|
|
Investigation of the role of the KEAP1-NRF2 antioxidant pathway in the therapy of secondary acute myeloid leukaemia
Myšáková, Michaela ; Pimková, Kristýna (vedoucí práce) ; Suttnar, Jiří (oponent)
Vznik rezistence na terapii je dlouhodobým problémem při léčbě nádorových onemocnění, zejména při léčbě myelodysplastického syndromu (MDS) a akutní myeloidní leukémie (AML), u nichž je hypomethylační lék 5-azacytidin (AZA) první volbou. Pro zvýšení terapeutické účinnosti se AZA často kombinuje s dalšími látkami, jako je pevonedistat (Pevo), inhibitor NEDDylace zaměřený na ubikvitin-proteazomový systém. Ačkoliv první výsledky ukázaly synergický účinek kombinace AZA a Pevo při léčbě MDS a AML, byla popsána duální rezistence, což podtrhuje důležitost pochopení mechanismů stojících za vznikem této rezistence. Naše předchozí výsledky prokázaly zásadní roli redoxní homeostázy a antioxidačního systému reprezentovaného Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2) v rezistenci na AZA. Dráha Kelch-like ECH-associated protein 1 (KEAP1)-NRF2 je hlavním regulátorem antioxidační obrany v buňkách, která je klíčová pro udržení redoxní rovnováhy. Hyperaktivace NRF2 se však podílí na rezistenci k léčbě a progresi rakoviny. Předpokládali jsme, že NRF2 má zásadní význam v rezistenci na terapii MDS/AML, zejména v rezistenci na kombinovanou léčbu AZA a Pevo. Pracovali jsme s buňkami citlivými a rezistentními na AZA a Pevo a sledovali jejich redoxní stav a aktivitu NRF2 pomocí průtokové cytometrie a imunodetekčních...
|
|
|
Investigation of HSP70 oligomerization by structural mass spectrometry
Melikov, Aleksandr ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Jeřábek, Petr (oponent)
Příbuzný protein teplotního šoku (HSC70) je 71 kDa chaperon patřící ke všudypřítomné rodině proteinů teplotního šoku 70 (Hsp70). Zástupci této proteinové rodiny jsou považováni za molekulární stroje s ATPázovou aktivitou, které usnadňují správné sbalování prostorové struktury proteinů jak za normálních, tak i za stresových podmínek (hypoxie, tepelný šok, či kolísání pH). HSC70 navíc funguje jako enzym rozbalující vrstvu triskelionu na povrchu klatrinových váčků. Další rolí HSC70 je např. zamezení agregace proteinů, asistence při maturaci polypeptidového řetězce a usnadnění transportu proteinů do organel, jako jsou endoplazmatické retikulum a mitochondrie. HSC70 se účastní směrování proteinů určených k degradaci do lysosomů a v mnoha dalších kriticky důležitých buněčných procesech spojených s homeostází proteinů. Tudíž, regulace HSC70 a jiných proteinů HSP70 je považována za velmi důležitou, obzvlášť v kontextu buněčného stresu. Na základě experimentálních pozorování byl navržen mechanismus inaktivace za pomoci oligomerizace. Dimery a trimery proteinů Hsp70 byly identifikovány jak u prokaryotických, tak u eukaryotických homologů. Byla také diskutována role proteinového kofaktoru Hsp40 ve stimulaci oligomerizaci Hsp70 do vyšších oligomerů. Tento a jiné možné modely oligomerizace "divoké" varianty...
