|
|
Využití sekvenačních metod nové generace pro objasnění fenotypu podobného CF u pacientů s nejasnou molekulární podstatou onemocnění.
Matějčková, Iva ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Cystická fibróza (CF) je geneticky podmíněné, autozomálně recesivní onemocnění, které se vyskytuje s prevalencí v evropské populaci přibližně 1:2500 - 1:1800. U tohoto onemocnění dochází k mutaci v CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) genu s následnou poruchou chloridových kanálů. U takto postižených jedinců pozorujeme zejména chronické dýchací obtíže, pankreatickou insuficienci, vysokou koncentraci chloridových iontů v potu a obstruktivní azospermii. Genetické vyšetření CFTR genu je indikováno u jedinců, kteří splňují klinický obraz CF a mají pozitivní potní test (zvýšená koncentrace chloridů v potu). Genetické vyšetření CFTR genu se většinou provádí pomocí komerčních kitů detekujících nejčastější mutace CFTR genu na území České republiky. Při negativním nálezu je dále prováděna metoda MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification), která zachycuje rozsáhlejší delece a duplikace v genu. V případě negativního nálezu se provádí sekvenace všech exonů CFTR genu. I přes velmi dobře zavedený algoritmus vyšetření zůstávají někteří pacienti trpící projevy CF bez objasnění příčiny jejich onemocnění na genetické úrovni. Díky rozvoji sekvenování nové generace je možné diagnostiku CF zefektivnit a odhalit varianty, které nebyly zachyceny předešlými metodami.
|
|
|
Molekulární charakterizace rezistence k MLSb antibiotikům u kmenů Staphylococcus aureus a SCV Staphylococcus aureus od pacientů s cystickou fibrózou
Vařeková, Eva ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Cystická fibróza (CF) je nejčastější autozomálně recesivní onemocnění v kavkazské populaci. Kolonizace dolních cest dýchacích (DCD) bakteriemi vede u pacientů s CF z důvodu narušených procesů přirozené slizniční imunity k chronické infekci a nevratnému poškození plic. V této práci bylo charakterizováno 338 kmenů S. aureus izolovaných v letech 2011-2013 z DCD 92 českých pacientů s CF. Metodou spa typizace a makrorestrikční analýzou pomocí PFGE byla zjištěna vysoká klonální heterogenita souboru. Výjimku tvořily klonálně téměř totožné kmeny MRSA (rezistentní k oxacilinu; 5% prevalence). Prevalence rezistence kmenů S. aureus k MLSB antibiotikům dosáhla v našem souboru 69 % a představuje závažný problém vzhledem ke klinickému použití této skupiny léčiv. U poloviny MLSB rezistentních kmenů nebyla detekována žádná determinanta rezistence (ermA, ermC, ermT, msrA). Sekvenováním ribozomálních genů byl v našem souboru prokázán neobvykle vysoký podíl kmenů s mutacemi v zásahových místech MLSB antibiotik (u 37 % pacientů), což je nová zásadní informace z analýzy kmenů od pacientů s chronickou stafylokokovou infekcí v ČR. Proto byla ověřena mutabilita těchto kmenů. Prozatím se podařilo detekovat u několika kmenů bodové mutace i delece v mutátorových genech mutS a mutL. Hypermutabilita by mohla vysvětlovat vysoký podíl...
|
|
|
Možné přístupy ke genové terapii Cystické fibrosy
Král, Jan ; Bořek Dohalská, Lucie (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
1 Abstrakt Cystická fibróza je autosomálně recesivní onemocnění způsobené mutací v CFTR genu, která má za následek nefunkčnost či absenci CFTR chloridového kanálu. Jeden ze způsobů, jak indukovat tvorbu CFTR proteinu v postižených buňkách, představuje genová terapie. V rámci genové terapie lze do cílových buněk přenášet buď DNA, nebo mRNA. Tato práce byla zaměřena na optimalizaci metody detekce CFTR proteinu pomocí metody Western blot, díky níž byla studována účinnost přenosu CFTR-mRNA do buněčných linií. CFTR protein byl detekován v buněčné linii zdravého plicního epitelu (NuLi-1), plicního epitelu postiženého cystickou fibrózou s mutací ΔF508 (CuFi-1) a v buněčné linii plicního karcinomu (A549). Byla porovnávána účinnost čtyř způsobů buněčné lyze - lyze pomocí ultrazvuku a lyze třemi různými lyzačními pufry. Jako nejúčinnější pro detekci tohoto proteinu se ukázala lyze RIPA pufrem s inhibitory proteas. Zároveň byly porovnávány tři primární monoklonální protilátky pro detekci CFTR proteinu metodou Western blot. Z těchto protilátek se ukázala jako nejvhodnější protilátka CF3, která je specifická proti extracelulárnímu epitopu CFTR proteinu. Byly detekovány různě glykosylované formy CFTR proteinu. Největší množství CFTR protein bylo zjištěno v buněčné linii NuLi-1. Zároveň byl tento protein detekován v...
