Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 60 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Metabarcoding and environmental sequencing projects
Kandaurova, Ekaterina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Poláková, Kateřina (oponent)
Práce se zaměřuje na využití metabarcodingu v projektech odhalujících biologickou diverzitu a jeho aplikace v různých biologických oborech. Práce shrnuje principy a představuje základní pracovní postup v metabarcodingu, včetně výběru konkrétních molekulárních markerů pro různé skupiny organismů a bioinformatického zpracování dat. Práce rovněž diskutuje limity metabarcodingu, jako jsou nedostatečná standardizace, "primer bias" nebo cílení na metabolicky neaktivní organismy, a potenciální strategie pro překonání těchto překážek. Praktické využití metabarcodingu je demonstrováno na příkladech projektů zaměřených na sekvencování, jako jsou Human Microbiome Project nebo expedice TARA Oceans. Potenciál využití metabarcodingu pro výzkumné účely je diskutován z pohledu paleontologie, analýzy stravy a ochrany přírody. Celkově se práce zaměřuje na posouzení potenciálu metabarcodingu jako efektivního nástroje a mohla by sloužit jako počáteční vodítko pro ty, kteří mají zájem využít metabarcodingu pro svou vědeckou práci. Klíčová slova: metabarcoding, eDNA, molekulární markery, NGS, bioinformatika, biodiverzita.
Zkoumání velikosti genomu, karyotypu a ploidie v rámci rodu Monocercomonoides
Kornalíková, Martina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
Oxymonády jsou skupinou anaerobních bičíkatých protist, žijících převážně ve střevech hmyzu a obratlovců. V této práci zkoumáme ploidii a karyotyp různých kmenů Monocercomonoides pomocí Fluorescence in situ Hybridization (FISH). Pro analýzy ploidie jsme použili próby proti genu SufDSU, o kterém je známo, že je přítomen v jediné kopii v genomu M. exilis. Pro vyšetření karyotypu jsme použili FISH próby proti sekvenci telomerické repetice TTAGGG. Výsledky ukázaly, že všechny zkoumané kmeny jsou haploidní s jediným jasným signálem z našich prób proti SufDSU. Analýzy karyotypu ukázaly, že průměrný počet signálů na jádro se u většiny zkoumaných kmenů pohyboval mezi 9 až 17, což ukazuje na počet chromozomů podobných M. exilis. Pozoruhodnou výjimkou jsou kmeny M. mercovicensis, kde jsme pozorovali mnohem vyšší počet signálů, což naznačuje mnohem vyšší počet chromozomů. Pro odhad obsahu DNA v jádrech těchto oxymonád jsme použili průtokovou cytometrii s M. exilis jako standard. Naše výsledky ukazují, že dva ze zkoumaných kmenů, Monocercomonoides sp. kmeny OEV a Mural1 mají menší velikost genomu než M. exilis, zatímco ostatní kmeny mají velikost genomu větší než M. exilis. Pozorovali jsme neobvykle velkou variabilitu velikostí genomu v rámci rodu Monocercomonoides, která se nezdá být způsobena změnami v...
Intermediate filament proteins of Preaxostyla flagellates
Švagr, Ezra ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Varga, Vladimír (oponent)
6 Abstrakt Monocercomonoides exilis a Paratrimastix pyriformis jsou protista ze skupiny Preaxostyla (Excavata), mají exkavátní morfologii, která se považuje za ancestrální formu cytoskeletální organizace eukaryotických buněk. Podstatnou částí této morfologie jsou vlákna složená z dosud neidentifikovaných proteinů. Tato práce staví na teorii, že tyto vlákna jsou složena z proteinů Intermediárních filament (IF proteinů). IF proteiny jsou polyfyletická skupina proteinů, která se podílí na tvorbě mechano-elasticky významných vláken v eukaryotických buňkách. Nejvíce rozšířenou skupinou těchto proteinů jsou SF-assembliny, homology těchto proteinů byly poprvé popsány u druhu Chlamydomonas reinhardii, giardiny, proteinová rodina poprvé popsaná u Giardia intestinalis, jsou také příbuzné s těmito proteiny. Identifikace SF-assemblinů e u M. exilis a P. pyriformis by dále upevnila pozici SF-assemblinů jako obecně přítomného proteinu v eukaryotickém cytoskeletu. Cílem této práce bylo studovat proteiny přítomné v cytoskeletu exkavát dvěma způsoby. Zaprvé identifikovat proteiny v obohacené cytoskeletální frakci získané z kultur M. exilis a P. pyriformis. Zadruhé, lokalizovat SF-assembliny v obou protistech pomocí protilátek a expanzní mikroskopie. Protokol pro expanzní mikroskopii byl optimalizován pro oba organismy. V...
