|
|
Charakterizace proteinů interagujících s proteolytickým systémem klíšťat
Matoušková, Zuzana ; Mareš, Michael (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent) ; Perner, Jan (oponent)
(ČJ) Klíšťata jsou ektoparazité s globálním rozšířením, kteří se živí krví hostitele a přenášejí řadu významných patogenů na člověka a domácí zvířata. Úspěšné sání klíšťat je umožněno bioaktivními molekulami ve slinách klíšťat, které jsou injikovány do tkáně hostitele. Mezi intenzivně studované patří proteasové inhibitory proteinového charakteru, které jsou atraktivní pro využití v biomedicíně. Tato práce je zaměřena na nové typy proteasových inhibitorů ze slin klíštěte Ixodes ricinus, vektoru Lymské boreliózy a klíšťové encefalitidy, a Ornithodorus moubata, vektoru návratné horečky a afrického moru prasat. Výzkum se soustředil na biochemickou a strukturní charakterizaci tří zástupců proteasových inhibitorů z rodin cystatinů, serpinů a tyropinů jako základ pro vysvětlení jejich biologické funkce při interakci klíštěte s hostitelem. Cystatin OmC2 z O. moubata byl identifikován jako širokospektrální inhibitor cysteinových katepsinů hostitele s endopeptidasovou i exopeptidasovou aktivitou. Vyřešení krystalové struktury umožnilo popsat vztah mezi strukturou OmC2 a jeho inhibiční specifitou. V biologických testech byla prokázána schopnost OmC2 modulovat imunitní odpověď hostitele a ve vakcinačních experimentech supresní efekt na O. moubata. Serpin IRS-2 z I. ricinus je účinným inhibitorem dvou...
|
|
|
Svazování ženských nohou: srovnání postojů Číňanů a západních misionářů v Číně
Chobotská, Eva ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Lomová, Olga (oponent)
Bakalářská práce zhodnocuje vlivy, které na čínská hnutí proti svazování nohou měli misionáři a aktivisté především z Velké Británie. Zaměřuje se zejména na díla spisovatelky a aktivistky Alicie Little a misionářů Timothyho Richarda a Johna MacGowana, srovnává jejich postoje a argumentaci se spisy čínských reformátorů a aktivistů Liang Qichaa a Kang Youweie. Účelem práce je ve světle dobových pramenů poukázat na to, že západní kritika byla vznášena převážně ženami, které se snažily zlepšit podmínky svým čínským protějškům, zatímco čínská kritika byla formulována muži jako součást reforem a snahy o modernizaci Číny.
|
|
|
Moderní terapie cystické fibrózy
Křesťan, Jan ; Bořek Dohalská, Lucie (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Cystická fibróza je autozomálně recesivní onemocnění, které je způsobeno mutacemi v CFTR genu. Cílem práce je shrnutí zjištěných skutečností z oblasti léčby cystické fibrózy CFTR modulátory. V první části práce je popsáno samotné onemocnění, jeho historie a příznaky. Rovněž jsou zde uvedeny příčiny onemocnění, a to formou popisu CFTR genu a mutací, které vedou k onemocnění cystickou fibrózou. V práci je rovněž popsána funkce CFTR proteinu. Dále se práce věnuje symptomatické léčbě a zmiňuje genovou terapii. Druhá část práce shrnuje aktuální poznatky o léčbě CFTR modulátory. Rozděluje tyto sloučeniny dopěti skupin na CFTR potenciátory, korektory, amplifikátory, stabilizátory a read- through agents. V poslední části práce je nastíněn pohled do budoucna vzhledem k modulátorovým terapiím, které jsou ještě ve vývoji.
