|
|
Molekulárně genetická proměnlivost netopýrů rodu Hypsugo v západní Palearktidě
Balog, Štefan ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Vallo, Peter (oponent)
V západní Palearktidě se vyskytují tři druhy rodu Hypsugo. Druh Hypsugo arabicus se podle dostupných zdrojů vyskytuje pouze ve dvou oblastech, na jihu Íránu (provincie Sístán a Balúčistán) a na severovýchodě Ománu. Areál Hypsugo ariel lemuje západ Arabského poloostrova a lze ho také nalézt v Egyptě a Súdánu. Poslední druh, Hypsugo savii můžeme nalézt v širokém spektru oblastí od Kanárských ostrovů přes západní, střední a jižní Evropu, Balkán až po Blízký východ a Střední Asii. Vnitrodruhové a mezidruhové vztahy těchto tří druhů nebyly dosud v dostatečné míře zkoumány. Na základě dat získaných sekvencí mitochondriálních a jaderných markerů byla provedena fylogenetická analýza, která doplňuje informace o vnitrodruhových a mezidruhových vztazích populací tohoto rodu v západní Palearktidě. Pro molekulární analýzu byly použity dva mitochondriální markery (Cyt-b a D-loop) a čtyři jaderné markery (Rag2 a introny ACOX, COPS, STAT). Následně byly ve fylogenetické analýze použity metody Bayesovské analýzy a metoda Maximum likelihood pro vytvoření fylogenetických stromů. Dále byly vytvořeny haplotypové sítě a byly spočítány p-distance mezi jednotlivými populacemi. U druhu H. arabicus byla na základě analýzy mitochondriálního genu pro cytochrom b zjištěna značná genetická divergence mezi populacemi Íránu a...
|
|
|
Allopatric evolution in rousettine fruit bats: from population and landscape genetics to phylogeography
Stříbná, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent) ; Vallo, Peter (oponent)
V západní části areálu výskytu kaloňů rodu Rousettus byla studována jejich biogeografie, populační struktura a fylogenetické vztahy. Současné populační vzorce tohoto rodu kaloňů na území Starého světa jsou ovlivňovány různými vlastnostmi prostředí souvisejícími s topografií, klimatem a krajinným pokryvem. Tyto proměnné se odráží v plesiomorfiích kaloňů spojených s ekologickou nikou tropických létajících plodožravců, stejně jako v apomorfiích rodu Rousettus, které zahrnují schopnost echolokace, osídlování jeskyní a schopnost šířit se i v nezalesněné krajině. Fylogenetické vztahy mezi druhy a poddruhy rodu jsou naznačeny a konfrontovány s dosavadními scénáři kolonizace. Ostrovní populace (včetně biotopů v pouštních oázách) vykazují častou genetickou diferenciaci od svých příbuzných na pevnině, což naznačuje úspěšné zakládání kolonií po překonání úseků nevhodných stanovišť. Genetická odlišnost kaloňů vyvíjející se na méně vzdálených ostrovech naznačuje zapojení behaviorálních mechanismů, které udržují soudržnost izolovaných oblastí, jako jsou filopatrie a upřednostňování natálního habitatu. Na obrovské ploše sub-saharské pevninské Afriky, která sahá od jižní hranice Sahary až ke Kapskému poloostrovu, sdílí kaloň egyptský homogenní jaderný fond, avšak tvoří dvě mitochondriální haploskupiny, které se...
|
|
|
Allopatric evolution in rousettine fruit bats: from population and landscape genetics to phylogeography
Stříbná, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent) ; Vallo, Peter (oponent)
V západní části areálu výskytu kaloňů rodu Rousettus byla studována jejich biogeografie, populační struktura a fylogenetické vztahy. Současné populační vzorce tohoto rodu kaloňů na území Starého světa jsou ovlivňovány různými vlastnostmi prostředí souvisejícími s topografií, klimatem a krajinným pokryvem. Tyto proměnné se odráží v plesiomorfiích kaloňů spojených s ekologickou nikou tropických létajících plodožravců, stejně jako v apomorfiích rodu Rousettus, které zahrnují schopnost echolokace, osídlování jeskyní a schopnost šířit se i v nezalesněné krajině. Fylogenetické vztahy mezi druhy a poddruhy rodu jsou naznačeny a konfrontovány s dosavadními scénáři kolonizace. Ostrovní populace (včetně biotopů v pouštních oázách) vykazují častou genetickou diferenciaci od svých příbuzných na pevnině, což naznačuje úspěšné zakládání kolonií po překonání úseků nevhodných stanovišť. Genetická odlišnost kaloňů vyvíjející se na méně vzdálených ostrovech naznačuje zapojení behaviorálních mechanismů, které udržují soudržnost izolovaných oblastí, jako jsou filopatrie a upřednostňování natálního habitatu. Na obrovské ploše sub-saharské pevninské Afriky, která sahá od jižní hranice Sahary až ke Kapskému poloostrovu, sdílí kaloň egyptský homogenní jaderný fond, avšak tvoří dvě mitochondriální haploskupiny, které se...
|
|
|
Molekulárně genetická studie pochvorepovitých (Emballonuridae) Blízkého východu a sousedních oblastí
Uvizl, Marek ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Vallo, Peter (oponent)
Na Blízkém východě se vyskytují tři druhy čeledi Emballonuridae, které jsou morfologicky rozděleni do několika poddruhů, které jsou ovšem leckdy definovány pouze nejasně a vnitrodruhové taxonomické uspořádání dotyčných druhů tak není uspokojivě vyřešeno. Proto byla v této práci použita molekulárně-genetická analýza, která může pomoci toto uspořádání zrevidovat na dosud neuplatněné rovině. Na základě dat získaných sekvenací mitochondriálních i jaderných markerů byla provedena fylogenetická analýza, která doplňuje informace o vnitrodruhových i mezidruhových vztazích populací dotyčné čeledi v této oblasti. Letouni (Chiroptera) z čeledi Emballonuridae, která je charakterizována ocasem pronikajícím skrze dorzální stranu uropatagia a redukcí prstních článků horní končetiny tvořící dlouhé a úzké křídlo, jsou rozšířeni cirkumtropicky a dělí se na dvě podčeledi. Podčeleď Emballonurinae se často dělí na dva triby, novosvětský tribus Diclidurini a starosvětský Emballonurini. Zástupci podčeledi Taphozoinae se vyskytují pouze ve Starém světě. Oblast Blízkého východu obývají tři druhy této čeledi. Coleura afra se vyskytuje pouze v jižní části Arabského poloostrova a zdejší populace se řadí k poddruhu C. a. gallarum. Taphozous nudiventris by se měl na Blízkém východě vyskytovat ve třech poddruzích, z nichž dva...
|
|
| |
|
|
Základní fylogenetické metody
Vallo, Peter
Tento svazek zahrnuje příspěvky týmu autorů, kteří přednášeli na kurzu výpočetní biologie pro pregraduální studenty. Téma fylogenetických metod je stručne uvedeno, pokrývajíc základy evoluce sekvencí DNA a názvosloví stromů. Dále jsou vysvětlovány metody rekonstrukce stromů; jak obecné algoritmy pro hledání stromů, tak i jednotlivé metody rekonstrukce t.j. distanční, parsimonický, věrohodnostní a Bayesiánský přístup.
|
host ::
RSS.