|
| |
|
|
Autofagie jako mechanismus adaptace kvasinek
Zieglerová, Leona ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Autofagie je degradační cesta, zachovalá od kvasinek až po savce. Výjimečnost této cesty tkví v její funkci, uplatňuje se v buňce především za nepříznivých podmínek. Pomáhá buňce obstarávat esenciální živiny pro život, odstraňuje poškozené nebo nadbytečné organely, agregáty proteinů a pomáhá s jejich recyklací a udržuje stálé vnitřní prostředí. Těmito funkcemi může buňce prodloužit život a ta přečká nepříznivé podmínky. Autofagie může vyvolávat i buněčnou programovanou smrt typu II. Tato práce se zabývá popisem základního autofagního procesu, regulací a vlivem autofagie na adaptaci kvasinek k stresovým podmínkám. Také představuje jednotlivé druhy specifické autofagie. Pochopení mechanismu a regulace autofagie u kvasinek může pomoci se studiem autofagie u savců. U nichž poruchy této degradační cesty způsobují řadu onemocnění (především neurodegenerativních), autofagie také ovlivňuje vznik nádorů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Tvorba biofilmu Mycobacterium smegmatis na skleněných a zirkoniových kuličkách-proteomová studie
Sitařová, Barbora ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tvorba biofilmů Mycobacterium smegmatis na skleněných a zirkoniových mikrokuličkách - proteomová studie Tvorba biofilmů je univerzální strategie bakterií pro přežití, tvorbou biofilmu bakterie získávají řadu výhod oproti planktonním buňkám. Přibližně 99% světové bakteriální populace se nachází ve formě biofilmů. Existence mikrobiálních biofilmů má pro lidstvo pozitivní i negativní dopad. Biofilmy předurčují úspěšnost patogena zvýšenou rezistencí vůči antibiotikům a imunitní reakci hostitelského organismu. Mykobakterie, které mají schopnost vytvářet biofilmy na různých povších se liší od ostatních bakterií unikátní stavbou buněčné stěny. Ta poskytuje bakterii vysokou odolnost vůči fyzikálnímu a chemickému poškození. To je jeden z důvodů proč je Mycobacterium tuberculosis považováno za velmi potentního patogena. Studium mykobakteriálních biofilmů je motivováno snahou zdokonalit a nalézt nové léčebné postupy. Tato práce je zaměřena na morfologickou a proteomickou srovnávací analýzu biofilmů získaných kultivací Mycobacterium smegmatis na povrchu skleněných a silica- zirkoniových mikrokuliček, biofilmu na povrchu média a planktonicky žijící kultury. Pro analýzu plovoucího biofilmu jsme vytvořili techniku přípravy preparátu umožňující pozorování v SEM. Ukázali jsme, že plovoucí biofilm vzniká ze shluků...
|
|
|
Studium genové exprese ve tkáních matky a plodu exponovaných cigaretovému kouři
Fejglová, Kamila ; Bruchová, Hana (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
I přes všeobecné povědomí o škodlivosti kouření se mu překvapivě vystavují i ženy v průběhu těhotenství. Expozice cigaretovému kouři během těhotenství zvyšuje např. riziko předčasného porodu, potratu nebo syndromu náhlého úmrtí novorozence. Pro studium molekulárních mechanismů působení cigaretového kouře ve tkáních těhotných žen a jejich dětí jsme využili genomický přístup a stanovili genové expresní profily v leukocytech z periferní krve matek a z pupečníkové krve novorozenců, a také v placentě. Genové expresní profily v těchto tkáních byly detekovány pomocí Illumina HumRef8 v3 expresních čipů, které umožňují analyzovat expresi 23 811 kódujících, anotovaných transkriptů. Mikročipová data byla standardizována kvantilovou normalizací. Rozdílně exprimované geny byly detekovány proložením lineárního modelu s využitím funkce lmFit. Hodnoty statistické významnosti byly upraveny Benjamini-Hochbergovou metodou. Komparativní analýza expresních profilů matek kuřaček (N=23) a nekuřaček (N=62) odhalila řadu deregulovaných genů, čímž jsme prokázali nesporný negativní vliv cigaretového kouře na transkriptom studovaných tkání. Mezi up-regulované geny v periferní krvi kuřaček patřily např. IFI27, IFIT1L, IFI44L, RSAD2, HBD, OAS2, BCL2A1, SOS1, Hsp10 a HERC5. Naopak down-regulaci vykazovaly geny LILRA3, TNFSF13, TNF,...
