|
|
One Health approach to understand emerging zoonotic pathogens in the Trichophyton benhamiae complex
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Buchta, Vladimír (oponent) ; Gené, Josepa (oponent)
Komplex druhů Trichophyton benhamiae zahrnuje několik zoonotických patogenů, které vědeckou komunitu stále více znepokojují kvůli svému epidemickému šíření mezi domácími zvířaty a jejich majiteli. Zvláštní obavy vzbuzuje náhlé objevení a rychlé šíření kmenů se žlutým fenotypem druhu T. benhamiae v Evropě. U patogenů z tohoto komplexu byla zjištěna značná genetická a fenotypová variabilita, avšak druhové hranice a hostitelské spektrum nebyly dosud jasně objasněny. Abychom prozkoumali rozmanitost, epidemiologii a taxonomii komplexu T. benhamiae, vytvořili jsme s kolegy mezinárodní mezioborový tým a uplatnili holistický "One Health" přístup. Shromáždili jsme rozsáhlý set kmenů z několika kontinentů spolu se souvisejícími údaji o hostitelích, klinickém obrazu a lokalitě. Vzhledem k vysoké míře klonality u běžně používaných DNA markerů jsem vyvinula nové typizační schéma založené na deseti mikrosatelitních a čtyřech sekvenčních markerech. Pro zjištění druhových hranic v komplexu T. benhamiae jsme využili polyfázický přístup, ve kterém jsme zohlednili data z fylogenetických, a populačně-genetických, fenotypových a fyziologických analýz spolu s charakterizací příslušnosti k jedné ze dvou křížících idiomorf a s ekologickými údaji. Díky našemu přístupu se nám podařilo uvnitř komplexu popsat čtyři nové...
|
|
|
Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Haelewaters, Danny (oponent) ; Janko, Karel (oponent)
Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...
|
|
|
Biodiverzita myxozoí v přehradní nádrži Římov zjištěná analýzou environmentální DNA
BÜRGEROVÁ, Monika
Myxozoa představují rozmanitou skupinu mikroskopických endoparazitů, kteří infikují převážně ryby. V současnosti zahrnují více než 2600 popsaných druhů. Navzdory vysokému počtu popsaných druhů, zůstává jejich diverzita stále dostatečně neprozkoumána a podhodnocena. Detekce a sledování myxozoí v dosud neprozkoumaných oblastech může odhalit klíčové patogeny spojené s úhynem ryb a objevit biodiverzitu rybomorek. Tato práce se zabývá rozmanitostí parazitů v přehradě Římov, s důrazem na jejich detekci pomocí environmentální DNA (eDNA). Porovnání zjištěné diverzity na různých místech a v různých environmentálních vzorcích v přehradní nádrži Římov odhalilo zajímavé výsledky abundance a počtu OTUs v rámci jednotlivých linií myxozoí. Tato diplomová práce zdůrazňuje důležitost analýzy eDNA při detekci patogenů a posuzování biodiverzity myxozoí.
|
|
|
Seasonal dynamics of mats composed by green alga Zygnema (Zygnematophyceae)
Trumhová, Kateřina
Nárosty tvořené řasami rodu Zygnema jsou dobře známé a často je nalézáme v potocích, tůních, loužích a jezírkách. Vzhledem k malému, a navíc nestálému množství vody v těchto biotopech jsou tyto řasy během roku cyklicky vystaveny různým stresům, jako je vysychání, zamrzání a silné sluneční záření. Recentní studie ukázaly, že Zygnema různé stresy přežívá v podobě modifikovaných odolných vegetativních buněk, tzv. pre-akinet, experimenty se však zaměřovaly především na osmotický stres a vysychání. Navíc mají nárosty tvořené touto řasou sezónní dynamiku, která byla pozorována již mnohokrát, a to nejen v temperátních podmínkách, ale i v Arktidě. Pozorování v terénu ukázala, že většina biomasy pravidelně odumírá a nové nárosty se vytvářejí každý rok znovu. Zároveň chybí informace o genetickém složení porostů a jejich sezónní dynamice, dosavadní práce zatím nárosty braly jako celek. Hlavním cílem této práce proto bylo podrobit nárosty tvořené řasami Zygnema spp. dlouhodobému pozorování a následně také experimentům. Vybrali jsme lokalitu v rakouských alpách, kterou jsme navštěvovali několikrát do roka a odebírali vzorky ze dvou míst, která měla odlišný vodní režim. Další výzkum nárostů proběhl ve spolupráci s kolegy v Arktidě. Ze vzorků byly následně izolovány kmeny Zygnema spp. a byla vyhodnocena genetická...
