|
|
Agregace proteinů býčí semenné plasmy
Boháček, Hanuš ; Liberda, Jiří (vedoucí práce) ; Hýsková, Veronika (oponent)
Savčí fertilizace je jedinečný a fascinující sled událostí, v němž se významně uplatňují seminální proteiny. Je známo, že v případě býka (Bos taurus) se proteiny semenné plazmy (BSP), zvláště pak jejich majoritní složka PDC-109, nacházejí v agregovaných stavech, ale o mechanismu tvorby agregátů a jejich biologické funkci se příliš mnoho neví. Z výsledků této práce vyplývají některé zajímavé vlastnosti PDC-109 a BSP. Zjistili jsme, že koncentrace těchto proteinů má značný vliv na jejich agregaci, což může mít důležitý biologický význam. Separace seminálních proteinů gelovou chromatografií odhalila existenci tří hlavních frakcí, označených I, II a III, odpovídajících relativním molekulovým hmotnostem Mr > 150 000, Mr = 30 000 a Mr = 13 000, resp. Jejich molekulové hmotnosti jsou zachovány i po purifikační proceduře v případě PDC-109, což naznačuje velmi stabilní interakce, zahrnuté ve formaci agregátů. Navíc byla v jednotlivých frakcích rozdílná distribuce glykoforem PDC-109, jež může souviset s jejich odlišným vazebným chováním k membráně spermie, což jsme zjistili pomocí fluorescenční mikroskopie. Nicméně k lepšímu pochopení studované problematiky je zapotřebí dalších experimentů.
|
|
|
Simulace agregačního chování
Tomek, Jakub ; Brom, Cyril (vedoucí práce) ; Holan, Tomáš (oponent)
Mnoho druhů švábů ve volné přírodě tvoří agregace. Tématem této práce je hledání evolučních výhod, které agregační chování švábům poskytuje. Kvůli problémům spojeným s testováním evolučních hypotéz na živých švábech jsme se rozhodli jako prostředek výzkumu použít multiagentní simulaci. Vytvořili jsme několik modelů, které testují určité hypotézy týkající se různých oblastí života švábů. Naše výsledky podporují například hypotézy týkající se ochrany švábů před predátory, či efektivního sdílení potravy z mrtvých švábů. Také nabízíme vysvětlení kanibalismu švábů. Některé hypotézy naopak podpořeny nebyly, např. hypotéza týkající se efektivního využití výkalů jako zdroje jídla. Naše výsledky je možno využít v dalším výzkumu chování švábů. Jelikož je agregace poměrně obecným mechanismem, který se vyskytuje ve více přírodních vědách, naše výsledky lze aplikovat i v nich. 1
|
|
|
Kolektivní hodnocení kvality filmové a seriálové tvorby v Česko-Slovenské filmové databázi http: www.csfd.cz
Vychytil, Václav ; Švelch, Jaroslav (vedoucí práce) ; Bednařík, Petr (oponent)
(abstrakt) Diplomová práce "Kolektivní hodnocení kvality filmové a seriálové tvorby v Česko- Slovenské filmové databázi http://www.csfd.cz" se zabývá tématem agregovaného hodnocení skóre filmů v internetových filmových databázích, především v tzv. ČSFD a IMDb. Práce vymezuje internetové databáze v kontextu sociálního diskursu. Stručně informuje o historii internetových databází a seznamuje čtenáře s jejich fungováním. Databáze se postupem času staly autoritami v oblasti posuzování kvality filmů, a například u ČSFD je barevné rozdělení filmů určitou formou nastolování agendy. Práce poukazuje na problematiku kvality, a jejího hodnocení. Snaží se co nejvíce rozkrýt mechanizmus, jakým jsou tvořena čísla, která tuto kvalitu reprezentují. Zásadní částí jsou výsledky vlastního výzkumu. Z něj jsou zřetelné určité trendy ve směřování databází. Seriálová tvorba nakonec nebyla zkoumána podrobně, protože to neumožnily použité metody a rozsah práce.