|
|
| |
|
|
Mutační analýza biosyntézy manumycinových antibiotik
Kolek, Jan ; Petříček, Miroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Mutační analýza biosyntézy manumycinových antibiotik Manumycinová antibiotika jsou sekundární metabolity, které patří do velké skupiny polyketidových látek. Jsou produkována výhradně bakteriemi rodu Streptomyces. Manumycinová antibiotika jsou charakterizována dvěma lineárními polyketidovými řetězci, které jsou připojeny k centrální mC7N podjednotce. Spodní řetězec je často zakončen C5N podjednotkou. Manumyciny vykazují mnoho biologických aktivit. Byla u nich prokázána antimikrobiální aktivita výhradně vůči gram-pozitivním bakteriím. Dalšími pozorovanými aktivitami je například antimykotická, insekticidní nebo protizánětlivá aktivita. Manumycinové metabolity jsou také potencionálními kancerostatiky. Pro přípravu těchto látek fermentační cestou je důležitá znalost jejich biosyntetických drah. Mutační analýza je založena na technikách genového inženýrství. Je vhodná ke zkoumání biosyntetických drah sekundárních metabolitů a také genů zapojených do jejich genetického podkladu. Jejím výsledkem je komplexní přehled o biosyntetické dráze daného metabolitu. Tuto znalost lze použít např. v metodách kombinatorní biosyntézy nebo mutasyntézy k produkci nových metabolitů. Hybridní látky by se mohly v budoucnosti stát např. novými účinnými antibiotiky nebo kancerostatiky pro použití v lékařství. Klíčová slova: manumycin,...
|
|
| |
|
|
Molekulární charakterizace rezistence k MLSb antibiotikům u kmenů Staphylococcus aureus a SCV Staphylococcus aureus od pacientů s cystickou fibrózou
Vařeková, Eva ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Cystická fibróza (CF) je nejčastější autozomálně recesivní onemocnění v kavkazské populaci. Kolonizace dolních cest dýchacích (DCD) bakteriemi vede u pacientů s CF z důvodu narušených procesů přirozené slizniční imunity k chronické infekci a nevratnému poškození plic. V této práci bylo charakterizováno 338 kmenů S. aureus izolovaných v letech 2011-2013 z DCD 92 českých pacientů s CF. Metodou spa typizace a makrorestrikční analýzou pomocí PFGE byla zjištěna vysoká klonální heterogenita souboru. Výjimku tvořily klonálně téměř totožné kmeny MRSA (rezistentní k oxacilinu; 5% prevalence). Prevalence rezistence kmenů S. aureus k MLSB antibiotikům dosáhla v našem souboru 69 % a představuje závažný problém vzhledem ke klinickému použití této skupiny léčiv. U poloviny MLSB rezistentních kmenů nebyla detekována žádná determinanta rezistence (ermA, ermC, ermT, msrA). Sekvenováním ribozomálních genů byl v našem souboru prokázán neobvykle vysoký podíl kmenů s mutacemi v zásahových místech MLSB antibiotik (u 37 % pacientů), což je nová zásadní informace z analýzy kmenů od pacientů s chronickou stafylokokovou infekcí v ČR. Proto byla ověřena mutabilita těchto kmenů. Prozatím se podařilo detekovat u několika kmenů bodové mutace i delece v mutátorových genech mutS a mutL. Hypermutabilita by mohla vysvětlovat vysoký podíl...
|
|
|
Vzájemné ovlivnění růstu dvou blízkých bakteriálních kolonií - vliv signálních molekul a živin
Dobřemyslová, Mária ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Mezi blízko sebe rostoucími bakteriálními koloniemi jednoho druhu dochází k vzájemným interakcím ovlivňujícím jejich růst (jak velikost, tak i tvar). Efekty těchto interakcí na růst mohou být jak záporné, tak i kladné, a během vývoje kolonií se mohou proměňovat. Prvotní příčinou vzájemného ovlivnění je často soupeření o dostupné zdroje živin, produkce odpadních látek, či produkce a využívání společných "veřejných statků". Síla ovlivnění závisí na vnějších faktorech, jako je vzdálenost kolonií, tuhost a složení média, či možnost vzájemné výměny signálních molekul. V této bakalářské práci jsou popsány známé mechanismy vnitrodruhových interakcí, které mohou hrát roli v komunikaci mezi dvěma koloniemi. Blíže popsány jsou pak tři konkrétní případy ovlivnění dvou blízkých kolonií, které byly do dnešního dne jako jedny z mála podrobněji zkoumány. Dále jsou zde shrnuty metody měření velikosti kolonií a algoritmy použitelné k vyhodnocování vzájemného vlivu blízkých kolonií.
|
|
|
Specifické vlastnosti streptomycet izolovaných z lidských tkání
Kodatová, Anežka ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje aktivitám bakteriálního rodu Streptomyces, a to ve vztahu k rostlinám, živočichům a člověku. Je známa řada symbiotických vztahů streptomycet s rostlinami, existuje ale i patogenní zástupce S. scabies. Jakožto primárně půdní bakterie není jejich asociace s živočichy příliš častá, ale ani výjimečná. Symbiotické vztahy byly pozorovány mimo jiné u několika druhů hmyzu. Streptomycety byly opakovaně izolovány z lidského mikrobiomu, o jejich vlivu na lidské tělo je ale prozatím dostupno minimum informací. Vzhledem k široké produkci sekundárních metabolitů ovlivňujících jiné mikroorganismy lze však předpokládat, že jejich role je nezanedbatelná. Vztah lidských streptomycet a člověka by mohl mít paralelu v jejich symbióze s rostlinami a hmyzem, nelze však vyloučit ani jistý vliv na patogenezi. U testovaných zástupců byla dokázána schopnost beta hemolýzy. Mimo to existují případy závažných onemocnění způsobených streptomycetami. Vedle relativně běžných aktinomycetomů v oblastech Súdánu a Indie byly výjimečně popsány choroby jako zápal plic či absces mozku.
|
host ::
RSS.