|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Phylogeny and phylogeography of the cyprinid fish genus Pelasgus (Teleostei: Cyprinidae)
Viñuela Rodríguez, Nuria ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Rovatsos, Michail (oponent)
Rod Pelasgus je endemický pro jižní část Balkánu a je známo sedm druhů tohoto rodu. V této práci byl použit multilokusový přístup pro studium fylogenetických vztahů jednotlivých druhů a populací v rámci rodu Pelasgus. Dále bylo revidováno rozšíření jednotlivých druhů. Bylo analyzováno celkem 180 jedinců, pocházejících ze 47 lokalit náležejících k 30 povodím. Použitý materiál zcela pokrývá celou oblast rozšíření rodu. Navíc byl použit materiál z typové lokality každého druhu. Použity byly mitochondriální gen cytochrom b a nukleární markery první intron genu S7 (ribosomal protein gene), RAG1 (recombination activating gene) a rhodopsin. Analýzy cytochromu b, který byl z použitých markerů nejvariabilnější, odhalily existenci sedmi statisticky silně podpořených linií, které odpovídají těmto druhům: P. laconicus, P. marathonicus, P. minutus, P. stymphalicus, P. thesproticus, P. prespensis a Pelasgus sp. Nejvariabilnějším jaderným markerem byl první intron S7, jehož analýzy odhalily šest dobře podpořených linií, tedy téměř tolik, jako cytochrom b. Oproti tomu RAG1 a rhodopsin se ukázaly méně informativní, protože jejich analýzy odhalily existenci jen čtyř dobře podpořených linií. Tyto dva nukleární geny od sebe nedokázaly oddělit P. marathonicus, P. stymphalicus, P. thesproticus a Pelasgus sp. Tyto druhy...
|
|
|
Nároky na klíčení vzácných a hojných druhů rostlin Krkonoš
Paulů, Andrea ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Moravcová, Lenka (oponent)
Dlouhou dobu se studie klíčivosti zaměřovaly na hledání optimálních podmínek klíčivosti pro jednotlivé druhy. V posledních letech se začaly objevovat práce, které hledaly vztah mezi klíčivostí a některou z charakteristik druhů. Téměř všechny tyto studie používají pro klíčivost pouze jednu teplotu a existuje jen velmi málo prací na toto téma, ve kterých by byla semena vystavena různým teplotám. Objevují se i studie, které porovnávají klíčivost druhů hojných a vzácných, ale pouze na několika málo druzích. Chybí tedy práce, která by porovnávala klíčivost druhů hojných a vzácných u širšího spektra druhů. Cílem této studie bylo zjistit, jaké faktory jsou pro klíčivost určující a nalézt vztahy mezi klíčivostí a charakteristikami vzácných druhů (n=62). Dalším cílem práce bylo zjistit, jaké jsou rozdíly v klíčivosti dvojic (n=24) blízce příbuzných druhů hojných a vzácných. Pro testy klíčivosti jsem zvolila metodiku několika po sobě jdoucích teplot. Po celou dobu testování na semena působilo vždy pouze světlo nebo tma. Data jsem statistiky zpracovala lineární regresí. Z výsledků je patrné, že určujícími faktory pro klíčivost je doba kvetení druhů, hmotnost semen, způsob šíření semen, nároky druhů na vlhkost a živiny a také typ vegetace, ve kterém se druhy vyskytují. Výsledky porovnávací studie naznačují, že...
|
|
|
Shrnutí fylogenetických hypotéz nadčeledi Cobitoidea
Dvořák, Tomáš ; Ráb, Petr (vedoucí práce) ; Musilová, Zuzana (oponent)
Fylogenetika je jedním z oborů systematické biologie, který se na základě konceptu společného předka všech organismů snaží najít vývojové vztahy mezi jednotlivými organismy. Ve fylogenetice se využívá mnoho různých znaků, nejčastěji ale jsou to znaky morfologické nebo genetické, případně jejich kombinace. Fylogenetická data mohou také mít využití v mnoha dalších oborech. Můžeme ji například využít při objasňování geologických procesů (u sladkovodních ryb nejčastěji při změnách toků řek). Taxon Cobitoidea je dnes považován za nadčeleď ryb patřících do řádu máloostní (Cypriniformes), který je jedním z největších řádů sladkovodních ryb. Do této nadčeledi řadíme celkem 10 nebo 11 čeledí - Gyrinocheilidae (přísavkovití), Cobitidae (sekavcovití), Balitoridae (mřenkovití), Botiidae (sekavkovití), Vaillantellidae, Ellopostomatidae, Barbuccidae, Serpenticobitidae, Nemacheilidae , Gastromyzontidae a čeleď Catostomidae (pakaprovcovití), jejíž postavení je dosud předmětem diskuse. Zástupci této skupiny jsou rozšířeni v celé Palearktické, Orientální a části Etiopské zoogeografické oblasti, a pokud bychom mezi ně řadili také Catostomidae, tak také v Severní Americe, tedy v Nearktické oblasti. V celé Eurasii nenajdeme vodní těleso, ve které by se nevyskytovali tyto ryby v jednom až desítkách druhů a proto je lze...
