|
|
Temporální změny genetické a morfologické diverzity křemičitých zlativek (Stramenopiles, Chrysophyceae)
Tučková, Kateřina ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Nedbalová, Linda (oponent)
Temporální dynamika na malé časové škále je velmi zajímavou oblastí výzkumu. Většinou jsou temporální studie dělány na škále v řádu měsíců či let. Mikroorganismy mají však mnohem kratší generační dobu a jejich změny se tudíž mohou odehrávat i na mnohem menší časové škále. Zároveň téměř žádná z temporálních studií nejde na druhovou úroveň a většinou se drží na úrovni tříd. To, že se mění dynamika druhů v rámci dní víme z pozorování, ale nebylo to nikdy řádně ověřeno. Pro studium změn na této jemné úrovni byly vybrány rody Mallomonas a Synura ze třídy Chrysophyceae. Tyto dva rody se vyznačují tvorbou křemičitých šupin na povrchu svých buněk, podle kterých jsou dobře morfologicky určitelné na druhovou úroveň. Jelikož je však určování druhů pomocí mikroskopu starou ale však tradiční metodou, byla použita i nová molekulární metoda pro určování druhů na lokalitě, tj. metabarcoding. Ukázalo se, že tyto metody přináší pro popis společenstva zlativek podobné výsledky. Zároveň se potvrdilo, že temporální dynamika probíhá na úrovni druhů, ale i na úrovni sekcí u rodu Synura. Následně se podařilo přiřadit k temporálním změnám ve společenstvu enviromentální faktory, které je způsobují. Klíčová slova: temporální dynamika na malé časové škále, Chrysophyceae, Synura, Mallomonas, transmisní elektronová mikroskopie,...
|
|
|
Něco je ve vzduchu: Diverzita lišejníkových symbiontů v aeroplanktonu
Veselá, Veronika ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Vančurová, Lucie (oponent)
Lišejníky využívající převážně sexuálního způsobu rozmnožování jsou závislé na dostupnosti jejich symbiontů v okolí. Bez kontaktu vláken klíčící spory se vhodnou symbiotickou řasou nemůže nikdy vzniknout nová lišejníková stélka. Výsledky předchozích prací však přítomnost fotobiontů na lišejníky kolonizovaných substrátech mnohdy zamítají. Cílem této práce bylo vyhodnocení různých typů prostředí (kůra, půda, kámen i umělé substráty) včetně vzduchu coby možných zdrojů symbiotických řas. Pro získání co nepodrobnějšího vhledu do diverzity zelených řas na dlouhodobě studované středočeské lokalitě byl využit Illumina MiSeq metabarcoding ITS2 rDNA regionu doplněný o klasické sekvenování řasové ITS rDNA lišejníkových stélek a morfologická pozorování. Těmito metodami se podařilo získat 1313 OTU a celkem 283 linií na úrovni druhu, z nichž mnoho patřilo k nepopsaným druhům i vyšším taxonomickým jednotkám. Všechny druhy fotobiontů asociující na lokalitě výhradně se sexuálními druhy lišejníků se podařilo nalézt i v okolí lišejníkových stélek. Substrát tak může sloužit jako zdroj symbiotických řas, stejně tak jako vzduch, ve kterém se tyto řasy rovněž vyskytovaly. Mnoho symbiontů asociujících striktně s asexuálními druhy lišejníků se naopak na lokalitě nepodařilo nikdy detekovat mimo lišejníkové stélky....
|
|
|
Complexity of lichen symbiosis
Černajová, Ivana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Palice, Zdeněk (oponent) ; Spribille, Toby (oponent)
Lišejníky v současnosti považujeme za komplexní symbiotické systémy. Kromě hlavního mykobionta a fotobionta se v jejich stélkách nachází množství sekundárních hub, bakterií a řas nebo sinic. Diverzita těchto asociovaných organismů je intenzivně studována, avšak k jejímu celkovému zachycení máme stále daleko, stejně tak k porozumění jejich významu pro fungování lišejníku jako celku. K zásadním předpokládaným funkcím asociovaných organismů patří vliv na morfogenetické a fyziologické procesy, případně i různé způsoby zvyšováni fitness lišejníku. Tato dizertační práce se snaží nahlížet na lišejníky v jejich celkové komplexitě. Soustřeďuje se na dva modelové systémy - na symbiózu mezi rody Cladonia (dutohlávka) a Asterochloris a na ekologicky vymezená společenstva lišejníků čeledi Verrucariaceae. Klade si za cíl: i) prozkoumat vztah mezi výběrem fotobionta a ekologií lišejníků, ii) definovat referenční rámec pro testování kompatibility mykobiontů a fotobiontů in vitro, iii) prozkoumat diverzitu vybraných sekundárních hub a jejich možné vztahy k hostitelským lišejníkům. Z našich studií vyplývá, že fotobionti obojživelných lišejníků čeledi Verrucariaceae z přílivové zóny mořského pobřeží jsou málo známé ulvofytní řasy. Většina z nich patřila do čeledi Kornmanniaceae (Ulvales) a mnohé představují nové...
