|
|
The preparation and characterisation of analogues of insulin and IGF-2 selective for both isoform of insulin receptor and IGF-1 receptor
Mlčochová, Květoslava ; Žáková, Lenka (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Insulin a insulinu podobné růstové faktory 1 (IGF 2) jsou příbuzné proteinové rozdílnými, avšak překrývajícími se biologickými funkcemi. Všechny tři hormony interagují, i když s různou afinitou, s receptory, patřící do systému insulinu IGF (insulinové 1R)). Právě rozdílná schopnost interakce s jednotlivými receptory je jeden z hlavních nástrojů regulace tohoto systému, který je nezbytný pro správné fungování organismu. Ačkoli aminokyseliny, které se přímo účastní interakce s receptory, se nacházejí zejména doménách A a B, domény C a D mají patrně určitou úlohu ve vazebné specificitě. V rámci tohoto projektu jsme se nejprve zaměřili na vliv domén D z domény C z ). Abychom mohli sledovat vliv domén C a D, připravili jsme insulinové celými nebo částmi jednotlivých domén tak, aby uspořádání odpovídalo přirozené IGF. U takto připravených analogů byly studovány vazebné afinity a jejich Výsledky odhalily, že úvodní část domény D má ničivý účinek na afinitu k IR. Tento účinek je pouze mírně zvýrazněn přítomností zbytku domény (D ). Doména D nemá téměř žádný účinek na afinitu k . Dále bylo zjištěno, že přidání aminokyselin odvozených z domény konec řetězce B vede ke zvýšení afinity a schopnosti aktivovat IR B. Toto nečekané zjištění otevírá nové možnosti zvýšení specificity vůči isoformě B IR. Abychom byli schopni...
|
|
|
Příprava DNA-vazebné domény Forkhead transkripčního faktoru FOXO3
Dolejš, Vojtěch ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Ptáček, Jakub (oponent)
Tato bakalářská práce je součástí projektu, jehož cílem je vývoj nízkomolekulárních látek schopných inhibovat interakci lidského transkripčního faktoru FOXO3 s DNA. Hlavním cílem této bakalářské práce je příprava 15 N značené DNA-vazebné domény proteinu FOXO3 (FOXO3-DBD) a ověření její nativní struktury pomocí 1 H-15 N HSQC NMR experimentu. Transkripční faktory FOXO jsou důležité a evolučně konzervované regulační proteiny, které se účastní mnoha důležitých buněčných dějů. Aktivita FOXO proteinů je regulována posttranslačními úpravami, z nichž nejdůležitější jsou fosforylace, acetylace a ubikvitinace. Forkhead transkripční faktory zastávají značný počet různých buněčných funkcí, ovšem jejich exprese může probíhat pouze v některých typech tkání. Obsahují asi 100 aminokyselin dlouhou DNA-vazebnou doménu složenou z několika částí. Mezi jejich funkce patří regulace buněčného cyklu a apoptózy, proliferace a diferenciace buněk, kontrola metabolismu a regulace protistresové odpovědi. U některých typů nádorových buněk je resistence vůči chemoterapii zprostředkována právě vysokou aktivitou transkripčního faktoru FOXO3. Z tohoto důvodu je nutné hledat způsoby, jak cíleně potlačit funkci tohoto proteinu. Klíčová slova FOXO3, exprese, purifikace, NMR
|
|
|
Outdoor management training z pohledu psychologie
Šulc, Marek ; Štikar, Jiří (vedoucí práce) ; Rymeš, Milan (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na popis vzdělávací metody pro manažery Outdoor management training. Ve svých kořenech se tato metoda opírá o zážitkovou pedagogiku, prožívání a učení, a proto je v této práci podrobněji uveden popis těchto psychologických konstruktů. Pozornost je věnována celkovému procesu výcviků a vzdělávání dospělých, tomu jaká jsou výchozí kritéria pro úspěšnou realizaci této vzdělávací metody. Uvedená jsou reálná, splnitelná očekávání od této metody spolu s jejími limitami. V empirické části je popsán Outdoor management training z pohledu organizačního zajištění, z pohledu práce s motivací a očekáváním účastníků a jsou také zhodnoceny přínosy této populární metody u vybraného vzorku.
