Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 27 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Expression and purification of proteins with unnatural aminoacids, and determination of their structure by combination of chemical or photochemical modification and mass spectrometry
Bortel, Tomáš ; Ječmen, Tomáš (vedoucí práce) ; Kavan, Daniel (oponent)
Inkorporace nepřirozených aminokyselin (NNAA) je široce používaný způsob pro zavedení bioorthogonálních funkčních skupin do proteinů26 . Tyto funkční skupiny lze využít použitím click chemie, konjugací značených proteinů na afinitní nebo fluorescenční sondy. Méně rozšířené využití NNAA zahrnuje výzkum vlivu bioorthogonálních funkčních skupin na strukturně - funkční vztahy v značených proteinech47 . Pro výzkum těchto vztahů je zapotřebí exprimovat velké množství proteinu s maximální inkorporací NNAA. V naší práci jsme nahrazovali methionin (Met) třemi NNAA: foto-methioninem (pMet), azidohomoalaninem (AHA) a homopropargylglycinem (HPG). Zkoumali jsme vliv těchto NNAA na růst prototrofních E. coli BL21 a Met-auxotrofních E. coli B834 v MM- -M9 médiu. Sledovali jsme expresi cytochromu b5 a MBP-GFP. Pro určení míry inkorporace jednotlivých NNAA do těchto rekombinantních proteinů jsme použili MALDI-ToF MS a LC-MS. V porovnání s Met-auxotrofními E.coli B834, prototrofické E. coli BL21 exprimovaly výrazně vyšší množství cytochromu b5 s pMet a AHA, avšak s nízkými inkorporacemi těchto NNAA. Situace byla opačná v B834, které exprimovaly výrazně nižší množství proteinu, avšak s inkorporací pMet od 50 - 70 % a AHA kolem 50 %. Oba bakteriální kmeny s HPG exprimovaly podobné množství cytochromu b5 s...
Chemická modifikace glykopeptidů a predikce jejich retenčního chování při hydrofilní kapalinové chromatografii
Pála, Anastasie ; Ječmen, Tomáš (vedoucí práce) ; Křížek, Tomáš (oponent)
4 Abstrakt Glykoproteiny jsou nedílnou součástí mnoha buněčných dějů, bez kterých by komplexní život vyšších organismů nebyl možný. Glykoproteiny mají význam také pro klinické účely, neboť změny fyziologického stavu způsobené nemocemi vyvolávají změny v proteinové glykosylaci. Změny v hojnosti glykosylace či strukturách syntetizovaných glykanů jsou asociované s mnoha nemocemi jako Alzheimerova choroba či rakovina, a mohou proto sloužit jako diagnostické biomarkery. Pro studium glykoproteinů se užívá několika analytických postupů. Jedním z nich je analýza glykopeptidů proteolyticky štěpených glykoproteinů. Tento postup umožňuje analýzu glykoproteinů i v komplexních směsí, jako jsou biologické vzorky, neboť glykanové zbytky jsou stále připojené na svá glykosylační místa. Je tedy možné identifikovat glykoproteiny včetně jejich glykanových struktur, což v případě jiných analytických postupů není vždy možné. Pro analýzu glykopeptidů se hojně využívá kapalinová chromatografie spojená s hmotnostní spektrometrií. Jako separační mód je v glykoproteomice pro schopnost rozdělovat glykopeptidy s odlišnými glykanovými strukturami hojně užívaná hydrofilní interakční chromatografie. V této práci byl separační mód využit pro separaci glykopeptidů modelových glykoproteinů imunoglobulinu G1 a G1. Peptidová páteř glykopeptidů...