|
|
|
Něco je ve vzduchu: Diverzita lišejníkových symbiontů v aeroplanktonu
Veselá, Veronika ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Vančurová, Lucie (oponent)
Lišejníky využívající převážně sexuálního způsobu rozmnožování jsou závislé na dostupnosti jejich symbiontů v okolí. Bez kontaktu vláken klíčící spory se vhodnou symbiotickou řasou nemůže nikdy vzniknout nová lišejníková stélka. Výsledky předchozích prací však přítomnost fotobiontů na lišejníky kolonizovaných substrátech mnohdy zamítají. Cílem této práce bylo vyhodnocení různých typů prostředí (kůra, půda, kámen i umělé substráty) včetně vzduchu coby možných zdrojů symbiotických řas. Pro získání co nepodrobnějšího vhledu do diverzity zelených řas na dlouhodobě studované středočeské lokalitě byl využit Illumina MiSeq metabarcoding ITS2 rDNA regionu doplněný o klasické sekvenování řasové ITS rDNA lišejníkových stélek a morfologická pozorování. Těmito metodami se podařilo získat 1313 OTU a celkem 283 linií na úrovni druhu, z nichž mnoho patřilo k nepopsaným druhům i vyšším taxonomickým jednotkám. Všechny druhy fotobiontů asociující na lokalitě výhradně se sexuálními druhy lišejníků se podařilo nalézt i v okolí lišejníkových stélek. Substrát tak může sloužit jako zdroj symbiotických řas, stejně tak jako vzduch, ve kterém se tyto řasy rovněž vyskytovaly. Mnoho symbiontů asociujících striktně s asexuálními druhy lišejníků se naopak na lokalitě nepodařilo nikdy detekovat mimo lišejníkové stélky....
|
|
|
Dálkové migrace pestřenkovitých (Diptera: Syrphidae)
Hlaváček, Antonín ; Hadrava, Jiří (vedoucí práce) ; Černý, Martin (oponent)
Dálková migrace hmyzu je dobře známý fenomén, studovaný zejména u motýlů (Lepidoptera) nebo sarančat (Caelifera). Až donedávna byla migrace pestřenek (Diptera: Syrphidae) považována spíše za okrajovou záležitost a nebyla ji věnována větší pozornost. Miliardy pestřenek se však každoročně účastní jarní a podzimní migrace, čímž dochází k přenosu stovek tun biomasy a živin. Cílem této práce je shrnout dosavadní poznatky o migraci pestřenek v kontextu jejich ekologie a evoluce. V první části se věnuji biogeografii a diverzitě migrujících pestřenek a metodám studia migrace a jejich aplikaci ve výzkumu migrace pestřenek. V následujících kapitolách rozebírám migraci jednotlivých druhů v kontextu ekologie a evoluce. Zejména pak detailně pojednávám o populační dynamice, fenologii, orientaci a dimorfismu u migratorní generace.
|
|
|
Seasonal dynamics of mats composed by green alga Zygnema (Zygnematophyceae)
Trumhová, Kateřina ; Pichrtová, Martina (vedoucí práce) ; Remias, Daniel (oponent) ; Žárský, Jakub (oponent)
Nárosty tvořené řasami rodu Zygnema jsou dobře známé a často je nalézáme v potocích, tůních, loužích a jezírkách. Vzhledem k malému, a navíc nestálému množství vody v těchto biotopech jsou tyto řasy během roku cyklicky vystaveny různým stresům, jako je vysychání, zamrzání a silné sluneční záření. Recentní studie ukázaly, že Zygnema různé stresy přežívá v podobě modifikovaných odolných vegetativních buněk, tzv. pre-akinet, experimenty se však zaměřovaly především na osmotický stres a vysychání. Navíc mají nárosty tvořené touto řasou sezónní dynamiku, která byla pozorována již mnohokrát, a to nejen v temperátních podmínkách, ale i v Arktidě. Pozorování v terénu ukázala, že většina biomasy pravidelně odumírá a nové nárosty se vytvářejí každý rok znovu. Zároveň chybí informace o genetickém složení porostů a jejich sezónní dynamice, dosavadní práce zatím nárosty braly jako celek. Hlavním cílem této práce proto bylo podrobit nárosty tvořené řasami Zygnema spp. dlouhodobému pozorování a následně také experimentům. Vybrali jsme lokalitu v rakouských alpách, kterou jsme navštěvovali několikrát do roka a odebírali vzorky ze dvou míst, která měla odlišný vodní režim. Další výzkum nárostů proběhl ve spolupráci s kolegy v Arktidě. Ze vzorků byly následně izolovány kmeny Zygnema spp. a byla vyhodnocena genetická...
