Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 17 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Studies on structure and biological functions of NKR-P1 receptors
Rozbeský, Daniel ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Drbal, Karel (oponent)
Významnou součástí imunitního systému jsou NK buňky, které jsou schopny rozpoznávat a zabíjet některé nádorové a virem infikované buňky. Rozpoznávání abnormálních buněk je zprostředkováno sofistikovaným repertoárem aktivačních a inhibičních receptorů, které se nachází na povrchu NK buněk. Mezi nejznámější receptory patří rodina C-lektinových receptorů NKR-P1, o kterých se předpokládá, že jsou transmembránové proteiny II. typu vyskytující se na membráně v podobě disulfidicky vázaných homodimerů. Ačkoliv od jejich objevu uplynulo více než 20 let, jejich struktura a funkce je stále zahalená rouškou tajemství. Cílem disertační práce byl strukturní výzkum myších NKR-P1 receptorů za účelem poznat jejich funkce. V první části jsme vyvinuli metodu pro přípravu rekombinantních receptorů myší rodiny NKR-P1. Dále jsme se detailně zabývali receptorem NKR-P1A, jehož struktura byla vyřešena pomocí rentgenové strukturní analýzy s rozlišením 1,7 A. Unikátní vlastností struktury byla smyčka extendovaná z konzervované C-lektinové domény, která v krystalu interagovala se symetricky sdruženou molekulou. Konformace a flexibilita smyčky byla dále studována v roztoku pomocí vodík/deuteriové výměny a chemického síťování ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Jednotlivé analýzy potvrdily, že struktura NKR-P1A se v roztoku liší od...
Molekulární interakce vyvíjejících se axonů s povrchovým ektodermem
Matějček, Miroslav ; Machoň, Ondřej (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Kraniální nervy jsou komplexem skládajícím se z dvanácti párových nervů, které svými nervovými zakončeními propojují orgány hlavy s centrální nervovou soustavou. Jedněmi z takto inervovaných orgánů jsou smyslové vousky (neboli také vibrisy), které jsou inervovány axony infraorbitálního oblouku trigeminálního nervu. Smyslové vousky jsou speciálním typem ochlupení savců sloužícím k orientaci v terénu, lokalizaci kořisti a lokomoci. Dlouhou dobu se diskutuje o potenciální roli axonů v iniciaci vzniku smyslových vousků, avšak tato hypotéza nebyla nikdy potvrzena. V naší práci jsme výzkum prováděli na myších kmenech Neurog1 KO a Meis2 cKO, které mají chybný vývoj trigeminálního nervu, nebo jim trigeminální nerv zcela chybí. Díky analýze jejich embryonálního vývoje jsme vyvrátili hypotézu, že axony trigeminálního nervu iniciují vznik folikulů smyslových vousků. U embryí Meis2 cKO jsme pozorovali poruchu tvorby folikulů smyslových vousků. Exprese genu Meis2 v průběhu vývoje smyslových vousků ovlivňuje signální kaskády Fgf, Shh a Bmp. V důsledku změn v aktivitě těchto kaskád předpokládáme, že dochází k zastavení vývoje smyslových vousků mezi prvním dermálním a prvním epidermálním signálem.
Molecular logic of the Notch ligands in development and disease
Trampotová, Eliška ; Mašek, Jan (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Signální dráha Notch je jednou z klíčových forem transdukce signálu v embryonálním vývoji všech metazoa. U savců se kanonické signalizace na čtyřech Notch receptorech účastní pět ligandů lišících se mezi sebou svou strukturou i funkcí. Zásadní význam této signalizační dráhy v embryonálním vývoji odráží vrozené vady způsobené mutacemi receptorů či ligandů. Ukázkovým příkladem takovéto vrozené poruchy je Alagillův syndrom - vzácné multisystémové onemocnění způsobené v 94 % případů mutacemi Notch ligandu Jagged1. Podstatná část dosavadního výzkumu byla směřována k Notch receptorům za účelem osvětlení jejich funkcí, nicméně je nasnadě tvrdit, že regulace aktivity dráhy ligandy může mít v signalizaci dokonce větší význam. Tato práce si proto klade za cíl komplexní srovnání pěti savčích ligandů dráhy Notch, jejich struktur a funkcí ve vývojových procesech. Práce se zaměřuje na variabilitu interakcí ligand-receptor a biofyzikální mechanismy signalizace, přičemž zdůrazňuje význam intracelulárních domén Notch ligandů v těchto interakcích.