|
|
|
Genome size variation in microalgae and its evolutionary consequences
Čertnerová, Dora ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Boenigk, Jens (oponent) ; Bureš, Petr (oponent)
Eukaryotic organisms exhibit tremendous variability in genome size with no apparent connection to their biological complexity. Although this variation is known to correlate with numerous phenotypic traits, its evolutionary consequences remain widely unknown. This particularly applies to microalgae, where the genome size estimation is often methodologically challenging. Yet, microalgae represent a promising model group to study genome size evolution owing to their lower body complexity, short generation time and large population sizes, the latter two allowing them to quickly respond to environmental challenges. The main aim of this thesis was to enhance our understanding of genome size variation in microalgae and its evolutionary consequences. To do so, together with my co-authors, I summarized the flow cytometry (FCM) protocols used for microalgae and microorganisms possessing small genomes and addressed their limitations resulting mainly from insufficient amounts of biomass, difficulties with nuclei extraction and prominent background noise due to presence of various pigments and secondary metabolites. Further, I provided best practice recommendations that include, among others, analysing young cultures, avoiding long-term cultivation, and testing different isolation buffers and nuclei isolation...
|
|
|
Sejdeme se v litorálu: Diverzita symbiontů lišejníků čeledi Verrucariaceae
Schmidtová, Jana ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Lišejníky jsou organismy tvořené několika symbiotickými partnery, z nichž nejdůležitější je houba (mykobiont) a řasa či sinice (fotobiont). Přestože většina lišejníků je terestrická, některé lze nalézt i ve vodním prostředí. Černé korovité lišejníky z čeledi Verrucariaceae (Verrucariales, Eurotiomycetes, Ascomycota) se dokázaly tomuto prostředí velmi dobře přizpůsobit a tvoří často dominantu mořského pobřeží v těsné blízkosti kolísající vodní hladiny. Schopnost těchto lišejníků obývat nejrůznější prostředí je spojována s jejich neobvykle širokou škálou fotobiontů. Přesto však u většiny z nich není tento symbiont známý. Tato práce zkoumá diverzitu lišejníků čeledi Verrucariaceae v litorální zóně pobřeží Baltského a Severního moře, vztahy mezi symbionty a spojitost mezi diverzitou lišejníků a gradientem salinity. Pomocí metabarcodingu zjišťuje diverzitu volně žijících řas v okolí studovaných lišejníků a symbiotické řasy porovnává s fotobionty, nalezenými v lišejnících. Mykobionti a fotobionti byli identifikováni pomocí ITS a 18S rDNA. Nalezeno bylo celkem devět linií mykobiontů i fotobiontů. Nejčastějším lišejníkem se ukázal být druh Hydropunctaria maura se svým fotobiontem Pseudendoclonium submarinum. Pro řadu lišejníků je zde jejich fotobiont popsán molekulárně poprvé. Objevení mnoha molekulárně...
|
|
|
Phytomyxid infection of the seagrass Halophila stipulacea: phylogeny, distribution and new insights into its life cycle
Kolátková, Viktorie ; Vohník, Martin (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
1 ABSTRAKT Mořské nádorovky (Cercozoa: Phytomyxea) představují skupinu obligátních, biotrofních eukaryot parazitujících na řasách, oomycetech a řadící se mezi tři taxony, obecně považované za patogeny mořských trav. Kvůli svému nenápadnému vzhledu bývají v přírodě pozorovány pouze ojediněle a o jejich diverzitě, distribuci či životních cyklech je dodnes dostupných jen velmi málo informací. Za účelem širšího porozumění těchto záhadných mořských protistů byl v rámci této práce proveden rozsáhlý výzkum nádorovky napadající invazní mořskou trávu Halophila stipulacea. K přiblížení její ekologie, zeměpisného rozšíření a fylogenetického zařazení v rámci třídy Phytomyxea byla použita široká škála metod, zahrnující pozorování in situ, světelnou a elektronovou mikroskopii a molekulární analýzy. Přítomnost daného druhu byla potvrzena v Rudém, Středozemním i Karibském moři, naznačujíc možnou souběžnou migraci parazita s hostitelem v globálním měřítku. Z fylogenetického hlediska představuje tato nádorovka prvního a dosud jediného popsaného zástupce environmentální skupiny "TAGIRI-5", která, vedle již ustanovených řádů Plasmodiophorida a Phagomyxida, tvoří zřejmě zcela novou větev třídy Phytomyxea. Shromážděná data o promořenosti jednotlivých zkoumaných populací mořských trav a období výskytu infekce vykazují zajímavý...
