|
Molekulární taxonomie pomocí mitochondriální DNA
Kalianková, Kateřina ; Babula, Petr (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá molekulární taxonomií pomocí mitochondriální DNA. V úvodu je popsána taxonomie obecná a molekulární. V teoretické části je dále popsána struktura a složení živočišné buňky, deoxyribonukleové kyseliny a mitochondriální deoxyribonukleové kyseliny. Další část obsahuje informace o DNA barcodingu a numerických metodách reprezentace genomických sekvencí. V praktické části je popsán program zvolené numerické metody pro zpracování genomických sekvencí a programy pro tvorbu a přiřazování sekvencí referenčním druhům.
|
|
Studium krystalické struktury polyhydroxybutyrátu a nukleační aktivity vybraných typů aditiv
Sedláček, Zbyněk ; Tocháček, Jiří (oponent) ; Bálková, Radka (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem krystalické struktury polyhydroxybutyrátu obsahujícího různé typy aditiv, které byly vybrané za účelem posouzení jejich nukleační aktivity, a které byly do matrice zahnětené. Jedná se o boronitrid (BN), sacharin, hydroxyapatit, plastifikátor Tegmer a tři druhy mastku. Krystalická struktura byla analyzovaná metodou diferenční kompenzační kalorimetrie a rentgenové difrakční analýzy, nadmolekulární struktura byla pozorovaná metodou optické mikroskopie (polarizační a konfokální laserová). Nukleační aktivita aditiv byla vyhodnocená z izotermické a neizotermické krystalizace provedené na kalorimetru a na vyhřívaném stolku optického mikroskopu. Přidaná aditiva nemají vliv na krystalografickou strukturu, ale ovlivňují počet a velikost vzniklých sférolitů včetně defektnosti krystalických domén, což se v konečném důsledku projeví na výsledných mechanických vlastnostech. Jako nukleační činidlo působí BN a mastek, ostatní aditiva nukleaci při nízkých a vysokých teplotách chlazení (vc) inhibují, při středních rychlostech se výrazně neprojevují. Nukleační aktivita není vyhodnocena číselně, protože pokles teploty krystalizace reference s vc není lineární. Výsledky nepřímých metod jsou podloženy obrazovou analýzou krystalické struktury, což je velkým přínosem pro porozumění krystalického chování PHB.
|
|
Nové farmakologické intervence ovlivňující příjem potravy se zaměřením na anorexigenní neuropeptidy: peptid CART (cocaine-and amphetamine-regulated transcript) a peptid uvolňující prolaktin (PrRP)
Maixnerová, Jana ; Maletínská, Lenka (vedoucí práce) ; Zorad, Štefan (oponent) ; Skálová, Lenka (oponent)
Disertační práce je zaměřena na charakterizaci biologické aktivity dvou nedávno objevených anorexigenních neuropeptidů: peptidu CART (cocaine- and amphetamineregulated transcript) a peptidu uvolňujícího prolaktin (PrRP). Strukturně-aktivitní studie fragmentů reprezentujících různé části CART(61-102) charakterizovala jak jejich vazbu k feochromocytomálním buňkám PC12, tak jejich schopnost ovlivnit příjem potravy. Výsledky ukázaly, že pro uchování biologické aktivity peptidu CART je nezbytná kompaktní struktura obsahující disulfidické můstky. V druhé části práce byl prokázán synergistický účinek periferně podaného cholecystokininu (CCK) a centrálně podaného peptidu CART na příjem potravy u hladových myší. Anorexigenní účinek peptidu CART byl zvýšen podprahovou dávkou CCK, zatímco antagonista receptoru CCK1 účinek blokoval. Ve třetí části práce byl testován příjem potravy po simultánním podání orexigenního neuropeptidu Y s peptidem CART nebo CCK jak u štíhlých myší, tak u myší obézních po působení glutamátem sodným (MSG). U obézních MSG myší s lézemi v nucleu arcuatu bylo prokázáno, že anorexigenní účinek centrálně podaného peptidu CART zůstává zachován, zatímco periferně podaný CCK u těchto myší na příjem potravy nepůsobí z důvodu nefunkční signalizace leptinu. V závěrečné části byla ve třech...
