|
Cytologická studie modelů DNA metylace a metylace histonů u lidských buněčných linií
Skalníková, M. ; Bártová, Eva ; Kozubek, Stanislav ; Kozubek, Michal
Epigenetické procesy jsou definovány jako dědičné změny ve funkcích genomu, které nastávají bez změny v primární sekvenci DNA. Genová exprese, chromozomová segregace, DNA replikace, reparace a další rekombinantní děje neprobíhají pouze na samotné molekule DNA, ale také na chromatinovém templátu. DNA metylace společně s metylací histonů na lysinových zbytcích představují rámcový vztah pro dlouhodobé epigenetické udržovací mechanismy regulace genové exprese.Objevy, že enzymy mohou reorganizovat chromatin do tzv. „otevřené“ a „neotevřené“ konfigurace odhalují více epigenetické mechanismy, které podstatně rozšiřují informaci potencionálního histonového kódu. U živočichů je heterochromatin charakterizován metylací CpG ostrůvků na molekule DNA a metylací lysinu 9 na histonu H3 (H3-K9), zatímco euchromatin je spojován s metylací lysinu 4 na histonu H3 (H3-K4).
|
| |
|
Prolyl endopeptidasa z krevničky Schistosoma mansoni
Fajtová, Pavla ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Prolyl endopeptidasa SmPEP z krevničky střevní (S. mansoni) nebyla dosud studována. Tento enzym je zajímavý z pohledu vyhledávání nových molekulárních cílů pro léčbu schistosomózy. SmPEP byla detekována v extraktu z dospělých červů krevničky střevní pomocí enzymové aktivity a imunoreaktivity Aktivní forma SmPEP byla připravena jako rekombinantní protein v expresním systému E. coli a byla chromatograficky izolována. Rekombinantní SmPEP vykazuje pH optimum cca 8. Analýza substrátové specifity ukázala, že SmPEP štěpí peptidové substráty v endopeptidasovém módu, ale nikoli makromolekulární proteinové substráty. Pomocí syntetických flurogenních peptidových substrátů byly určeny preference pro aminokyseliny v pozicích P3-P1'. Byla určena inhibiční specifita SmPEP a jako nejúčinnější inhibitory nalezeny Z-Ala-Pro-CMK a Z-Arg-Pro-CHO. Pro rekombinantní SmPEP byly nalezeny primární krystalizační podmínky.
|
|
Příprava rekombinatních extracelulárních domén leukocytárních receptorů AICL a NKR-P1CBALB
Čonka, Martin ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Cebecauer, Marek (oponent)
v českém jazyce NK buňky jsou řazeny mezi populaci lymfocytů, která je schopna cytotoxicky usmrtit některé nádorové či viry infikované buňky. Předmětem této diplomové práce je myší NK buněčný receptor mNKR-P1CBALB a lidský leukocytární receptor hAICL. mNKR-P1CBALB je řazen mezi aktivační receptory a je schopen aktivovat cytotoxické funkce NK buněk vůči cílovým buňkám. Receptor hAICL je ligandem lidského aktivačního NK buněčného receptoru NKp80. Interakce mezi těmito proteiny též vede k aktivaci efektorových funkcí NK buněk. Cílem této práce bylo připravit rekombinantní extracelulární části receptorů mNKR-P1CBALB a hAICL, optimalizovat jejich in vitro renaturaci a charakterizovat tyto proteiny pomocí hmotnostní spektrometrie. Takto získané proteinové preparáty poslouží k dalšímu studiu struktury extracelulárních částí těchto leukocytárních receptorů.
