|
|
Využití molekulárních markerů k rekonstrukci rodokmene polosesterských potomstev třešně ptačí
Jirková, Michaela ; Korecký, Jiří (vedoucí práce) ; Sedlák, Petr (oponent)
Cílem práce bylo s využitím mikrosatelitových markerů provést rekonstrukci rodokmene jedinců třešně ptačí (Prunus avium L.) pěstovaných pro potřeby založení výsadby polosesterských potomstev, tj. ověřit evidenční příslušnost matky a dohledat otce mezi klony zastoupenými v semenném sadu, případně odhalit paternální gametickou kontaminaci. Technicky došlo k převodu jedinců polosesterského potomstva na potomstvo plnosesterské. V rešeršní části byl proveden literární rozbor zaměřený na problematiku rekonstrukce rodokmene pomocí molekulárních markerů a rozebrána teorie šlechtitelského cyklu se zaměřením na testy potomstev, společně s popisem třešně ptačí jako druhu např. její morfologií, rozšíření či ekologií. Studie byla provedena na materiálu ze semenného sadu Obrovice, vlastník VLS s. p. (rodičovská populace) a sazenic vypěstovaných z těchto jedinců pro potřeby založení polosesterského testu potomstev v lesní školce Lhota. V rámci vlastní výzkumné části byl proveden sběr vzorků, a to všech klonů rodičovské populace a 268 jedinců z potomstva evidenčně rovnoměrně příslušných mateřským klonům. Následně byla izolována DNA, provedena mikrosatelitová analýza na 16 polymorfních lokusech a realizována genotypizace pomocí softwaru GeneMarker a následná rekonstrukce rodokmene v softwaru Cervus. Rekonstrukce rodokmene byla úspěšně realizována a získaná informace o otcovském gametickém příspěvku umožnila faktické převedení sazenic rozpěstovaných ve formě polosesterského potomstva tj. s evidencí mateřského jedince do plnosesterského potomstva, což je interpretováno v závěru. Znalost rodokmene bude v bu založeného potomstva a umožní významné urychlení celého šlechtitelského cyklu, protože zde byla využita metoda Breeding with Breeding.
|
|
|
Izolace RNA třešně
Vojáčková, Karolína ; Sedlák, Petr (vedoucí práce) ; Korecký, Jiří (oponent)
This bachelor thesis deals with the Isolaton RNA in sweet cherries. The turning point was the literature review on this topic. First chapters mentions the problemes of studying two main topics, which are RNA and a description of cherry (Prunus avium). Sweet cherry is a part of Noble hardwoods. Researches of sweet cherries can deal with an insufficient amount of quality planting material needed to breed new varieties. The biggest attention has given to the methods of RNA isolation, their comparison and analysis of already isolated RNA. The work describes five methods most commonly used for the isolation of RNA by phenol-chloroform, adsorption to silica, CTAB, TRIzol, magnetic separation and the using commercially marketed kits.
Phenol-chloroform method divides the lysate with a mixture of phenol, chloroform and isoamylalcohol in two phases, an upper aqueous, that includes the nucleic acids and lower organic.
Adsorption on silica using properties of nucleic acids bind to the surface of the silica in the presence of chaotropic salts.
CTAB method involves the use of extraction buffer with CTAB, which forms a precipitate with the nucleic acids. The pellet is then resuspended in DEPC-water.
TRIzol method uses a combination of guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform. Like the phenol-chloroform method produces a precipitate, but treatment with guanidine thiocyanate, upper phase contained only RNA.
During the magnetic separation are the nucleic acids bound to the surface of the magnetized particles.
Subsequent genetic analysis that can detect and quantify the isolated RNA may be used in RT-PCR analysis, electrophoresis, and microarray hybridization methods northern blot and dot blot.
Bachelor thesis has written as a compilation literature review to inform the about mentioned topics. Any own research part is not here, because of the compilation character.
|
|
|
Izolace DNA třešně (Prunus avium L.)
Hřebcová, Kateřina ; Sedlák, Petr (vedoucí práce) ; Korecký, Jiří (oponent)
Základním a zásadním krokem pro všechny molekulárně-biologické studie a analýzy je izolace kvalitní DNA v dostatečném množství a čistotě. Proces její extrakce je u rostlinného materiálu komplikován přítomností látek, jako jsou např. polyfenoly, polysacharidy, proteiny nebo jiné metabolity, které při současné extrakci s nukleovými kyselinami mohou působit jako inhibitory PCR a vzorky pro další analýzy v podstatě znehodnotit.
Cílem této práce bylo zmapovat používané metody izolace rostlinné DNA, metody izolace DNA třešně, a v experimentální části porovnat výsledky vybraných metod izolace rostlinné DNA z hlediska kvantity a kvality získané DNA. DNA byla izolována z různých tkání druhu Prunus avium L., konkrétně z čerstvých listů, pupenů a zmrazených embryí několika odrůd. Původním záměrem bylo porovnat výsledky získané za pomoci dvou komerčních extrakčních kitů (DNeasy Plant Mini Kit firmy Qiagen a GeneEluteTM Plant Genomic DNA Miniprep Kit firmy Sigma Aldrich). První z kitů byl nahrazen kitem pro rychlé použití DEP-25 DNA Extraction Kit firmy Top-Bio a zařazen byl též klasický protokol extrakce DNA metodou CTAB, a to ve dvou variantách bez zařazení RNázy a se zařazením RNázy do protokolu.
Získané výsledky ukázaly statisticky významné rozdíly mezi jednotlivými použitými metodami, a to jak z hlediska kvality tak i kvantity DNA. Předpoklad, jehož podkladem byly i literární studie, že komerční kity pro izolaci rostlinné DNA nevykazují vždy relevantní výsledky, nebyl přesvědčivě potvrzen. Klasický protokol metody CTAB pak potvrdil předpoklad získání DNA v přijatelné kvalitě i kvantitě pouze u některých tkání. Výsledky měření spektrofotometrií byly podpořeny analýzami PCR (polymerázová řetězová reakce) provedenými se získanými vzorky DNA a jsou po statistickém vyhodnocení předmětem diskuse.
|
|
|
Analýza populační struktury semenného sadu třešně ptačí &-lt;i&-gt;Prunus avium&-lt;/i&-gt; L.
Krejzková, Anna ; Korecký, Jiří (vedoucí práce) ; Čepl, Jaroslav (oponent)
Semenný sad třešně ptačí (Prunus avium L.) Čejkovka, LS LČR Lužná, vznikl v roce 2002. Sad se vyznačuje podprůměrnou produkcí osiva. První sběr proběhl v roce 2015, sebráno bylo 35 kg osiva. Na základě genetických analýz byly detekovány alely S lokusu a mikrosatelitová data. Také byla pozorována fenologie kvetení a plodnosti jednotlivých ramet. Bylo zjištěno, že z evidovaných 59 klonů je 46 klonů různých genotypů a 29 klonů se neshoduje v S lokusu. Zhruba 37 % ramet v sadu je geneticky identických. V roce 2015 plodilo celkem 45 % ramet. Efektivní počet klonů v sadu na základě evidence je 31, na základě SSRs 12 a podle S lokusů 10. Efektivní počet klonů, které plodily v roce 2015 dle evidence je 20, dle SSRs 8 a na základě S lokusů pouze 5. Pro zvýšení produkce osiva by bylo vhodné geneticky identické klony z části nahradit klony s jiným genotypem. Další možností je využít stávající sad k odebrání roubů a založit nový sad, podle vhodného designu.
|
host ::
RSS.