|
|
|
Diverzita a funkce vzorů v mikrosvětě
Hirnerová, Anna ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Němcová, Yvonne (oponent)
Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o vzorech a strukturách v různých měřítcích s důrazem na využití daných vzorů v mikrosvětě a materiálů, z kterých jsou tvořeny. Vzory se uplatňují ve všech oblastech přírodních dějů i lidské činnosti a existuje velmi mnoho analogických modelů v různých měřítcích, nevíme ale, zda mají stejné sebeorganizační mechanismy vzniku. Mnoho vzorů tvořených mikroorganismy umíme připravit bez jejich přítomnosti na základě čistě fyzikálních a chemických metod, vznikají tedy pravděpodobně za určitých parametrů ovlivnitelných daným protistem. Tyto vzory jsou pro mikroorganismy evolučně výhodné, protože jim poskytují řadu funkčních adaptací, hlavně v souvislosti s obranou proti predátorovi a pohybem ve vodním sloupci, který se odvíjí od životní strategie organismu. Matematický popis vzoru je nesmírně důležitý pro jeho další zkoumání a určování zákonitostí, které organismu umožnily těžit z jeho parametrů. Klíčová slova: vzor, struktura, konvekce, reakčně - difuzní model, geometrie, protista, mikroorganismy, kostry, schránky, šupiny
|
|
|
Photobiont dynamics of Stereocaulon lichens
Vančurová, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Bérešová, Anna (oponent) ; Dal Grande, Francesco (oponent)
8 Abstrakt Lišejníky jsou ikonickým příkladem symbiózy. Jsou rozšířeny po celém světě, v některých ekosystémech jsou dominantními autotrofy, někde jedny z mála živých organismů, které dokáží místní podmínky přežít. Rostou na celé řadě substrátů, včetně povrchů vytvořených člověkem. Velká rozmanitost jejich životních strategií souvisí s diverzitou symbiotických partnerů, kteří lišejníkovou stélku tvoří. Tato diverzita dosud z velké části nebyla prozkoumána. Lišejníky jako sesilní organismy také musí často čelit velmi proměnlivému prostředí, případně se přizpůsobit novým podmínkám, do kterých se mohou rozšířit jejich propagule. Jako modelový systém pro studium symbiotických vztahů v lišejnících a souvislostí těchto vztahů s vlastnostmi okolního prostředí jsme si vybrali široce rozšířený rod Stereocaulon. Hlavními cíli této práce bylo (1) zmapovat diverzitu fotobiontů ve stélkách lišejníků rodu Stereocaulon v rámci celého rodu i jednotlivých druhů; (2) identifikovat faktory prostředí ovlivňující distribuci fotobiontů a jejich vztahy s mykobionty v globálním a místním měřítku; a (3) prozkoumat možnost sdílení fotobiontů s jinými lišejníky a půdou. Za tímto účelem jsme v jednotlivých studiích, ze kterých tato práce sestává, využili fylogenetické analýzy ITS rDNA, 18S rDNA, rbcL a genu pro aktin typu I, Illumina...
|
|
|
Autotrofní mikrobiální společenstva na jehlicích nahosemenných dřevin
Nováková, Radka ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
V této bakalářské práci jsem shrnula dostupné informace o autotrofních mikrobiálních společenstvech rostoucích na jehlicích nahosemenných dřevin. Tento fenomén je poměrně nový, pozorovaný od osmdesátých let 20. století. V práci popisuji složení společenstev, jejich sezonalitu, korelaci se znečištěním ovzduší, hlavně s koncentracemi dusíku a síry. Kromě možnosti bioindikace pomocí těchto epifytických společenstev jsem zahrnula i bioindikaci pomocí lišejníků jako organismů k bioindikaci hojně používaných, dále bioindikaci pomocí mechů a řas rostoucích na borce stromů. Práce taktéž obsahuje kapitolu s podrobným popisem tří nejfrekventovanějších druhů zelených řas vyskytujících se ve společenstvech na jehlicích. Ve vlastní práci jsem se zabývala vztahem kvantitativních parametrů nárostů (tloušťka, pokryvnost, množství řas) na jehlicích tisu červeného (Taxus baccata L.) a kvalitou ovzduší v Praze.
|
|
|
Ruduchy (Rhodophyta) ve sladkovodních ekosystémech
Štifterová, Anna ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
V této bakalářské práci jsem se zaměřila na zajímavou skupinu řas sladkovodní ruduchy (Rhodophyta). Ta zahrnuje organismy z různých evolučních linií, které však sdílejí podobné ekologické nároky. Většinou se vyskytují v neznečištěné tekoucí vodě. V teoretické části jsem shrnula publikace zabývající se obecnými a ekologickými aspekty života těchto řas (se zaměřením na rod Batrachospermum), jedná se například o otázku sezónní dynamiky populací nebo jejich role v sukcesi bentického společenstva makroskopických řas. Praktická část obsahuje floristická data o nálezech různých druhů sladkovodních ruduch především z území České republiky. Dále také pozorovaní sezónnosti u populace Batrachospermum gelatinosum.
|
host ::
RSS.