|
|
|
Identification of new tissue-specific interaction partners of chromatin remodelling ATPase Smarca5
Arishaka, Yuliia ; Kokavec, Juraj (vedoucí práce) ; Děd, Lukáš (oponent)
Regulace struktury chromatinu je zásadní pro širokou škálu buněčných procesů, včetně regulace transkripce, buněčného dělení, diferenciace a opravy poškození DNA, a ATP-závislé remodelační komplexy chromatinu byly identifikovány jako základní složky této regulační sítě. Bylo ukázáno, že Smarca5, jako enzym ATPáza/Helikáza, reguluje strukturu chromatinu v interakci s partnery obsahujícími bromo- a DDT-WHIM domény, což umožňuje kontrolovat vazbu proteinů a transkripčních faktorů na specifické DNA sekvence spojené s chromatinem. V této práci byl identifikován dosud necharakterizovaný protein s konzervovanou N-terminální bromodoménou a ISWI protein vázající DDT-WHIM doménou pomocí ko-imunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie v buněčných liniích savčího typu. Tento protein byl potvrzen jako nový interakční partner ATPázy pro remodelaci chromatinu, Smarca5. Navíc, byla lokalizována oblast nezbytná pro interakci se Smarca5, která odpovídá oblasti DDT-WHIM domény. Navíc jsme se pokusili identifikovat další interakční partnery, kteří by mohli naznačovat potenciální funkci tohoto nového chromatin remodelačního komplexu, a ověřili jsme jeho expresi v embryonálních a postnatálních tkáních. Tento objev představuje jedinečnou příležitost pro další zkoumání jeho potenciální role v interakci s ATPázou Smarca5 a...
|
|
| |
|
|
Proteomická identifikace skořápkových plodů ve vybraných druzích cukroví
Kadeřábková, Lucie ; Kučková, Štěpánka (vedoucí práce) ; Kolář, Karel (oponent)
Předkládaná diplomová práce se věnuje proteomické identifikaci vybraných skořápkových plodů na příkladu svátečního cukroví. Za účelem identifikace přítomných plodů ve vzorcích byly využity dva typy hmotnostní spektrometrie, jejichž výsledky mohou nabídnout vzájemné doplnění i srovnání. Teoretická část se v počátku zaměřuje na nutriční specifika skořápkových plodů. Její významný díl se poté zabývá širokou otázkou falšování a autentizace potravin, kdy je důraz kladen na skořápkové plody. Teoretickou část zakončuje pohled na odbornost tématu didaktickou optikou a jeho případné možnosti zařazení do výuky chemie či dalších oborů. Předmětem analýzy bylo jedenáct druhů skořápkových plodů po vystavení teplot, simulující pečení cukroví, a sedm druhů vánočního cukroví (šest komerčních výrobků a jeden druh "neznámého" cukroví, kde nebylo dopředu známo, z jakého skořápkového plodu bylo připraveno). Využita byla hmotnostní spektrometrie typu MALDI-TOF s následným vyhodnocením pomocí objektově-relačního databázového systému PostgreSQL, a to s cílem získat charakteristické hodnoty m/z pro každý plod po teplotním ošetření a následně porovnat s hodnotami m/z nalezenými ve vzorcích vánočního cukroví. Pomocí nalezených hodnot bylo cílem identifikovat přítomnost deklarovaných plodů a určit, jaký plod byl použit v...
|
|
|
Vývoj nových radikálových sond pro strukturní charakterizaci proteinů
Karpíšek, Michael ; Kukačka, Zdeněk (vedoucí práce) ; Chmelík, Josef (oponent)
Proteiny jsou důležité biomolekuly, které v buňce zastávají nespočet důležitých funkcí. Protože funkce těchto biomolekul často úzce souvisí s jejich strukturou, bylo vyvinuto mnoho technik sloužících ke studiu jejich trojrozměrného uspořádání, z nichž každá má své přednosti, ale také nevýhody. Chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií, které využívá výhod hmotnostní spektrometrie ke strukturní charakterizaci analytu, je jednou z těchto metod. Přestože je tato metoda již dlouho známa, dosud nebylo vyvinuto činidlo vázající postranní řetězce všech proteinogenních aromatických aminokyselin. V této práci byla ověřena reaktivita nového síťovacího činidla, které by mělo selektivně modifikovat postranní řetězce aromatických aminokyselin a také aminokyseliny cysteinu. Toto činidlo bylo navrženo na základě prací s takzvanými Togniho činidly, která slouží k trifluoralkylaci aromátů. K optimalizaci vlivu různých podmínek na výtěžek reakce měřením intaktního proteinu elektrosprejovou ionizací byl vybrán apomyoglobin. Přístup zdola nahoru byl využit k nalezení postranních řetězců, na kterých došlo k modifikaci. Pro tento účel byl kromě apomyoglobinu vybrány proteiny RhoA a HSC70, které ve své struktuře obsahují cysteiny, které netvoří disulfidické můstky. Na základě obdržených dat byla potvrzena...