|
|
Využití odpadních surovin k produkci obohacené kvasinkové biomasy
Starečková, Terezie ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Vávrová, Milada (oponent) ; doc.PharmDr.Petr Babula, Ph.D. (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Kvasinky jsou stejně jako ostatní organismy neustále vystavovány vlivům okolního prostředí. Jejich přežití závisí na dovednosti přizpůsobit se environmentálním změnám včetně schopnosti využívat různé alternativní zdroje živin. V předložené disertační práci byly karotenogenní kvasinky patřící mezi rody Rhodotorula, Sporobolomyces a Cystofilobasidium testovány z hlediska využitelnosti vybraných odpadních substrátů a rovněž podrobeny souběžně účinkům několika typů exogenního stresu a mutacím za účelem zvýšení produkce mikrobiální biomasy obohacené specifickými metabolity. Jako alternativní nutriční zdroje pocházející z odpadních substrátů ze zemědělské a hospodářské výroby byly testovány jablečné slupky, vláknina, kukuřičné klíčky a další. Kvasinky byly dále vystaveny působení osmotického, oxidačního a kombinovaného stresu (přídavky NaCl a H2O2 o různých koncentracích do kultivačních médií), dále iontů kovů selenu a chromu v koncentracích 0,01 mM, 0,1 mM a 1 mM. Testoval se také vliv mutagenu ethylesteru kyseliny metansulfonové. Při provedených experimentech se sledovala schopnost adaptace buněk, morfologické změny, zabarvení médií produkovanými pigmenty, tvorba některých významných kvasinkových metabolitů a změny ve fragmentaci chromozomální DNA. Za účelem vyhodnocení potenciálních změn v kvasinkovém genomu po působení mutagenu a stresových faktorů se optimalizovaly metody izolace intaktní chromozomální DNA a následná analýza pulsní gelovou elektroforézou. Množství produkovaných metabolitů se analyzovalo zejména pomocí RP-HPLC s UV/VIS a MS detekcí. V práci bylo prokázáno, že většina kmenů je schopna využívat studované odpadní substráty a produkovat na nich vybrané cílové metabolity. Biomasa se např. u R. aurantiaca na jablečné vláknině pohybovala kolem 7 g/l a u C. capitatum při kultivaci na neupravené syrovátce dosahovala 9 g/l. Vyprodukované množství karotenoidů činilo u R. aurantiaca při kultivacích na pšeničné kaši a kukuřičných klíčcích s enzymatickou hydrolýzou F. solani 1,01 mg/g, u S. roseus na těstovinách až 4,3 mg/g. Hodnoty syntézy ergosterolu se u R. aurantiaca pohybovaly na jablečných slupkách kolem 4,8 mg/g, u S. roseus při kultivaci na těstovinách s enzymatickou hydrolýzou P. chrysosporium 8,9 mg/g. Nejvhodnějším substrátem pro produkci biomasy a indukci karotenoidů jsou odpady obsahující směs jednodušších a složených sacharidů obohacená o přídavek dusíkatých látek. Potenciální cytotoxický účinek stresových faktorů o nízkých koncentracích nebyl prokázán. Genom karotenogenních kvasinek se podařilo rozdělit optimalizovanou metodou PFGE, karyotypy jednotlivých zástupců obsahují 11 a více chromosomů s viditelnými odlišnostmi mezi jednotlivými druhy i rody. V rámci zahraniční stáže se testovala schopnost rekombinantní kvasinky S. cerevisiae přeměňovat xylózu na xylitol, čímž by se dosáhlo zvýšení produkce bioethanolu jakožto náhradního zdroje paliv. Ukázalo se, že jak využitím ligninocelulózových materiálů k produkci biolihu, tak i různých odpadních substrátů k mikrobiální syntéze karotenoidů by vedlo ke snížení průmyslových výrobních nákladů na produkci kvasinkových metabolitů, jakož i ke snížení negativní zátěže na životní prostředí.
