|
|
Nesting behaviour and population genetics of solitary bees (Hymenoptera: Anthophila)
Černá, Kateřina ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Žďárek, Jan (oponent) ; Paxton, Robert J. (oponent)
Souhrn Moje disertační práce je zaměřena na studium hnízdního chování a populační genetiky samotářských včel. Tato dvě témata, ačkoli zdánlivě nesouvisející, přinášejí mnoho nových informací a tak napomáhají lépe porozumět biologii samotářských včel, která je stále nedostatečně známá. Ačkoli samotářské chování představuje původní stav, z něhož se vyvinula všechna vyšší společenská uspořádání, jeho role není dosud plně doceněná. Vnitrodruhový kleptoparazitismus, který představuje alternativní a fakultativní hnízdní strategii včel, je navíc pravděpodobným předchůdcem obligátního kleptoparazitismu. Ačkoli je obligátní kleptoparazitismus u samotářských včel velice častý, informace o četnosti a výskytu vnitrodruhového kleptoparazitismu jsou poměrně vzácné. My jsme studovali hnízdní chování samotářských včel za účelem podchycení vzorců chování, které by mohly sloužit jako preadaptace pro společenské či kleptoparazitické chování, a dále jsme se snažili odhalit přítomnost vnitrodruhového kleptoparazitismu u samotářských včel. Pro studium jsme si vybrali čtyři modelové druhy: Andrena vaga (Andrenidae), Anthophora plumipes (Apidae), Colletes cunnicularius (Colletidae) and Osmia rufa (Megachilidae). Popsali jsme hnízdní chování druhu Andrena vaga a ukázali jsme, že ačkoli je toto chování individuálně variabilní, je...
|
|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Genetická struktura invazních populací savců na ostrovech
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Biologickou invazi chápeme jako zavlečení (introduction), ustálení se (establishment) a rozšíření (spread) organismu do nové, pro druh nepůvodní oblasti. Jedná se o přirozený proces, který je výrazně znásoben činností člověka a je jedním z faktorů ohrožujících biologickou diverzitu a stabilitu přirozených ekosystémů. Porozumět vývoji i současnému stavu invazních populací je důležité zejména při plánování projektů na vyhubení invazních druhů z určité oblasti, aby se zabránilo jejich negativnímu vlivu na prostředí. Jednou z možností výzkumu současného stavu invazních populací i jejich historie je analýza genetického materiálu. Tato bakalářské práce shrnuje dosavadní poznatky o invazních populacích malých savců na ostrovech, se zaměřením právě na genetické studie. Konkrétně se jedná o studie potkanů obecných (Rattus norvegicus) na ostrově Moturemu a pěti souostroví u pobřeží Bretaně; krys obecných (Rattus rattus) na ostrově Guadeloupe, Congo Cay, Madagaskar, na souostroví Sainte Anne a Kanárských ostrovech; krys ostrovních (Rattus exulans) na ostrově Tatiaroa; myší domácích (Mus musculus) na ostrově Marion; myší západoevropských (Mus musculus domesticus) na Kerguelenových ostrovech; veverek obecných (Sciurus vulgaris) na ostrově Jersey; ježků západních (Erinaceus europaeus) na Novém Zélandu; rejsků malých...
