|
|
Cirkulující nádorová DNA v moči a její využití jako potenciálního biomarkeru kolorektálního karcinomu
Surkovová, Veronika ; Ptáčková, Renata (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je závažné onemocnění, jehož incidence v poslední době neustále narůstá. Pacienti, jejichž léčba je započata v raných stadiích nemoci mají vysokou šanci na vyléčení a kvalitní život. Se včasným odhalením nemoci, monitoringem stavu pacienta i vhodným určením diagnózy by mohla pomoci tzv. tekutá biopsie, při ní dochází k získání a analýze biomarkerů z různých tělních tekutin. Cílem této práce je izolace a analýza cirkulující nádorové DNA (ctDNA) z moči pacientů s pokročilým CRC, u kterých byla detekována ctDNA v plazmě. Pro analýzu je použita metoda založená na principu PCR s tvorbou heteroduplexů a následném rozdělení "wild type" a mutovaných fragmentů DNA pomocí denaturační kapilární elektroforézy. Na rozdíl od vzorků plazmy, přítomnost mutace KRAS ve vzorcích moči se nepotvrdila. Zavedený postup pro analýzu plazmy, snaha o nabohacení ctDNA tzv. přečištěním ani další testované izolační soupravy s využitím zvolené detekční metody neumožnily záchyt mutace KRAS v moči prostřednictvím ctDNA. Ačkoli se vyšetření ctDNA z moči obecně jeví jako nadějná metoda pro zlepšení úrovně léčby (kolorektálního) karcinomu, a ačkoli by její použití mohlo mít celou řadu výhod, je nutné této problematice věnovat ještě mnoho úsilí a času, než se stane rutinní záležitostí.
|
|
|
Genetické faktory v etiologii poruch spánku
Dvořáková, Markéta ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Červená, Kateřina (oponent)
Spánkové poruchy jsou skupinou obtíží postihující nezanedbatelnou část lidské populace. Jejich etiologie je zpravidla velmi komplexní a zahrnuje enviromentální ale i genetické faktory. Většina spánkových poruch je multifaktoriální povahy. Spánková medicína a pole syntézy jejích poznatků s poznatky moderní či klasické genetiky nabízí stále ještě mnoho prostoru k bádání. Navzdory mnoha otazníkům je ale dnes možné shrnout poznatky o identifikovaných potvrzených anebo suspektních genech, jejichž mutace se na projevu těchto poruch podílí. Lze odhadovat heritabilitu konkrétních poruch na jejich vícečetném výskytu v rodinách, přítomnosti u dvojčat nebo rozšířenosti v populaci v závislosti na etnickém původu. Předložená bakalářská práce se věnuje genetickým aspektům v etiologii spánkových poruch, jejich dědičnosti, síle genetické komponenty a genetickým souvislostem mezi některými poruchami.
|
|
|
Circularly polarized antenna optimization
Niederle, Vojtěch ; Poměnková, Jitka (oponent) ; Kadlec, Petr (vedoucí práce)
This thesis deals with optimization using Gaussian processes and differential evolution algorithm, and its implementation in MATLAB. The theoretical part discusses the topic of Gaussian processes in terms of mathematical representation, choice of kernel, parameters, mathematical procedures for implementation, differential evolution algorithm its mutation, crossover, and theory of circularly polarized antenna. The solution section describes the implementation in MATLAB and deals with the testing of this algorithm on benchmark functions. The results are then compared with other stochastic optimization algorithms and the effectiveness of the method is discussed for different types of problems. Based on the results, the method is extended by a Differential evolution algorithm, and circularly polarized antenna is optimized by this method. Designed antenna is fabricated and measured. The results are compared with simulations.
|
|
|
Characterization of pore opening relevant residues in TM3 and TM4 domains of Orai1
ANDOVA, Ana-Marija
Calcium (Ca2+) ions play a crucial role in almost every aspect of cellular life. The most prominent calcium entry pathway into the cell is the calcium release-activated calcium (CRAC) channel, composed of the Orai1 protein, and the stromal interaction molecule STIM1. The channel is activated through conformational changes upon STIM1 coupling to the C-terminus of Orai1 protein following store depletion, which in turn allows Ca2+ influx into the cell. The abnormal function of the CRAC channel caused by mutations gives rise to distinct pathologies. Since it has not yet been elucidated how the signal propagation moves to the pore upon coupling, this thesis dives into its investigation by focusing on characterizing the TM3 and TM4 domains and their importance in leading to an open permissive conformation of the channel. The pivotal foundation for the creation of novel strategies in the modulation of the Orai1 function lies with the understanding of the dynamics of the Orai1 pore opening.