|
|
Studium úlohy biotransformačních enzymů v chemické karcinogenezi
Kondrová, Eliška ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Skálová, Lenka (oponent) ; Vobořilová, Jana (oponent) ; Bořek Dohalská, Lucie (oponent)
Biotransformační studie in vitro jsou nezbytnou součástí toxikologického výzkumu i vývoje nových léčiv, nebo umožňují významnou měrou snížit počet testů na lidských dobrovolnících a poskytují detailnější informace o metabolismu studované látky. Díky limitované dostupnosti lidské jaterní tkáně je pro studium interakcí biotransformačních enzymů s xenobiotiky třeba využívat alternativní modelové systémy a modelové zvířecí druhy. Vzhledem k tomu, že u nejběžnějšího laboratorního druhu, potkana, nejsou přítomny aktivity nejvýznamnějších lidských biotransformačních enzymů, velmi přínosné mohou být informace získané s použitím miniprasat jako modelového druhu. Rekombinantní lidské biotransformační enzymy exprimované v bakteriálních buňkách mohou být použity ke studiu biotransformace ve formě izolovaných bakteriálních membrán. Tyto systémy poskytují informace o metabolismu studované látky definovaným enzymem, jejich výhodou oproti izolovaným enzymům je přitom nízká cena a snadnější a rychlejší příprava s menšími ztrátami enzymové aktivity během izolace. Cílem práce bylo: 1) Připravit modelový systém s lidskými biotransformačními enzymy exprimovanými v bakteriálních membránách a porovnat vlastnosti tohoto systému s jaterními mikrosomy pokusných miniprasat. Zhodnotit možné využití těchto dvou systémů pro testování...
|
| |
|
Pentraxin PTX3 - nový marker imunopatologického zánětu
Kondělková, Kateřina ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Andrýs, Ctirad (oponent)
Souhrn Pentraxin 3 (PTX3) je nově identifikovaný reaktant akutní fáze, který sdílí některé strukturní a funkční vlastnosti s CRP, klasickým krátkým pentraxinem. Na druhou stranu, PTX3 má své unikátní biologické vlastnosti, včetně možné role v patogenezi kardiovaskulárních chorob a v procesu doprovázející přirozený vývoj operační rány. Na rozdíl od CRP, který je tvořen převážně v játrech, PTX3 je produkován zejména v místech poškození tkáně. Syntéza PTX3 je vyvolána prozánětlivými cytokiny TNF-α nebo IL-1β, mikrobiálními složkami stěn jako například lipopolysacharidy. Plazmatické koncentrace PTX3 jsou zvýšené u velkého množství chorobných stavů jako například u chorob koronární artérie, u pulmonální infekce a akutního poranění plic, u pacientů s chronickým onemocněním ledvin, u pacientů s depresí, během normálního těhotenství a preeklampsie, u pacientů s psoriázou a během kardio operací s nebo bez kardiopulmonárního bypassu. PTX3 byl stanoven užitím detekčního setu (Alexis Biochemicals, Švýcarsko), cat.no.ALX-850-299-KI01 pro sendvičovou ELISA aplikaci, která poskytuje záchyt monoklonálních protilátek k PTX3, detekci polyklonálních protilátek k PTX3 a rekombinantní PTX3 (standard). Goeckermanova terapie je vysoce efektní v léčbě psoriázy. GT dosahuje dobrých klinických výsledků s dlouhodobou remisí u většiny...
|
|
Příprava rekombinantní cDNA některých lékových transportérů
Svobodová, Iveta ; Štaud, František (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
SOUHRN Amplifikovali jsme CDS pro transportér ABCC4, ABCC5. Pro amplifikaci ABCC5 jsme navrhli dva systémy, pouze první systém jsme zaklonovávali. Optimální teplota annealingu byla 64 řC a optimální koncentrace hořčíku byla 2mM. Jako klonovací kit se nám osvědčil až TOPO XL. Do vektoru jsme zaklonovali CDS pro ABCC4, ABCC5. Inzerty jsme štěpili pomocí restrikčních endonukleáz. ABCC4 jsme vyštěpili Spe I a Not I. ABCC5 jsme štěpili pomocí EcoR I a Hind III. Stejnými endonukleázami jsme štěpili i pZeoSV2(-). Poté jsme inzerty zaklonovali do pZeoSV2(-).
|
| |
host ::