Studium metabolismu inhibitorů tyrosinkinas a mechanismu jejich protinádorového účinku
Vavrová, Katarína ; Indra, Radek (vedoucí práce) ; Souček, Pavel (oponent) ; Ječmen, Tomáš (oponent)
Jelikož se inhibitory tyrosinkinas staly široko používanými protinádorovými léčivy, podrobné popsání a pochopení jejich farmakokinetického profilu je zásadní pro zlepšení výsledků léčby. Hlavním orgánem zodpovědným za metabolismus léčiv jsou játra, proto jsme studovali metabolizmus v jaterních mikrozomech zvířecích modelů a lidí. Objasnění, které jaterní enzymy, konkrétně které isoformy cytochromů P450 (CYP), jsou zapojeny do metabolismu vandetanibu, cabozantinibu a lenvatinibu může být klíčové v onkologické praxi, protože se dané protinádorové léčiva podávají v kombinaci s jinými léky. To může představovat riziko vzniku lékových interakcí, které mohou ve výsledku vést ke snížení účinnosti nebo zvýšení toxicity související s léčivem. Pro toto objasnění metabolismu námi vybraných protinádorových léčiv v lidských játrech byly postupně využity stejné přístupy a to korelační analýza pomocí lidských jaterních mikrosomů od 12 různých dárců, inhibiční studie, a použití rekombinantních isoforem CYP. Pro objasnění metabolismu vandetanibu v potkaních játrech byl navíc použit přístup s mikrosomy zvířat, které byly premedikovány induktory jednotlivých isoforem CYP. Prvním z inhibitorů tyrosinkinas, na který jsme se v naší laboratoři zaměřili, byl vandetanib. V první publikaci jsme různými přístupy objasnili...
Produkce a charakterizace mutované formy galektinu-3
Dubanych, Yurii ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Ječmen, Tomáš (oponent)
Přirozeně zabijácké buňky (NK buňky, z angl. natural killer) jsou velké granulární lymfocyty vrozené imunity, které jsou charakterizovány schopností zabíjet rakovinné a virem poškozené buňky bez předchozí aktivace. Cytotoxické funkce NK buněk jsou regulovány jednak prostřednictvím povrchových receptorů rozpoznávajících molekuly MHC-I, jednak přítomností sady aktivačních a inhibičních receptorů, které jsou mezi sebou za normálních podmínek v rovnováze. Osud cílové buňky proto záleží nejen na expresi MHC-I, ale i na expresi ligandů aktivujících receptory NK buněk. Jedním z aktivačních receptorů NK buněk je NKp30. Pro NKp30 byly objeveny tři specifické buněčné ligandy: lidský athanogen 6 asociovaný s BCL-2 (BAG-6, také známý jako BAT3), nádorový antigen B7-H6 a nově objevený ligand galektin-3. Všechny tyto ligandy jsou často exprimovány rakovinnými buňkami, přičemž BAG-6 a Gal-3 působí na funkce NK buněk inhibičně, což může být mechanismem úniku nádoru před imunitním systémem. Proto je Gal-3 novým potenciálním cílem léků, které inhibicí Gal-3 mohou napomáhat imunitnímu systému bránit se proti maligně transformovaným buňkám. Tato bakalářská práce zahrnuje ověření vlivu mutace Cys173 - Ser173 v sacharid vazebné doméně galektinu-3 na vazbu receptoru NKp30 pomocí gelové permeační chromatografie. Dále se...
Rozvoj techniky separace a identifikace glykopeptidů pomocí chromatografie a hmotnostní spektrometrie pro klinické účely
Petroušek, Filip ; Ječmen, Tomáš (vedoucí práce) ; Kukačka, Zdeněk (oponent)
Glykoproteiny se běžně vyskytují v organismech a hrají významnou roli jak za fyziologického, tak patologického stavu. U glykoproteinů se na jednom glykosylačním místě mohou vyskytovat odlišné glykany a změna glykosylace proteinů může být projevem onemocnění. Díky tomu mohou být využity glykoproteiny v diagnostice jako markery. Pro analýzu glykoproteinů se často využívá jejich naštěpení na glykopeptidy, které jsou poté identifikovány. Hojně používanou metodou pro studium glykopeptidů je kapalinová chromatofrafie propojená s hmotnostní spektrometrií a pro separaci glykopeptidů je možné použít hydrofilní interakční chromatografii (HILIC). Tento typ chromatografie umožňuje separovat glykopeptidy na základě vlastností jak peptidu, tak navázaného glykanu. Prvním cílem práce bylo určení míry vlivu náboje peptidové páteře glykopeptidů při jejich separaci na HILIC. Pro tento účel byly použity kolony: Penta-HILIC a HILIC-B. Penta-HILIC obsahuje polyhydroxylovou stacionární fázi, zatímco stacionární fáze HILIC-B je tvořena silikagelem modifikovaným kladně nabitými aminopropylovými skupinami. Na obou kolonách byly separovány glykopeptidy IgG1 a IgG2. Pro určení míry vlivu náboje a hydrofobicty při separaci na HILIC-B byla provedena propionylace a esterifikace, při kterých došlo k eliminaci náboje na nabitých...