|
|
|
Zpracování a analýza lidského střevního mikrobiomu ze sekvenačních dat 16S rDNA
Zbudilová, Michaela ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou lidského střevního mikrobiomu z dat ze 16S rRNA. V první části je teoreticky popsán střevní mikrobiom, způsoby jeho zpracování a vyhodnocení pomocí analýzy taxonomických jednotek a diverzity mikrobiomu. Další část je zaměřena na data, která jsou v práci zpracována a na formát, v jakém jsou tyto data poskytnuta. V třetí části je popsán navržený algoritmus sloužící ke zpracování dat a zároveň jsou i vyhodnoceny výsledky získané spuštěním právě tohoto algoritmu. V další části práce jsou vzorky z Fakultní nemocnice Brno zpracovány pomocí navrženého algoritmu. Poslední část práce se zabývá popisem skriptu sloužícím ke generování reportů, které mohou být využity k diagnostickým účelům ve Fakultní nemocnici Brno.
|
|
|
Současný trend inkluze na příkladu magazínů Vogue CS a Vogue FR
Skorkovská, Sandra ; Klabíková Rábová, Tereza (vedoucí práce) ; Ivanišová, Markéta (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá rozmanitostí modelů v české a francouzské verzi časopisu Vogue. Je založena na třech výzkumech, které zmiňují nárůst popularity plus size, etnických, queer, handicapovaných a zralých modelů na přehlídkových molech, titulních stranách a Instagramu. Práce se zaměřuje na zastoupení tří takových skupin modelů, a to sice na modely různých odstínů pleti, modely různých typů postav a na modely ve věku 50 let a více. Cílem této práce je zjistit, zda (a do jaké míry) vybrané mutace časopisu Vogue zahrnují do svých obsahů vybrané skupiny prostřednictvím fotografií, které propagují produkt či značku, a jak se od sebe tyto mutace vzájemně liší. Práce je rozdělena na teoretickou a praktickou část. Teoretická část se nejprve zabývá vymezením pojmu diverzita a reprezentací vybraných skupin v módním průmyslu. Následující kapitola charakterizuje časopisy, včetně časopisů zaměřených na ženy. Posléze je představena historie české i francouzské edice zkoumaného časopisu. Metodologická část se zabývá obsahovou analýzou 24 časopisů a jejich následnou komparací, přičemž bylo dohromady analyzováno 976 modelů. Kromě dvou výzkumných otázek jsou stanoveny taktéž tři hypotézy navazující na teoretickou část a výše zmíněné výzkumy.
|
|
|
Kritický a čtenářský ohlas diverzity v young adult literatuře
Hetešová, Anna ; Čeňková, Jana (vedoucí práce) ; Maňák, Vratislav (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá kritickým a čtenářským ohlasem sexuální a rasové diverzity v literatuře. V první řadě se snaží definovat pojmy Blíže popisuje specifika této literární kategorie a jejích čtenářů spolu žánrů Zaměřuje se také na diverzní reprezentaci rasy a sexuality v literatuře pro ásledně analyz Aréna smrti ové Šest vran Leigh Bardugho včetně jejich českého i zahraničního mediálního ohlasu Práce íla je brán v čtenářský i kritický komentář k tématu vybraných diverzit. Českou mediální scénu zastupuje v této práci knižní uživatelský , literárně zaměřené časopisy Pevnost a XB zpravodajský .cz. Zahraniční ohlas reprezentuje čtenářský literární rubriky časopisů The New York Times, Publishers Weekly a KIRKUS. Cílem práce je zjistit, jak velký je ohlas na rozmanitost témat diverzity literatuře uživatelských, tak profesionálních názorů určuje váhu, ktero dnešní době klade na knižní hodnocení.
|
host ::
RSS.