|
|
Ampicilin rezistentní beta-laktamáza negativní kmeny Haemophilus influenzae izolované v ČR v letech 2010-2018
Jakubů, Vladislav ; Žemličková, Helena (vedoucí práce) ; Růžička, Filip (oponent) ; Nyč, Otakar (oponent)
Ampicilin rezistentní β-laktamáza negativní kmeny Haemophilus influenzae izolované v České republice v letech 2010-2018 Podle výsledků pravidelné surveillance rezistence bakteriálních původců infekcí dýchacích cest vzrůstá v České republice počet kmenů Haemophilus influenzae s neenzymatickou rezistencí k β-laktamovým antibiotikům. Neenzymatická rezistence je podmíněna mutacemi v genu ftsI kódujícím penicilin-vážící protein (PBP3), jejichž důsledkem je snížená schopnost vázat β-laktamová antibiotika. Průkaz tohoto typu rezistence je obtížnější než detekce β-laktamázy, která je u H. influenzae stále nejčastější příčinou rezistence k aminopenicilinům. Analýzou souboru 228 kmenů H. influenzae bylo zjištěno, že nejvyšší možný záchyt (99,5 %) izolátů s neenzymatickou rezistencí způsobenou mutacemi v genu ftsI, je možno v rutinní praxi dosáhnout při současném vyšetření citlivosti vůči penicilinu, ampicilinu, amoxicilinu a cefuroximu diskovou difúzní metodou dle metodologie EUCAST. V současnosti doporučovanou metodou EUCAST s využitím pouze penicilinu byl záchyt mutací nižší, 95,7 %. Sekvenační analýza prokázala značnou variabilitu mutací genu ftsI. V souboru 228 kmenů bylo zjištěno celkem 37 různých kombinací aminokyselinových záměn, které se vyskytly na 23 pozicích v proteinu PBP3 (V329I, D350N, S357N, A368T,...
|
|
| |
|
| |
|
|
Průkaz rezistence na echinokandinová antimykotika u Candida sp. pomocí molekulárně biologických metod
Vitáčková, Petra ; Chrenková, Vanda (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Invazivní infekce vyvolané rodem Candida, zvláště pak jeho nejvýznamnějším zástupcem C. albicans, patří mezi vážné komplikace, zejména u imunokompromitovaných pacientů. Případný výskyt rezistence k jednotlivým antimykotikům značně komplikuje terapii invazivních mykóz a zvyšuje morbiditu a mortalitu u těchto pacientů. Cílem této práce bylo zavedení rychlé metody detekce rezistence na kaspofungin prostřednictvím hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Testování bylo prováděno na referenčním kmenu C. albicans CCM8261 a kmenu C. albicans M30 s prokázanou rezistencí na echinokandiny. K měření bylo použito dvou různých nastavení přístroje a pro následné vyhodnocení získaných spekter byla využita korelační a shluková analýza (dendrogram). V průběhu analýzy bylo zjištěno, že publikované nastavení měření nelze aplikovat, neboť pro každý hmotnostní spektrometr je vždy nutno pracovat s nastavením od výrobce. Pomocí shlukové analýzy se podařilo odlišit citlivý a rezistentní kmen. Kvalita získaných spekter byla relativně nízká, což mohlo být způsobeno použitím nevhodného kultivačního média. Shluková analýza prokázala možnost stanovení citlivosti pomocí hmotnostní spektrometrie, nicméně další pokusy zohledňující poznatky získané v této studii budou nutné pro případné zavedení metody do rutinní praxe. Powered by TCPDF...
|
|
|
Srovnání amplifikační a neamplifikační metody detekce HPV v klinických vzorcích
Jarolímková, Pavlína ; Nyč, Otakar (vedoucí práce) ; Dražďáková, Marcela (oponent)
Karcinom děložního čípku je druhým nejčastějším zhoubným nádorem u žen ve světě a je způsoben infekcí lidským papillomavirem. K šíření infekce HPV dochází především sexuálním stykem. V současnosti je HPV nejčastější sexuálně přenosnou infekcí. Cílem této bakalářské práce a jedním z cílů grantu IGA MZ NC 5959 bylo porovnání citlivosti a specifity metody polymerázové řetězové reakce a metody neamplifikační hc2 pro detekci HPV DNA v cervikálních stěrech pacientek se suspektním cytologickým nálezem. PCR je metodou velmi citlivou a je na ní založena řada komerčních setů. V rutinních virologických laboratořích se k detekci HPV infekce dnes nejvíce používá komerčně dostupná hybridizační souprava DNA test hc2 HPV. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Development and Validation of Methods for Typing of Bacteria by MALDI-TOF Mass Spectrometry
Chudějová, Kateřina ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Dolejská, Monika (oponent) ; Nyč, Otakar (oponent)
1 ABSTRAKT Infekce spojené s nemocniční péčí se ve značné míře podílejí na mortalitě a morbiditě ve zdravotnických zařízeních. Riziko vzniku nozokomiálních infekcí se významně liší u různých skupin pacientů v závislosti na charakteru jejich primárního onemocnění, komorbiditách, poskytované péči, délce hospitalizace a také typu použitých diagnostických a léčebných postupů. Velkou roli mohou také hrát umělé materiály jako jsou centrální žilní katetry, shunty, močové cévky, kloubní a chlopenní náhrady, nebo umělá plicní ventilace. Většina nozokomiálních infekcí je způsobena zástupci čeledi Enterobacteriaceæ, členy rodů Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., nebo některými grampozitivními bakteriemi, zejména rody Staphylococcus spp. a Enterococcus spp. Což je především umožněno jejich schopností uchovávat a přenášet různé typy rezistencí k antimikrobním látkám. Identifikace a typizace těchto patogenních organismů je proto nepostradatelným nástrojem moderního sledování infekčních onemocnění v oblasti veřejného zdraví, nejen pro vhodnou a účinnou léčbu infekcí, ale i v případě výskytu epidemických epizod. Pochopení klonální kontinuity mezi vyšetřovanými kmeny je nezbytné pro určení zdroje a cesty šíření infekcí, potvrzení nebo vyloučení epidemických epizod, sledování zkříženého přenosu patogenů souvisejících se...
