|
|
Algorithms for integration of single-cell transcriptomic data
Ševčovičová, Zuzana ; Kolář, Michal (vedoucí práce) ; Abaffy, Pavel (oponent)
Transkriptomika jednotlivých buněk je inovativní technika, která umožňuje zkoumat genovou expresi jednotlivých buněk v tkáních či jiných komplexních biologických vzorcích. Data získaná tímto přístupem přinášejí zásadní poznatky v různých biologických oblastech, jako jsou například embryologie, onkologie či imunologie. Skutečné pochopení fungování a vzájemných interakcí jednotlivých buněk v rámci tkání vyžaduje znalost jejich individuálních expresních profilů. Vzhledem k novosti této metodiky a technickým výzvám při generování dat může být porovnání různých vzorků obtížné a ovlivněno různými dávkovými efekty. Efektivní srovnání informací získaných ohledně genové exprese v odlišných biologických replikátech nebo v technických rep- likátech generovaných různými metodami může být náročné. Vývoj bioinformatických přístupů k vyřešení tohoto problému stále probíhá. Cílem této práce je: 1. Provést průzkum stávajících řešení pro integraci dat z transkriptomiky jednotlivých buněk, 2. porovnat tato řešení s použitím veřejně dostupných souborů dat, konkrétně mononukleárních buněk periferní krve, a 3. vybrat nejvhodnější metodu integrace, která bude použita pro soubor dat...
|
|
|
Influence of Scanning Geometry on the ULS Point Cloud quality
Kolář, Michal ; Potůčková, Markéta (vedoucí práce) ; Anders, Katharina (oponent)
Použití UAV LiDAR umožňuje pořizovat přesná a podrobná mračna bodů zemského povrchu. Při určování prostorové přesnosti každého jednotlivého bodu hraje zásadní roli vyhodnocení zdrojů nejistoty, jako jsou parametry přímého georeferencování (GNSS, IMU), atmosférické vlivy, předzpracování dat nebo geometrie skenování. Vzhledem k obrovskému množství shromážděných bodů a variabilitě skenovaného povrchu je důležité zvážit, jaké procento bodů přesně reprezentuje zemský povrch, a také pochopit podíl šumu a jeho změny v závislosti na geometrii skenování. Cílem této práce je identifikovat šum v datech pořízených ze skalního ledovce a posoudit vliv geometrie skenování na výskyt šumu. Tato studie pracuje s vysoko hustotním ULS bodovým mračnem (1200 bodů/m2 ) pořízeným na kamenném ledovci "Äußeres Hochebenkar" (AHK) v Ötztalských Alpách v Rakousku původně za účelem sledování změn povrchu. Velký objem dat (147 milionu bodů) představuje velkou výzvu pro jejich zpracování. Za účelem eliminace systémových chyb bylo nad celkovým počtem 29 letových pásů nejdříve provedeno dodatečné slícování pásů. Následně byly vypočteny vybrané atributy skenovací geometrie (skenovací vzdálenost, skenovací úhel, incidenční úhel, sklonitost, vzájemná orientace trajektorie a expozice svahu apod.). Pro detekci šumu byly otestováno 5...
|
|
| |
|
|
Automatizované generování typových schémat v CAD/CAE systému
Fiala, Jan ; Kolář, Milan (oponent) ; Bátora, Branislav (vedoucí práce)
Tato Diplomová práce se věnuje návrhu funkčního řešení pro automatizované generování typových schémat na základě definovaných vstupních parametrů pro uvažované struktury. Práce se v první části věnuje úvodu do projektování, řídicích systémů s polní instrumentací a seznámení se se základními normami projektové dokumentace. Následně se zaměřuje na výběr vhodného CAD/CAE softwaru s detailnějším popisem zvoleného prostředí a jeho některých funkcí. V praktické části jsou pak nejprve představeny generované části s úpravami výchozích schémat a dokumentace nutných pro navázání na automatizované generování. Následuje popis procesu generování zvolenou metodou s postupem na konkrétních příkladech dokumentace. Výstupem práce jsou dva vzorové projekty, které zahrnují generovaná schémata pomocí navržené metodiky.