|
|
|
Species concept in the genus Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta): a combination of molecular and morphological approaches
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Hodač, Ladislav (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na problematiku druhového konceptu zelené aerofytické řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Tento rod byl intenzivně studován již od 18. století. Po více než 200 let byly druhy rodu Trentepohlia tradičně určovány na základě morfologických znaků. Nedávné molekulární studie však ukázaly, že toto tradiční pojetí má řadu nedostatků. Mým cílem proto bylo detailně morfologicky prostudovat druhy rodu Trentepohlia v Evropě a pomocí následné sekvenace rbcL genu zhodnotit jejich fylogenetickou pozici. Během let 2013-2015 jsem detailně prostudovala nejstarší zmínky o druzích rodu Trentepohlia a sestavila určovací klíč pro evropské druhy. Na základě tohoto výzkumu jsem došla k závěru, že by bylo vhodné synonymizovat druh T. odorata s T. jolithus, a též T. uncinata s T. arborum. Též jsem provedla odběry vzorků druhů rodu Trentepohlia v rámci Evropy a jejich morfologii jsem pečlivě prostudovala a popsala. V rámci molekulárních analýz jsem využila klonování a odhalila častou přítomnost směsi jednotlivých druhů rodu Trentepohlia v jinak na první pohled homogenních nárostech. Fylogenetické analýzy založené na rbcL potvrdily rozpory mezi molekulárně a morfologicky určenými druhy a existenci kryptických druhů. Bude vhodné provést revizi na druhové i rodové úrovni a uspořádat tak...
|
|
|
Využití environmentálního sekvenování pro studium diverzity eukaryot
Lukešová, Soňa ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na metodu environmentálního sekvenování a její využití při zkoumání diverzity eukaryotických mikrobů. Popisuje samotnou metodu, její mechanismus, možnosti použití i problémy s ní spojené. V práci je popsán současný pohled na fylogenetiku hlavních eukaryotických linií. Není opomenuta ani bližší charakteristika těchto linií. Pozornost je věnována zejména nově objeveným skupinám. Práce řeší příbuzenské vztahy uvnitř těchto skupin, shrnuje poznatky o jejich ekologii, potravních zdrojích a morfologii. Samostatná kapitola je věnována výskytu protistních skupin v extrémních podmínkách prostředí. Klíčová slova: Diverzita eukaryot, environmentální DNA, sekvenace, rRNA, fylogenetika.
|
|
|
Fylogeneze vybraných druhů letounů Afriky na základě cytogenetického a molekulárního přístupu
Koubínová, Darina ; Zima, Jan (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Martínková, Natália (oponent)
Fylogenetické vztahy byly zkoumány ve vzorku obsahujícím 248 netopýrů patřících do 19 druhů a čtyř čeledí (Hipposideridae, Rhinolophidae, Molossidae a Vespertilionidae) ze Senegalu (západní Afriky) s použitím multilokusových sekvenčních dat a nediferenciálně obarvených chromosomů. Karyotypy Hipposideros ruber, H. tephrus, H. jonesi a H. cyclops byly popsány poprvé. Standardní formule rodu Hipposideros byla zaznamenána u H. tephrus, H. jonesi a H. ruber (2n = 32, FNa = 60, FN = 64). Karyotypy H. cyclops (2n = 36, FN = 66) a H. gigas (2n = 52, FN = 64) se nápadně lišily od této typické chromosomální sady. Rhinolophus landeri a R. fumigatus měli shodný diploidní počet chromosomů (2n = 58), ale lišili se jejich morfologií (R. fumigatus - FNa = 60, FN = 64; R. landeri - FNa = 64, FN = 68). Rhinolophus landeri se karyotypově odlišoval od ostatních afrických populací, což může signalizovat přítomnost kryptických forem v rámci tohoto druhu. Karyotypy Chaerephon pumilus a Mops condylurus obsahovaly 48 chromosomů (FN = 54), což odpovídá standardní sadě nalézané u příslušníků této čeledi. Chromosomy, Bayesiánské metody, maximální pravděpodobnost a analýza genetických distancí naznačily existenci kryptických forem u pěti z deseti vyšetřených druhů západoafrických vespertilionidních netopýrů - Pipistrellus...