|
|
Inhibice lidského rekombinantního CYP2D6 isochinolinovými alkaloidy
Jeřábková, Lenka ; Štaud, František (vedoucí práce) ; Pourová, Jana (oponent)
Cílem této práce bylo zanalyzovat inhibiční schopnosti skupiny isochinolinových alkaloidů vzhledem k CYP2D6 - izoenzymu jaterního cytochromu P450. Interakce cytochromu jsou nepostradatelným indikátorem bezpečnosti léčiv již v preklinickém vývoji a to díky důležitosti role, kterou cytochrom hraje jak v metabolismu xenobiotik, tak endogenních látek. Díky svému značnému polymorfismu jsou CYP2D6 a jím katalyzované reakce zkoumány poměrně často. K analýze inhibičního vlivu 20 alkaloidů na lidský rekombinantní izoenzym CYP2D6 byla použita in vitro metoda s fluorometrickou detekcí. Alkaloidy byly rozděleny do skupin na základě podobností jejich struktury. Bylo zjištěno, že 11 isochinolinových alkaloidů z 20 jsou silnými inhibitory, 3 středními, 5 slabými a jeden nemá inhibiční aktivitu. Procentuelně lze výsledky interpretovat takto: 70% ze všech analyzovaných sloučenin prokázalo alespoň střední inhibiční aktivitu na CYP2D6. Tyto alkaloidy patří ve většině případů k protoberberinům. Struktura těchto látek může být přínosem při hledání nových inhibitorů pro soubory dat, na jejichž základě lze předvídat metabolismus léčiv in silico.
|
|
Role of PML in nucleolar functions
Kučerová, Alena ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Skalníková, Magdalena (oponent)
Promyelocytic leukemia protein (PML) je nádorový supresor, jehož hladina bývá často snížená u různých typů nádorů. PML hraje roli v celé řadě buněčných procesů včetně odpovědi na DNA poškození, senescenci či apoptóze a v buňce se nachází převážně ve strukturách nazývaných PML jaderná tělíska. Jadérko je klíčová jaderná struktura, kde dochází k transkripci ribozomální DNA a k tvorbě ribozomů. Jadérko bývá také označováno jako senzor stresu, protože hraje roli například ve stabilizaci p53 proteinu. Výrazně patrný přesun PML na periferii jadérka se objevuje při narušení jadérkových funkcí například při inhibici úprav rRNA nebo při inhibici aktivity RNA polymerázy I a II, které vedou k segregaci jadérka. Z toho vyplývá, že vztah mezi jadérkem a PML jadernými tělísky se jeví být důležitým při odpovědi na stres. Nicméně přesná role PML jadérkových struktur ve funkcích jadérka a mechanismus formování těchto struktur zůstává stále nejasný. V této práci popisujeme PML jadérkové struktury a mechanismus jejich vzniku. Ukázali jsme, že příčinou tvorby PML jadérkových struktur není replikační stres a že jejich výskyt není závislý na specifické fázi buněčného cyklu. Na základě pátrání potom, co indukuje PML expresi po inhibici DNA topoisomeráz, jsme prokázali, že PML exprese je v tomto případě řízená...
|
|
Genetická variabilita ohrožených želv Orlitia borneensis chovaných v evropských zoologických zahradách
Somerová, Barbora ; Frynta, Daniel (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Orlitia borneensis, jinak také nazývána Malajská obří želva, je velmi málo prozkoumaný druh želvy, jehož populace se v přírodě rapidně zmenšují. Většina zvířat chovaných v evropských zoologických zahradách a také v záchranných chovech pochází z konfiskátů, proto je místo původu a taxonomický status u těchto zvířat neznámý. Tato studie je zaměřena na posouzení genetické variability zakladatelských jedinců z této populace. Byl sekvenován mitochondriální úsek pro gen cytochrom b a bylo nalezeno 23 haplotypů. Maximální sekvenční divergence byla menší než 1,5% a fylogenetická struktura získaných haplotypů byla jen špatně podpořena. Blízká genetická příbuznost vzorkovaných želv byla potvrzena analýzou sekvencí jaderného genu R35. Není tedy důvod k rozdělení zkoumané populace O. borneensis na více konzervačních jednotek.
|
|
Syntéza derivátů imidazolu s potenciální antimykobakteriální aktivitou
Cvejn, Daniel ; Klimešová, Věra (vedoucí práce) ; Špulák, Marcel (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra Katedra anorganické a organické chemie Kandidát Daniel Cvejn Školitel Doc. RNDr. Věra Klimešová, CSc. Školitel specialista Doc. Ing. Filip Bureš, Ph.D. Název diplomové práce Syntéza derivátů imidazolu s potenciální antimykobakteriální aktivitou V rámci této práce byly na základě literární rešerše vytipovány sloučeniny na bázi chirálních 1-[2-(4-nitrofenyl)-1H-imidazol-4(5)-yl]alkanaminů synteticky odvozených od opticky čistých biogenních α-aminokyselin s chráněnou i odchráněnou aminoskupinou jako látky s potenciální antimykobakteriální aktivitou. Některé vytipované deriváty byly syntetizovány a byla jim měřena minimální inhibiční koncentrace pro čtyři kmeny baktérií rodu Mycobacterium. Aktivita byla porovnávána s nenitrovanými analogickými 1-[2-fenyl-1H- imidazol-4(5)-yl]alkanaminy a z experimentálních dat jsou vyvozeny vztahy struktura účinek. Klíčová slova: imidazol, aminy, antimykobakteriální aktivita, Mycobacterium spp.
