|
|
Genetická diverzita a fylogeneze Pisum fulvum Sibth. & Sm.
Trněný, Oldřich
Pisum fulvum Sibth. & Sm. je jeden ze tří druhů v rodu Pisum L., do kterého jsou též řazeny druhy Pisum sativum L. a Pisum abyssinicum A.Br. Společně s poddruhy P. sativum subsp. elatius M. Bieb. a P. sativum subsp. humile Boiss. et Noe. je řadíme do skupiny planých forem hrachu. P. fulvum patří svým vztahem ke kulturnímu hrachu P. sativum L. subsp. sativum. do jeho sekundárního genového poolu. Vzhledem k potenciálu využití P. fulvum jako donora genů zájmu v procesech obohacování genetické diverzity kulturního hrachu ho lze považovat za významný rostlinný druh, jehož biologická charakteristika by měla být v rámci možností doplněna. Druh P. fulvum se od zbytku vývojové linie rodu Pisum oddělil v období před 1,7 miliony let +/- 0,4 milionů let. V současné době je jeho výskyt omezen na východní část území Levanty, a i když se zde vyskytuje sympatricky s dalšími zástupci rodu Pisum, je druhem vyskytující se zde v největší míře. Třemi přístupy molekulární biologie DNA sekvenace jaderné oblasti ITS a chloroplastové oblasti trnSG, DArT-SeqTM a GenoPea 13.2K SNP je v této diplomové práci charakterizována genetická diverzita druhu P. fulvum. Sekvenace ITS oblasti u 149 položek vedla k identifikaci čtyř ribotypů, které byly dále analyzovány v biogeografických souvislostech. Na základě analýzy dat z celogenomové genotypizace DArT-SeqTM v porovnání s místy původu analyzovaných položek byly určeny tři skupiny (jižní, střední a severní), které můžeme pokládat za vnitrodruhové vývojové linie. V případě analýzy dat z GenoPea 13.2K SNP byl genotyp P. fulvum porovnán s genotypy ostatních planých forem hrachu a P. abyssinicum a byly identifikovány SNP spojené s genotypem P. fulvum. Analýzou kodominantních SNP dat a analýzou sekvencí trnSG byl také potvrzen u některých položek P. fulvum recentní genový tok se zástupci ostatních planých forem hrachu.
|
|
|
The evolution of Elettariopsis (Zingiberaceae)
Hlavatá, Kristýna ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Dančák, Martin (oponent)
Tato práce si klade za cíl podat komplexní vhled do problematiky rodu Elettariopsis Baker, posledního nerevidovaného rodu v podčeledi Alpinioideae (Zingiberaceae). Na sekvenčních datech z úseků ITS, matK, a DCS jsou provedeny fylogenetické analýzy, které jsou korelovány s absolutní velikostí genomu a biogeografickým rozložením vzorků. Z výsledků je zřetelné, že Elettariopsis jakožto rod je jen slabě podpořen a silně podpořen je pouze po spojení s některými druhy rodu Amomum Roxb., včetně typového druhu A. subulatum. Absolutní velikost genomu je v této skupině větší, než v mimoskupině (outgroup) tvořené zástupci podčeledi Zingiberoideae. Ze sekvenčních dat dále vyplývá, že Elettariopsis je rozdělen do dvou silně podpořených skupin, skupiny F a skupiny G, z nichž každá zahrnuje několik silně podpořených skupin. Z analýzy absolutní velikosti genomu se ukazuje, že absolutní velikost genomu je vyšší ve skupině Fnež ve skupině G. Tyto dvě skupiny se rovněž liší svým biogeografickým rozložením; skupina "E. triloba/E. unifolia" se vyskytuje pouze ve Vietnamu, Laosu a Thajsku, zatímco zástupci skupiny "E. curtisii" se vyskytují rovněž v Singapuru a v Indonésii (na Borneu). Klíčová slova: Zingiberaceae, Elettariopsis, jihovýchodní Asie, ITS, matK, DCS, absolutní velikost genomu
|
|
|
Evoluce karyotypů a určování pohlaví u leguánů (Squamata: Pleurodonta)
Altmanová, Marie ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent)
Šupinatí plazi obecně vykazují nebývalou variabilitu v karyotypu a způsobech určování pohlaví. Z těchto dvou hledisek lze nicméně leguány (Pleurodonta) považovat za poměrně konzervativní skupinu ještěrů. Dosavadní poznatky o této skupině dokládají pouze genotypově určené pohlaví s XY systémem pohlavních chromosomů, avšak u řady cytogeneticky zkoumaných druhů nebyly pohlavní chromosomy odhaleny klasickými metodami, zřejmě z důvodu jejich homomorfie. Významnějsí variabilita v karyotypu byla pozorována pouze u druhově bohatých rodů Anolis, Liolaemus a Sceloporus. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat genom dostupných druhů hlavních leguáních linií za použití klasických i molekárně cytogenetických metod, pokusit se odkrýt synapomorfie v karyotypu hlavních monofil leguánů a odhalit pohlavní chromosomy. Během řešení tématu diplomové práce byl potvrzen již dříve publikovaný popis karyotypu u 13 studovaných druhů a pro dalších osm druhů byl nově stanoven základní popis karyotypu. Chromosomy všech zkoumaných jedinců byly prověřeny použitím metod klasické i molekulární cytogenetiky. Do analýzy bylo zahrnuto 21 druhů pokrývajících celkem osm leguáních čeledí. Většina zkoumaných druhů sdílela pravděpodobný ancestrální karyotyp (2n=36) této skupiny. Vyšetřením rozložení heterochromatinu na chromosomech a...