Příprava a charakterizace proteinových konstruktů ke strukturní analýze acylační domény adenylát cyklázového toxinu z bakterie B. pertussis
Ryvola, Vojtěch ; Ječmen, Tomáš (vedoucí práce) ; Chmelík, Josef (oponent)
Černý kašel neboli pertuse je nakažlivé bakteriální onemocnění dýchacích cest způsobené bakterií B. pertussis. Navzdory velké proočkovanosti populace ve vyspělých zemích, patří černý kašel k nejrozšířenějším onemocněním, kterému lze předcházet očkováním. Bakterie B. pertussis produkuje celou řadu toxinů, které usnadňují osídlení a pomnožení bakteriálních buněk na hostitelském řasinkovém epitelu horních cest dýchacích. Jedním z těchto toxinů je adenylát cyklázový toxin, který je z bakteriálních buněk uvolňován pomocí sekrečního aparátu typu I a po jeho vápníkem-indukovaném sbalení je schopen dopravit přes cytoplasmatickou membránu hostitelských buněk svoji N-koncovou adenylát cyklázovou doménu, která po interakci s cytozolickým kalmodulinem katalyzuje přeměnu adenosintrifosfátu (ATP) na cyklický adenosinmonofosfát (cAMP). Vysoké hladiny cAMP vedou následně k poruchám buněčné signalizace a k zásadnímu omezení baktericidních funkcí fagocytujících buněk. Cílem této bakalářské práce bylo připravit a charakterizovat 'hybridní' proteinové konstrukty, které se skládají z C-koncové části acylační domény a N-koncové části RTX domény (v pozicích 881-1038 a 881-1047) napojené na C-koncovou část RTX domény (v pozici 1562-1681) nesoucí strukturní informaci pro inicializaci správného sbalení proteinové molekuly....
Příprava a charakterizace polymerních, enzymově štěpitelných, nosičů kancerostatik
Zelený, Jan ; Etrych, Tomáš (vedoucí práce) ; Ječmen, Tomáš (oponent)
Současně s rozvojem protinádorových léčiv vyvstává stále častěji otázka, jak tato léčiva, která mnohdy sama o sobě vykazují karcinogenní účinky, s jistotou a efektivně dopravovat přímo do postižených tkání a předejít tak jejich destruktivním účinkům na zbytek organismu. Jednou z možností, jak dopravovat léčivo do nádorové tkáně, je využití některé ze specifických vlastností této tkáně, z nichž jednou je efekt zvýšené propustnosti a zádrže (tzv. EPR efekt). Tento jev, který bude v této práci dále diskutován, umožňuje makromolekulám, které jsou příliš objemné na to, aby pronikly z krevního řečiště do nepostižené tkáně, proniknout do tkáně nádorové a hromadit se v ní. Je-li tedy protinádorové léčivo připojeno k vhodné makromolekule, může díky tomuto efektu společně s ní vstoupit cíleně do nádorové tkáně. Je-li navíc toto léčivo připojeno k makromolekule prostřednistvím enzymově štěpitelné spojky, lze využít přítomnosti lysozomálních proteas (např. katepsinu B, který je v některých rakovinných buňkách zastoupen ve vyšší míře než v buňkách zdravých) k jeho odštěpení a aktivaci. Tato práce vedle samotných protinádorových léčiv popisuje jednotlivé zástupce polymerních systémů určených k směrování těchto léčiv, jejich strukturu a funkci. V části experimentální je dále popsána syntéza některých polymerních...
