|
|
Detekce výskytu Hymenoscyphus fraxineus pomocí lapačů spor a molekulárně biologických metod v Hackerově školce
Hrnčiříková, Jana
Bakalářská práce se zabývá patogenní houbou Hymenoscyphus fraxineus, způsobující onemocnění zvané nekróza jasanů, které v České republice od roku 2004 způsobuje velké problémy v porostech, u jedinců rostoucích v městském prostředí i ve volné krajině. Vlastní výzkum probíhal v lokalitě Hackerovy školky ve smíšeném porostu s podílem napadených jasanů. Lapač byl umístěn u jedince Fraxinus excelsior. K zachycení spor byl použit volumetrický lapač. Lapání probíhalo od 25. 4. 2015 do 15. 11. 2015. K následné kvantifikaci množství spor bylo využito molekulárně biologických metod. Výzkum byl zaměřen na hledání souvislostí mezi vývojem počasí zahrnujícím teplotu, vlhkost vzduchu a ovlhčení listů a výskytem spor v průběhu sezóny.
|
|
|
Prostorové šíření vzdušného inokula patogenní houby Fusarium circinatum na infikované lokalitě v Galícii
Janoš, Patrik
Vzdušné inokulum vřeckovýtrusné houby Fusarium circinatum, které způsobuje pryskyřičnou rakovinu borovic (Pine Pitch Canker, PPC), je jedním z hlavních šiřitelů této destruktivní choroby v lesních porostech a školkách. I když je tento destruktivní patogen řadu let celosvětově známý, po jeho introdukci do Evropy zůstává v nově infikovaných plochách jeho biologie známá málo. Byl proveden experiment v lesním porostu borovice montereyské a borovice přímořské (Pinus radiata, Pinus pinaster) v Galicii (SZ Španělsko) napadené tímto patogenem. Cílem byl popis prostorového šíření spor F. circinatum v závislosti na směru a rychlosti větru. K detekci a kvantifikaci vzdušného inokula patogenu byly použity rotační lapače spor v kombinaci s kvantitativní real-time PCR. Ve třech ze čtyř pozorování se pozitivně projevil vliv směru větru o rychlosti nad 5 m/s. Ve vzdálenosti 1000 m od infikované lokality po směru větru bylo možné inokulum detekovat. Studie mj. ukazuje, že kombinace rotačních lapačů spor a qPCR může být vhodným nástrojem pro detekci F. circinatum. Její výsledky jsou ale poznamenané nízkou koncentrací inokula během období experimentu a méně spolehlivými daty o směru a rychlosti větru.
|
|
|
Metodika správy a evidence tkáňové zoologické sbírky a determinace zoologického sbírkového materiálu na základě analýzy DNA
Aghová, Tatiana ; Benda, Petr ; Brejcha, Jindřich ; Dolejš, Petr ; Kyralová, Eva ; Mlíkovský, Jiří ; Moravec, Jiří ; Šanda, Radek ; Štundl, Jan ; Tkoč, Michal ; Vondráček, Dominik
Plný text:  PDF; PDF; PDF; PDF
|
|
|
Detekce výskytu Hymenoscyphus fraxineus pomocí lapačů spor a molekulárně biologických metod v Hackerově školce
Hrnčiříková, Jana
Bakalářská práce se zabývá patogenní houbou Hymenoscyphus fraxineus, způsobující onemocnění zvané nekróza jasanů, které v České republice od roku 2004 způsobuje velké problémy v porostech, u jedinců rostoucích v městském prostředí i ve volné krajině. Vlastní výzkum probíhal v lokalitě Hackerovy školky ve smíšeném porostu s podílem napadených jasanů. Lapač byl umístěn u jedince Fraxinus excelsior. K zachycení spor byl použit volumetrický lapač. Lapání probíhalo od 25. 4. 2015 do 15. 11. 2015. K následné kvantifikaci množství spor bylo využito molekulárně biologických metod. Výzkum byl zaměřen na hledání souvislostí mezi vývojem počasí zahrnujícím teplotu, vlhkost vzduchu a ovlhčení listů a výskytem spor v průběhu sezóny.
