|
|
Optimalizace koncentrace chloridu vápenatého pro odstranění polysacharidové kontaminace při izolaci rostlinné DNA
Frnčová, Ekaterina ; Šlosárová, Katarína (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Největší potíž při izolaci DNA je přítomnost kontaminujících látek, které způsobují nežádoucí účinky. V ovoci nejrozšířenějšími kontaminanty jsou polysacharidy. Spolu s dalšími látkami (například proteiny nebo fenolické látky) můžou zkreslovat výsledky při spektrofotometrickém stanovení čistoty nebo působit jako inhibitory při PCR analýze. Cílem této práce bylo zkoumaní vlivu různých koncentrací chloridu vápenatého na proces izolace DNA. V experimentální části byla izolovaná DNA z jablka pomocí různě koncentrovaných roztoků chloridu vápenatého. Izolace byla provedena čtyřikrát a pokaždé byl vzorek upraven různými způsoby. Bylo zjištěno, že použitá izolační metoda funguje jenom na vzorku, který byl předem lyofilizován. Izolace DNA z čerstvého plodu poskytovala velmi nízké výtěžky. Pravděpodobně to bylo způsobeno velkým obsahem vody ve vzorku a podíl pevné složky byl menší. Následně byly provedeny PCR analýza a elektroforéza pro zjištění amplifikovatelnosti izolované DNA. Pro tyto analýzy byly použity dvě sady primerů s různou specifitou. Při použití 100 mM roztoku CaCl2 byla potvrzena amplifikovatelnost pouze při použití primerů specifických pro DNA jabloně. U ostatních vzorků byly prokázány amplifikovatelnost při použití obou typů primerů. Pravděpodobně, vzorky izolovány pomocí 100 mM roztoku CaCl2 měly větší množství inhibitorů, které neovlivňují všechny PCR reakce stejně, což také může ukazovat na malou účinnost tohoto množství CaCl2.
|
|
|
Optimalizace izolačních metod a PCR metody pro identifikaci CMS u cibule kuchyňské
PETERKA, Václav
Tato bakalářská práce se zabývá optimalizací různých metod izolace DNA z různých typů vzorků cibule kuchyňské (Allium cepa L.) a následnou detekcí lokusu Ms a detekcí cytoplazmatické samčí sterility (CMS). Jednotlivé provedené typy extrakcí DNA a jejich výsledky byly mezi sebou porovnány a vyhodnoceny. Nejkvalitnější DNA byla izolována z listů pomocí metody CTAB-PVP. Tyto testovací vzorky se také využily pro PCR pro detekci CMS a lokusu Ms za použití několika různých markerů, které se mezi sebou porovnávaly. Nejvhodnější markery se následně využily v PCR pro hlavní vzorky. Izolace DNA metodou CTAB-PVP se využila i pro další izolaci DNA z hlavních vzorků cibule kuchyňské, jimiž byly dvě sterilní linie a čtyři fertilní linie. Extrahovaná DNA z těchto vzorků se nejprve využila pro detekci lokusu Ms. Detekce se provedla pomocí markeru AcSKP1. Vzorky byly odebírány v průběhu několika týdnů. Lokus Ms byl detekován u všech vzorků (C1C6), bez ohledu na stáří rostliny. Nicméně u vzorků z linií označených jako C2, C4 a C5 byl detekován lokus Ms v různých podobách zygotnosti. Dále byly vzorky DNA využity pro detekci CMS v rostlinách a určil se typ CMS. Pro tuto detekci se využili markery cob a orfA501. Pomocí těchto markerů se zjistilo, že linie, které byly deklarovány jako sterilní (linie označeny C1 a C4) jsou skutečně sterilní a mají typ sterility CMS-T. U linií C2, C3 a C6, které byly označovány jako fertilní se detekovaly i sterilní vzorky. To znamená, že tyto linie nejsou 100% fertilní. U linie označené jako C5 nebyla detekována žádná sterilita ani u jednoho ze vzorků.