|
|
|
Prenatální diagnostika cystické fibrózy a chorob s expanzemi trinukleotidů - výuka na středních školách
Nováková, Stanislava ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Cystická fibróza a choroby s expanzemi trinukleotidů jsou závažná dědičná onemocnění, která slouží v mé diplomové práci jako modelové příklady vhodné pro výuku zajímavých témat lidské genetiky na středních školách. Pomocí vhodné metody prenatálně-genetického vyšetření je možné v rizikových rodinách určit diagnózu vyvíjejícího se plodu a stanovit odpovídající prognózu v dalším prenatálním a postnatálním vývoji. Praktická část práce je věnována obsahové analýze učebnic biologie pro střední školy a přípravě modelové hodiny genetiky na středních školách. Cílem obsahové analýzy učebnic biologie pro střední školy bylo vyhodnocení jednotlivých učebnic dle několika předem zvolených kritérií. Cílem prezentace navržené modelové hodiny bylo na základě odpovědí získaných z dotazníků zjistit, zda se žáci vyšších ročníků středních škol zajímají o předmět genetiky, dále zjistit, co žáky na hodinách nejvíce zaujalo, případně čemu nerozuměli a co se jim zdálo být obtížné. Hodina byla vedena formou odborného semináře, metodou výuky byla přednáška. Z vybraných učebnic biologie pro střední školy byla na základě průměrného hodnocení nejlépe vyhodnocena učebnice Biologie pro gymnázia od autorů Jelínka, J. a Zicháčka, V., která je na zkoumaných školách využívána jako studijní materiál. Z dotazovaných žáků středních škol...
|
|
|
Kompletizace genomu Burkholderia cenocepacia ST32 a identifikace prognostického markeru infekce způsobené kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou
Vavrová, Jolana ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Wiedermannová, Jana (oponent)
Bakteriální druh Burkholderia cenocepacia patří mezi závažné původce infekcí dýchacích cest u pacientů s cystickou fibrózou. Problematický je výskyt kmenů šířících se mezi pacienty epidemicky. V ČR byla v minulosti zaznamenána epidemie způsobená kmenem ST32. V této práci byla ve spolupráci s bioinformatickým týmem stanovena kompletní genomová sekvence referenčního izolátu 1232 epidemického kmene ST32 B. cenocepacia pomocí sekvenačních metod nové generace a řešením problematických úseků kombinací Sangerova sekvenování, bioinformatických postupů a manuálního skládání sekvenčních čtení lokalizovaných v těchto úsecích. Finální verze genomu byla anotována pomocí PGAAP a v současnosti je finalizována. Cílem této diplomové práce bylo také najít prognostický marker infekce kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou. Na základě výsledků transkriptomového experimentu s tímto kmenem bylo v této práci vybráno 19 genů, jejichž genová exprese se zdála být v souvislosti s rozvinutím cepacia syndromu - závažného, většinou fatálního stavu infekce. Pomocí PCR v reálném čase byla srovnávána jejich exprese mezi izoláty z doby cepacia syndromu a měsíc před cepacia syndromem od 4 pacientů. Byla ověřena i možnost analyzovat změny v expresi těchto genů přímo v klinickém materiálu. Identifikovali jsme geny pro sekreční systém typu...
|
|
|
Slepičí protilátky jako prostředek pasivní imunizaci nemocných cystickou fibrosou
Hadrabová, Jana ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Kubíčková, Božena (oponent)
Cystická fibróza (CF) je vrozené onemocnění zejména dýchacích cest a zažívacího ústrojí. Přenos je autozomálně recesivní, nemoc spočívá v mutaci genu pro protein CFTR, který funguje jako iontový kanál pro přenos chloridových aniontů. Důsledkem omezení jeho funkce je výrazné zahuštění plicního sekretu, ve kterém se pak snadněji zachytávají a rostou specifické mikroorganismy, zejména Pseudomonas aeruginosa. Infekce je nejprve léčena pomocí antibiotik, bakterie se však vůči nim brzy stávají rezistentní. Vzniká chronický zánět, jehož následkem je jizvení plicní tkáně (fibrosa). Zejména kvůli rezistencím vůči antibiotikům jsou hledány nové metody léčby pacientů s CF. Takovou metodou by mohla být pasivní imunizace pomocí slepičích protilátek IgY, které jsou specifické proti virulenčním faktorům Pseudomonas aeruginosa a jsou schopny je neutralizovat. Tyto protilátky je možné z roztoku pomocí nebulizátoru přeměnit na aerosol, který by mohli pacienti vdechovat. Protože by, vzhledem ke své struktuře, samy mohly potenciálně způsobovat zánětlivé reakce, bylo potřeba vyzkoušet inhalaci zdravými jedinci. K tomu bylo využito potkanů Wistar, jako experimentálního modelu. Nejprve byly protilátky izolovány, pak byl enzymaticky odštěpen fragment Fab a byla provedena purifikace. V inhalačním experimentu byl použit...