Příprava mutantních forem cytochromu b5 s fotoreaktivními aminokyselinami a jejich síťování s vazebnými partnery
Landl, David ; Ječmen, Tomáš (vedoucí práce) ; Kukačka, Zdeněk (oponent)
Cytochrom b5 plní funkci přenašeče elektronů v klinicky významném systému oxygenas se smíšenou funkcí (MFO systému). Tento systém se podílí na zvýšení hydrofility látek v první fázi biotransformace xenobiotik a na aktivaci nebo deaktivaci některých léčiv a karcinogenů. Cytochrom b5 ovlivňuje reakce katalyzované terminálními oxygenasami systému - cytochromy P450. Donory elektronů cytochromu b5 jsou NADH:cytochrom b5 reduktasa a NADPH:cytochrom P450 reduktasa Cílem této práce bylo ověřit, zda je možné pomocí metody foto-chemického zesítění fixovat transientní interakce mezi těmito proteiny. Takto získané kovalentní komplexy mohou být dále analyzovány pomocí hmotnostní spektrometrie a poskytují strukturní informace o vazebných místech proteinů. Pro účely foto-síťování byl připraven mutantní cytochrom b5 obsahující v sekvenci v pozici 41 foto-aktivovatelný analog methioninu. Protein jsme exprimovali ve 300 ml limitního média, ve kterém byl methionin nahrazen L-2-amino-5,5-azi-hexanovou kyselinou (foto-methionin), a použili k tomu auxotrofní kmen bakterií E. coli B834(DE3). Míra inkorporace nepřirozené aminokyseliny byla po 16 h exprese stanovena pomocí hmotnostní spektrometrie na přibližně 40 %. Izolací jsme získali celkem 15,4 nmol mutantního cytochromu b5 o koncentraci 76,8 µmol/l. Získaný...
Kooperativita v systému monooxygenas cytochromů P450 z pohledu modulace metabolismu léčiv a procesu karcinogenese
Dědič, Jan ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Ječmen, Tomáš (oponent)
Systém oxidas a oxygenas se smíšenou funkcí se velkou měrou podílí na metabolismu xenobiotik a endogenních látek. Systém je složen z několika komponent: cytochromu P450, NADPH:cytochrom P450 oxidoreduktasy (CPR), cytochromu b5 a NADH:cytochrom b5 oxidoreduktasy. Bylo prokázáno, že všechny komponenty mezi sebou vzájemně interagují a zajišťují tak chod celého systému. Kooperativita celého systému je pak závislá na mnoha faktorech, zejména pak na charakteru interakcí mezi jednotlivými komponentami. Zřejmě nejdiskutovanějšími interakcemi jsou ty mezi CPR, cytochromem b5 a cytochromem P450. Hlavním redoxním partnerem cytochromu P450 je CPR, která při transportu elektronů prochází významnou konformační změnou. Cytochrom b5 může mít jak inhibiční tak i stimulační účinky na enzymovou reakci a mechanismus jeho působení nebyl dosud plně objasněn. Cytochromy P450 však mohou interagovat i mezi sebou a vytvářet tak komplexy, jejichž existence může mít na enzymovou reakci značný vliv. U kooperativity systému však z hlediska charakteru enzymové reakce nezáleží pouze na kvantitativních jevech, jako jsou inhibice nebo stimulace. Ukazuje se, že záleží také na kvalitativních efektech, neboť bylo prokázáno, že určité změny ve vzájemných interakcích komponent mohou vést k tvorbě nežádoucích produktů, např. při...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 27 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
9 Ječmeň, Tomáš
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.