|
|
Normalisation algorithms for spatially resolved transcriptomic data
Nádvorníková, Bára ; Kolář, Michal (vedoucí práce) ; Abaffy, Pavel (oponent)
Prostorově rozlišená transkriptomika je nová metoda, která umožňuje studium genové exprese ve vzorcích tkání bez ztráty prostorového kontextu. Lze ji použít k mapování distribuce mRNA do jednotlivých buněk ale i subcelulárních míst. Data získaná touto metodou poskytují důležité poznatky v různých oborech biologie, včetně embryologie, onkologie nebo imunologie. Fungování a vzájemné interakce jednotlivých buněk nelze plně vysvětlit bez znalosti jejich přesného umístění ve tkáni. Vzhledem k novosti prostorově rozlišené transkriptomiky je v současné době sladění získaných informací o genové expresi a prostorovém uspořádání buněk velkou výzvou a bioinformatické přístupy se teprve vytvářejí. Cílem této práce je zmapovat současné algoritmy pro normalizaci dat získaných touto metodou a porovnat tyto algoritmy na základě dostupných souborů dat. Vybrané algoritmy budou implementovány a integrovány do protokolů používaných na ÚMG AV ČR. Práce zahrnuje i. rešerši dostupných řešení, ii. výběr vhodného řešení nebo návrh nového, iii. implementaci tohoto řešení a jeho testování na dostupných datech.
|
|
|
The role of nitric oxide during embryonic wound healing and regeneration
Abaffy, Pavel ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Studium mechanismů, které kontrolují hojení, je velice atraktivní oblastí biologie a medicíny. Hojení ran se obvykle dělí na dva základní typy. Prvním je hojení dospělých jedinců, které je pomalé a končí jizvou. Druhým je hojení embryí, které je velmi rychlé a bez vzniku jizvy. Hojení je složitý proces, který zahrnuje mnoho kroků a je regulován velikým množstvím různých druhů molekul. Jednou z důležitých molekul je oxid dusnatý (NO), jehož funkce je často spojována s regulací zánětu a angiogeneze v průběhu hojení u dospělých jedinců. Tato práce se zabývá popisem úlohy NO v průběhu hojení časných embryí, která ještě nemají vyvinutý imunitní a cévní systém. Bylo pozorováno, že vysoká koncentrace NO je produkována v průběhu prvních 30 minut po poranění od stádia blastuly po plovoucího pulce. Úlohou NO je hlavně regulace exprese genů, které jsou spojené s odpovědí na stres a souvisejí s buněčným metabolismem. Dopady produkce NO během hojení jsou však pozorovatelné i několik hodin po uzavření rány v námi nově popsané třetí fázi embryonálního hojení. Ve třetí fázi probíhá remodelace poraněné tkáně a NO reguluje expresi a aktivitu matrix metaloproteináz a migraci naivních buněk imunitního systému do místa poranění. Předkládaná práce ukazuje na nový mechanismus působení NO v procesu embryonálního hojení a...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.