|
|
|
Fylogenetická analýza a molekulární detekce koronavirů
MARHOUNOVÁ, Lucie
Cílem této bakalářské práce bylo seznámení se s tvorbou fylogenetických stromů, které popisují vztahy mezi koronaviry, porovnání a posouzení vhodnosti používaných a navrhnutých primerů pro detekci nového typu koronaviru SARS-CoV-2. Dle fylogenetických stromů lze určit evoluční vztah zkoumaných organismů, které v průběhu evoluce podléhají změnám ve svých sekvencích tzv. mutacím. Tyto změny určují jejich vývoj. Teoretická část bakalářské práce byla zaměřena na obecné seznámení se s viry a následně koronaviry, kam se nově řadí SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 představoval a pořád představuje velkou hrozbu pro celý svět. Dále byla probraná problematika fylogenetiky a na závěr detekční metoda PCR. V praktické části byly vytvořeny fylogenetické stromy pomocí počítačového programu MEGA-X za využití metody Neighbor-Joining, které zkoumaly fylogenetické vztahy mezi koronaviry zaměřené hlavně na SARS-CoV-2. Nejbližší koronaviry tohoto nového typu koronaviru SARS-CoV-2 byly dále porovnávány pomocí speciálního softwaru BLAST, který uváděl procentuální shodu studovaných sekvencí. Během těchto analýz se zjistilo, že SARS-CoV-2 je nejvíce podobný netopýřímu koronaviru RaTG13. Primery, které se běžně používají při detekci SARS-CoV-2 nejsou zveřejňovány, proto byly použity primery z webové aplikace CoVrimer, kde jsou dostupné primery, které byly použity pro vědecké výzkumy. Ty byly porovnány s návrhem primerů. Návrh byl proveden v rámci řešení bakalářské práce pomocí speciální aplikace Pirmer-BLAST. Primery, které byly získány z aplikace CoVrimer, nebyly navrženy pro komplexní rozlišení všech studovaných variant SARS-CoV-2.
|
|
|
Traditional plant breeding,advanced biotechnological engineering with emphasis on GM crops and environmental risk assessment of GMs
KOPICOVÁ, Klára
While searching for the best approach that would ensure an adequate supplement of the current still growing world population, the national governments support different strategies to multiply crop production and to stabilize profits. It is obvious that traditional plant breeding techniques are not capable to meet this challenge. Hence, scientists developed an advanced plant breeding techniques that cope with the adversity of the environment (e. g. pest and weed pressure, drought, salinity) as well as satisfy major needs of human society (e. g. sufficient yields, nutrient content). However, advanced bioengineering arouses distrust in consumers. This review compares both, the advanced plant breeding techniques with traditional breeding approaches; and the debate is further extended by critical assessment. Further focusing on genetic modifications (GMs) and genetically modified (GM) crops, this study describes a status of their growing on the example of two completely different strategies - strategy of the United States (U.S.) and the European Union (EU). Additionally, this thesis suggests a new design for testing of GM crops environmental risk assessment (ERA) - more precisely, a very little explored, potential transfer of GM gene constructs into invertebrates.
|
|
|
Genetická podstata fenotypové variability u domestikovaných živočichů
Majerová, Veronika ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Komárek, Stanislav (oponent)
Jakým způsobem vzniká tak ohromující fenotypová variabilita u různých druhů živočichů je jistě jednou z důležitých otázek evoluční biologie. Vznik a změny fenotypové variability během evoluce je možné zkoumat u domestikovaných živočichů. Domestikované druhy živočichů představují vynikající model pro studium molekulárních mechanismů, odpovědných za vznik nových fenotypů, díky ohromné morfologické rozmanitosti mezi jednotlivými plemeny, snadnému chovu a křížení v zajetí a také díky časté znalosti genomové sekvence. Cílem této bakalářské práce je shrnout současné poznatky o konkrétních mutacích, které jsou odpovědné za vznik nových morfologických znaků u domestikovaných živočichů. Tyto poznatky nám mohou pomoci objasnit, jak funguje evoluce na molekulární úrovni.
|
|
|
Nádory štítné žlázy a jejich molekulárně genetické příčiny.
Šmídová, Barbora ; Dvořáková, Šárka (vedoucí práce) ; Soták, Matúš (oponent)
Cílem této práce je vypracovat aktuální literární rešerši a zpracovat nejnovější poznatky o genetických příčinách vzniku karcinomů štítné žlázy. Karcinomy štítné žlázy představují nejčastější endokrinní malignitu a jejich incidence neustále stoupá. Práce se zabývá jednotlivými typy karcinomů štítné žlázy, které se od sebe liší v původu buněk a stupněm diferenciace. V práci jsou popsány hlavní genetické změny v nádorové tkáni medulárního, papilárního, folikulárního a anaplastického karcinomu štítné žlázy. Karcinomy štítné žlázy se vyskytují většinou sporadicky, vzácně jako familiární onemocnění. Jsou zde shrnuty také příčiny familiárních forem karcinomů štítné žlázy a popsány hlavní mutace v zárodečné DNA. Klíčová slova: genetika, karcinomy, mutace, štítná žláza
|
|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
|
Trombofilní stavy během těhotenství
Košatová, Andrea ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Cílem tohoto textu je shrnutí poznatků o vlivu trombofilních stavů na průběh těhotenství a prezentace výsledků získaných zjišťováním výskytu vrozených trombofilií u žen s poruchou plodnosti a jejich vlivu na úspěšnost asistované reprodukce. Je určen těm, které tato problematika zajímá - ať už jsou to odborníci, studenti lékařských oborů nebo ženy, které plánují těhotenství nebo se jim nedaří otěhotnět. Teoretická část čerpá z literatury psané předními českými odborníky v této oblasti, a z odborných časopisů pro lékaře. Nezbytností jsou i zahraniční zdroje. Praktická část byla vypracována s laskavým svolením vedení centra asistované reprodukce PRONATAL s.r.o. Klíčová slova: venózní tromboembolismus, trombofilie, tromboprofylaxe, gravidita, mutace, screening
|
host ::
RSS.