|
|
|
Možnosti stanovení funkce trombocytů pomocí optické a impedanční agregometrie
Malíková, Lenka ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Poljaková, Jitka (oponent)
Úvod: Krevní destičky hrají klíčovou roli v procesu zástavy krvácení tvorbou primární destičkové hemostatické zátky. Za určitých okolností je však tato role krevních destiček nežádoucí a podáváním lékových preparátů kyseliny acetylsalicylové (ASA) a clopidogrelu je záměrně zasahováno do mechanismu primární hemostasy a funkce destiček je potlačována nebo zmírňována. Tento proces však musí být řízený a dobře kontrolovatelný. Clopidogrel je antiagregační lék úspěšně používaný k prevenci trombotických komplikací. Aktivní metabolit vzniká z clopidogrelu in-vivo účinkem cytochromu P450 3A4 a váže se selektivně a ireversibilně na receptor P2Y12, čímž blokuje aktivaci destiček prostřednictvím ADP. Účinek clopidogrelu je značně variabilní. Je známo, že neodpovídavost na léčbu se objevuje u 5- 30 % pacientů. ASA ireversibilně acetyluje destičkovou cyklooxygenasu (COX), čímž blokuje přeměnu arachidonové kyseliny (AA) na tromboxan A2 (TXA2), a zabraňuje tak aktivaci destiček. Léčba aspirinem je efektivní, avšak u některých pacientů se vyskytuje tzv. aspirinová resistence (AR), tedy neodpovídavost na léčbu ASA. Cíl studie: V naší práci jsme se zaměřili na stanovení referenčních rozmezí pomocí měření funkce krevních destiček u zdravých dárců. Dalším cílem bylo stanovit účinnost clopidogrelu a ASA dostupnými...
|
|
|
Coagulation of organic matter produced by phytoplankton
Načeradská, Jana
Překládaná disertační práce se zabývá odstranitelností organických látek produkovaných řasami a sinicemi (AOM - algal organic matter) koagulací při úpravě vody a také vlivem AOM na koagulaci dalších látek přítomných v surové vodě. Zvláštní důraz je kladen na popis mechanismů koagulace. Účinnost odstranění AOM koagulací byla posuzována za pomoci koagulačních testů prováděných s optimalizovanými dávkami koagulačních činidel (síranu hlinitého nebo železitého) při různých hodnotách pH. V experimentech byly použity peptidy a proteiny obsažené v buněčném materiálu sinice Microcystis aeruginosa, o kterých bylo již dříve zjištěno, že narušují koagulační proces. Za účelem posouzení vlivu AOM na koagulaci zakalených vod byly dále provedeny koagulační testy s peptidy a proteiny společně s kaolinovými částicemi, reprezentujícími jílové částice v zakalených vodách, jak s koagulačními činidly, tak bez nich. Aby bylo možné popsat koagulační mechanismy, AOM byly charakterizovány z hlediska náboje, funkčních skupin, molekulových vah a schopnosti tvořit rozpuštěné komplexy s koagulačními činidly. Výsledky experimentů ukázaly, že odstranitelnost peptidů a proteinů je značně závislá na hodnotě pH a vlastnostech koagulujících částic či molekul. Nejvyšší míry odstranění bylo dosaženo při takových hodnotách pH, při...
|
|
|
Nanoparticles formed by complexes of copolymers with low-molar-mass compounds
Vojtová, Jana
Tato práce se soustředí na směsné systémy tvořené různými typy kopolymerů (dvojitě hydrofilní blokové a gradientové polyelektrolyty, hydrofobní roubované kopolymery) a nízkomolekulárními látkami (dodecylsulfát sodný jako typický iontový surfakant, superparamagnetické oxidy železa ve formě nanokrystalů). Elektrostatické a hydrofobní interakce ve studovaných systémech vedoucí k agregačnímu chování a k tvorbě samoorganizovaných nanočástic byly studovány kombinací rozptylových a mikroskopických technik, zahrnující rozptyl světla, X-paprsků a neutronů, elektronovou mikroskopii a mikroskopii atomárních sil. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Predikce vlivu mutace na rozpustnost proteinů
Velecký, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Hon, Jiří (vedoucí práce)
Cílem práce je vytvoření prediktoru změny rozpustnosti mutovaného proteinu ze znalosti jeho původní 3D struktury. Predikce rozpustnosti proteinů je část bioinformatiky, která dosud není uspokojivě vyřešena. Přičemž především predikci ze 3D struktury není věnována náležitá pozornost. Práce obsahuje souhrn relevantních znalostí o proteinech, jejich rozpustnosti a stávajících predikčních nástrojích. Princip navrženého prediktoru je inspirován článkem Surface Patches, a práce si tak dává za cíl také ověřit výsledky v něm dosažené. Navržená predikce funguje podle změn oblastí kladného elektrického potenciálu nad povrchem proteinu. Nástroj byl úspěšně implementován a byla provedena celá řada výpočetně náročných experimentů. Z nich vyplynulo, že tímto způsobem lze elektrický potenciál, a tedy i prediktor, použít úspěšně jen u omezené množiny proteinů. Metoda použitá v článku navíc koreluje s mnohem jednodušší proměnou celkového náboje proteinu.