Quantitative Analysis of Gene Ancestry in Euglenoidea
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Burki, Fabien (oponent) ; Horák, Aleš (oponent)
Geny, jakozťo jednotky geneticke' informace, jsou prěda'va'ny z jednoho jedince na jine'ho, obvykle v ra'mci te'hozˇ druhu - z rodicˇu˚ na potomky. Cˇas od cˇasu mohou by't geny prěda'ny i jedincu˚m jiny'ch druhu˚ prostrědnictvı'm procesu zvane'ho horizonta'lnı' prěnos genu˚ (HGT). Endosymbio'za je proces, prˇi ktere'm jeden organismus pohltı' jiny' organismus a geny jsou prěda'va'ny mezi obeˇma symbionty prostrědnictvı'm procesu zvane'ho endosymbioticky' prěnos genu˚ (EGT), jenzˇ jest podtypem HGT. Cˇasem se mu˚zě endosymbiont sta't i organelou, jakou je mitochondrie nebo plastid. Kra'snoocˇka (Euglenoidea) jsou jednobunečňa' eukaryota s ru˚znorody'mi zpu˚soby vy'zˇivy - fagot- rofiı' (naprˇ. Peranema), osmotrofiı' (naprˇ. Rhabdomonas), mixotrofiı' (fagotrofiı' a fototrofiı' u rodu Rapaza) a fototrofiı' (s plastidy; naprˇ. Eutreptiella). Historie endosymbio'z zeleny'ch rˇas (zejme'na skupiny Chlo- rophyta) a prědku˚ kra'snoocěk trˇı'dy Euglenophyceae (vcětneˇ rodu Rapaza) je komplexnı'. Ve sve' pra'ci jsem provedl kvantitativnı' analy'zu genealogie genu˚ (QAGA) zalozěnou na transkrip- tomicky'ch datech kra'snoocˇka sťı'hle'ho (Euglena gracilis), ktere' ukazujı' na vy'znamny' prˇı'speˇvek blı'zce prˇı'buzny'ch bicˇivek (Kinetoplastea; 1 420 genu˚, 3,88 % transkriptu˚ prěneseny'ch...
Charakterizace centrinů Euglena gracilis a jejich úloha v metabolii
Šmída, Adam ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Euglena gracilis je jednobuněčný volně žijící sladkovodní bičíkovec řadící se do třídy Euglenida (Euglenozoa, Discoba, Excavata). Synapomorfií skupiny Euglenida je jejich pelikula, pevná vrstva pod povrchem buňky, strukturovaná do tenkých proteinových pruhů zvaných pelikulární stripy, které jsou do sebe zakleslé a probíhají pod plazmatickou membránou po celém povrchu buňky. U E. gracilis jsou tyto stripy schopné se navzájem paralelně posouvat, tím dochází ke kontrakci měnící tvar buňky, což vytváří pro eugleny charakteristický peristaltický pohyb zvaný metabolie. Mechanismus tohoto pohybu není objasněn, předpokládá se ale, že se síla generuje v oblasti pod pelikulárním stripem, kde se nachází různé cytoskeletární komponenty jako mikrotubuly či jiná dosud nespecifikovaná cytoskeletární vlákna. Tato práce testuje hypotézu, že za pohybem pelikuly stojí kontrakce pomocí centrinů. Tyto malé proteiny schopné vázat vápenaté ionty jsou evolučně velmi konzervované a účastní se mnoha procesů v eukaryotických buňkách. Mohou být právě také součástí různých kontraktilních struktur protist jako například u nálevníků rodu Vorticella či Paramecium. V transkriptomu E. gracilis byly vyhledány sekvence centrinů a v porovnání s dostupnými daty proteomů pelikuly byl nalezen jediný kandidát. Tento centrin byl úspěšně in...
Evoluce genetického kódu a taxonomie oxymonád
Šrámová, Eliška ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
Oxymonády jsou skupinou heterotrofních bičíkovců žijících v prostředí s nízkou koncentrací kyslíku. Tito prvoci se vyskytují především ve střevě xylofágního hmyzu (švábi, termiti), ale výjimku tvoří rod Monocercomonoides, který byl popsán ze střevního obsahu mnoha obratlovců. Na základě molekulárních dat je řád Oxymonadida řazen do říše Excavata (Cavalier-Smith, 2002; Simpson a kol., 2006, Hampl a kol. 2009). Tato práce byla zaměřena na studium rozmanitosti rodu Monocercomonoides náležejícího do morfologicky nejjednodušší čeledi Polymastigidae. Hlavním cílem bylo získat sekvenční data z co největšího počtu kmenů tohoto rodu z širokého spektra hostitelů. Celkem se nám podařilo získat 26 sekvencí části genu pro SSU rDNA, z čehož dvě sekvence náleželi jiné oxymonádě, zřejmě rodu Oxymonas. Naše fylogenetická analýza sice naznačila, že zástupci rodu Monocercomonoides tvoří jednu skupinu, avšak s nízkou bootstrapovou hodnotou. Na základě publikovaných dat o přítomnosti nekanonického genetického kódu u některých zástupců oxymonád (Keeling a Leander, 2003; de Koning a kol., 2008), jsme se rozhodli tento vzácný jev blíže prozkoumat u prvoků rodu Monocercomonoides. Pro tuto část studie jsme získali 9 částečných sekvencí genu pro α-tubulin. V těchto částečných sekvencích jsme nepozorovali projev nekanonického...
