|
|
Monitoring zdravotního stavu lesa v České republice: Ročenka programu ICP Forests - Data 2003
Boháčová, Ludmila ; Uhlířová, Hana ; Lomský, Bohumír ; Buriánek, V. ; Damašková, J. ; Fabiánek, P. ; Fadrhonsová, V. ; Hejdová, J. ; Novotný, R. ; Neumann, L. ; Šrámek, V.
V ročence jsou uvedeny metody hodnocení a výsledky získané při hodnocení stavu lesa na plochách úrovně I i úrovně II.
Plný text:  PDF
|
|
|
Monitoring zdravotního stavu lesa v České republice: Ročenka programu Forest Focus – Data 2004
Boháčová, Ludmila ; Uhlířová, Hana ; Šrámek, Vít ; Buriánek, V. ; Fabiánek, P. ; Hejdová, J. ; Kapitola, P. ; Lachmanová, Z. ; Lomský, B. ; Neumann, L. ; Novotný, R.
V ročence jsou uvedeny metody hodnocení a výsledky získané při hodnocení stavu lesa na plochách systematické sítě a plochách intenzivního monitoringu (úrovně I a úrovně II).
Plný text: PDF
|
|
|
Monitoring zdravotního stavu lesa v České republice: Ročenka programu Forest Focus/ICP Forests 2005
Boháčová, Ludmila ; Uhlířová, Hana ; Šrámek, Vít ; Buriánek, V. ; Čapek, M. ; Fabiánek, P. ; Hejdová, J. ; Kapitola, P. ; Lachmanová, Z. ; Lomský, B. ; Maxa, M. ; Vortelová, L.
V ročence jsou uvedeny metody hodnocení a výsledky získané při hodnocení stavu lesa na plochách systematické sítě a plochách intenzivního monitoringu (úrovně I a úrovně II).
Plný text: PDF
|
|
|
Imaging via multimode optical fiber: recovery of a transmission matrix using internal references
Šiler, Martin ; Jákl, Petr ; Traegaardh, Johanna ; Ježek, Jan ; Uhlířová, Hana ; Tučková, Tereza ; Zemánek, Pavel ; Čižmár, Tomáš
Current research of life shows a great desire to study the mechanics of biological processes\ndirectly within the complexity of living organisms. However, majority of practical techniques\nused nowadays for tissue visualization can only reach depths of a few tens of micrometres as\nthe issue obscures deep imaging due to the random light scattering. Several imaging\ntechniques deal with this problems from different angels, such as optical coherence\ntomography, light sheet microscopy or structured light illumination A different and promising strategy to overcome the turbid nature of scattering tissues is to employ multimode optical fibers (MMF) as minimally invasive light guides or endoscopes to provide optical access inside. Although the theoretical description of light propagation through such fibers has been developed a long time ago it is frequently considered inadequate to describe real MMF. The inherent randomization of light propagating through MMFs is typically attributed to undetectable deviations from the ideal fiber structure. It is a commonly believed that this\nadditional chaos is unpredictable and that its influence grows with the length of the fiber.\nDespite this, light transport through MMFs remains deterministic and can be characterized by a transmission matrix (TM) which connects the intensity and phase patterns on the fiber input and output facets. Once the TM is known it can be used to create focus in any desired 3D\ncoordinates beyond the distal fiber facet, see figure 1, and perform e.g. fluorescence based\nlaser scanning microscopy or optical trapping.
|
|
|
Mikroskopie časově proměnných biologických objektů
Uhlířová, Hana ; Kozubek, Michal (oponent) ; Peychl,, Jan (oponent) ; Chmelík, Radim (vedoucí práce)
Předmětem disertační práce je využití transmisního digitálního holografického mikroskopu (DHM) navrženého a zkonstruovaného v Laboratoři optické mikroskopie na ÚFI VUT v Brně pro výzkum dynamiky živých buněk. První část práce se zabývá teoretickým popisem vlastností zobrazení mikroskopu v závislosti na koherenci osvětlení doplněným experimenty s modelovým a reálným biologickým vzorkem. V další části jsou popsány konstrukční změny a inovace mikroskopu a jeho vybavení, které umožnily využívání mikroskopu pro pozorování živých buněk. V~experimentální části byla vypracována metodika přípravy a pozorování živých buněk pro DHM, která byla ověřena při zobrazení dynamiky buněčné apoptózy indukované cytostatikem cis-platinou. Byla zkoumána také dynamika živých buněk při standardních podmínkách a za působení deprivačního stimulu. Pro vyhodnocení kvantitativních změn rozmístění buněčné hmoty během experimentů byla vytvořena metoda zpracování holograficky rekonstruované fáze nazvaná "dynamické fázové diference". Touto metodou byly odhaleny různé vzorce chování rakovinových buněk během specifické reakce v závislosti na typu buněk, stupni jejich malignity a hustotě porostu. Pro kvantitativní analýzu fázového zobrazení z DHM byla navržena vhodná statistická charakteristika a způsob interpretace naměřených dat, které byly úspěšně aplikovány při porovnání vnitrobuněčného pohybu dvou typů rakovinových buněk rodičovské a dceřiné linie. Na základě uvedeného zpracování pozorování byly stanoveny hypotézy o mechanismu reakce nádorových buněk na nepříznivé životní podmínky.
