|
|
Struktura, funkce a onkogenní potenciál suprabazinu
Krátký, Marek ; Novák, Josef (vedoucí práce) ; Pimková, Kristýna (oponent)
Suprabazin je poměrně nedávno objevený protein, původně zkoumaný pro svou roli ve tvorbě kornifikované obálky a diferenciaci keratinocytů. V posledních letech byl výzkum soustředěn na onkogenní potenciál suprabazinu a jeho roli v různých typech onemocnění (např. myelodysplastickém syndromu, atopické dermatitidě nebo psoriáze). Jedna z izoforem suprabazinu má ve své struktuře predikovanou výjimečnou β-solenoidovou strukturu, která je v této práci charakterizována vůbec poprvé. Kromě obecných informací o genu a izoformách proteinu suprabazin práce shrnuje také důležité poznatky o interakci suprabazinu s proteiny signálních drah EGFR/STAT3/Src, Wnt/β-katenin, NF-κB a dráhy AKT. Práce tyto poznatky dává do souvislosti s vlastnostmi nádorů, ke kterým suprabazin přispívá, jako je schopnost nádoru metastázovat, imunosuprese a angiogeneze. Shrnutí poznatků v této práci vznáší otázky k budoucímu výzkumu, který nepochybně skrývá důležité informace o struktuře, funkci a onkogenním potenciálu suprabazinu. Klíčová slova: Suprabazin, nekonvenční sekrece, onkogenní potenciál, biomarker, kornifikovaná obálka
|
|
|
Výzkum epigenetických aspektů kmenových buněk krvetvorby a spermatogeneze.
Hybešová, Michaela ; Pimková, Kristýna (vedoucí práce) ; Děd, Lukáš (oponent)
Diferenciace kmenových buněk je řízená koordinovanou regulací genové transkripce. Jedním z regulačních faktorů je rozvolnění chromatinu a zpřístupnění DNA k transkripčním faktorům. Remodelace chromatinu je zajišťována remodelačními komplexy. ISWI chromatin remodelující ATPáza Smarca5 (S5) je významným faktorem remodelačních komplexů. Jedná se o vysoce konzervovaný chromatin-remodelační faktor, který se nachází v několika komplexech oligopodjednotek a tvoří zde katalytickou podjednotku. V těchto komplexech aktivně reguluje strukturu a přestavbu nukleozomu během replikace, oprav a transkripce DNA. Bylo zjištěno, že S5 je klíčový protein pro embryonální vývoj. Jeho nedostatek vede k poruchám krvetvorby a vývoji samčích pohlavních orgánů. V této práci jsme se zaměřili na roli S5 v hematopoéze a spermatogenezi. Pomocí myšího modelu s transgenní expresí S5, ko-imunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie jsme identifikovali komplexy, v nichž se S5 nachází v hematopoetických orgánech a v buňkách v testes. Studovali jsme také fenotypové následky deficitu S5 v myších testes a zjistili, že vede k poruše vývoje spermií a samčí sterilitě. Pomocí transkriptomické a proteomické analýzy jsme identifikovali, některé molekulární programy, které by mohly k poruchám reprodukce vést. Naše práce naznačuje, že S5 je...
|
|
|
Vybrané aspekty redoxního metabolismu v leukemogenezi
Myšáková, Michaela ; Pimková, Kristýna (vedoucí práce) ; Kuželová, Kateřina (oponent)
Nádorová krevní onemocnění vznikají akumulací mutací v krvetvorných kmenových buňkách. Vznikne tak maligní klon, který má selekční výhodu díky lepšímu přežívání a neomezené proliferaci, tento proces vývoje leukémie nazýváme leukemogeneze. Leukemogeneze je komplexní proces a je obtížné určit jedinou mutaci, která je za transformaci krvetvorných buněk zodpovědná. Kromě transkripční deregulace způsobené onkogenními fúzními proteiny, hrají v leukemogenezi zásadní roli také mutace specifických genů, které regulují kritické signální dráhy. Mezi takové geny patří například mutace v genech pro isocitrát dehydrogenázu 1 a 2 (mutIDH1/2). Přepokládá se, že tyto geny hrají významnou roli ve vývoji leukémie, na což ukazuje jejich vzrůstající frekvence v progresi myelodysplastického syndromu do akutní myeloidní leukémie. Mezi funkce mutIDH1/2 patří epigenetická regulace, změny v metabolismu a redoxní homeostáze. Bylo zjištěno, že regulace produkce a eliminace reaktivních kyslíkatých látek (ROS), tzv. redoxní homeostáza je důležitá pro správnou funkci hematopoetických kmenových buněk a její narušení je častým jevem doprovázejícím maligní transformaci těchto buněk. Některé mutace, včetně mutIDH1/2, ovlivňují produkci a eliminaci ROS, a tím narušují redoxní homeostázu. Výsledkem je pak ovlivnění redoxních kaskád...
