|
| |
|
|
In search of DUSP specificity
Sladeček, Stanislava ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Martínková, Natália (oponent)
Duálně specifické fosfatázy (DUSP) jsou enzymy, které defosforylují fosfoserinové/threoninové a fosfotryrozínové zbytky na jednom substrátu. Většina z nich specificky defosforyluje rodinu mitogeny-aktivovaných protein kináz (MAPK). Počet DUSPů se zvyšuje u složitějších organismů a v lidském genomu je 25 popsaných DUSPů. Některé DUSPy mohou defosforylovat pouze jeden protein, zatímco jiné interagují s širším spektrem substrátů. S výjimkou substrátové specificity se DUSPy liší v expresii, subcelulární lokalizaci atd. Přestože byly první DUSPy popsány asi před 20 lety, doposud není popsaný žádný zřejmý faktor zodpovědný za jejich substrátovou specifitu. Předložená diplomová práce se snaží použitím in silico metod objasnit a popsat společné vlastnosti a rozdíly DUSPů, které mohou být důležité pro určování jejich specificity. Klíčová slova: fosfatázy, kinázy, DUSP, MAPK, substrátová specificita, konzervovanost aminokyselinových zbytků, fylogenetický strom, in silico metody
|
|
| |
|
|
In search of DUSP specificity
Sladeček, Stanislava ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Martínková, Natália (oponent)
Duálně specifické fosfatázy (DUSP) jsou enzymy, které defosforylují fosfoserinové/threoninové a fosfotryrozínové zbytky na jednom substrátu. Většina z nich specificky defosforyluje rodinu mitogeny-aktivovaných protein kináz (MAPK). Počet DUSPů se zvyšuje u složitějších organismů a v lidském genomu je 25 popsaných DUSPů. Některé DUSPy mohou defosforylovat pouze jeden protein, zatímco jiné interagují s širším spektrem substrátů. S výjimkou substrátové specificity se DUSPy liší v expresii, subcelulární lokalizaci atd. Přestože byly první DUSPy popsány asi před 20 lety, doposud není popsaný žádný zřejmý faktor zodpovědný za jejich substrátovou specifitu. Předložená diplomová práce se snaží použitím in silico metod objasnit a popsat společné vlastnosti a rozdíly DUSPů, které mohou být důležité pro určování jejich specificity. Klíčová slova: fosfatázy, kinázy, DUSP, MAPK, substrátová specificita, konzervovanost aminokyselinových zbytků, fylogenetický strom, in silico metody
|
|
|
Consequences of an infectious disease on genetic information in DNA sequences in bats
Nováková, Markéta ; Martínková, Natália (vedoucí práce) ; Lučan, Radek (oponent)
Syndrom bílého nosu je plísňové onemocnění netopýrů způsobující masivní úhyny v severoamerických populacích. Infekční plíseň způsobuje léze na kůži netopýrů, převážně na čenichu, uších a létacích blánách. Infekce plísní je doprovázena vážným narušením metabolismu netopýrů a hibernační fyziologie, které jsou smrtelné pro netopýry v Severní Americe. Evropští netopýři nemoc přežívají ve větším počtu. Protože je plíseň pravděpodobně evropského původu, tato studie předpokládá, že u evropských netopýrů se vyvinuly dědičné obranné mechanismy proti syndromu bílého nosu. Infekce plísní způsobující onemocnění představuje silný selekční tlak, v praktické části jsem proto u 7 genů hledala známky pozitivní selekce pomocí metody maximální věrohodnosti. Zjistila jsem vliv pozitivní selekce u genu pro transglutaminázu 1.
