|
|
Cytometric assay of antigen-specific T cell response in monitoring of BCG vaccine therapy
Hadlová, Petra ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Kalina, Tomáš (oponent)
Karcinom močového měchýře patří mezi nejčastější karcinomy v západním světě. Navzdory dlouhodobému výzkumu a existenci efektivních terapeutických možností přetrvává potřeba vyvinout stratifikační metodu, která umožní identifikovat pacienty odpovídající na léčbu. V teoretické části své diplomové práce jsem popsala heterogenitu karcinomu močového měchýře, jako modelové patologie a terapeutické přístupy, které se v současnosti uplatňují. Obzvlášť jsem se soustředila na terapii založenou na instilaci Bacillus Calmette-Guérin (BCG). BCG je po desetiletí používaná jak při léčbě karcinomu močového měchýře, tak jako preventivní vakcína proti infekční tuberkulóze (TB). BCG slouží jako modelová terapie, protože u odpovídajících pacientů je vysoce účinná. Nicméně, pro zlepšení diagnostiky a monitorování průběhu onemocnění karcinomu močového měchýře a latentní tuberkulózy (LTBI) chybí účinná stratifikační metoda. V experimentální části své práce jsem navrhla a testovala 10 parametrický panel pro detekci T buněčné odpovědi na aktivaci (TAT) pro budoucí využití při stratifikaci pacientů s nádorem močového měchýře a pro detekci (LTBI). Panel jsem testovala na pozitivních kontrolách metodou průtokové cytometrie, která umožňuje detegovat desítky znaků na jednotlivých buňkách. Je dobře využitelná pro zpracování a...
|
|
|
Moderní matematické metody ve studiu imunitní rekonstituce a imunodeficiencí
Stuchlý, Jan ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Šinkora, Jiří (oponent) ; Štěpánek, Ondřej (oponent)
V této práci p edstavujeme nové metody anal˝zy a integrace cytometrick˝ch dat ze öirokého spektra problém se vztahem k imunodeficiencím a poruchám krvetvorby. CVID 6 (respektive 8) barevná pr toková cytometrie je pouûita k imnuno- fenotypizaci rozsáhlé kohorty (88) CVID pacient . Automatická anal˝za "pro- bability binning" ukazuje stabilitu a vnit ní provázanost imunofentotypu CVID pacient . Definovali jsme podskupinu CVID pacient , která vykazuje v˝raznou senescenci, aktivaci imunitního systému a podobn˝ klinick˝ obraz (trombocyto- penie, plicní fibróza a bronchiektázie), kter˝ kvantitativn koreluje s imunofeno- typem. Anal˝za bun ného proteomu Vytvo ili jsme techniky, které umoû ují multiplexní (tisíce protilátek najednou) anal˝zu lidského proteomu pomocí afi- nitní proteomiky, rychlou anal˝zu a zpracování dat. Tyto techniky jsme apliko- vali na anal˝zu zm n proteomu lidsk˝ch bun n˝ch linií a charakterizaci prote- omu akutních leukemií. Ukazujeme dosud nepopsanou stabilitu proteomu v rámci subcelulárních lokalizací a prezentujeme teoretick˝ a praktick˝ základ pro stan- dardizaci a validaci protilátek pro pouûití v afinitní proteomice. Topologická anal˝za cytometrick˝ch dat Multiparametrická hmotnostní cytometrie umoû uje popsat sloûité topologické vztahy bun k v r zn˝ch v˝vo- jov˝ch stádiích....
|
|
|
Imunogenní buněčná smrt a její význam pro biologii a terapii nádorových onemocnění
Truxová, Iva ; Špíšek, Radek (vedoucí práce) ; Říhová, Blanka (oponent) ; Kalina, Tomáš (oponent)
Potenciál nádorových buněk stimulovat imunitní reakci závisí na řadě faktorů, z nichž nejdůležitější je především antigenní repertoár nádorových buněk a schopnost sekretovat, uvolňovat nebo vystavovat na buněčném povrchu molekuly asociované se stresem či poškozením, tzv. DAMPs v průběhu imunogenních forem buněčné smrti. Tyto molekuly souhrnně aktivují buňky imunitního systému, zejména dendritické buňky (DCs), které následně stimulují protinádorovou imunitní reakci. V uplynulých letech bylo popsáno několik induktorů imunogenní buněčné smrti (ICD). Příspěvkem mé dizertační práce do této problematiky byla charakterizace apoptotických drah aktivovaných vysokým hydrostatickým tlakem (HHP), který byl dříve identifikován naší skupinou jako induktor ICD. HHP indukuje rychlou buněčnou smrt nádorových buněk spojenou s uvolněním klíčových DAMPs (zejména kalretikulinu (CRT), HSP70, HSP90, HMGB1 a ATP), dále charakterizovanou nadprodukcí kyslíkových radikálů (ROS) zahajující rozvoj integrovaného buněčného stresu. Aktivace signalizační dráhy zahrnující osu ROS-PERK-eIF2α-kaspáza 2-kaspáza 8 je důležitá pro vystavení CRT na povrch nádorových buněk v průběhu buněčné smrti indukované HHP, a zásadně tedy ovlivňuje imunogenní potenciál těchto buněk. Význam konceptu ICD byl potvrzen také in vivo. V naší práci jsme...
