|
|
Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.
Slavíček, David ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny.
|
|
|
Proteiny v těhotenství - molekulárně biologická a biochemická analýza
Muravská, Alexandra ; Kalousová, Marta (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Průša, Richard (oponent)
Cílem této disertační práce bylo zavést metodiky analýzy vybraných polymorfizmů genu PAPP-A (Pregnancy-Associated Plasma Protein A) a studovat genetické pozadí genu PAPP-A a sérové koncentrace PAPP-A a PlGF (Placental Growth Factor) ve vztahu k patologickému těhotenství. Dalším cílem bylo zavést metodiku dvourozměrné (2D) elektroforézy plodové vody. Byla zavedena metoda na analýzu deseti polymorfizmů genu PAPP-A. Tyto polymorfizmy, sérové koncentrace PAPP-A a plasmatické koncentrace PlGF byly studovány u celkově 165 těhotných pacientek ve třetím trimestru gravidity s hrozícím předčasným porodem (N=98), preeklampsií (N=35), růstovou retardací plodu IUGR (N=34) a benigní těhotenskou cholestázou (N=15). 114 zdravých těhotných žen sloužilo jako kontroly. V rámci této práce byla zavedena 2D elektroforéza plodové vody. U pacientek s preeklampsií jsme nalezli signifikantně častější výskyt genotypu TT polymorfizmu Cys327Cys (C/T) genu PAPP-A v porovnání s kontrolami. Pacientky s těhotenskou cholestázou vykazovaly trend k zvýšeným hladinám PAPP-A, kdežto u pacientek s hrozícím předčasným porodem byly tyto hodnoty spíše nižší. U pacientek s těhotenskou cholestázou a hrozícím předčasným porodem se hladiny PlGF nelišily od kontrolní skupiny. Pozitivní korelace PlGF s hladinami PAPP-A byla nalezena u skupiny...
|
|
|
The Role of Microbiota in the Pathogenesis of Psoriasis
Stehlíková, Zuzana ; Jirásková Zákostelská, Zuzana (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Hrdý, Jiří (oponent)
Psoriáza je chronické zánětlivé kožní onemocnění. Patogeneze psoriázy je asociována s aberantní kooperací keratinocytů s imunitním systémem, s výrazným přispěním environmentálních faktorů včetně mikrobioty. Hlavním záměrem naší studie bylo popsat složení kožní mikrobioty u pacientů s psoriázou a prozkoumat roli bakterií a hub v patogenezi tohoto onemocnění. Využili jsme myší model psoriázy indukované imikvimodem (IISI), a to jak u bezmikrobních, tak u konvenčních myší. Změny ve složení mikrobioty u konvenčních myší jsme docílili orálním podáváním směsi širokospektrých antibiotik (ATB). Podávání ATB výrazně změnilo mikrobiální profil ve střevě, nikoliv však na kůži těchto myší a vedlo k jejich snížené vnímavosti na IISI. Ze směsi širokospektrých ATB byl nejúčinnější metronidazol, jehož podání zmírnilo projevy IISI u konvenčních, ale ne u bezmikrobních myší. Naše výsledky tak potvrzují, že vliv metronidazolu na IISI závisí na přítomnosti a složení mikrobioty. Dále jsme se zabývali rozdíly ve složení kožní mikrobioty psoriatických lézí a zdravé kůže člověka s psoriázou v porovnání se zdravými kontrolami. Zkoumali jsme také vliv různě zvolených metodik na zjištěné složení kožní mikrobioty. U identických vzorků sekvenovaných pomocí primerů specifických pro V1V2 a V3V4 regiony 16S rRNA jsme pozorovali...
|
|
|
Identification Of Genetic Heterogeneity In Sequencing Data
Bartoň, Vojtěch
This paper describes the preparation of data obtained from Illumina sequencing platform to analyze low frequency genetic changes within population of Treponema strains, i.e. DNA heterogeneity. A method of characterization of raw sequencing data is proposed. The method includes data filtering to achieve better quality of the collected data and calculation of parameters determining which ones of the DNA changes should be considered as heterogeneity.
|
|
|
MHC And KIR Genotyping Of Macaques In HIV Infection Research
Matula, Jan
Modern research of viral diseases relies on genomic data processing. Not only is the sequence of a virus important, genomic sequence of specific receptors in affected organisms also plays an important role. In this paper, a novel package for processing of next generation sequencing data in infectious disease written using R/Bioconductor language is proposed. Functionality of the package, including implementation of advanced SSAHA algorithm for fast database searches, in demonstrated using genotyping of genes for MHC and KIR receptors of HIV positive macaques.
|
|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
The whole-Genome sequencing and its variations discovery were challenging for many years. The knowledge of all genetic variations is remarkably beneficial in disease research. The bachelor thesis is dedicated to human genetic variations and its two main research projects, the HapMap Project and the 1000 Genomes Project which notably helped the disease analyses. The first part describes both Projects and the following part explains the structure of their databases and presents software which enables to browse and download data from these projects. At last, statistical, population and bioinformatic analyses are performed on structural variant dataset assembled by the 1000 Genomes Project.
|
|
| |
|
|
Metodika správy a evidence tkáňové zoologické sbírky a determinace zoologického sbírkového materiálu na základě analýzy DNA
Aghová, Tatiana ; Benda, Petr ; Brejcha, Jindřich ; Dolejš, Petr ; Kyralová, Eva ; Mlíkovský, Jiří ; Moravec, Jiří ; Šanda, Radek ; Štundl, Jan ; Tkoč, Michal ; Vondráček, Dominik
Plný text:  PDF; PDF; PDF; PDF
|
|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Komplexní charakterizace subgingiválního plaku - využití moderních sekvenačních metod v diagnostice a sledování léčby onemocnění parodontu.
Těšínská, Barbora ; Najmanová, Lucie (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Parodontitida je multifaktoriální zánětlivé onemocnění, které v konečném důsledku může vést až ke ztrátě celého chrupu. Hlavní příčinou tohoto onemocnění je akumulace bakterií zubního plaku a následná masivní reakce imunitního systému. Je prokázáno, že složení orálního mikrobiomu se liší u parodontálně zdravých osob a pacientů s parodontitidou. Tato práce řeší dílčí části dlouhodobého projektu, který se zabývá složením a dynamikou orálního mikrobiomu parodontálně zdravých osob a pacientů s chronickou a agresivní formou tohoto onemocnění. Charakterizace orálního mikrobiomu je prováděna na základě sekvenování bakteriální 16s rDNA. Z výsledků je patrné, že změna ve složení orálního mikrobiomu nastává ještě před projevem klinických příznaků onemocnění, a že precizní dentální hygiena může nástup onemocnění značně oddálit či možná dokonce zastavit. Při porovnávání složení orálního mikrobiomu osob s chronickou a agresivní parodontitidou nebyly patrné výrazné rozdíly vysvětlující rychlejší progresi agresivní formy onemocnění. Dílčím úkolem této práce bylo porovnání výsledků získaných sekvenačními metodami 454 pyrosekvenování a Illumina. Výsledky získané oběma metodami se statisticky neliší, a proto v rámci dlouhodobé studie lze navázat metodou Illumina na již získané výsledky metodou 454 pyrosekvenování....
|
host ::
RSS.