s ním môžeme stretnúť. Každá teoretická úvaha o remaku prináša odlišnú voľbu perspektívy a metódu jeho skúmania. Hlavnou časťou bakalárskej práce je preto snahou o nadobudnutie nového aparátu, prostredníctvom ktorého môžeme uvažovať o remaku ako o interpretačnej variante pôvodného diela. V tejto súvislosti odkazujem prevažne na teoretické prístupy Gérarda Genetta, Julie Kristevovej, Seymoura Chatmana, Umberta Eca a na pojmy intertextuality a interpretácie, čím sa snažím podnety z literárno-vedeckej teórie aplikovať do filmového diskurzu. V poslednej kapitole analyzujem dva konkrétne filmy a to Visitor Q Miike Takashiho ako remake filmu Teorema Piera Paola Pasoliniho. Vzťah medzi remakom a jeho pôvodným dielom sa ukazuje ako nové čítanie oboch diel. Prepis jedného diela druhým sa javí ako čitateľské gesto zachycujúce tento proces v novej tvorbe.
|
|
|
Strukturní biologie komplexu potkaních NK buněčných receptorů NKR-P1B a Clrb
Dvorská, Anna ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Ingr, Marek (oponent)
NK buňky mají důležitou roli v nespecifické imunitě organismů. Jejich schopností je rozpo- znat a zabít nádorové a virově infikované buňky bez předchozí senzitizace antigenem. Jejich funkce je usměrňována množstvím stimulačních a inhibičních receptorů interagujících s li- gandy na cílové - nádorové či infikované buňce. Tato práce se zabývá přípravou a studiem komplexu potkaního NK buněčného inhibičního receptoru NKR-P1B ("natural killer cell re- ceptor - protein 1B") a jeho ligandu Clrb ("C-type lectin-related ligand b"). Clrb spouští inhibici NKR-P1B, což znamená, že pokud buňka exprimuje Clrb, nebude zničena. Při in- fekci potkaním cytomegalovirem ztrácí buňka ze svého povrchu Clrb a není tedy zabráněno jejímu zničení. Buňky infikované tímto virem se brání zničení pomocí exprese virového genu C-lektinového typu RCTL, jenž je homologem Clrb. Pro rekombinantní přípravu rozpustné formy těchto dvou receptorů potkaních NK bu- něk byla použita tranzientní transfekce linie lidských embryonálních ledvinných buněk 293 s jednoduchou glykosylací (HEK293S GnTI− ). Nativní formy receptorů - disulfidicky vázané homodimery - byly připraveny jako fúzní konstrukty s IgG Fc (s pomocí vektoru pYD5), které po odštěpení TEV proteasou poskytují čistě dimerní formu extracelulární části re- ceptorů bez jakékoliv afinitní...
|
host ::
RSS.