|
|
|
Studium struktury a interakcí proteinů pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie
Portašiková, Jasmína Mária ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Vrbacký, Marek (oponent)
Transmembránové kanály a přenášeče z ClC proteinové rodiny se vyskytují napříč všemi živými organismy. Nacházejí se na cytoplasmatických a lysosomálních membránách buněk, kde se podílí na udržování homeostázy iontů. Narušení jejich funkce vede k vážným zdravotním komplikacím. Pro vývoj efektivní léčby těchto onemocnění je potřeba objasnit transportní mechanismus ClC proteinů. Antiporter ClC-ec1 z E.coli je modelovým proteinem celé ClC proteinové rodiny. Tento homodimerní protein, který transportuje proton proti dvěma chloridovým iontům, má transportní dráhu v každé z podjednotek. Na základě krystalové struktury se přepokládá, že během transportu se protein střídavě otevírá na obě strany membrány. Otevření proteinu směrem ven je umožněno protonací tří glutamátů, které se nacházejí v transportní dráze a jsou pro transport iontů klíčové. Pro studium tohoto stavu byl navržen QQQ mutant, který má tyto glutamáty nahrazeny za glutaminy. Dosud se studium transportního mechanismu ClC-ec1 opíralo převážně o studie založené na rentgenové krystalografii. Krystalografie poskytla statické obrázky, které neobsahovaly dostatečné informace o dynamice proteinu. Proto jsme pro studium transportního mechanismu ClC-ec1 zvolili dynamickou metodu - vodík-deuteriovou výměnu spojenou s hmotnostní spektrometrií. Součástí...
|
|
| |
|
|
Proteomické rozlišení obilnin
Nyškovská, Kristýna ; Kučková, Štěpánka (vedoucí práce) ; Kolář, Karel (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá proteomickým rozlišením obilovin (amarantu, ječmene setého, kukuřice seté, merlíku čilského (quinoi), čiroku zrnového, ovsa setého, pšenice seté, pohanky seté, prosa setého, rýže seté, špaldy, žita setého). Obiloviny jsou velkým množství zastoupeny v lidské potravě a jsou jedním z hlavních zdrojů bílkovin a sacharidů. Cílem bylo zjistit, zda je možné mezi sebou rozlišit jednotlivé typy obilovin a porovnat rozdíl mezi obilovinami a pseudoobilovinami na základě bílkovinového složení jejich zrn pomocí hmotnostně- spektrometrické metody MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight). Teoretická část se zabývá seznámením s obilninami, pseudoobilninami a jejich nutričními hodnotami, využitím a analytickou metodou MALDI-TOF MS. Experimentální část se zabývá sběrem jednotlivých druhů obilovin a jejich následnou analýzou. Vzorky byly mechanicky zpracovány a štěpeny za pomoci enzymu trypsinu. Naštěpené peptidy byly změřeny metodou MALDI-TOF MS a získaná spektra byla následně zpracována pomocí programu mMass a PostgreSQL (verze 14.2). Tímto způsobem byly zjištěny specifické hodnoty m/z, které jsou charakteristické pro každou analyzovanou obilovinu. Z těchto hodnot byla sestavena tabulka, která přehledně uvádí tyto charakteristické hodnoty. Díky těmto...
|
|
|
Možnosti identifikace patogenů pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie
Fusková, Lucie ; Strouhalová,, Dana (oponent) ; Šalplachta, Jiří (vedoucí práce)
Předložená bakalářská práce se zaměřuje na využití techniky MALDI-TOF MS k identifikaci rostlinných patogenů, konkrétně k identifikaci plísní rodu Fusarium napadajících obiloviny. Plísně představují vážnou hrozbu pro zemědělství a potravinářský průmysl. Stávající metody identifikace jsou časově náročné a často nedokážou poskytnout přesné výsledky. Hmotnostní spektrometrie nabízí rychlou a spolehlivou alternativu. Identifikace pomocí MALDI je charakteristická svou vysokou přesností, citlivostí a rychlostí ve srovnání s běžně používanými metodami. Práce se věnuje optimalizaci metody na kultivovaných kmenech plísní a identifikaci plísní v napadeném obilí. Výsledky práce ukazují potenciál využití techniky MALDI pro identifikaci rostlinných patogenů.
|
host ::
RSS.