|
|
|
Střevní mikrobiom a jeho změny ve vztahu k léčbě chronických onemocnění
Hurych, Jakub ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Falt, Přemysl (oponent)
Práce se zabývá reakcí střevního mikrobiomu na terapeutické intervence ve třech longitudinálních studiích u chronických onemocnění gastrointestinálního traktu: Crohnovy choroby, celiakální autoimunity a syndromu dráždivého tračníku. K tomu byly využity četné metody mikrobiomové analýzy stolice (zejména masivně paralelní sekvenování 16S rDNA či 18S rDNA a metagenomické sekvenování) s následnou bionformatickou a statistickou analýzou. U Crohnovy choroby jsme detekovali dosud nepopsanou sekundární povahu změn střevního bakteriomu po léčbě anti-TNF. U celiakální autoimunity, kde byl v předchozích pracích popsán efekt intervence probiotik na serologické markery nemoci, střevní bakteriom i metabolom, jsme popsali absenci významných změn na prospěšné střevní prvoky. U syndromu dráždivého tračníku jsme po podání čtyř dávek transplantace směsné mikrobioty pozorovali významnou reakci bakteriomu, avšak bez odpovědi na redukci klinických obtíží. Výsledky studií by mohly přispět k lepšímu poznání role střevního mikrobiomu v patogenezi těchto závažných onemocnění. Klíčová slova: mikrobiom, Crohnova choroba, celiakie, syndrom dráždivého tračníku
|
|
|
Hraní her pomocí neuronových sítí
Buchal, Petr ; Kolář, Martin (oponent) ; Hradiš, Michal (vedoucí práce)
Cílem této práce je naučit neuronovou síť pohybu v prostředích s klasickou kontrolou řízení, hraní tahové hry 2048 a několika Atari her. Jedná se o oblast zpětnovazebního učení. Jako zpětnovazební algoritmus využívající neuronové sítě jsem použil Hluboké Q-učení. Ten jsem pro zvýšení efektivity učení obohatil o několik vylepšení. Mezi vylepšení patří přidání cílové sítě, DDQN, duální architektura neuronové sítě a prioritní vzpomínková paměť. Experimenty s klasickou kontrolou řízení zjistily, že nejvíce zvedá efektivitu učení přidání cílové sítě. V prostředích her dosáhlo Hluboké Q-učení několikanásobně lepších výsledků než náhodný hráč. Výsledky a jejich analýza mohou být využity ke vhledu do problematiky zpětnovazebních algoritmů využívajících neuronové sítě a zdokonalení použitých postupů.
|
|
|
Návrh elektronického obchodu
Kolář, Michal ; Dyk, Tomáš (oponent) ; Luhan, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vytvořením návrhu a realizací elektronického obchodu pro nově vzniklou společnost, zaměřenou především na servis Apple zařízení. Práce se soustředí na analýzu společnosti, požadavků a implementaci elektronického obchodu s inovativními prvky.
|
|
| |
|
|
Podpora pořádání festivalových soutěží
Pavelek, Miroslav ; Kolář, Martin (oponent) ; Křivka, Zbyněk (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá vytvořením podpůrného informačního systému pro organizaci soutěží na festivalu Animefest. Jedná se o webovou aplikaci postavenou na aplikačním rámci Django napsaném v jazyce Python. Systém nahradí aktuální webové řešení a zároveň přinese nové funkce. Organizátorům festivalu umožní vytvářet nové soutěže a spravovat je spolu s přihláškami účastníků, soutěžícím pak registrovat se do soutěží a spravovat své přihlášky.
|
|
|
Hluboké neuronové sítě pro posilované učení v realtimové strategii
Barilla, Marco ; Dobeš, Petr (oponent) ; Kolář, Martin (vedoucí práce)
Strojové učenie je jedna z najrýchlejšie napredujúcich odvetví dnešnej vedy. Je to podoblasť umelej inteligencie ktorá sa zaoberá problémom, ako pomocou počítačov riešiť komplexné moderné problémy. Vo vývoji tohto odvetvia hrajú dôležitú úlohu hry, pretože predstavujú optimálne prostredie na testovanie nových prístupov a ich porovnávanie so schopnosťami človeka. Jedna z hier ktoré sú v tejto oblasti stredobodom pozronosti je Starcraft 2, vďaka svojej širokej hráčskej základni a svojej komplexnosti. Praktickým cieľom tejto práce je vytvoriť advantage actor ctiric agenta, ktorý ktorý bude schopný operovať v prostredí tejto hry.
|
host ::
RSS.