|
|
|
Reintrodukce motýlů (Lepidoptera)
Štochlová, Tereza ; Sedláček, Ondřej (vedoucí práce) ; Straka, Jakub (oponent)
Tato práce se zabývá jedním ze způsobů aktivní ochrany organismů - reintrodukcemi. Ty spo- čívají v opětovném vypuštění druhu na místě jeho historického výskytu, ze kterého vymizel. Reintrodukční snahy se většinou v rámci živočichů zabývají obratlovci, právě proto se však tato práce zaměřuje na skupinu bezobratlých, a to denní motýly (Rhopalocera). Cílem práce bylo tedy udělat rešerši předchozích experimentů, zhodnotit použité postupy a zjistit, jaký je postup správně provedené reintrodukce motýlů. Tento proces sestává z mnoha důležitých kroků. Nej- prve je nutné vybrat vhodný druh, tedy takový, který je na ústupu a má omezené disperzní schopnosti, a dále zajistit vyhovující lokalitu pro vypuštění jedinců. Ta by měla především spl- ňovat biotopové nároky, požadavky na početnost živné rostliny a být dostatečně velká. Pokud kvalita vybrané lokality není dostačující, je potřeba toho dosáhnout pomocí managementu, nej- častěji výsevem živných rostlin, kosením nebo zavedením pastvy. Dalším krokem je výběr do- norské populace, která by měla být stabilní a geneticky variabilní. Zároveň také musí být gene- ticky i ekologicky příbuzná původní, vyhynulé populaci. Po převozu a vypuštění postačujícího množství jedinců je nezbytné provádět dlouhodobý monitoring a na jeho základě případně upra- vit management...
|
|
|
Vyvozování demografické historie populací z genomových dat
Simandlová, Sára ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, které se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně představuji průběh experimentu při vyvozování demografické historie populací, kde rozvádím jednotlivé kroky a uvádím přístupy a metody, které se v dnešní době využívají. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Dále čtenáře seznamuji s nejpoužívanějšími softwarovými balíčky pro vyvozování demografické historie populací a poskytuji jejich srovnání.
|
|
|
Allopatric evolution in rousettine fruit bats: from population and landscape genetics to phylogeography
Stříbná, Tereza
V západní části areálu výskytu kaloňů rodu Rousettus byla studována jejich biogeografie, populační struktura a fylogenetické vztahy. Současné populační vzorce tohoto rodu kaloňů na území Starého světa jsou ovlivňovány různými vlastnostmi prostředí souvisejícími s topografií, klimatem a krajinným pokryvem. Tyto proměnné se odráží v plesiomorfiích kaloňů spojených s ekologickou nikou tropických létajících plodožravců, stejně jako v apomorfiích rodu Rousettus, které zahrnují schopnost echolokace, osídlování jeskyní a schopnost šířit se i v nezalesněné krajině. Fylogenetické vztahy mezi druhy a poddruhy rodu jsou naznačeny a konfrontovány s dosavadními scénáři kolonizace. Ostrovní populace (včetně biotopů v pouštních oázách) vykazují častou genetickou diferenciaci od svých příbuzných na pevnině, což naznačuje úspěšné zakládání kolonií po překonání úseků nevhodných stanovišť. Genetická odlišnost kaloňů vyvíjející se na méně vzdálených ostrovech naznačuje zapojení behaviorálních mechanismů, které udržují soudržnost izolovaných oblastí, jako jsou filopatrie a upřednostňování natálního habitatu. Na obrovské ploše sub-saharské pevninské Afriky, která sahá od jižní hranice Sahary až ke Kapskému poloostrovu, sdílí kaloň egyptský homogenní jaderný fond, avšak tvoří dvě mitochondriální haploskupiny, které se...
|
|
|
Vyvozování demografické historie populací z genomových dat
Simandlová, Sára ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová data
|
|
|
Allopatric evolution in rousettine fruit bats: from population and landscape genetics to phylogeography
Stříbná, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent) ; Vallo, Peter (oponent)
V západní části areálu výskytu kaloňů rodu Rousettus byla studována jejich biogeografie, populační struktura a fylogenetické vztahy. Současné populační vzorce tohoto rodu kaloňů na území Starého světa jsou ovlivňovány různými vlastnostmi prostředí souvisejícími s topografií, klimatem a krajinným pokryvem. Tyto proměnné se odráží v plesiomorfiích kaloňů spojených s ekologickou nikou tropických létajících plodožravců, stejně jako v apomorfiích rodu Rousettus, které zahrnují schopnost echolokace, osídlování jeskyní a schopnost šířit se i v nezalesněné krajině. Fylogenetické vztahy mezi druhy a poddruhy rodu jsou naznačeny a konfrontovány s dosavadními scénáři kolonizace. Ostrovní populace (včetně biotopů v pouštních oázách) vykazují častou genetickou diferenciaci od svých příbuzných na pevnině, což naznačuje úspěšné zakládání kolonií po překonání úseků nevhodných stanovišť. Genetická odlišnost kaloňů vyvíjející se na méně vzdálených ostrovech naznačuje zapojení behaviorálních mechanismů, které udržují soudržnost izolovaných oblastí, jako jsou filopatrie a upřednostňování natálního habitatu. Na obrovské ploše sub-saharské pevninské Afriky, která sahá od jižní hranice Sahary až ke Kapskému poloostrovu, sdílí kaloň egyptský homogenní jaderný fond, avšak tvoří dvě mitochondriální haploskupiny, které se...