|
|
|
Vliv prostředí na stabilitu a strukturu vaječného lysozymu
Toupalová, Kateřina ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá studiem stability a strukturních změn lysozymu. K tomuto studiu byla použita metoda derivační a diferenční spektrofotometrie v UV oblasti. Byl studován vliv tří alkoholů: ethanolu, propan-1-olu a 2-methoxyethanolu, a dále vliv teploty. V souladu s údaji v literatuře je lysozym v poměrně širokém rozsahu pH (3 - 10) poměrně stabilní a zachovává si víceméně nativní strukturu až do koncentrace alkoholu 40 % (ethanol, propanol) respektive 9 % ( 2-methoxyethanol). V tomto rozsahu pH je lysozym stabilní až do teplot kolem 55 řC. V kyselém pH (1,9) a v alkalickém prostředí (pH 11) je stabilita proteinu poněkud snížena a ke konformačnímu přechodu dochází již mezi 45 a 55 řC. Klíčová slova: derivační spektrofotometrie, diferenční spektrofotometrie, nevodná rozpouštědla, stabilita lysozymu
|
|
|
Makrocyklické komplexy jako modely vazby Cu(II) v cupredoxinech: Pilotní studie
Ulrichová, Tereza ; Hermann, Petr (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
V současné době se ke studiu kinetiky přenosu elektronů nejčastěji využívají modifikované elektron-transportní metaloproteiny s přítomností dvojmocné mědi v aktivním centru. Jedním ze studovaných modelových proteinů je "cupredoxin" azurin z P. aeruginosa, ve kterém je Cu(II) koordinována atomy postranních řetězců His46 , His117 , Cys112 , Met121 a karbonylem Gly45 . Standardní redoxní potenciál azurinu je přibližně 310-360 mV (v závislosti na experimentálním provedení a stanovení). Cílem této práce bylo připravit makrocyklický ligand, 1-[1H-imidazol-2-yl)methyl]-1,4,7- triazacycklononanu (LIM ), který by byl schopný dostatečně stabilně komplexovat ion mědi a který by odhalil možnost použití makrocyklických komplexů jako nízkomolekulárních modelů aktivních míst proteinů. Ligand byl připraven použitím pěti krokové syntézy s využitím chránění makrocyklu, redukce a bromace 1H-imidazol-2- karbaldehydu a následné alkylační reakce. Posledním krokem bylo odstranění chránících skupin finálního makrocyklického ligandu. Meziprodukty jednotlivých reakčních kroků a finální ligand byly charakterizovány pomocí NMR a MS. Potenciometrickými titracemi byly stanoveny protonizační konstanty ligandu (log K1 = 10,62, log K2 = 6,65, log K3 = 4,91), které popisují acidobazické chování ligandu ve vodném prostředí. Obdobně...
|
|
|
Interakce materiálu očních protéz s proteiny
Osifová, Zuzana ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá tématikou očních protéz. Problematika je v práci široce rešeršně zpracována. Důraz je kladen na adsorpci proteinů na syntetický povrch. Experimentální část práce je zaměřena na adsorpci lysozymu na polymethylmethakrylátovou destičku. Adsorpce proteinu na materiál byla nižší než stanovený limit detekce. Podle experimentálních dat byla tato hodnota nižší než 5,37 μg/cm2 . V rámci práce bylo provedeno i orientační šetření ohledně znalostí studentů středních škol o problematice očních protéz. Z výsledků vyplývá nepatrně větší informovanost u studentů zaměřených spíše přírodovědným směrem.
|
|
|
Výskyt a význam konformace "molten-globule" v proteinech
Plutinský, Martin ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Součástí práce je literární rešerše na téma molten globule. Tento konformační stav vzniká obecně v roztocích některých bílkovin za použití mírných denaturačních podmínek jako termodynamicky stabilní stav. Někdy se pozoruje při zpětném sbalování meziprodukt taky s vlastnostmi molten globule. Předpokládá se, a u některých proteinů to bylo i prokázáno, že molten globule je identická při rozbalování a zpětném sbalení do nativního stavu. Druhá část práce se věnuje konformačním změnám ferricytochromu c z koňského srdce při pH v kyselé oblasti s i bez přídavku 0,5 M chloridu sodného. Cytochrom c je mitochondriální bílkovina sloužící jako mobilní přenašeč v dýchacím řetězci. Konformační změny jsem sledoval pomocí metody UV/VIS a derivační spektroskopie ve čtyřech oblastech absorpčního spektra cytochromu c - oblast absorpce aromatických aminokyselin, Soretův pás, Q pás a CT pás. Přítomnost chloridových aniontů (zvýšená iontová síla) stabilizuje pravděpodobně konformační stav molten globule v rozsahu pH 1,90-2,60. V roztocích bez přídavku soli jsem pozoroval změny polarity v okolí tyrosinových a tryptofanového zbytku (mezi pH 2,60 a 2,30) tak změny ve spinových stavech železa (kolem pH 2,10) v důsledku denaturace proteinu.