|
|
| |
|
|
Metody genetického monitoringu šelem v Holarktidě
Smutný, Matyáš ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Miroslav, Miroslav (oponent)
Genetický monitoring se začíná široce využívat při monitoringu šelem a také v Evropě se využívá při monitoringu různých druhů. V této práci jsem se pokusil přiblížit co je to genetický monitoring, jaké je jeho využití v praxi a fungování společně s konvenčními metodami monitoringu. Dále se v práci věnuji invazivním i neinvazivním způsobům sběru vzorků a známým i méně známým metodám monitoringu všeobecně u malých šelem a konkrétně u velkých šelem.
V praktické části jsem izoloval DNA z 33 vzorků trusu a 8 vzorků tkáně. 30 vzorků krve použitých v této práci bylo izolováno ve výzkumu From Wolves to Dogs, and Back: Genetic Composition of the Czechoslovakian Wolfdog od Smetanová et al. (2015). Trus pocházel z Beskyd a Kokořínska, tkáně pocházely z legálních odstřelů na Slovensku, a z usmrcených jedinců z Valašského Meziříčí a Kokořínska. Krve pocházely ze psů. Po izolaci jsem měřil koncentraci DNA na spektrofotometru NanoDrop 2000 a následně jsem za použití statistického programu Statistica 12 porovnal jejich kvalitu. Nejvyšší průměrnou koncentraci DNA měla krev a nejnižší tkáň. Tato práce diskutuje, který genetický materiál je z hlediska výtěžnosti pro genetický monitoring nejvhodnější a také limity jednotlivých metod.
|
|
|
Izolace DNA třešně (Prunus avium L.)
Hřebcová, Kateřina ; Sedlák, Petr (vedoucí práce) ; Korecký, Jiří (oponent)
Základním a zásadním krokem pro všechny molekulárně-biologické studie a analýzy je izolace kvalitní DNA v dostatečném množství a čistotě. Proces její extrakce je u rostlinného materiálu komplikován přítomností látek, jako jsou např. polyfenoly, polysacharidy, proteiny nebo jiné metabolity, které při současné extrakci s nukleovými kyselinami mohou působit jako inhibitory PCR a vzorky pro další analýzy v podstatě znehodnotit.
Cílem této práce bylo zmapovat používané metody izolace rostlinné DNA, metody izolace DNA třešně, a v experimentální části porovnat výsledky vybraných metod izolace rostlinné DNA z hlediska kvantity a kvality získané DNA. DNA byla izolována z různých tkání druhu Prunus avium L., konkrétně z čerstvých listů, pupenů a zmrazených embryí několika odrůd. Původním záměrem bylo porovnat výsledky získané za pomoci dvou komerčních extrakčních kitů (DNeasy Plant Mini Kit firmy Qiagen a GeneEluteTM Plant Genomic DNA Miniprep Kit firmy Sigma Aldrich). První z kitů byl nahrazen kitem pro rychlé použití DEP-25 DNA Extraction Kit firmy Top-Bio a zařazen byl též klasický protokol extrakce DNA metodou CTAB, a to ve dvou variantách bez zařazení RNázy a se zařazením RNázy do protokolu.
Získané výsledky ukázaly statisticky významné rozdíly mezi jednotlivými použitými metodami, a to jak z hlediska kvality tak i kvantity DNA. Předpoklad, jehož podkladem byly i literární studie, že komerční kity pro izolaci rostlinné DNA nevykazují vždy relevantní výsledky, nebyl přesvědčivě potvrzen. Klasický protokol metody CTAB pak potvrdil předpoklad získání DNA v přijatelné kvalitě i kvantitě pouze u některých tkání. Výsledky měření spektrofotometrií byly podpořeny analýzami PCR (polymerázová řetězová reakce) provedenými se získanými vzorky DNA a jsou po statistickém vyhodnocení předmětem diskuse.
|
host ::
RSS.