Mitochondrie Trimastix pyriformis
Novák, Lukáš ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
2013 DIPLOMOVÁ PRÁCE Lukáš Novák Abstrakt Volně žijící mikroaerofilní prvok Trimastix pyriformis je blízce příbuzný oxymonádám, které představují největší eukaryotický taxon bez známé mitochondrie. Na rozdíl od oxymonád byla v buňce T. pyriformis záhadná redukovaná mitochondrie nalezena. V EST datech T. pyriformis byla identifikována řada genů, jejichž produkty mohou být lokalizovány v mitochondrii. Jsou mezi nimi geny pro všechny komponenty systému štěpení glycinu, [FeFe]hydrogenázy a typicky mitochondriální protein Cpn60. Za účelem lokalizace těchto proteinů jsme provedli experimenty. Naše výsledky ukazují, že systém štěpení glycinu je skutečně lokalizován v mitochondrii. Výsledky experimentů provedených s cílem lokalizovat dvě hydrogenázy také naznačují mitochondriální lokalizaci. Nejsou ale zcela přesvědčivé. Pokus o lokalizaci Cpn60 selhal. Dále jsme identifikovali několik nových genů v transkriptech T. pyriformis a Monocercomonoides sp. (Oxymonadida). Jde o geny kódující komponenty SUF systému syntézy FeS center a peroxidázu rubrerythrin. Klíčová slova: Trimastix, Monocercomonoides, mitochondrie, hydrogenozom, mitozom, hydrogenáza, systém štěpení glycinu, SUF systém.
Iron-Sulfur cluster assembly in Monocercomonoides exilis
Vacek, Vojtěch ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Balk, Janneke (oponent) ; Tsaousis, Anastasios (oponent)
Při hledání mitochondrií u oxymonád jsme osekvenovali genom Monocercomonoides exilis - oxymonády izolované ze střeva činčily. Sekvenování poskytlo relativně kompletní genom, který byl důkladně prohledán na geny proteinů asociovaých s mitochondriální organelou, ale ani po intenzivním hledání se nám nepodařilo odhalit žádné věrohodné mitochondriální geny. Nepodařilo se nalézt ani geny pro ISC dráhu, která je zodpovědná za syntézu Fe-S center a je považována za esenciální funkci organel mitochondriálního původu (MRO). Namísto ní se nám podařilo najít geny pro SUF dráhu, která ji zřejmě funkčně nahradila. Bližší zkoumání SUF dráhy pomocí heterologních lokalizací naznačilo, že tato dráha je pravděpodobně lokalizována v cytosolu. In silico analýza prokázala, že proteiny SUF dráhy jsou konzervovány na úrovni sekundární a terciální struktury a že většina katalyticky významných aminokyselin a motivů je v nich přítomna. Funkčnost těchto proteinů byla nepřímo prokázána pomocí komplementací v Escherichia coli s mutovanou SUF a ISC drahou. SUF dráhu se podařilo nalézt také v transkriptomech a genomech dalších devíti zástupců skupiny Preaxostyla (anaerobních protist patřících do skupiny Metamonada). U většiny preaxostyl se nám podařilo nalézt alespoň částečnou fúzi genů pro SufD, SufS a SufU. Tato fúze je...
Přenos genetické informace mezi parazitem a jeho hostitelem
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Horizontální genový transfer (HGT) je považován za vzácnou evoluční událost. Může probíhat mezi nepříbuznými organismy, které koexistují v intimním symbiotickém vztahu. Takový vztah mají někteří paraziti se svým hostitelem. HGT mezi eukaryotickým parazitem a jeho hostitelem byl identifikován u~některých holoparazitických i hemiparazitických rostlin, nejvýznamnějších protozoárních parazitů člověka, hmyzomorek, lidských krevniček, parazitoidů a~octomilek.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 60 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
1 HAMPL, Vít
2 Hampl, Václav
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.