|
|
|
Diverzita fotobiontů ve stélkách lišejníků rodu Stereocaulon (Lecanoromycetes, Ascomycota)
Vančurová, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Tato práce se zabývá diverzitou fotobiontů lišejníků a jejich vztahem k mykobiontům a podmínkám prostředí. Za cíl si klade zmapovat diverzitu fotobiontů lišejníků rodu Stereocaulon, která byla do této chvíle v porovnání s příbuznými lišejníky Cladonia a Lepraria studována jen velmi málo. Zkoumáno bylo celkem 92 položek náležících k dvanácti druhům rodu Stereocaulon pocházejících ze čtyř kontinentů, z nadmořských výšek od 50 do 2 900 m n. m. a z celé řady přírodních i umělých substrátů. Fylogenetické analýzy byly prováděny na základě sekvencí ITS rDNA, genu pro aktin typu I, 18S rDNA a rbcL. Ve stélkách lišejníků rodu Stereocaulon byli nalezeni fotobionti náležící ke dvěma nepříbuzným rodům v rámci třídy Trebouxiophyceae: Asterochloris a Chloroidium. Zatímco Asterochloris je jedním z nejčastějších fotobiontů lišejníků, Chloroidium bylo dosud jako fotobiont zaznamenáno poměrně vzácně. Určujícím faktorem pro jeho výskyt se zdá být obsah těžkých kovů v substrátu. Na ostrově La Palma (Kanárské ostrovy) byla objevena nová linie sesterská k rodu Asterochloris, naopak se zde nevyskytovala žádná z hojných a celosvětově rozšířených linií tohoto rodu. Ze zbývajících dvaceti linií rodu Asterochloris, byli fotobionti lišejníků rodu Stereocaulon zaznamenáni ve dvanácti, ale převážně patřili k druhu A. irregularis. Rovněž...
|
|
|
Epifytické druhy skupiny Lecanora subfusca v České republice
Malíček, Jiří ; Palice, Zdeněk (vedoucí práce) ; Guttová, Anna (oponent)
- 3 - ABSTRAKT Během revize epifytických zástupců skupiny Lecanora subfusca v České republice bylo zaznamenáno celkem devět taxonů. L. cinereofusca a L. exspersa jsou uváděny vůbec poprvé. Výskyt L. circumborealis byl naopak na našem území vyloučen. Druhy L. cinereofusca a L. horiza lze považovat za vyhynulé. Nejběžnějším druhem je L. pulicaris. Taxony L. rugosella a L. subrugosa považuji pouze za extrémní formy od L. chlarotera a L. argentata. Tyto morfotypy jsou podmíněny ekologicky: substrátem (úživná borka) a stanovištěm (vliv eutrofizace). V případě L. subrugosa tuto domněnku potvrdila také molekulární data (sekvence ITS rDNA). Podrobný průzkum sekundárních metabolitů pomocí tenkovrstevné chromatografie odhalil řadu nových látek ze skupiny terpenoidů, z nichž prakticky všechny mají taxonomický význam. Během studia změn v rozšíření jednotlivých druhů byl zaznamenán ústup druhů L. allophana a L. chlarotera ve srovnání s minulostí. Naopak L. pulicaris je nyní zřejmě hojnější. Hlavními důvody jsou znečištění ovzduší a acidifikace substrátů vlivem kyselých dešťů. Výrazné okyselení borky dřevin bylo prokázáno na příkladu L. pulicaris. Tento lišejník dříve rostl převážně na dřevinách s kyselou borkou. Vlivem acidifikace se však přesunul na stromy, které mají na normálních podmínek mírně kyselou až...