|
|
|
Koherencí řízený holografický mikroskop ve výzkumu životního cyklu buňky
Křížová, Aneta ; Kozubek,, Michal (oponent) ; Uhlířová, Hana (vedoucí práce)
Předmětem diplomové práce bylo použití koherencí řízeného holografického mikroskopu ve výzkumu životního cyklu buňky. V práci je stručně popsána historie interferenční mikroskopie a její aplikace v biologii. Zmíněny jsou i ostatní mikroskopové techniky používané k zobrazování transparentních objektů a stručně je vysvětlena biologie buněčného cyklu. V rámci práce byly navrženy charakteristiky pro popis tvaru buňky, které byly testovány s ohledem na identifikaci jednotlivých fází života buňky. Metoda dynamických fázových diferencí byla modifikována tak, aby byl odlišen vnitřní pohyb hmoty buňky od pohybu hmoty buňky jako celku. Vybrané charakteristiky pak byly použity k vyhodnocení pozorování provedených v holografickém mikroskopu a byly navrženy možnosti jejich dalšího využití. V závěru práce byly shrnuty získané poznatky a byly navrženy úpravy konstrukce mikroskopu a softwaru pro zpracování dat.
|
|
|
Koherencí řízený holografický mikroskop ve výzkumu životního cyklu buňky
Bartoníček, Jan ; Chmelík, Radim (oponent) ; Uhlířová, Hana (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce je pozorování živých buněk v transmisním holografickém mikroskopu vyvinutém na ÚFI VUT a porovnání této zobrazovací metody s mikroskopem s fázovým kontrastem. Úvodní část je věnována základnímu popisu použitých zobrazovacích technik a biologii buňky. Následuje popis přípravy experimentů. V části věnující se analýze dat je popsána metoda dynamických fázových diferencí a navržena metoda sledování růstu. Obě metody byly použity pro analýzu experimentů popsaných v poslední části práce. Experimenty byly zaměřeny na získání časosběrných dat zachycujících buněčný cyklus a zejména mitosu.
|
|
|
Metodika pozorování Dictyostelia discoidea v transmisním digitálním holografickém mikroskopu
Křížová, Aneta ; Ježek, Jan (oponent) ; Uhlířová, Hana (vedoucí práce)
Předmětem bakalářské práce bylo zobrazit Dictyostelium discoideum transmisním digitálním holografickým mikroskopem a porovnat toto zobrazení s běžně používanou mikroskopickou technikou. Práce je rozdělena na část teoretickou a experimentální. V teoretické části je popsáno uspořádání transmisního digitálního holografického mikroskopu, základní postup práce s tímto mikroskopem a fyzikální podstata zobrazování mikroskopem. Dále je vysvětlen průběh rekonstrukce obrazu a numerického zpracování fáze. Na konci této části je uveden biologický popis pozorovaných buněk Dictyostelia discoidea. V experimentální části je popsána kultivace a příprava buněk Dictyostelia discoidea pro pozorování a postup provedených pozorování. Buňky Dictyostelia discoidea byly zobrazeny v několika experimentech metodou klasického fázového kontrastu. Transmisním digitálním holografickým mikroskopem byly buňky pozorovány ve dvou prostředích. Získaná data byla zpracována metodou Dynamických fázových diferencí a vyhodnocena.
|
|
|
Uživatelský program pro zobrazení a zpracování kvantitativní fáze z digitálního holografického mikroskopu
Hladík, Lukáš ; Kvasnica, Lukáš (oponent) ; Uhlířová, Hana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou tvorby uživatelského počítačového programu určeného ke zpracování obrazů kvantitativního fázového kontrastu z digitálního holografického mikroskopu. Teoretická část práce obsahuje základní poznatky o získávání a vyhodnocování zpracovávaných obrazů včetně popisu jejich digitální reprezentace v počítači. V experimentální části jsou rozebrány použité techniky a algoritmy na kterých je program vystavěn. Tato část práce dále obsahuje popis grafického uživatelského rozhraní výsledného programu a zhodnocení vlivu různých uživatelských nastavení na vlastnosti výstupních souborů.
|
|
|
Korekce pozadí zobrazení fáze v digitálním holografickém mikroskopu užitím konvoluce
Rudolfová, Zdena ; Malina, Radomír (oponent) ; Uhlířová, Hana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá korekcí pozadí v obrazu fáze buňek z transmisního digitálního holografického mikroskopu (TDHM). Vlivem optických vad a nedokonalostí v optických soustavách předmětové i referenční větve dochází k "deformaci" obrazu fáze. Buňka není zobrazena na pozadí s konstantní hodnotou fáze, ale na pozadí s~hodnotami fáze spojitě se měnícími mezi různými místy obrazu. V této práci je popsána metoda, jak následek této vady optického systému z obrazu odstranit. Princip spočívá v provedení částečné konvoluce obrazu fáze s konvolučním jádrem určeným dvourozměrnou Gaussovou funkcí se stejným rozptylem v obou osách. Při výpočtu konvoluce není zpracováván obraz celý, ale pouze místa, kde se nenachází buňky. Tím je eliminována ztráta informací o buňkách. Výsledek konvoluce je považován za aproximaci pozadí, která je poté od původního obrazu odečtena. Získáme tak obraz fáze s konstantním pozadím zatíženým pouze šumem. V úvodní části je shrnut potřebný matematický aparát. Dále je popsán základní princip rekonstrukce zobrazení v TDHM. Jako součást práce byl vytvořen program Odečet pozadí, který užitím popsané metody zpracovává obrazy fáze z TDHM.
|
host ::
RSS.