|
|
|
Kvasinky a víno
Palíková, Petra ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných z bobulí a moštu vinné révy. K izolaci byla použita bílá odrůda vína Sauvignon, které bylo pěstováno a vyráběno podle požadavků ekologického zemědělství. Odebrané vzorky byly zpracovány v laboratoři a pomocí zřeďovací metody byly získány čisté kultury jednotlivých kvasinek. Z těchto čistých kultur byla pomocí komerčního kitu UltraCleanTM Microbial DNA Isolation Kit vyizolována DNA, která byla použita k další analýze. Izolovaná DNA byla naamplifikována metodou PCR, za použití ITS1 a ITS4 primerů. PCR produkty byly detekovány elektroforeticky v agarozovém gelu. Naamplifikované vzorky, následně přečištěné, byly podrobeny restrikční analýze, ke které bylo použito pět restrikčních endonukleáz: HaeIII, HinfI, TaqaI, AluI a MseI. Vzorky po restrikční analýze byly opět elektroforeticky detekovány, vizualizovány pod UV detektorem a porovnány s obrazem štěpení sbírkově zařazených kvasinek. Dále byla srovnána similarita těchto izolátů a to za použití programu BioNumerics, kde jako kritérium podobnosti byly zvoleny Pearsonovy koeficienty a UPGMA klastrová analýza. Výsledkem je potom dendrogram genetické podobnosti izolovaných kvasinek.
|
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Svozilová, Veronika ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je navržení algoritmu v prostředí MATLAB, který by umožňoval zpracování a vyhodnocení obrazu z 1D gelové elektroforézy. Jako první je popsána detekce vzorků vycházející z horizontální segmentace obrazu gelové elektroforézy, následuje detekce minimálních hodnot intenzity obrazu, dále vertikální segmentace a stanovení hranic vzorku v obraze. Závěrečná fáze zahrnuje testování metody na veřejně dostupných obrazech a zhodnocení výsledků.
|
|
|
Identifikace PHA produkujících bakterií pomocí nástrojů molekulární biologie
Gajdová, Barbora ; Obručová,, Hana (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací bakterií, které jsou schopny produkce polyhydroxyalkanoátů (PHA). Mezi testovanými bakteriemi byli převážně zástupci rodu Pseudomonas, Lactobacillus, Bifidobacterium, dále vzorky z termofilní kultury a vzorky z přírodních zdrojů. Bakterie byly testovány pomocí molekulárně biologické metody PCR. Byla analyzována amplifikace genu kódujícího PHA syntázu (phaC). V první reakci byl detekován jak phaC gen zodpovědný za syntézu PHA, tak současně i 16S rRNA, který slouží jako ověření bakteriální DNA a u neznámých vzorků z přírodních zdrojů sloužil také jako způsob identifikace konkrétního kmenu. Jednalo se o multiplexní PCR, která využívala více primerů ve směsi pro PCR. Druhou reakcí byl hledán amplikon, který je specifický pro syntázu, jež katalyzuje biosyntézu mcl-PHA (phaC1). Přítomnost genu pro tvorbu PHA syntázy byla prokázána u 11 vzorků a těmi byly Bifidobacterium breve CCM 7825T, Lactobacillus rhamnosus CCM 1825T, Lactobacillus zeae CCM 7069T, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus CCM 7190T, Lactobacillus plantarum CCM 7039T, Pseudomonas gessardii, Pseudomonas fulva, Arthrobacter protophormiae, Curtobacterium flaccumfaciens, Mycobacterium neoaurum a Staphylococcus lentus.
|
|
|
Kompenzace geometrického zkreslení obrazu gelové elektroforézy
Dvořáček, Tomáš ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou vzniku a kompenzace geometrických zkreslení u 1D elektroforézy na agarózovém gelu. Diplomová práce rozebírá problematiku příčin vzniku těchto deformací a shrnuje teorii, nutnou k jejich kompenzaci. Na základě takto získané teorie a vytvořených elektroforetických fantomů, obsahuje práce několik návrhů algoritmů pro kompenzaci vzniklých deformací. Tyto návrhy jsou dále přetvořeny do funkcí, které jsou spojeny do funkčního uživatelského rozhraní, sloužící k analýze obrazu gelu a pro kompenzaci geometrických deformací.
|
|
|
Hodnocení základních ukazatelů termálních vod pomocí separačních metod
Skálová, Lucie ; Mravcová, Ludmila (oponent) ; Vávrová, Milada (vedoucí práce)
Jedním z kritérií posuzování termálních vod je přítomnost anorganických iontů. K nejdůležitějším aniontům, které mají vliv na kvalitu těchto vod a umožňují jejich využití k terapeutickým účelům, patří např. sírany, chloridy, dusičnany a hydrogenuhličitany. Z významných kationtů jsou to např. ionty sodné, draselné, vápenaté a hořečnaté. K separaci těchto látek je využívána iontová chromatografie a některé metody založené na elektroforetické migraci iontů v elektrickém poli. Pro stanovení vybraných iontů, ve vzorcích vody odebrané z termálních vrtů v Pasohlávkách, byla vybrána elektromigrační metoda - izotachoforéza.