|
|
|
Fylogeneze vybraných druhů letounů Afriky na základě cytogenetického a molekulárního přístupu
Koubínová, Darina ; Zima, Jan (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Martínková, Natália (oponent)
Fylogenetické vztahy byly zkoumány ve vzorku obsahujícím 248 netopýrů patřících do 19 druhů a čtyř čeledí (Hipposideridae, Rhinolophidae, Molossidae a Vespertilionidae) ze Senegalu (západní Afriky) s použitím multilokusových sekvenčních dat a nediferenciálně obarvených chromosomů. Karyotypy Hipposideros ruber, H. tephrus, H. jonesi a H. cyclops byly popsány poprvé. Standardní formule rodu Hipposideros byla zaznamenána u H. tephrus, H. jonesi a H. ruber (2n = 32, FNa = 60, FN = 64). Karyotypy H. cyclops (2n = 36, FN = 66) a H. gigas (2n = 52, FN = 64) se nápadně lišily od této typické chromosomální sady. Rhinolophus landeri a R. fumigatus měli shodný diploidní počet chromosomů (2n = 58), ale lišili se jejich morfologií (R. fumigatus - FNa = 60, FN = 64; R. landeri - FNa = 64, FN = 68). Rhinolophus landeri se karyotypově odlišoval od ostatních afrických populací, což může signalizovat přítomnost kryptických forem v rámci tohoto druhu. Karyotypy Chaerephon pumilus a Mops condylurus obsahovaly 48 chromosomů (FN = 54), což odpovídá standardní sadě nalézané u příslušníků této čeledi. Chromosomy, Bayesiánské metody, maximální pravděpodobnost a analýza genetických distancí naznačily existenci kryptických forem u pěti z deseti vyšetřených druhů západoafrických vespertilionidních netopýrů - Pipistrellus...
|
|
|
Strategický management ve společnosti Continental Matador Rubber, s.r.o.
Martinková, Natália
Tato bakalářská práce se zabývá posouzením strategického managementu divize Dopravní pásy v společnosti CONTINENTAL MATADOR RUBBER, s.r.o.. Činnost divize je zaměřena na výrobu a prodej dopravních pásů a příslušenství. Práce je rozdělena na dvě části, kterými jsou teoretická část a praktická část, ve které jsou aplikovány teoretické poznatky z teoretické části. Cílem práce je vytvořit pro divizi optimální strategii vytvořenou na základě výsledků strategické analýzy. Strategická analýza použita v práci pozůstává z analýzy venkovního prostředí, analýzy faktorů vnitřního prostředí a souhrnné SWOT analýzy.
|
|
|
Reconstructing phylogeny from patchy data of rodents
Martínková, Natália ; Moravec, J.
To reveal phylogeny of sparsely sequenced taxa, standard methods could not be successfully used due to patchy character of data and new methods had to be developed. We summarize such methods and present their funcionality on phylogeny of Arvicolini voles. Analyzing tree space with terraces, we have found that supermatrix approach is superior to supertree approach in extracting signal from data and determining a resolved and well-supported phylogeny. The most widely used program from Bayesian phylogeny inference fails to determine the correct lengths of branches in a large supermatrix with a lot of missing data, it still successfully determines the true tree topology.
|
|
|
Multilocus phylogeny of Sciurini tree squirrels
Pečnerová, P. ; Martínková, Natália
Phylogenetic relationships inside the tribe Sciurini produce conflict between older morphological research and modern molecular studies. We provided a detailed phylogenetic analysis by incorporating eight loci and various methods of data processing. We used prevailing and user-friendly software packages (Geneious, BioEdit, MrBayes, ModelTest). Evolutionary history of Sciurini squirrels was examined by means of Bayesian inference of concatenated data set and six supertree construction methods. The concatenated data and supertrees generated by SuperTriplets, modified MinCut, standard MRP and veto supertree (without source tree correction) yielded similar results with taxa grouped according to their zoogeographic distribution. The genus Tamiasciurus formed a separate evolutionary lineage at the base of our trees and the other taxa gradually diverged into Palaearctic/Indomalayan, Nearctic and Neotropical groups. The other used methods, MinCut, Purvis-MRP and veto (with source tree correction) showed deviations from this pattern.
|
|
|
Tree of life in a gappy genomic era
Martínková, Natália
Increasing volume of publicly available DNA sequence data enables comprehensive studies that address integrative questions. For these projects, bioinformatic analysis requires advanced methods and computational infrestructure. I present the character of DNA sequence matrices for multilocus datasets, which contain large portions of missing data. A condition critical for analysis of multilocus data is that datasets for all loci or genes need to have partially overlapping taxon sets. The work-flow for analysing such data differs between supermatrix and supertree estimation of species trees. In the supermatrix approach, aligned sequences for all genes are concatenated and the species tree is estimated directly from a partitioned matrix. In the supertree approach, gene sequence alignments are used for inference of gene trees. Those are then combined into a species supertree. Smaller projects could benefit from utilising all available information in the supermatrix. Larger projects should rely on supertree methods for computational optimisation.
|
host ::
RSS.