|
|
|
Human lymphopoiesis and its examination via single-cell analysis
Novák, David ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Vývoj lidských B-lymfocytů je spletitým dějem. Samoobnovující se kmenový progeni- tor v primární lymfoidní tkáni je nejdříve předurčen k vývoji v lymfoidní linii. Vývoj B-buněčnou cestou pak zahrnuje somatické genové rekombinace, které vedou k expresi povrchového antigenního receptoru. Funkčnost B-buněčného receptoru a podrobení buňky testování na autoreaktivitu jsou podmínkami pro diferenciaci ve zralý B-lymfocyt. Děje v rámci tohoto vývoje jsou často zkoumány pomocí single-cell analýzy skrze průtokovou cy- tometrii, fluorescencí aktivované třídění buněk a hmotnostní cytometrii. Propojení těchto vysoce výkonných metod s moderními přístupy k analýze dat skýtá obrovský potenciál v nacházení vzácných buněčných populací a odchylných událostí v rámci krvetvorby. Klíčová slova: B-lymfocyt, lymfopoéza, průtoková cytometrie, FACS, hmotnostní cy- tometrie, shluková analýza, FlowSOM, PCA, t-SNE, Wanderlust. 1
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Vývoj metody 8-mi barevného cytometrického testování pacientů s primárním imunodeficitem
Šinkorová, Vendula ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Primární imunodeficity jsou způsobeny vrozenou poruchou imunitního systému a tvoří heterogenní skupinu onemocnění s velmi variabilním projevem. Multiparametrická cytometrie se stala velmi účinným nástrojem při diagnóze a výzkumu primárních imunodeficitů, protože poskytuje podrobný náhled na fenotyp jednotlivých imunitních buněk a jejich zastoupení. Vyvinuli jsme panel složený z pěti osmibarevných zkumavek určených pro imunofenotypizaci základních lymfocytárních subpopulací a k další podrobnější analýze B a T lymfocytárních subpopulací. Panely jsme optimalizovali a standardizovali tak, aby umožnily detekci jakýchkoliv změn způsobených primárním imunodeficitem a poskytovaly srovnatelná data na úrovni spolupráce více laboratoří. Toho bylo docíleno spoluprací s dalšími šesti evropskými laboratořemi, které jsou součástí projektu Euroflow. Funkčnost a spolehlivost panelů jsme ověřili na vzorcích periferní krve zdravých kontrol, pacientů s molekulárně definovanou mutací způsobující primární imunodeficit a pacientů s běžným variabilním imunodeficitem. Klíčová slova: T lymfocyt, B lymfocyt, primární imunodeficit, průtoková cytometrie, imunofenotypizace, Euroflow, optimalizace, standardizace
|
|
|
Genetic and molecular factors influencing the outcome of solid organ transplantation
Pavlova, Yelena ; Slavčev, Antonij (vedoucí práce) ; Kalina, Tomáš (oponent) ; Mrázek, František (oponent)
Souhrn transplantovaných orgánů. Rejekce je reakci imunitního systému příjemce proti neshodným rejekce) mechanizmy. Mezi genetické faktory, které mohou mít - like receptorů (KIR), cytokinové polymorphysmy a další geny. Předtransplantační vyšetření těchto faktorů - Molekulární faktory - - v krvi příjemce můžou jednak napomoci hodnocení rizika rejekce, jednak sloužit jako mark a závěry jsou následující. Etnikum hraje velkou roli v distribuci KIR genů, genů KIR ligandů a v zastoupení jednotlivých KIR haplotypů. Toto se můsí brát do úvahy při extrapolaci údajů získaných z jiných etnických skupin a při provádění srovnávacích studií. Naše studie prokázala, že kombinovaná produkce protilátek proti HLA I. a II. třídy je nejrizikovější pro vznik humorální rejekce jak u příjemců ledvin, tak u příjemců srdce, zatímco předtransplantační produkce MICA protilátek nemá výrazný vliv na výskyt humorální nebo buněčné rejekce. Koncentrace sCD30 před a/nebo po transplantaci není dostatečně spolehlivým samostatným prediktorem AMR a/nebo CR u příjemců ledvin. Avšak u pacientů s protilátkami proti HLA antigenům, měření koncentrace sCD30 napomáhá k detekci pacientů s největším a nejnižším rizikem rejekce. Jsme také zjistili, že hodnoty růstového faktoru hepatocytů (HGF) naměřené před a po transplantaci nejsou v přímé korelaci s...
|
|
|
The role of membrane microdomains and transmembrane adaptor proteins PRR7 and SCIMP in the regulation of immunoreceptor signaling
Hrdinka, Matouš ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Kalina, Tomáš (oponent)
Souhrn dizertační práce Úloha membránových mikrodomén a transmembránových adaptorových proteinů PRR7 a SCIMP v regulaci imunoreceptorové signalizace Matouš Hrdinka Jak ovlivňují imunoreceptorovou signalizaci membránové mikrodomény a transmembránové adaptorové proteiny (TRAP)? Tyto otázky patří mezi důležité problémy současné molekulární imunologie a navzdory mnoha letům intenzivního výzkumu stále nejsou plně zodpovězeny. Buněčná membrána je velmi dynamická různorodá dvouvrstva přirozeně uspořádána do mikrodomén rozmanité velikosti, složení a délky života. Jedním z příkladů takových mikrodomén jsou lipidové rafty, které se účastní řady biologických procesů včetně imunoreceptorové signalizace. Jelikož obsahují mnoho proteinů signálních drah, jsou dokonce považovány za jakésy základny pro vznik a šíření buněčných signálů. Proteiny TRAP jsou důležité pro správné uspořádání a usměrňování imunoreceptorové signalizace. Například LAT je nepostradatelný pro signalizaci přes T buněčný receptor (TCR) a vývoj T lymfocytů, PAG pro regulaci proteinů z rodiny tyrosinových kináz Src (SFK) a NTAL je víceúčelový negativní i pozitivní regulátor. Ačkoliv se o tom neustále vedou diskuse, přítomnost TRAP v membránových mikrodoménách je zřejmě nezbytná pro jejich správné fungování. Je možné, že důležitou úlohu v přenosu signálů...
|
host ::
RSS.