|
|
|
Ultrastruktura eustigmatofytních řas
Fišerová, Melánie ; Němcová, Yvonne (vedoucí práce) ; Hyliš, Miroslav (oponent)
Třídu Eustigmatophyceae vytvořil roku 1971 Hibberd s Leedalem. Vyčlenili ji z třídy Xanthophyceae na základě nápadných ultrastrukturních znaků vegetativních buněk a hlavně zoospor jako např. velké extraplastidiální stigma. Třída byla rozdělena do čtyř čeledí se šesti rody a 12 druhy. Dnes se zdá, že uvnitř třídy je hluboká dichotomie. Eliáš et al. (unpublished) navrhují, na základě molekulárních dat z 18S rDNA a rbcL, vytvořit dva řády: Eustigmatales (Eustigmatophyceae popsané Hibberdem) a Goniochloridales (řád obsahující Goniochloris, Pseudostaurastrum a mnoho dalších neposaných druhů). Řád Eustigmatales je rozdělen na čtyři čeledě. Eustigmataceae (A1), Monodopsidaceae (A2) a nově vzniklá čeleď Pseudellipsoidionaceae (A3). Ve své diplomové práci jsem studovala 10 eustigmatofytních kmenů ze všech tří různých linií v rámci řádu Eustigmatales. Ve všech studovaných kmenech jsem nalezla typické eustigmatofytní znaky jako je absence chloroplastové věncové lamely, reddish globule a lamelátní váčky. Podoba lamelátních váčků se proměňuje během životního cyklu řasy. Má práce ukazuje, že ostatní ultrastrukturní znaky, které byly dříve připisovány všem zástupcům této třídy, jsou specifické pro jednotlivé čeledě. Polygonální pyrenoid na stopce, který ční ven z chloroplastu do cytoplasmy, jsem pozorovala jen u...
|
|
|
Diverzita, rozšíření a genetická struktura tribu Pipistrellini
Eliášová, Kristýna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Tato literární rešerše diskutuje fylogenetické vztahy v rámci čeledi Vespertilionidae, s podrobným zaměřením na tribus Pipistrellini a následně vztahy jednotlivých rodů a druhů uvnitř tohoto tribu. Obsahuje historický přehled snahy o rozřešení fylogenetických vztahů uvnitř taxonu nejprve na základě morfologických studií, porovnání karyotypu a nejnověji na základě genetických markerů. Mitochondriální genetické markery jsou užitečné při studiu fylogeografie, jak tato práce ukazuje na příkladu druhového komplexu Pipistrellus pipistrellus s.l. a na druzích Nyctalus azoreum, Nyctalus leisleri, Nyctalus noctula a Pipistrellus abramus. Dále tato práce popisuje současnou distribuci jednotlivých taxonů tribu, fosilní záznam a migrační chování evropských temperátních druhů, dané do souvislosti s jejich populační strukturou (též studovanou u některých druhů pomocí mtDNA a mikrosatelitů) a v příloze zobrazuje areály rozšíření všech pěti rodů tribu Pipistrellini. Klíčová slova: Pipistrellini, fylogenetika, fylogeografie, distribuce, populační struktura
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kolář, Filip (oponent)
Cílem této práce je zhodnotit dosavadní poznatky o evoluci velikosti genomu a podrobněji se věnovat jeho studiu ve fylogenetickém kontextu. U krytosemenných rostlin nacházíme široké rozpětí C-hodnot (1C = 0,63 pg ? 1C = 127,4 pg), ovšem s modální hodnotou rovnou 0,6 pg. O mechanismech a charakteru evoluce velikosti rostlinného genomu stále nevíme mnoho, ale každým rokem se cíli úspěšně přibližujeme. Existují již desítky prací zabývající se dynamikou velikosti genomu menší taxonomické skupiny a na čtyřech z nich demonstruji možné přístupy. Studium v rámci vyšších taxonomických skupin, jako jsou čeledi, je obtížné a o to cennější. Již započal výzkum evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae, jehož součástí by se měla stát i má diplomová práce zabývající se tribem Globbeae.
|
host ::
RSS.