|
|
|
Analýza nízkomolekulárních proteinů metodou SDS-PAGE v ječmeni během sladování
Myslivcová, Pavla ; Svoboda, Zdeněk (oponent) ; Mikulíková, Renata (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá analýzou nízkomolekulárních proteinů v ječmeni během sladování metodou SDS-PAGE. Pozornost byla zaměřena na PR proteiny, konkrétně LTP proteiny a thioniny, které jsou zmiňovány v souvislosti s problematikou gushingu. Pro experiment byly použity vzorky ječmene, meziproduktů sladování a sladu odebíraných v 10 po sobě následujících dnech pro pokrytí celého procesu sladování. Celkem bylo analýze podrobeno 5 odběrů. Ze vzorků byly extrahovány proteiny, které pak byly separovány pomocí SDS-PAGE za použití Tris-tricinového pufrového systému. Ve výsledných gelech byly identifikovány proteinové linie LTP proteinů a thioninů. Pro posouzení vlivu sladování na tyto proteiny byly získány hodnoty relativní optické hustoty bandů vybraných proteinů. Byl sledován podobný charakter změny obsahu zmíněných nízkomolekulárních proteinů během sladování. To bylo následně potvrzeno nalezením statisticky významné pozitivní korelace mezi hodnotami relativní optické hustoty LTP proteinů a thioninů. Dále byla hledána souvislost mezi obsahem nízkomolekulárních proteinů a gushingovým potenciálem a mikrobiologickou kontaminací vzorků, která nebyla prokázána.
|
|
|
Aplikace pro zpracování dat z oblasti genového inženýrství
Brychta, Jan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce má několik cílů. Jedním z nich je seznámit s problematikou genového inženýrství, zejména pak s fragmentací DNA, makromolekulou DNA, metodami pro purifikaci a separaci nukleových kyselin, enzymy používanými k úpravám těchto kyselin, amplifikací a také seznámit se shlukovou a gradientovou analýzou. Dalším cílem je pak prostudovat existující nástroj a srovnat ho s návrhem vlastní aplikace, což si klade jako cíl třetí. S návrhem úzce souvisí poslední z cílů. Je jím samotná implementace a zápis, jak byla aplikace otestována s reálnými daty. Získané výsledky budou diskutovány, stejně jako možnosti dalšího rozšíření.
|
|
|
Sledování změn obsahu proteinů lepku v průběhu technologie výroby piva
Porubiaková, Otília ; Mikulíková, Renata (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Cieľom práce bolo sledovanie zmien v obsahu lepkových bielkovín v biotechnologickom procese výroby piva. Analyzované vzorky boli odoberané pri výrobnom procese pšeničného a jačmenného piva pomocou metódy elektroforézy a imunoanalýzy, a výsledky analýz boli porovnávané s komerčnými českými pivami. Teoretická časť obsahuje popis a zloženie lepkových bielkovín, technológiu výroby sladu a piva a zmeny nastávajúce pri tomto procese, a v neposlednom rade metódy, ktorými je možné lepkové bielkoviny analyzovať. Experimentálna časť obsahuje postupy pre laboratórnu výrobu jačmenného a pšeničného piva a postupy pre analýzy lepkových bielkovín. K identifikácií jednotlivých frakcií lepkových bielkovín boli použité metódy kyslej a SDS elektroforézy a pre kvantitatívne stanovenie bola použitá enzýmová imunoanalýza, ktorá bola vyhodnotená spektrofotometricky. Identifikácia frakcií gluténu pomocou elektroforetických metód sa ukázala ako málo špecifická pre vzorky s nižším obsahom lepkových bielkovín a pre vzorky jačmenné. Bol dokázaný pokles koncentrácie gliadínov a glutenínov v procese výroby piva, pričom významná zmena koncentrácie bola zaznamenaná pri vysladzovaní, kedy sa obsah oproti vstupnej surovine znížil o cca 98 %, a pri kvasení, kedy došlo k poklesu koncentrácie pod 10 mg/kg. Táto hodnota je z legislatívy prijateľná pre produkty označené ako „bezlepkové“.
|
host ::
RSS.