|
|
|
Konformační změny cytochromu c v kyselém prostředí
Plutinský, Martin ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Část mojí práce bola zaměřená na rešerši literatury o konformačních změnách cytochromu c. Hlavní cíl výzkumu o této bílkovině je objasnit důležitost a roli konformačních změn. Cytochrom c se váže na vnitřní mitochondriální membránu bojatou na kardiolipin. Předpokládá se, že konformační stavy podobné molten globule hrají zatím neobjasněnou roli při spuštění apoptosy. Cytochrom c je modelový protein pro studium sbalování bílkovin. Je to jednoduchý, malý protein, který lze lehce získat a je možné ho studovat pomocí široké škály experimentálních technik. Druhá část projektu přináší experimenty s koňským cytochromem c v kyselém prostředí s přídavkem anorganických solí. Konformační změny jsem měřil pomocí UV-VIS spektrofotometrie v čtyřech oblastech absorpčního spektra - oblast absorpce aromatických aminokyselin, Soretův pás, Q pás a CT pás. Použil jsem techniku derivačních spekter pro získaní dalších informací.
|
|
| |
|
|
Strukturální podstata mezidruhových rozdílů v aktivaci TRPA1 receptoru
Synytsya, Viktor ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Ankyrinový receptor TRPA1 je excitační iontový kanál, který zajišťuje převod nocicepčních podnětů na primárních aferentních senzorických neuronech u savců i nižších organismů. Současný výzkum strukturních a funkčních vlastností TRPA1 přináší stále více důležitých poznatků o struktuře a funkci tohoto receptoru, významné mezidruhové rozdíly však často znemožňují jejich přímé porovnání. Naproti tomu, tyto mezidruhové rozdíly mohou být hlavním vodítkem pro identifikaci významných funkčních domén. Cílem práce je zpracovat souhrnný přehled současných poznatků o funkčních a strukturních vlastnostech lidského TRPA1 receptoru a charakterizovat hlavní rozdíly, kterými se liší od jiných orthologů TRPA1 u různých živočišných druhů. Experimentální část se zaměřuje na porovnání aktivačních vlastností lidského TRPA1 receptoru a chiméry, ve které je zaměněna 5. transmembránová doména za homologní oblast TRPA1 receptoru octomilky. Výsledky získané pomocí elektrofyziologické techniky patch-clamp prokazují, že proudové odpovědi aktivované změnami membránového potenciálu jsou významně sníženy u chimérického receptoru, což prokazuje klíčovou úlohu této oblasti pro správnou funkci iontového kanálu. (In Czech) Klíčová slova: ankyrinový receptor, iontový kanál, nocicepce, senzorický neuron, struktura-funkce
|
|
|
Studium konformačních změn proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie.
Rosůlek, Michal ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Proteiny a enzymy, které ke své aktivitě vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru, popřípadě prostetické skupiny, podléhají po navázání příslušných molekul konformačním změnám, umožňujících efektivně vykonat jejich funkci. V některých případech jsou tyto změny běžnými strukturními metodami těžko postižitelné. Využitím metody chemického zesítění s analýzou produktů pomocí hmotnostní spektrometrie lze konformační změny takovýchto proteinů zaznamenat a s nízkým rozlišením i vizualizovat. Tato práce se zabývá studiem konformačních změn indukovaných vazbou ligandu, kationtu vápníku, na molekulu modelového proteinu kalmodulinu. Kalmodulin plní funkci druhého posla v několika odlišných buněčných signalizačních drahách. Tato funkce je úzce spjata s dostatečným dynamickým rozsahem molekuly kalmodulinu. Díky této vlastnosti je kalmodulin vhodným proteinem pro identifikaci konformačních změn. Využitím činidel chemického zesítění DSG a DSS, reagujících selektivně s primárními aminy lysinů, s různou délkou spojovacího raménka, bylo po štěpení trypsinem a separaci produktů vysokoúčinnou kapalinovou chromatografíí s následnou hmotnostně spektrometrickou analýzou nalezeno sedm unikátních intraproteinových spojení. Použitím izotopově neznačených činidel v reakční směsi v přítomnosti vápenatých kationtů a...