|
|
|
Vývoj diagnostiky a léčby cystické fibrózy v kontextu fyzioterapie
Jindrová, Barbora ; Smolíková, Libuše (vedoucí práce) ; Babková, Lenka (oponent)
Bakalářská práce na téma Vývoj diagnostiky a léčby cystické fibrózy v kontextu fyzioterapie je zpracována formou rešerše s kazuistikou. Práce je rozdělena do tří částí. První část obsahuje základní informace o cystické fibróze, její etiologii, patologii, přidružených onemocněních, klinickém obrazu a léčbě. Hlavní část práce je soustředěna na vývoj diagnostiky cystické fibrózy a změny její léčby se zaměřením na pokroky fyzioterapeutických metod. Práce se zabývat také tím, jak se v důsledku těchto změn měnila prognóza a zdravotní stav pacientů s cystickou fibrózou. Dále práce obsahuje popis technik využívaných ve fyzioterapii cystické fibrózy. Poslední část práce obsahuje kazuistiku dvou pacientů s cystickou fibrózou.
|
|
|
Molekulárně genetická diagnostika cystické fibrózy
Matějčková, Iva ; Krkavcová, Miroslava (vedoucí práce) ; Kotlas, Jaroslav (oponent)
Cystická fibróza (CF) je velmi rozšířené a závažné onemocnění. Jde o autozomálně recesivní chorobu s incidencí 1 : 2500 - 1 : 4500. Při tomto onemocnění dochází k mutacím CFTR genu, které jsou zodpovědné za poruchu chloridových kanálů. Jde o multiorgánové postižení, které postihuje především respirační a gastrointestinální systém, dále ale i hepatobiliární systém, reprodukční systém a potní žlázy. Cystickou fibrózu lze diagnostikovat pomocí potního testu, molekulárně genetické diagnostiky, výjimečně také pomocí transepiteliálních rozdílů potenciálů, tato metoda ale není dosud v České republice prováděna. Od roku 2009 se v České republice provádí novorozenecký screening CF, který napomáhá k rychlejší diagnóze a následně k rychlému zavedení vhodné terapie. Zavedení včasné terapie totiž výrazně zlepšuje prognózu pacienta. V současné době se pacienti s CF dožívají v průměru třiceti až čtyřiceti let. Pro diagnostické vyšetření CFTR genu se využívá postnatální, prenatální nebo preimplantační materiál. Z těchto vzorků se izoluje DNA, která se dále vyšetřuje pomocí genetických metod, které jsou založeny na principu PCR, reverzní hybridizace, restrikční analýzy, sekvenování DNA nebo MLPA. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Detekce faktorů virulence a genů rezistence bakteriálních patogenů u pacientů s cystickou fibrózou
Jandová, Oldřiška ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Cystická fibróza je autozomálně recesivní genetické onemocnění, které je způsobeno mutacemi v genu CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator). Tento gen kóduje stejnojmenný protein, který pokud je narušena jeho funkce, je odpovědný za patogenezi tohoto onemocnění. Cystická fibróza je charakteristická častými respiračními infekcemi, které vedou k destrukci plicní tkáně. Tyto infekce se vyznačují přítomností typických bakteriálních patogenů např. S. aureus, P. aeruginosa a dalších. Právě S. aureus patří mezi typické oportunní patogeny, které u pacientů s cystickou fibrózou způsobují vážné komplikace. Kmeny S. aureus se vyznačují produkcí mnoha faktorů patogenity a vlivem důrazné léčby antibiotiky také rezistencí k používaným antibiotikům. Jednou z možností, jak mohou bakterie snížit svou citlivost k určitému antibiotiku je tvorba fenotypových variant SCV, které se vyskytují u skupiny pacientů, kteří jsou intenzivně léčeni antibiotiky. Pacienti s cystickou fibrózou touto skupinou bezesporu jsou. Cílem bakalářské práce bylo studium izolátů S. aureus od tří pacientů s cystickou fibrózou, kteří jsou dlouhodobě infikováni tímto patogenem. U těchto izolátů určit zda se mění jejich vlastnosti či rezistence v průběhu chronické infekce. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
host ::
RSS.