|
|
|
Android aplikace pro vizualizaci dopravních dat ze systému C2X
Chlápek, Tomáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Kreslíková, Jitka (vedoucí práce)
Tato práce přináší aplikaci pro mobilní zařízení umístěné v automobilech. Slouží řidičům ke zlepšení orientace a zvýšení přehlednosti při jízdě. Nabízí grafické zobrazení aktuálních stavů křižovatek a světelného značení. V řešení bylo použito metod využívaných v inteligentních dopravních systémech. Vychází z komunikace mezi zařízeními umístěnými podél silnic a mobilním zařízení ve vozidle. Podstatou je výměna zpráv s informacemi o topologii křižovatek a stavy semaforů. Vytvořené řešení poskytuje možnosti grafického vizualizace křižovatek se světelným značením a přechody pro chodce na zařízeních s platformou Android ihned po přiblížení se k externímu zařízení. Hlavní přínos je pro vývojáře systému C2X, kteří za pomocí aplikace testují správnost jimi nastavených informací ve fyzických zařízeních nainstalovaných v těsné blízkosti podporovaných křižovatek.
|
|
|
Analýza genetické variability jírovce maďalu pomocí DNA markerů
Bačovský, Václav
Někteří ze zástupců rodu Aesculus jsou každoročně silně infestováni klíněnkou jírovcovu (Cameraria ohridella), jejíž larvy minují v listech hostitelských dřevin a dokáží poškodit v příhodných podmínkách až 100% listové plochy. U napadených stromů dochází vlivem snížené obranyschopnosti k invazi houbových (Erysiphe flexuosa, Guignardia aesculi) a bakteriálních (Pseudomonas syringae pv. aesculi) patogenů, a později dochází k vysoké mortalitě u infikovaných jedinců. V této práci byla studována genetická diverzita A. hippocastanum, A. turbinata, A. glabra, A. parviflora, A. glabra var. arguta, A. x carnea, A. marilandica, A. pavia a jejich genotypů s rozdílnou náchylností ke klíněnce jírovcové. Analýzou 8 mikrosatelitních lokusů, s využitím SB pufru během separace, byla zjištěna vysoká hodnota polymorfního informačního obsahu 0,45 -- 0,77 (v průměru 0,60). Na jeden lokus bylo identifikováno v průměru 5,5 alely. Za dvě vegetační období bylo zároveň programem Assess 2.0 vyhodnoceno poškození listové plochy u náchylných genotypů. Na každé lokalitě byl zjištěn rozdílný tlak a rozdílný vývoj klíněnky, v některých případech bylo zaznamenáno menší poškození, u jednoho jedince dokonce opakovaně. Z uvedených výsledků byla stanovena stupnice napadení a zhotoven dendrogram podobnosti, kde byly rozlišeny tři skupiny rezistentních, náchylných a imunních jedinců, a 5 hlavních sekcí rodu Aesculus. Klonováním a následnou analýzou vnitřních transkribovaných mezerníků, ITS1 a ITS2, byla zjištěna variabilita na vnitřní i mezidruhové úrovni. Pro hybridní druh A. x carnea byly získány unikátní sekvence, když nebyla nalezena shoda v genové databázi NBCI pro žádný z uvedených druhů.
|
|
| |
|
|
Plazmochemické zpracování vláknových výztuží pro polymerní kompozity
Knob, Antonín ; Lapčík, Ĺubomír (oponent) ; Čech, Vladimír (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřena na depozici tenkých vrstev metodou plazmochemické depozice z plynné fáze (PECVD) na skleněná vlákna při použití monomeru tetravinylsilanu. Připravené plazmatické polymerní vrstvy byly použity jako mezivrstvy pro řízenou mezifázi polymerních kompozitů s matricí z nenasycené polyesterové pryskyřice. Charakter tenkých vrstev a jejich výsledné chemické a mechanické vlastnosti byly řízeny pomocí efektivního výkonu. Adheze na rozhraní vlákno-matrice a posouzení vlivu mezivrstvy na mechanické vlastnosti připravených kompozitních vzorků byly charakterizovány pomocí mikroindentačního měření mezifázové smykové pevnosti systémem ITS a skenovací elektronovou mikroskopií.
|
|
|
Variabilita \kur{Calamagrostis phragmitoides} v ČR a srovnání s morfologicky podobnými druhy
SCHAABOVÁ, Veronika
Calamagrostis phragmitoides patří do taxonomicky obtížného komplexu C. purpurea agg. s cirkumpolárním rozšířením. Vztahy mezi morfologicky podobnými taxony v rámci tohoto agregátu jsou nejasné. Genetickými metodami (cpDNA, ITS, ploidní úroveň pomocí FCM) jsem studovala populace C. purpurea agg. ze střední Evropy, Skandinávie a Sibiře (včetně jedné rostliny ze Severní Ameriky). Také jsem posuzovala isozymovou a morfologickou variabilitu českých populací C. phragmitoides a populací morfologicky podobné C. canescens. Tato práce byla podpořena grantem SGA PřF JU v roce 2014.
|
host ::
RSS.