|
|
|
Mapování protein-proteinových interakcí systému cytochromu P-450 metodami chemické modifikace a hmotnostní spektrometrie
Ječmen, Tomáš ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
Cytochromy P-450 (P450) náleží do superrodiny hemoproteinů a v organismu se podílejí na metabolismu široké škály látek, mezi které patří některá léčiva a karcinogeny. V systému oxygenas se smíšenou funkcí plní P450 funkci terminální oxygenasy. Nezbytnou součástí je také NADPH: cytochrom P450 reduktasa (CPR), která je zodpovědná za přenos dvou elektronů na P450 v průběhu jeho katalytického cyklu. Druhý elektron může místo CPR přenášet na P450 také cytochrom b5 (cyt b5). Pro pochopení reakčního mechanismu P450 je nezbytná znalost jeho terciární struktury. V současnosti je v naší laboratoři k dispozici homologní model cytochromu P-450 2B4 (CYP 2B4). Presentovaná diplomová práce měla za cíl označení vazebné domény CYP 2B4 pro cyt b5. Ke studiu bylo použito síťovací činidlo EDC tvořící amidickou vazbu mezi aminokyselinami s opačně nabitými bočními řetězci. Pomocí hmotnostní spektrometrie se nám podařilo nalézt pět párů kovalentně propojených aminokyselin. K ověření a ke zpřesnění modelu CYP 2B4 byla použita metoda fotoafinitního značení se sondou N-(p-azidobenzyl)-N-methyl-p-aminophenylaminu. Tato sloučenina se ligandově váže na centrální atom železa hemu. Po fotoaktivaci byl pomocí MS techniky nalezen adukt argininu 197 s fotoaktivovanou sondou. Oba presentované výsledky ukazují správnost zvolených metodických...
|
|
|
Rychlé scintilační materiály na bázi uzpůsobených monokrystalů perovskitů a granátů
Pokorný, Martin ; Nikl, Martin (vedoucí práce) ; Bryknar, Zdeněk (oponent) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Název práce: Rychlé scintilační materiály na bázi uzpůsobených monokrystalů perovskitů a granátů Autor: Martin Pokorný Univerzita: Univerzita Karlova Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta Katedra: Katedra chemické fyziky a optiky Vedoucí disertační práce: doc. Ing. Martin Nikl, CSc., Fyzikální ústav AV ČR, v.v.i., Cukrovarnická 10, 162 00 Praha 6 Abstrakt: Tato disertační práce pojednává o možnostech zrychlování hlavní dosvitové složky vybraných monokrystalických objemových scintilátorů pomocí přenosu energie z luminiscenčního centra. V první části shrnuje hlavní parametry scintilátorů a popisuje metodiky jejich měření, následně pak shrnuje ty metody pěstování scintilátorů, kterými byly připravovány krystaly pro vzorky charakterizované v této práci. Speciálně jedna kapitola se detailně věnuje popisu metodiky měření scintilačního dosvitu, která byla v průběhu disertační práce významně inovována. Hlavní část je pak věnována popisu fotoluminiscenčních a scintilačních charakteristik kodopovaných objemových YAG:Ce a LuAP:Ce, v nichž jsou následně dokázány a teoreticky popsány přenosy energie pomocí Förster-Dexterova modelu a spočteny mikroskopické parametry tohoto přenosu. Pro materiál (Lu,Gd)AP:Ce jsou navíc detailně charakterizovány scintilační parametry a prokázán aplikační potenciál tohoto materiálu pro...
|
|
|
Evidence pro přímé a nepřímé výhody plynoucí samicím ze sexuální promiskuity u obratlovců
Kuba, Martin ; Albrecht, Tomáš (vedoucí práce) ; Šulc, Michal (oponent)
Promiskuitní chování samic je pozorováno u mnoha skupin obratlovců ovšem vysvětlení tohoto jevu včetně výhod, které z něj plynou samicím, zůstávají nejasné. Hypotézy, které by tento jev měly vysvětlovat, lze rozdělit na adaptivní a neadaptivní. Dle adaptivních hypotéz jsou samice promiskuitní, protože jim z kopulací s více samci plynou výhody, ať už přímé, které ovlivňují samici, její přežívání a zdroje, které má k dispozici, či nepřímé (genetické), které zvyšují fitness samice prostřednictvím kvalitnějších mláďat. Dle neadaptivních hypotéz samici z promiskuitního chování naopak žádné benefity neplynou a promiskuita je důsledkem samčích ofenzivních strategií k získávání paternit. Adaptivní hypotézy, zejména pak genetické výhody, jsou velmi diskutované a studie se ve svých závěrech částečně rozcházejí. Cílem práce je podat přehled přímých a nepřímých hypotéz a zhodnotit jejich validitu u druhů napříč hlavními skupinami obratlovců. Klíčová slova: Promiskuita, sexuální konflikt, kompetice spermií, dobré geny, komplementární geny, mimopárová mláďata, adaptivní hypotéza, přímé výhody, nepřímé výhody
|
host ::
RSS.