|
|
|
Comparison of the genetic variability of geographically distant populations of selected species of European marine gobies
Chalupecká, Katarína ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Rovatsos, Michail (oponent)
Hlaváči (Gobiidae, Actinopterygii) jsou malé, převážně kryptické, mořské, brakické i sladkovodní ryby. Vyskytují se hojně v příbřežních vodách, i když jejich výskyt zdaleka není zmapován díky jejich nenápadnosti, často skrytému způsobu života a komerční nevyužitelnosti. Informace o rozšíření mnoha druhů jsou proto stále značně neúplné. Řada druhů je známá pouze z několika málo lokalit, roztroušených po celém Středozemním moři a Atlantiku. To naznačuje, že většina druhů by mohla mít ve skutečnosti poměrně souvislý areál výskytu. Srovnání genetické variability geograficky vzdálených populací stejného druhu může pomoci odhalit, zda dochází k diferenciaci populací a zda jsou populace od sebe geneticky izolované. Cílem práce bylo porovnat genetickou variabilitu populací osmi druhů hlaváčů: Corcyrogobius liechtensteini, Gobius cruentatus, Gobius geniporus, Gobius incognitus, Chromogobius quadrivittatus, Chromogobius zebratus, Millerigobius macrocephalus a Zebrus zebrus v rámci Středozemního moře a severo-východního Atlantického oceánu. Použité vzorky v této práci byly nasbírané na dvou lokalitách v Atlantickém oceánu (Španělsko a Portugalsko) a sedmi lokalitách ve Středozemním moři (Francie, Sicílie, Chorvatsko, Černá hora, Řecko, a Kypr - severní a jižní část). Tato studie byla založena na...
|
|
|
Neinvazivní ochranářská genetika medvědovitých
Šrutová, Jana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje neinvazivní genetice a molekulární ekologii jednotlivých druhů z čeledi medvědovitých (Ursidae). Tato linie šelem je poměrně diverzifikovaná, jednotlivé druhy obývají různá prostředí od arktických oblastí po tropické deštné lesy a liší se i v případě trofických nik, které využívají. Jakožto pozůstatky megafaunových společenstev, které zaujímají důležité místo v ekologických sítích, bývají často označovány za druhy klíčové, deštníkové a vlajkové, které jsou důležité z pohledu ochranářské biologie. V Antropocénu je existence jednotlivých druhů čeledi Ursidae menší či větší měrou ovlivněná lidskou činností nebo jejími dopady a ačkoli se díky ochraně přírody podařilo početnosti některých druhů stabilizovat, kvůli zvětšující se lidské populaci stále častěji dochází ke ztrátě habitatů a konfliktům mezi lidmi a medvědy. Cílem práce bylo shrnout u jednotlivých druhů úroveň výzkumu populační struktury a demografie zejména s použitím neinvazivních genetických metod se záměrem získané poznatky v budoucnu implementovat do výzkumu medvěda hnědého v Západních Karpatech. Tomuto modelovému druhu je také věnována kapitola o neinvazivním vzorkování. Neinvazivní genetika je důležitým nástrojem pro výzkum zejména velkých, vzácných, vysoce mobilních a skrytě žijících druhů a je využívána...
|
host ::
RSS.