|
|
Příprava konstruktů pro analýzu exprese jaderného receptoru nhr-97 pomocí transgenních technik v modelovém systému Caenorhabditis elegans
Boušová, Kristýna ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Cílem této bakalářské práce bylo připravit dva konstrukty promotoru regulující expresi genu kódujícího jaderný hormonální receptor nhr-97 u C. elegans. Jaderné receptory patří do velké skupiny genů sdílících homologní sekvence s jadernými receptory některých obratlovců. První, teoretická část práce popisuje strukturu jaderných hormonálních receptorů, jejich funkci a význam u nematod C. elegans. Dále je popsán samotný modelový organismus C. elegans, jeho anatomie, životní cyklus a genom. Práce také pojednává o struktuře a využití zeleného fluorescenčního proteinu (GFP), sloužícího k lokalizaci exprese genu nhr-97 v C. elegans. V praktické části je uveden postup přípravy dvou konstruktů promotoru: izolace genomové DNA ze C. elegans, amplifikace promotorů pomocí PCR a jejich následné klonování do vektoru pPD95.67 obsahujícího gen kódující zelený fluorescentní protein. Pro ověření úspěšného naklonování konstruktů promotoru bylo provedeno sekvenování DNA. Klonované promotory nhr-97 budou použity k mikroinjekcím do gonád C. elegans a exprese tohoto genu z jeho jednotlivých promotorů bude sledována pomocí exprese zeleného fluorescenčního proteinu v potomcích.
|
|
|
Příprava expresního systému gama-laktamázy a otestování exprese v E.coli
Magyerková, Monika ; Ingr, Marek (vedoucí práce) ; Šácha, Pavel (oponent)
γ-laktamasa je enzym štěpící pětičlenné laktamové cykly. Jedním z jejích potenciálních substrátů je polyvinylpyrrolidon (PVP). Degradace PVP γ-laktamasou je zkoumána s ohledem na využití v čistírnách odpadních vod. Cílem této práce proto bylo připravit synteticky gen γ- laktamasy z bakterie Comamonas acidovorans a provést jeho klonování do expresního vektoru pET22b. Pro syntézu genu γ-laktamasy byla použita metoda PCA. Sekvence genu γ- laktamasy o délce 1725 bp byla rozdělena do dvou částí (syntonů), které byly syntetizovány samostatně. Po syntéze bylo provedno restrikční štěpení a ligace do vektoru pUC19. Takto připravenými konstrukty byly transformovány kompetentní buňky E. coli kmene DH5α. Po ověření správnosti sekvencí byly oba syntony vyštěpeny restrikčními endonukleasami a spojeny jednokrokovou ligací do plazmidu pET22b. Rekombinantním plazmidem obsahujícím spojené syntony byly transformovány expresní buňky E. coli kmene BL21(DE3)RIL a byla testována exprese rekombinantní γ-laktamasy. Sekvence klonu produkujícío protein odpovídající délky byla potvrzena sekvenční analýzou. Připravený expresní plazmid bude použit pro produkci rekombinantní γ-laktamasy. (In Czech)
|
|
|
Příprava mutantů enzymu methioninsulfoxidreduktasy a jejich využití pro přípravu chirálních sulfoxidů
Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Chirální sulfoxidy jsou důležité sloučeniny ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, nicméně jejich enantioselektivní syntéza poskytující pouze jeden žádaný enantiomer není zcela zvládnuta. Některé přirozené enzymy mohou být využity pro biokatalytickou přípravu chirálních sulfoxidů. Jedním z takových enzymů je methioninsulfoxidreduktasa. Methioninsulfoxidreduktasa je enzym omezující následky reaktivních kyslíkových radikálů v organizmu vznikajících v důsledku kyslíkového metabolismu. Její funkce je redukce methioninsulfoxidu v proteinech na methionin. Existují dva typy methioninsulfoxidreduktas, methioninsulfoxidreduktasa A redukující pouze (S)-methioninsulfoxid a methioninsulfoxidreduktasa B redukující (R)-methioninsulfoxid. Methioninsulfoxidreduktasa B je vhodná k přípravě (S)-sulfoxidů, nicméně její katalytická aktivita není dostatečná pro praktické využití. Využitím technik rekombinantní DNA a mutagenní PCR byla připravena knihovna mutantů methioninsulfoxidreduktasy B a byla určena míra a charakter zavedených mutací. Tato knihovna bude sloužit jako výchozí bod pro řízenou evoluci enzymu pro získání klonů se zvýšenou aktivitou a sníženou substrátovou specifitou.