|
|
Regulace alternativniho sestřihu
Dušková, Eva ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
Alternativní sestřih pre-mRNA je důležitým buněčným mechanismem, který umožňuje produkci velkého množství proteinových isoforem z omezeného množství genů. Na regulaci sestřihu alternativních exonů se podílí cis-elementy na pre-mRNA a trans-vazebné faktory (SR a hnRNP proteiny). Vzhledem k tomu, že sestřih probíhá během transkripce, začíná se uvažovat o možné roli struktury chromatinu v regulaci alternativního sestřihu. V této diplomové práci jsme studovali vliv histonové acetylace na alternativní sestřih. Na bázi alternativního exonu EDB, který se nachází ve fibronektinovém genu, jsme vytvořili sestřihový reportér. Ukázali jsme, že inhibice histonových deacetyláz ovlivňuje alternativní sestřih EDB exonu z reportéru stejně jako sestřih endogenního exonu. Dále jsme ukázali, že struktura promotoru má vliv na sestřih alternativního EDB exonu z sestřihového reportéru. Zároveň jsme zjistili, že struktura promotoru ovlivňuje míru acetylace histonu H4 na reportérech. Vkládání EDB exonu do mRNA bylo nepřímo úměrné histonové acetylaci reportéru. Tyto výsledky by mohly vysvětlit proč odlišné promotory mají různé sestřihové poměry alternativních exonů.
|
|
Studium biologické aktivity alkaloidů izolovaných z Corydalis cava (Fumariaceae)
Chlebek, Jakub ; Opletal, Lubomír (vedoucí práce) ; Drašar, Pavel (oponent) ; Kuča, Kamil (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické botaniky a ekologie Kandidát: Mgr. Jakub Chlebek Školitel: Doc. RNDr. Lubomír Opletal, CSc. Název disertační práce: Studium biologické aktivity alkaloidů izolovaných z Corydalis cava (Fumariaceae). Klíčová slova: Corydalis cava, isochinolinové alkaloidy, DPPH, AChE, BuChE, BACE1, IMER. Hlízy dymnivky duté byly vybrány na základě bio-guided spektrofotometrické Ellmanovy metody jako zdroj isochinolinových alkaloidů pro studium jejich vybraných biologických aktivit. Hlízy dymnivky duté byly extrahovány EtOH a sumární směs s terciárními alkaloidy (frakce A) byly separovány sloupcovou chromatografií na silikagelu použitím stupňovité eluce C6H14, CHCl3 a EtOH. Opakovaná sloupcová chromatografie, preparativní TLC a krystalizace vedly k izolaci 15 isochinolinových alkaloidů. Chemická struktura izolovaných sloučenin byla určena na základě spektroskopických technik a srovnáním s daty v literatuře. Izolované alkaloidy byly testovány na schopnost inhibovat erytrocytární AChE, sérovou BuChE (IC50), BACE1 a zhášet volné radikály (EC50). Cholinesterasová inhibiční aktivita byly určena in vitro modifikovanou spektrofotometrickou Ellmanovou methodou. (+)-Kanadalin inhiboval AChE i BuChE způsobem závislý na dávce s hodnotou IC50...
|
|
Příprava neuroaktivních steroidů pro studium NMDA receptorů
Vidrna, Lukáš ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Pouzar, Vladimir (oponent)
Neurosteroidy jsou významnou skupinou látek ovlivňujících vzájemnou komunikaci nervových buněk. Podstatou jejich působení je rychlá alosterická modulace membránových receptorů pro přenašeče nervového signálu. Jedním z nejdůležitějších systémů ovlivňovaných neurosteroidy je NMDA receptor. Vazebné místo pro inhibiční steroidy na něm nebylo dosud nalezeno. Předkládaná práce je zaměřena na přípravu fluorescenčně značené fotoafinitní sondy, která může pomoci objasnit strukturu a umístění vazebného místa, a tím usnadnit nalezení účinných neuroprotektiv. Byl připraven (20S)-20-Aido-5β-pregnan-3α-yl N-(7-nitrobenz-2-oxa-1,3-diazole- 4-yl)-L-glutamyl 1-ester (8), jehož základní struktura napodobuje endogenní neurosteroid, dále obsahuje fotolabilní azidoskupinu a kovalentně vázanou fluorescenční NBD část. Kromě zmíněného pregnanového derivátu byla syntetizována i další fotoafinitní sonda s modifikovaným steroidním skeletem - pyridinium 17aα-azido-17α-methyl-17a-homo-5β- androstan-3α-yl 3-sulfát (29). Na buňkách z linie HEK293 exprimující NMDA receptory o podjednotkovém složení NR1-1a/NR2B bylo metodou terčíkového zámku ověřeno, že oba připravené deriváty si zachovaly schopnost endogenního neurosteroidu inhibovat aktivovaný NMDA receptor. V experimentálním systému buněčné linie HEK293 byly stanoveny hodnoty...
|
host ::