|
|
|
Role mechanismů proteostáze v neurodegenerativních onemocněních
Zezulová, Kristýna ; Vodička, Petr (vedoucí práce) ; Marková, Vendula (oponent)
Homeostáze proteinů neboli proteostáze hraje důležitou rolí v udržování normálních funkcí buněk a jejich životaschopnosti. Neurony jsou zvláště náchylné k dysregulaci a rozvratu proteostáze s následným poškozením funkce a odumíráním, což se projevuje formou takzvaných neurodegenerativních onemocnění. Jedním z nich je Huntingtonova choroba, neurodegenerace s autosomálně dominantní dědičností. Expanze CAG repetice v genu huntingtinu je translatována do abnormálně dlouhého řetězce glutaminů v proteinu huntingtinu, čímž dochází k narušení proteostáze neuronů. Primárně postiženou oblastí mozku je striatum basálních ganglií. Onemocnění je progresivní, k projevu symptomů dochází obvykle až v dospělosti a po mnoha letech vede až ke smrti pacienta. Navzdory intenzivnímu výzkumu není patologie této nemoci stále plně objasněna, léčba zůstává pouze symptomatická a nové studie přinášejí zároveň s hlubším porozuměním také mnoho nových otázek. Skrze komplexitu a provázanost problematiky tak může studium proteostáze v neurodegeneracích přinést nejen nové směry terapie, ale i detailní pochopení procesů regulujících stres, paměť či stárnutí.
|
|
|
Generalizace LOD2 modelů budov metodou agregace
Měchurová, Kristýna ; Brůha, Lukáš (vedoucí práce) ; Pokorný, Tomáš (oponent)
Generalizace LOD2 modelů budov metodou agregace Abstrakt Práce se zabývá návrhem a implementací postupu agregace 3D modelů budov LOD2. Pomocí metody matematické optimalizace je navržen takový postup, aby bylo dosaženo globálně optimálního řešení. Budovy jsou agregovány na základě podobnostních charakteristik typických pro LOD2, např. typ střechy. Při agregaci je kladen důraz na to, aby byly minimalizovány objemové změny tělesa a zároveň aby se minimalizoval počet agregátů. Je vytvořena optimalizační úloha v podobě skriptu s volitelnými parametry tak, aby mohl skript posloužit široké škále uživatelů. Vstupní data jsou vytvořena pomocí metody procedurálního modelování a následně upravena tak, aby budovy tvořily souvislé bloky. Nakonec je za účelem názornosti výsledků optimalizace navržen a implementován postup vizualizace optimalizační úlohy. Klíčová slova: 3D GIS, generalizace, agregace, matematická optimalizace, procedurální modelování
|
|
|
Adaptivní vzorkování paketů implementované v sondě FlowMon
Kaštovský, Petr ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
V rámci projektu Liberouter je vyvíjena sonda FlowMon určená pro pasivní monitorování sítí. Sonda na rozdíl od programových řešení poskytuje vysokou stabilitu a přesnost výsledků i pod nadměrnou zátěží či útokem. Pro zajištění kvality výsledků je třeba redukovat množství zpracovávaných dat tak, aby nedošlo k~přetížení měřícího systému. Způsobů používaných ke snížení objemu vstupních informací existuje celá řada. Metoda redukce dat použitá v~sondě FlowMon se nazývá vzorkování. Adaptivní vzorkovací jednotka pak zaručuje, že aktuální vzorkování (poměr zpracovaných a zahozených paketů) se přizpůsobí okamžitému stavu monitorované sítě.
|
host ::
RSS.