|
|
|
Clostridium difficile: Molekulární typizace klinicky významných izolátů
Krůtová, Marcela ; Nyč, Otakar (vedoucí práce) ; Čermák, Pavel (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Clostridium difficile je významným nozokomiálním patogenem současnosti v souvislosti s rozšířením epidemických kmenů. Molekulární typizace klinických izolátů je nedílnou součástí kontroly výskytu a šíření C. difficile v nemocničním prostředí a v komunitě. Soubor 2201 klinických izolátů C. difficile z 32 nemocničních zařízení z období 2013-2015 byl charakterizován pomocí PCR ribotypizace doplněné o průkaz genů pro tvorbu toxinů. Identifikovali jsme celkem 166 různých ribotypizačních profilů a u 53 profilů byly zachyceny alespoň dva izoláty reprezentující jeden profil. Nejčastěji zachycenými ribotypy byly 176 (n=588; 26,7 %) a 001 (n=456; 20,7 %), následovány ribotypy 014 (n=176; 8 %), 012 (n=127; 5,8 %), 017 (n=85; 3,9 %) a 020 (n=68; 3,1 %). Celkem 2024 (92 %) izolátů bylo toxigenních (neslo geny pro produkci toxinů A, B) a z těchto navíc 677 neslo také geny pro tvorbu binárního toxinu. Zbývajících 177 (8 %) izolátů bylo netoxigenních. Subtypizace izolátů C. difficile pomocí MLVA (multilocus variable number tandem repeats analysis) porovnávající počet repetitivních úseků byla provedená u izolátů ribotypu 176 (n=225, 17 nemocnic) a u izolátů ribotypu 001 (n=184, 14 nemocnic) kultivovaných v roce 2014. Klonální příbuznost izolátů v rámci ribotypu byla zjištěna u 76,6 % izolátů ribotypu 001, které...
|
|
|
Development and Validation of Methods for Typing of Bacteria by MALDI-TOF Mass Spectrometry
Chudějová, Kateřina ; Hrabák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Dolejská, Monika (oponent) ; Nyč, Otakar (oponent)
1 ABSTRAKT Infekce spojené s nemocniční péčí se ve značné míře podílejí na mortalitě a morbiditě ve zdravotnických zařízeních. Riziko vzniku nozokomiálních infekcí se významně liší u různých skupin pacientů v závislosti na charakteru jejich primárního onemocnění, komorbiditách, poskytované péči, délce hospitalizace a také typu použitých diagnostických a léčebných postupů. Velkou roli mohou také hrát umělé materiály jako jsou centrální žilní katetry, shunty, močové cévky, kloubní a chlopenní náhrady, nebo umělá plicní ventilace. Většina nozokomiálních infekcí je způsobena zástupci čeledi Enterobacteriaceæ, členy rodů Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., nebo některými grampozitivními bakteriemi, zejména rody Staphylococcus spp. a Enterococcus spp. Což je především umožněno jejich schopností uchovávat a přenášet různé typy rezistencí k antimikrobním látkám. Identifikace a typizace těchto patogenních organismů je proto nepostradatelným nástrojem moderního sledování infekčních onemocnění v oblasti veřejného zdraví, nejen pro vhodnou a účinnou léčbu infekcí, ale i v případě výskytu epidemických epizod. Pochopení klonální kontinuity mezi vyšetřovanými kmeny je nezbytné pro určení zdroje a cesty šíření infekcí, potvrzení nebo vyloučení epidemických epizod, sledování zkříženého přenosu patogenů souvisejících se...
|
|
| |
|
|
Průkaz rezistence na echinokandinová antimykotika u Candida sp. pomocí molekulárně biologických metod
Vitáčková, Petra ; Chrenková, Vanda (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Invazivní infekce vyvolané rodem Candida, zvláště pak jeho nejvýznamnějším zástupcem C. albicans, patří mezi vážné komplikace, zejména u imunokompromitovaných pacientů. Případný výskyt rezistence k jednotlivým antimykotikům značně komplikuje terapii invazivních mykóz a zvyšuje morbiditu a mortalitu u těchto pacientů. Cílem této práce bylo zavedení rychlé metody detekce rezistence na kaspofungin prostřednictvím hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Testování bylo prováděno na referenčním kmenu C. albicans CCM8261 a kmenu C. albicans M30 s prokázanou rezistencí na echinokandiny. K měření bylo použito dvou různých nastavení přístroje a pro následné vyhodnocení získaných spekter byla využita korelační a shluková analýza (dendrogram). V průběhu analýzy bylo zjištěno, že publikované nastavení měření nelze aplikovat, neboť pro každý hmotnostní spektrometr je vždy nutno pracovat s nastavením od výrobce. Pomocí shlukové analýzy se podařilo odlišit citlivý a rezistentní kmen. Kvalita získaných spekter byla relativně nízká, což mohlo být způsobeno použitím nevhodného kultivačního média. Shluková analýza prokázala možnost stanovení citlivosti pomocí hmotnostní spektrometrie, nicméně další pokusy zohledňující poznatky získané v této studii budou nutné pro případné zavedení metody do rutinní praxe. Powered by TCPDF...
|
host ::
RSS.