|
|
| |
|
|
Data Backup and Data Storages
Šebo, Martin ; Luhan, Jan (oponent) ; Kříž, Jiří (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis is oriented at backing up, recovering and cloning of data, while also on various types of data storages and their usage in the company Lorion Insurance a.s.. It’s also focusing on issues arising from the company’s current state and on solving them. The output of this thesis resides in a design of a more effective, reliable and better secured sys-tem for storage and management of data.
|
|
|
Bezpečnost autentizačních protokolů
Tran, Minh ; Člupek, Vlastimil (oponent) ; Dzurenda, Petr (vedoucí práce)
Tato práce řeší bezpečnost autentizačních protokolů. Cílem práce je analýza současných bezpečnostních hrozeb a útoků na současné kartové systémy především JavaCard a Mifare. A dále vytvořit mobilní aplikaci pomocí Android platformy s funkcemi NFC a HCE, která realizuje nalezené útoky. Těmito útoky jsou útok přeposláním a klonování karet. Mobilní část aplikace je psaná v programovacím jazyce Kotlin a serverová část v JavaScript, EJS a CSS. V závěru jsou předvedeny útoky na EMV a přístupový systém nejmenované univerzity.
|
|
|
Příprava mutantů enzymu methioninsulfoxidreduktasy a jejich využití pro přípravu chirálních sulfoxidů
Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Chirální sulfoxidy jsou důležité sloučeniny ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, nicméně jejich enantioselektivní syntéza poskytující pouze jeden žádaný enantiomer není zcela zvládnuta. Některé přirozené enzymy mohou být využity pro biokatalytickou přípravu chirálních sulfoxidů. Jedním z takových enzymů je methioninsulfoxidreduktasa. Methioninsulfoxidreduktasa je enzym omezující následky reaktivních kyslíkových radikálů v organizmu vznikajících v důsledku kyslíkového metabolismu. Její funkce je redukce methioninsulfoxidu v proteinech na methionin. Existují dva typy methioninsulfoxidreduktas, methioninsulfoxidreduktasa A redukující pouze (S)-methioninsulfoxid a methioninsulfoxidreduktasa B redukující (R)-methioninsulfoxid. Methioninsulfoxidreduktasa B je vhodná k přípravě (S)-sulfoxidů, nicméně její katalytická aktivita není dostatečná pro praktické využití. Využitím technik rekombinantní DNA a mutagenní PCR byla připravena knihovna mutantů methioninsulfoxidreduktasy B a byla určena míra a charakter zavedených mutací. Tato knihovna bude sloužit jako výchozí bod pro řízenou evoluci enzymu pro získání klonů se zvýšenou aktivitou a sníženou substrátovou specifitou.