Strukturní a funkční studie MICAL signalizace v dynamice cytoskeletu
Rožová, Dominika ; Rozbeský, Daniel (vedoucí práce) ; Sulimenko, Vadym (oponent)
Předmětem této práce byl kuřecí protein MICAL1, který se zapojuje do semaforin- plexin signální dráhy a má významný vliv na přeskupování cytoskeletu. Význačná role MICAL1 proteinu je spojována především s naváděním axonů, jelikož destabilizuje aktinová filamenta prostřednictvím své oxidační aktivity. Zaměřili jsme se na objasnění molekulárních mechanismů autoinhibice kuřecího MICAL1 za pomoci metod molekulární a strukturní biologie společně s novými metodami predikce proteinových struktur. Kuřecí MICAL1 byl vyroben v hmyzích buňkách Sf9 bakulovirovým expresním systémem, přičemž byla vyprodukována jak plná, tak zkrácená verze kuřecího proteinu MICAL1. Proteiny jsme charakterizovali kineticky a určili oligomerní stav kuřecího MICAL1 v roztoku. Velké úsilí jsme věnovali rozřešení proteinové struktury pomocí krystalografie, elektronové mikroskopie a predikce v programu Alphafold 2. Na základě výsledků těchto metod jsme vyvodili, že MICAL1 proteiny jsou regulovány skrze svou C terminální doménu, která interaguje s monooxygenázovou doménou. V rámci této interakce tak dojde k autoinhibici kuřecího MICAL1. Vyloučili jsme možnost, že by kuřecí MICAL1 byl regulován změnou svého oligomerního stavu. Výsledky této diplomové práce budou sloužit pro další studium interakce MICAL1 v rámci navazujících diplomových...
Structural and functional studies of signaling molecules in axon guidance
Knapp, Kryštof ; Rozbeský, Daniel (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
V této práci jsme se zaměřili na studium autoinhibičního mechanismu proteinů z rodiny MI- CAL pomocí biochemických, biofyzikálních a bioinformatických metod. MICAL proteiny patří do skupiny flavinových monooxygenas a sehrávají nezbytnou roli v řadě buněčných pro- cesů zejména skrze regulaci dynamiky cytoskeletonu. MICAL-1 je dlouhodobě studován pro svou roli v mechanismu navádění axonu jako efektor repulzivně signalizačních drah, kde pů- sobí destabilizaci aktinových vláken pomocí své oxidační aktivity. Nedávno zveřejněné studie poukazují na to, že MICAL-1 může působit také jako signalizační molekula skrze lokalizo- vanou produkci peroxidu vodíku, která reguluje funkci dalších proteinů. Navzdory tomu, že je dlouhodobě zřejmé, že aktivita MICAL-1 proteinu musí být přísně regulována, přesný mechanismus této regulace dosud není znám. Na základě studia reakční kinetiky a simu- lací molekulové dynamiky MICAL-1 proteinu z křepelky japonské a jeho zkrácené verze bez C-terminální domény, předkládáme nový model pro autoinhibiční mechanismus MICAL-1 proteinů. Domníváme se, že regulace aktivity MICAL-1 proteinů je zprostředkována skrze interakci mezi C-terminální a monooxygenasovou doménou, která brání plné katalytické ak- tivitě. Dále předkládáme důkazy o tom, že regulace aktivity proteinu není ovlivněna...
Studium stability komplexu transkripčního faktoru s dsDNA v plynné a kapalné fázi
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Integrativní strukturní biologie využívá nejen techniky s vysokým rozlišením, poskytující informaci o poloze jednotlivých atomů, i techniky s nízkým rozlišením nachází své uplatnění, protože informace o dynamických a heterogenních uspořádáních je konvenčními přístupy těžko dostupná. Díky senzitivitě, specificitě a versatilitě hmotnostní spektrometrie (MS) vznikla celá škála strukturních technik, založených právě na MS. Jedním ze směrů strukturní MS je nativní hmotnostní spektrometrie, která je založena na ionizaci nanoelektrosprejem z nedenaturujících rozpouštědel. Díky tomu je v plynné fázi zachována terciární i kvarterní struktura, a lze tudíž studovat nejen složení vzorku, ale s využitím iontové mobility (IM-MS) i konformaci biomolekul. Pomocí MS je tak možné přímo zachytit i perturbaci biomolekul, jako v případě aktivace zahříváním sprejovaného roztoku (vT-nESI). Cílem diplomové práce bylo studovat teplotní stabilitu protein-DNA komplexů DNA-vazebných domén transkripčních faktorů TEAD1 a FOXO4. Komplexy byly charakterizovány nativní MS a IM-MS s využitím aktivace zahříváním sprejovaného roztoku, pomocí aparatury vyvinuté v naší laboratoři. Nejprve byly vT-nESI stanoveny teploty tavení dvouvláknové DNA, odpovídající teoreticky vypočteným i experimentálně stanoveným hodnotám. Byla též popsána...