|
|
|
Functional and structural study of thermally activated TRP ion channels: The role evolutionarily conserved motifs in the TRPA1 modulation
Kádková, Anna ; Vlachová, Viktorie (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent) ; Obšilová, Veronika (oponent)
Ankyrinový receptor TRPA1 je iontový kanál exprimovaný převážně na primárních aferentních senzorických neuronech, kde působí jako polymodální senzor pro bolestivé a dráždivé podněty. Kromě chemických látek (např. isothiokyanáty, skořicový aldehyd a jeho deriváty, akrolein, menthol) může být aktivován chladem, depolarizací membránového potenciálu nebo vápenatými ionty z intracelulární strany. Iontový kanál TRPA1 je homotetramerem podjednotek, jež jsou topologicky uspořádány do transmembránové oblasti a cytoplazmaticky orientovaných N- a C-konců. Transmembránová oblast je tvořena šesti alfa-helixy propojenými intra- a extracelulárními kličkami. N-konec receptoru se vyznačuje přítomností 16 až 17 ankyrinových repetic (AR), zatímco C-konec je výrazně kratší a má převážně helikální strukturu. Přesná struktura TRPA1 byla částečně rozřešena roku 2015 pomocí kryo-elektronové mikroskopie, avšak funkční úloha jednotlivých oblastí v polymodální aktivaci receptoru není prozatím plně objasněna. Předkládaná disertační práce se zabývá úlohou mezidruhově konzervovaných strukturních a sekvenčních motivů v cytoplazmatických koncích a v S4-S5 oblasti TRPA1 v napěťové a chemické citlivosti receptoru. Pomocí homologního modelování, molekulárně-dynamických simulací, bodové mutageneze a elektrofyziologických technik bylo...
|
|
|
Příprava rekombinantního lidského cytochromu b5
Hálková, Tereza ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Cytochrom b5 je malý hemový protein. V lidském organismu se vyskytuje ve třech formách, a to vázaný v membráně endoplasmatického retikula (mikrosomální cyt b5) nebo ve vnější mitochondriální membráně, ale také jako solubilní forma v cytoplasmě maturovaných erytrocytů. Cytochrom b5 slouží zejména jako jednoelektronový přenašeč při různých reakcích, včetně reakcí katalyzovaných cytochromy P450. Jedním z cílů předkládané diplomové práce bylo připravit a izolovat solubilní králičí cytochrom b5, a to metodou heterologní exprese v Escherichia coli BL 21 Gold. Pro expresi byl použit expresní vektor založený na plasmidu pET22b, který nesl syntetický gen kódující králičí mikrosomální cytochrom b5, u něhož byla odstraněna část kódující C-terminální membránovou kotvu. Dále byly syntetizovány geny kódující lidský erytrocytární a mikrosomální cytochrom b5. Geny pro lidské cytochromy b5 byly vloženy do klonovacího vektoru pUC19, amplifikovány v kompetentních buňkách E. coli DH5α a verifikovány DNA sekvenací. Následně byly zkonstruovány a ověřeny expresní vektory pET22b obsahující geny kódující lidský mikrosomální a erytrocytární cytochrom b5. Klíčová slova: Heterologní exprese, genová syntéza, lidský cytochrom b5, izolace
|
|
|
Ověření potenciálu pulzní proteolýzy pro studium konformační stability cytochromů b5
Maroušková, Růžena ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Monooxygenasový systém se smíšenou funkcí hraje velkou roli při metabolismu cizorodých látek. Hlavní součástí tohoto systému je cytochrom P450, díky němuž jsou látky přicházející do našeho těla převáděny na polárnější produkty. Cytochrom b5 (cyt b5) je schopen modulovat funkci cytochromu P450, mechanismus této modulace však dosud nebyl zcela objasněn. Předpokládá se, že by to mohlo být zprostředkováno buď přenosem elektronů z cyt b5, nebo i allosterickou modulací cytochromu P450 vyvolanou interakcí s cyt b5. Cílem práce bylo nalézt a připravit vhodný analog cyt b5, který by nebyl schopen přenosu elektronů, ale přitom by byl strukturně velmi blízký nativnímu cyt b5. V práci byla pro sledování konformační stability cyt b5 a jeho analogů využívána metoda pulzní proteolýzy. Tato metoda využívá štěpení proteinu proteasou v prostředí denaturačního činidla. Pro solubilní proteiny bývá jako denaturant využívána močovina a jako proteasa thermolysin. Pro membránové proteiny se jako denaturant používá spíše SDS a v tomto prostředí se jako proteasa využívá subtilisin. Cílem diplomové práce bylo pomocí této metody porovnat konformační stabilitu nativního lidského cyt b5 obsahujícím v aktivním centru hem s apo-cyt b5 a cyt b5 rekonstituovaným s MnIII protoporfyrinem IX (MnIII PPIX), CrIII protoporfyrinem IX...
|
host ::
RSS.