|
|
|
The analysis of structural details of the NMDA receptor
Radilová, Kateřina ; Balík, Aleš (vedoucí práce) ; Jakubík, Jan (oponent)
NMDA receptor je nezbytnou součástí exitační transmise v centrální nervové soustavě. Pozměněná funkce NMDA receptorů je spojována s mnoha neurodegenerativními a neuropsychiatrickými chorobami. Vyřešené krystalové struktury NMDA receptorů znamenaly velký posun v pochopení detailů jejich funkce. Bohužel tyto v současnosti dostupné struktury představují jen některé funkční stavy receptoru a také několik strukturních informací stále chybí. Ke kompletnímu porozumění procesu aktivace a deaktivace NMDA receptorů je potřeba doplnit stávající informace dalšími studiemi. Cílem této práce bylo pomocí kombinace různých metod (počítačové modelování, klonování, biochemické metody, exprese a purifikace proteinu a strukturní hmotnostní spektrometrii) získat nová strukturní data, kterými bychom byli schopni doplnit mezery v současnosti dostupných modelech a strukturách receptoru, zejména pak receptoru v různých funkčních stavech. Klíčová slova NMDA receptor, glutamátový receptor, počítačové modelování, struktura, klonování, exprese proteinu
|
|
|
Diverzita fotobiontů ve stélkách lišejníku Psora decipiens
Jadrná, Iva ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Psora decipiens je charakteristickým druhem společenstva terikolních lišejníků Toninio-Psoretum decipientis rostoucím na vápenitých nebo bazických substrátech. Společenstvo sestává v různých modifikacích z lišejníků Placidium squamulosum, Toninia sedifolia, T. opuntioides, Fulgensia fulgens, F. bracteata a dalších. Fototobionti lišejníku Psora decipiens byli determinováni. Psora decipiens a Placidium sp. společně sdílí jeden druh fotobionta, běžnou terestrickou řasu Myrmecia israeliensis. Klonování ITS rDNA odhalilo velkou variabilitu M. israeliensis v rámci jedné lišejníkové stélky. Ve stélce bylo často nalezeno několik genotypů ve stélce, což odhaluje buď vysokou mutační rychlost řasy nebo neustálou relichenizaci. Saxikolní druhy Psora (P. testacea, P. himalayana, P. valesiaca a P. rubiformis) mají na rozdíl od terikolního druhu P. decipiens jako fotobionta M. biatorellae, což naznačuje možný vliv fotobiontů na substrátovou specifitu lišejníků rodu Psora . Práce se mimo jiné zamýšlí nad vhodnou metodikou používanou pro identifikaci fotobiontů. Není možné popsat pravého fotobionta bez morfologické determinace řasy přímo ve stélce nebo kultuře kombinované s jasnými molekulárními metodami. Postup identifikace fotobiontů byl dřív podceněn v případě lišejníku Psora decipiens. Klíčová slova: lišejník,...
|
|
|
Klonování, exprese a purifikace mykobakteriální dihydrofolátreduktasy
Šedivá, Kateřina ; Novotná, Eva (vedoucí práce) ; Malátková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Řešitel: Kateřina Šedivá Školitel: Mgr. Eva Novotná, Ph.D. Název diplomové práce: Klonování, exprese a purifikace mykobakteriální dihydrofolátreduktasy Dihydrofolátreduktasa je enzym nezbytný pro metabolismus kyseliny listové - katalyzuje redukci dihydrofolátu na tetrahydrofolát. Tetrahydrofolát je důležitým kofaktorem při reakcích přenášejících jednouhlíkaté zbytky. Hraje klíčovou roli v syntéze DNA, RNA a proteinů. Dihydrofolátreduktasa se nachází také u M. tuberculosis. Tato bakterie je nejčastějším původcem tuberkulózy u lidí. Právě dihydrofolátreduktasa by mohla být potenciálním cílem pro vývoj nových antituberkulotik. Rekombinantní protein dihydrofolátreduktasa byl připraven v několika krocích. Sekvence kódující protein byla nejprve amplifikována polymerásovou řetězovou reakcí. Ligací namnoženého úseku DNA a plazmidu pET-28b(+) vznikl rekombinantní plazmid, který byl metodou tepelného šoku transformován do kompetentních buněk E. coli kmen HB101. K expresi proteinu byly použity buňky E. coli kmen BL21(DE3). Samotná exprese byla indukována přidáním isopropyl-β-D-thiogalaktopyranosidu (IPTG). Získaný rekombinantní protein byl izolován a purifikován metodou afinitní chromatografie. Metodou dle Bradfordové...
|
host ::
RSS.