Strukturní charakterizace interakcí podjednotek GBAF chromatin remodelujícího komplexu
Naušová, Karolína ; Veverka, Václav (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Epigenetika je vědní obor zabývající se studiem dědičných změn fenotypu, které nejsou zapříčiněny změnou sekvence DNA. Mezi hlavní mechanismy tohoto podoboru genetiky se řadí mimo jiné i remodelace chromatinu zprostředkovaná ATP- dependentními chromatin remodelujícími komplexy, které mají zásadní vliv na expresi genů, a tím i chod organismu. Savčí variantou ATP-dependentního chromatin remodelujícího komplexu SWI/SNF je BAF komplex, který se může podílet jak na aktivaci, tak i na represi genové exprese. Rozeznávány jsou celkem 3 hlavní varianty tohoto komplexu, mezi které se řadí i nekanonický BAF, známý také jako "GLTSCR1 podjednotku obsahující BAF, GBAF". Každý komplex je složen z až 15 podjednotek, z nichž některé jsou specifické pouze pro jednu z variant komplexu. Mutace v genech kódující tyto komplexy vedou k řadě genetických poruch nebo k rozvoji rakovinného bujení. Nekanonický BAF obsahuje specifické proteinové podjednotky BRD9 (z angl. Bromodomain containing protein 9), GLTSCR1 (z angl. Glioma tumor suppressor candidate region 1) nebo GLTSCR1L (z angl. GLTSCR1-like), bez kterých není schopen vzniku. Přestože přesná funkce GBAF komplexu nebyla doposud objasněna, bývá často spojován se synoviálním sarkomem či rhabdoidním tumorem. V těchto nádorových buňkách je narušena funkce dvou ze tří BAF...
Modulation of interactions of cytokines and their receptors
Kolářová, Lucie ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Osička, Radim (oponent)
(In Czech) Protein-proteinové interakce, stejně jako interakce s dalšími molekulami například DNA a RNA, hrají důležitou roli v široké škále biologických aktivit a procesů v živých buňkách. Pochopení proteinových interakcí, nové přístupy a nástroje pro modulaci těchto interakcí jsou důležité pro medicínskou a biotechnologickou oblast výzkumu a vývoje. Jako modelový systém pro studium biologických interakcí a modulaci biologických funkcí jsme využili interleukiny z rodiny 10. Podmínkou studia biologických procesů a pochopení biomolekulárních interakcí je příprava rekombinantních proteinů, které jsou stabilní v širokém spektru podmínek. Exprese rekombinantních proteinů v dostatečném množství a kvalitě je ale často náročným úkolem. Naším cílem bylo proto vytvořit nové přístupy k produkci složitých proteinů. V této práci popisujeme modifikaci interleukinu-24 (IL-24), člena skupiny IL-10 rodiny pomocí níž jsme dosáhli zvýšení exprese a stability IL-24. Práce ukazuje, že aplikace proteinového inženýrství je vhodným nástrojem pro studium složitých proteinů. V druhé části této práce jsme se zaměřili na nové postupy v přípravě malých vazebných proteinů (skafoldů). Malé vazebné proteiny se staly ve vývoji proteinových léčiv slibnou alternativou k široce využívaným protilátkám. Nové vazebné proteiny se...
Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.
Kukačka, Zdeněk ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Některé bílkoviny k plnění své funkce vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru nebo prostetické skupiny. Vazba této specifické molekuly může v molekulách bílkovin způsobit konformační změny. V některých případech může charakterizace takovýchto konformačních změn představovat velmi náročný úkol. V předkládané práci je popsán nový přístup sloužící ke sledování těchto změn pomocí kombinace chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Na modelovém systému, kterým byl zvolen protein kalmodulin, je ukázáno, že analýza pomocí izotopově značených síťovacích činidel umožnuje získat přehled o změnách struktury způsobených přítomností nebo nepřítomností ligandu. Byly rovněž popsány potenciální nedostatky metody, které tkví především v nedostatečné proteolýze proteinu. Tato nová metoda, která zároveň umožňuje kvantifikaci strukturních změn proteinů, byla použita spolu s dalšími technikami k charakterizaci neutrální trehalasy Nth1 v komplexu s proteinem Bmh1 (kvasinková forma proteinu 14-3-3). Výsledky odhalily, že vazba proteinu Bmh1 vyvolává přeskupení molekuly Nth1 se změnami především v tzv. "EF-hand" podobném motivu, který je nezbytný pro aktivační proces.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 17 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.