|
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidative stress is an important factor in carcinogenesis of oncohematological diseases. However its role in the pathogenesis of myelodysplastic syndromes (MDS) remains unclear. In this study, we have determined the oxidative status and evaluated proteomic changes in plasma of MDS patients as a consequence of oxidative dysbalance (oxidative modifications, protein-protein interaction and complex forming). We measured the levels of total cysteine, homocysteine, cysteinyglycine, glutathione, nitrites and nitrates in the plasma from 61 MDS patients and 23 healthy donors using high performance liquid chromatography. Glutathione and nitrites levels reduced significantly while other aminothiols levels increased significantly in plasma of MDS patients. This association with oxidative stress did not correlate with iron overload. We also found enhanced levels of asymmetric dimethylarginine in serums of middle aged patients with MDS that correlate to posttranslational modifications of proteins arginyl residues. Furthermore, carbonylated proteins level was significantly elevated in MDS patients compared to healthy donors. Using mass spectrometry, 5 S-nitrosylated blood platelets proteins were identified in plasma and blood platelets of MDS patients and set of 16 plasma proteins with high probability of...
|
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Dyr, Jan (vedoucí práce) ; Kodíček, Milan (oponent) ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidační stres je významným faktorem v karcinogenezi onkohematologických onemocnění, ovšem jeho role v patogenezi myelodysplastického syndromu (MDS) nebyla doposud objasněna. V této práci jsme stanovili oxidační status v plazmě MDS pacientů a sledovali změny proteomu (oxidační modifikace proteinů, interakce a vznik komplexů), ke kterým v plazmě MDS pacientů v důsledku oxidačního stresu dochází. Pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie jsme stanovili hladiny celkového cysteinu, homocysteinu, cysteinylglycinu, glutathionu, dusitanů a dusičnanů v plazmě 61 MDS pacientů a 23 zdravých dárců. Oxidační stres u MDS pacientů prezentovaný signifikantně sníženými hladinami glutathionu a dusitanů a signifikantně zvýšenými hladinami ostatních aminothiolů nekoreloval s přetížením železem. Dále jsme naměřili zvýšené hladiny asymetrického dimethylargininu v séru pacientů středního věku s MDS, které souvisí s posttranslační modifikací arginylových zbytků proteinů. Nalezli jsme signifikantně zvýšenou hladinu karbonylovaných proteinů v plazmě MDS v porovnání se zdravými dárci. Pomocí hmotnostní spektrometrie jsme identifikovali pět S-nitrosylovaných proteinů krevních destiček u MDS pacientů a navrhli jsme soubor šestnácti plazmatických proteinů, z nichž některé mohou být s velkou pravděpodobností karbonylované v...
|
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Dyr, Jan (vedoucí práce) ; Kodíček, Milan (oponent) ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidační stres je významným faktorem v karcinogenezi onkohematologických onemocnění, ovšem jeho role v patogenezi myelodysplastického syndromu (MDS) nebyla doposud objasněna. V této práci jsme stanovili oxidační status v plazmě MDS pacientů a sledovali změny proteomu (oxidační modifikace proteinů, interakce a vznik komplexů), ke kterým v plazmě MDS pacientů v důsledku oxidačního stresu dochází. Pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie jsme stanovili hladiny celkového cysteinu, homocysteinu, cysteinylglycinu, glutathionu, dusitanů a dusičnanů v plazmě 61 MDS pacientů a 23 zdravých dárců. Oxidační stres u MDS pacientů prezentovaný signifikantně sníženými hladinami glutathionu a dusitanů a signifikantně zvýšenými hladinami ostatních aminothiolů nekoreloval s přetížením železem. Dále jsme naměřili zvýšené hladiny asymetrického dimethylargininu v séru pacientů středního věku s MDS, které souvisí s posttranslační modifikací arginylových zbytků proteinů. Nalezli jsme signifikantně zvýšenou hladinu karbonylovaných proteinů v plazmě MDS v porovnání se zdravými dárci. Pomocí hmotnostní spektrometrie jsme identifikovali pět S-nitrosylovaných proteinů krevních destiček u MDS pacientů a navrhli jsme soubor šestnácti plazmatických proteinů, z nichž některé mohou být s velkou pravděpodobností karbonylované v...
|
|
| |
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidative stress is an important factor in carcinogenesis of oncohematological diseases. However its role in the pathogenesis of myelodysplastic syndromes (MDS) remains unclear. In this study, we have determined the oxidative status and evaluated proteomic changes in plasma of MDS patients as a consequence of oxidative dysbalance (oxidative modifications, protein-protein interaction and complex forming). We measured the levels of total cysteine, homocysteine, cysteinyglycine, glutathione, nitrites and nitrates in the plasma from 61 MDS patients and 23 healthy donors using high performance liquid chromatography. Glutathione and nitrites levels reduced significantly while other aminothiols levels increased significantly in plasma of MDS patients. This association with oxidative stress did not correlate with iron overload. We also found enhanced levels of asymmetric dimethylarginine in serums of middle aged patients with MDS that correlate to posttranslational modifications of proteins arginyl residues. Furthermore, carbonylated proteins level was significantly elevated in MDS patients compared to healthy donors. Using mass spectrometry, 5 S-nitrosylated blood platelets proteins were identified in plasma and blood platelets of MDS patients and set of 16 plasma proteins with high probability of...
|
host ::
RSS.